BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042H24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 18,032,063 - 18,191,253
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040126, Crisp4
Upstream geneJph1, Gdap1, LOC383495, Rbm6-ps1, Ppia-ps1_125.1, Pi15, Crispld1, LOC665564
Downstream geneEG574082, EG654460, Defb17, LOC383499, EG435611, LOC100040189, Tcfap2d, LOC100040413
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042H24.bB6Ng01-042H24.g
ACCDH868860DH868861
length1,1611,101
definitionDH868860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042H24, 5' end.DH868861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,032,063 - 18,033,223)(18,190,142 - 18,191,253)
sequence
gaattcttaacacgtggctcaaaatcatctttgtacaacatcaatgggct
tcttggctacaaagcaaagtctacccagttttatcatgtggaatgtaatt
gatcaattaaatgcaaacaagaacaaaatactaacatttcattttctata
actaacctcaatgctcaaatcccctaagcaaaaggccttcttttatctcc
ccccactgtgaagtctatcattctcagatgcatcactggtagccacttac
catgggctataccatgtgatttcatacttccttcactggtgctatatggt
tctccatggtggtgccggtccctaagaaaatgagccttattcaataccag
ctctgtggatcacctggaaagaggaaccatggtgaagacctcaggagagg
aggcagggacaactattgctggagagaggcaggggagccacaatgtaggg
tctgtgagccttaggaactcacgttctgtcttgttatgctatgtgagatg
gagctcttggaagataactagctgaagaagggggagcttgttcacttccc
agagaccttatggagacagaacaggatggccccacaggacatggtggaag
gaatgggcaagcccacaggagcgaccagcagggccaagggccccatgcag
ctggggaggcaacattcccagaagttccagatgagactaaaacccacttc
ttcacactagatctggcatagattcttgagttctaaatccttcaagcttg
gactcacgatcctctgtcatggtcctcactgagagctctaatgggatccc
tgtcctctacaacatctttccaggccccattagaaagtgagagcctcact
tgaaagctctcacccctggtactgagaaactctacttttgttccccagca
ctttgtgtctggcagtctagctaggccagcagctacgtgagagtacccat
cacagttcttgaagataaagaagaaggcccttctttaaggcccttcttct
ggagtgtggtctcttaatgtggctggaaagaaggcatcctcaatttgctg
accccaggcttgttgtccaccaaggcatgtcttcaggaggatgctctccc
aatgactccagccttcattccatggtcagcaagtacttgacgaaagtaat
gggctggtggg
gaattctgttaaacagtctctgtgtttgtcacttatccagaagaggcaaa
tgaaactaactaaaaagggatggtggaaactttgctaatccagaaaatgg
acaatatgttctctgtcaaaccatggacacaagaaaactgttgaacaatt
tgagttccttcttttatttatttttattttcatagagttttaattaagat
aaaattacactattcccaccccctttctttctaccttcctgccctaccaa
ataccgtgcttctaactccaagggctctcctactctcaaactaatagctt
cttctttatcattgttttacacatatgtgtgcacgcatgcatgcatgcgc
gtgcacacacacacacacacacacacataaatatgtaaatacaacctact
aggttcatttttattgtttgtatgtacatggtctgaggagagaccatctt
gtatgagtgaacaatatggaagctaagctacttttccctctaccacaggt
ctttcattgtctatagtattttatctataggttggatactaggaaacatc
tcaaaaggatggaaaccataccagatactgctagcaaatcatgtacttta
gaaagaatatatcattaccaccaccacttttttagactagcataatttct
tactacattccatatcttacctttgtgcatacagacaggtgtagccacag
cctgtcctcaaagaatcttctctttgtagcaaatggaagccatcacagaa
agtccccaactgtatcaaatgtactcataagtttcccatttatgaaacaa
gatttagatcaaataacgttagatatttataactttgaaaaaaatctttt
ccagaataccattctgaagcaatcttagtatagtacaacttaatctataa
taagatatattttatgaatggtcttacactctcagggagtcaatgttatg
aagacctatgttagctcaataaatcctttcttagaataatacagtgattg
tggtaatctacgtgtattaggacaggttatgaactaagcatgactaggcg
agctagtgctttctcagtgaattttagaactaacatttaatacaaatgaa
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_18032063_18033223
seq2: B6Ng01-042H24.b_29_1189

seq1  GAATTCTTAACACGTGGCTCAAAATCATCTTTGTACAACATCAATGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACACGTGGCTCAAAATCATCTTTGTACAACATCAATGGGCT  50

seq1  TCTTGGCTACAAAGCAAAGTCTACCCAGTTTTATCATGTGGAATGTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCTACAAAGCAAAGTCTACCCAGTTTTATCATGTGGAATGTAATT  100

seq1  GATCAATTAAATGCAAACAAGAACAAAATACTAACATTTCATTTTCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATTAAATGCAAACAAGAACAAAATACTAACATTTCATTTTCTATA  150

