BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043I11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 122,581,644 - 122,727,605
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePtpn4, LOC100042447, LOC666870, LOC100041863, Tmem177, Gm101, Sctr, Tmem37, Dbi, 3110009E18Rik, Steap3, C1ql2, Marco, En1
Downstream geneAI848258, Insig2, Ccdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043I11.bB6Ng01-043I11.g
ACCDH869563DH869564
length1,0651,045
definitionDH869563|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043I11, 5' end.DH869564|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043I11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,581,644 - 122,582,717)(122,726,552 - 122,727,605)
sequence
gaattcagttagaaagtcacaccatcttcttgtcaattgtgataataaaa
tcaatactgctgaagataatgagaatttcgagggttattaatcagtaaaa
atattttcaatgggtaaagtcttatccacctcaggtacatgttttaccac
tgggaagatgtgtgcatctacatgaaggtcagatggcaactttgggtact
gattcttcaggaacagtctaccgtttttgtatatattttttaaggcagag
tatctcactggcctggagttcatcaggtagactaggctggctggctagaa
agcctcccacgtccctcccccccccccacccccagggatccacctgcctt
catctcccatgtgctgagatttcaagcgtctaggaccatgtccagtcttt
atacacaagttctgtgggtagaactcaagtcttcatgtttgcttgacaag
aactgtattgattatgtcagctcctcaaccctttaatcagttttattaag
tatttgttttaccatccccactaggggatggtaaaattgtctgaggggcc
tttgagttctatgaacagttttttgatcaacagctgcttgtagcaaaaat
ctttcagagttagtgtaaaatctctgtcctcactgttggcttagttcatc
cataatgacgctctggccattaaaaacatcatttaaattaatttcctggc
caatagaatgggagtccctggaatttgagctatgtatgttgcctggacca
cgttagggctgaggcaactggaccaggcatggcctagggtacaaagaggt
ggtgattaatttaggggtcaagtgtttaaacatctgtcgcctgtagactg
cttgcttcagttcaacacctctgctttggaagaaggagccgggaggcccc
tgctgcccttatttccagcccagttgcctgtgctctgccctcagcttctc
tgagaaccagccctaaggagactgtgcactgcagtttgtaccaccctgtg
gtgactttagtatgactatgttccctccactaacctttctatatatgagt
gtcatccccctctac
gaattctcgtcacacattgtctcagttggatggagctaccatagccctaa
gcccatgctcaaggtgtcagtgaccatctccctgccttgtgcttggccaa
cctccgccatatgcctttccaagggtattgctctgtgtgccatgtccgtc
tgcctcttcttcctgtaagggtgctagccttattggattaagactatgat
ataggactttgtgtcaggccaaggacactttcctttcttgcaaccatccc
catgttttgtgcacaacagcattacagctggaccattgtcagatcccttt
gccttagtaaccttgtctcaaatacagtcacatttggagattctgagggt
agggatgtttttattaagctgtggtgtgtattggtatttgtacaggtgcc
tgtgtgtgcacatgcacgtggaagccagagctaacctcagttgttgttcc
taagatactgtctaccttgatttcttttgagacagagcctctcactaacc
tagaacttacaaagtaggttagggctggcgggccaagtgcgcctcaggat
tcggcatgcctctgcctcagtgccaggattacaagtgtgtgtcattaccc
taggcttatattctaggggttaaatttaggctatcaaagttgcaaagaaa
gcattttataggctgagccatctccccagcccatgtgggtaaggatttca
atgtaggaacttgaaagtgtgtgttctggtttgtaacttgcctttgttct
ggtttgcaacttgcctttagctatgagcagagatttgcaacatgaattga
ttggcttaatctgtaaaacagagctaataatctttcctaggattatagag
attaaccaaatcttcaggttaagactccatcattgaatgaaataaaaaaa
gactttgactccctagccttgagcacagggcctgttcttcgggtcagtcg
atgtgtgctcttaatttaatgcagagactgagcactctgatagccagttg
cctctctgctcttctgccttcttgctctaagttctcaaaaaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_122581644_122582717
seq2: B6Ng01-043I11.b_44_1108

seq1  GAATTCAGTTAGAAAGTCACACCATCTTCTTGTCAATTGTGATAATAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAGAAAGTCACACCATCTTCTTGTCAATTGTGATAATAAAA  50

seq1  TCAATACTGCTGAAGATAATGAGAATTTCGAGGGTTATTAATCAGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACTGCTGAAGATAATGAGAATTTCGAGGGTTATTAATCAGTAAAA  100

seq1  ATATTTTCAATGGGTAAAGTCTTATCCACCTCAGGTACATGTTTTACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCAATGGGTAAAGTCTTATCCACCTCAGGTACATGTTTTACCAC  150

seq1  TGGGAAGATGTGTGCATCTACATGAAGGTCAGATGGCAACTTTGGGTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGATGTGTGCATCTACATGAAGGTCAGATGGCAACTTTGGGTACT  200

seq1  GATTCTTCAGGAACAGTCTACCGTTTTTGTATATATTTTTTAAGGCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCAGGAACAGTCTACCGTTTTTGTATATATTTTTTAAGGCAGAG  250

seq1  TATCTCACTGGCCTGGAGTTCATCAGGTAGACTAGGCTGGCTGGCTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACTGGCCTGGAGTTCATCAGGTAGACTAGGCTGGCTGGCTAGAA  300

seq1  AGCCTCCCACGTCCCTCCCCCCCCCCCACCCCCAGGGATCCACCTGCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCCACGTCCCTCCCCCCCCCCCACCCCCAGGGATCCACCTGCCTT  350

seq1  CATCTCCCATGTGCTGAGATTTCAAGCGTCTAGGACCATGTCCAGTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCATGTGCTGAGATTTCAAGCGTCTAGGACCATGTCCAGTCTTT  400

seq1  ATACACAAGTTCTGTGGGTAGAACTCAAGTCTTCATGTTTGCTTGACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAAGTTCTGTGGGTAGAACTCAAGTCTTCATGTTTGCTTGACAAG  450

seq1  AACTGTATTGATTATGTCAGCTCCTCAACCCTTTAATCAGTTTTATTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATTGATTATGTCAGCTCCTCAACCCTTTAATCAGTTTTATTAAG  500

seq1  TATTTGTTTTACCATCCCCACTAGGGGATGGTAAAATTGTCTGAGGGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTTACCATCCCCACTAGGGGATGGTAAAATTGTCTGAGGGGCC  550

seq1  TTTGAGTTCTATGAACAGTTTTTTGATCAACAGCTGCTTGTAGCAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTCTATGAACAGTTTTTTGATCAACAGCTGCTTGTAGCAAAAAT  600

seq1  CTTTCAGAGTTAGTGTAAAATCTCTGTCCTCACTGTTGGCTTAGTTCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGAGTTAGTGTAAAATCTCTGTCCTCACTGTTGGCTTAGTTCATC  650

seq1  CATAATGACGCTCTGGCCATTAAAAACATCATTTAAATTAATTTCCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGACGCTCTGGCCATTAAAAACATCATTTAAATTAATTTCCTGGC