seq1  ACTAACCTCAATGCTCAAATCCCCTAAGCAAAAGGCCTTCTTTTATCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCTCAATGCTCAAATCCCCTAAGCAAAAGGCCTTCTTTTATCTCC  200

seq1  CCCCACTGTGAAGTCTATCATTCTCAGATGCATCACTGGTAGCCACTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTGTGAAGTCTATCATTCTCAGATGCATCACTGGTAGCCACTTAC  250

seq1  CATGGGCTATACCATGTGATTTCATACTTCCTTCACTGGTGCTATATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCTATACCATGTGATTTCATACTTCCTTCACTGGTGCTATATGGT  300

seq1  TCTCCATGGTGGTGCCGGTCCCTAAGAAAATGAGCCTTATTCAATACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGGTGGTGCCGGTCCCTAAGAAAATGAGCCTTATTCAATACCAG  350

seq1  CTCTGTGGATCACCTGGAAAGAGGAACCATGGTGAAGACCTCAGGAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGATCACCTGGAAAGAGGAACCATGGTGAAGACCTCAGGAGAGG  400

seq1  AGGCAGGGACAACTATTGCTGGAGAGAGGCAGGGGAGCCACAATGTAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGACAACTATTGCTGGAGAGAGGCAGGGGAGCCACAATGTAGGG  450

seq1  TCTGTGAGCCTTAGGAACTCACGTTCTGTCTTGTTATGCTATGTGAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGCCTTAGGAACTCACGTTCTGTCTTGTTATGCTATGTGAGATG  500

seq1  GAGCTCTTGGAAGATAACTAGCTGAAGAAGGGGGAGCTTGTTCACTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTTGGAAGATAACTAGCTGAAGAAGGGGGAGCTTGTTCACTTCCC  550

seq1  AGAGACCTTATGGAGACAGAACAGGATGGCCCCACAGGACATGGTGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTTATGGAGACAGAACAGGATGGCCCCACAGGACATGGTGGAAG  600

seq1  GAATGGGCAAGCCCACAGGAGCGACCAGCAGGGCCAAGGGCCCCATGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCAAGCCCACAGGAGCGACCAGCAGGGCCAAGGGCCCCATGCAG  650

seq1  CTGGGGAGGCAACATTCCCAGAAGTTCCAGATGAGACTAAAACCCACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGGCAACATTCCCAGAAGTTCCAGATGAGACTAAAACCCACTTC  700

seq1  TTCACACTAGATCTGGCATAGATTCTTGAGTTCTAAATCCTTCAAGCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACTAGATCTGGCATAGATTCTTGAGTTCTAAATCCTTCAAGCTTG  750

seq1  GACTCAGGATCCTCTGTCATGGTCCTCACTGAGAGCTCTAATGGGATCCC  800
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCACGATCCTCTGTCATGGTCCTCACTGAGAGCTCTAATGGGATCCC  800

seq1  TGTCCTCTACAACATCTTTCCAGGCCCCATTAGAAGGTGAGAGCCTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTACAACATCTTTCCAGGCCCCATTAGAAAGTGAGAGCCTCACT  850

seq1  TGAAAGCTCTCACCCCTGGTACTGAGAAACTCTACTTTTGTTCCCCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTCTCACCCCTGGTACTGAGAAACTCTACTTTTGTTCCCCAGCA  900

seq1  CTTTGTGTCTGGCAGGTCTAGCTAGGCCAGCAGCTACGTGAGAGTACCCA  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCTGGCA-GTCTAGCTAGGCCAGCAGCTACGTGAGAGTACCCA  949

seq1  TCACAGGTCCTGAAAGATAAAGAAGAAGGCCCTTCTTTAAGGCCCTTC-T  999
      |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCACAGTTCTTG-AAGATAAAGAAGAAGGCCCTTCTTTAAGGCCCTTCTT  998

seq1  CTGGAGTGT-GTC-CTTTATGTGGCTGGAAAGAAGGCATTCTCCATTTGC  1047
      ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CTGGAGTGTGGTCTCTTAATGTGGCTGGAAAGAAGGCATCCTCAATTTGC  1048

seq1  TGACCCCAGGCTTGTTGTCCA-CAAGGCATGTCTTCAGGAGGATG--CTC  1094
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||
seq2  TGACCCCAGGCTTGTTGTCCACCAAGGCATGTCTTCAGGAGGATGCTCTC  1098

seq1  CCAATGACTCCAGCCCTTCATCCCATGGTCAGCACAGTACTTGACGAAAA  1144
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  CCAATGACTCCAG-CCTTCATTCCATGGTCAGCA-AGTACTTGACG-AAA  1145

seq1  GTAGATGGGCTGGTGGG  1161
      ||| |||||||||||||
seq2  GTA-ATGGGCTGGTGGG  1161

seq1: chr1_18190142_18191253
seq2: B6Ng01-042H24.g_68_1168 (reverse)

seq1  GTTCATTTTGTATTTTAAAATGTTTAGTGTCTAGAAATTCACTTGAGAAA  50
      ||||| ||||||||   ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||
seq2  GTTCA-TTTGTATT---AAATG-TTAGT-TCTA-AAATTCAC-TGAGAAA  42

seq1  GCACTAGCTCTGCCTAGTCATGCTTAGTTCATAA-CTGTCCTAATACACG  99
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCACTAGCTC-GCCTAGTCATGCTTAGTTCATAACCTGTCCTAATACACG  91

seq1  TAGATTTACCACAATCACTGTATTATTCTAAGAAAGGATTTATTTGAGCC  149
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TAGA-TTACCACAATCACTGTATTATTCTAAGAAAGGATTTA-TTGAG-C  138

seq1  TAACATAGGTC-TCATAACATTGACTCCCTGAGAGTGTAAGA-CATTCAT  197
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAACATAGGTCTTCATAACATTGACTCCCTGAGAGTGTAAGACCATTCAT  188

seq1  AAAATTATATCTTATTATAGATTAAGTTGTACTATACTAAGATTGCTTCA  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAA-TATATCTTATTATAGATTAAGTTGTACTATACTAAGATTGCTTCA  237

seq1  GAATGGTATTCTGGAAAAGATTTTTTTTCAAAGTTATAAATATCTAACGT  297
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTATTCTGGAAAAGA-TTTTTTTCAAAGTTATAAATATCTAACGT  286

seq1  TATTTGATCTAAATCTTGTTTCATAAATGGGAAACTTATGAGTACATTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATCTAAATCTTGTTTCATAAATGGGAAACTTATGAGTACATTTG  336

seq1  ATACAGTTGGGGACTTTCTGTGATGGCTTCCATTTGCTACAAAGAGAAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTTGGGGACTTTCTGTGATGGCTTCCATTTGCTACAAAGAGAAGA  386

seq1  TTCTTTGAGGACAGGCTGTGGCTACACCTGTCTGTATGCACAAAGGTAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGAGGACAGGCTGTGGCTACACCTGTCTGTATGCACAAAGGTAAG  436

seq1  ATATGGAATGTAGTAAGAAATTATGCTAGTCTAAAAAAGTGGTGGTGGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAATGTAGTAAGAAATTATGCTAGTCTAAAAAAGTGGTGGTGGTA  486

seq1  ATGATATATTCTTTCTAAAGTACATGATTTGCTAGCAGTATCTGGTATGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATATTCTTTCTAAAGTACATGATTTGCTAGCAGTATCTGGTATGG  536

seq1  TTTCCATCCTTTTGAGATGTTTCCTAGTATCCAACCTATAGATAAAATAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATCCTTTTGAGATGTTTCCTAGTATCCAACCTATAGATAAAATAC  586

seq1  TATAGACAATGAAAGACCTGTGGTAGAGGGAAAAGTAGCTTAGCTTCCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACAATGAAAGACCTGTGGTAGAGGGAAAAGTAGCTTAGCTTCCAT  636

seq1  ATTGTTCACTCATACAAGATGGTCTCTCCTCAGACCATGTACATACAAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCACTCATACAAGATGGTCTCTCCTCAGACCATGTACATACAAAC  686

seq1  AATAAAAATGAACCTAGTAGGTTGTATTTACATATTTATGTGTGTGTGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATGAACCTAGTAGGTTGTATTTACATATTTATGTGTGTGTGTG  736

seq1  TGTGTGTGTGTGCACGCGCATGCATGCATGCGTGCACACATATGTGTAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGCACGCGCATGCATGCATGCGTGCACACATATGTGTAAA  786

seq1  ACAATGATAAAGAAGAAGCTATTAGTTTGAGAGTAGGAGAGCCCTTGGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATAAAGAAGAAGCTATTAGTTTGAGAGTAGGAGAGCCCTTGGAG  836

seq1  TTAGAAGCACGGTATTTGGTAGGGCAGGAAGGTAGAAAGAAAGGGGGTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCACGGTATTTGGTAGGGCAGGAAGGTAGAAAGAAAGGGGGTGG  886

seq1  GAATAGTGTAATTTTATCTTAATTAAAACTCTATGAAAATAAAAATAAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTGTAATTTTATCTTAATTAAAACTCTATGAAAATAAAAATAAAT  936

seq1  AAAAGAAGGAACTCAAATTGTTCAACAGTTTTCTTGTGTCCATGGTTTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGGAACTCAAATTGTTCAACAGTTTTCTTGTGTCCATGGTTTGA  986

seq1  CAGAGAACATATTGTCCATTTTCTGGATTAGCAAAGTTTCCACCATCCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACATATTGTCCATTTTCTGGATTAGCAAAGTTTCCACCATCCCT  1036

seq1  TTTTAGTTAGTTTCATTTGCCTCTTCTGGATAAGTGACAAACACAGAGAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTAGTTTCATTTGCCTCTTCTGGATAAGTGACAAACACAGAGAC  1086

seq1  TGTTTAACAGAATTC  1112
      |||||||||||||||
seq2  TGTTTAACAGAATTC  1101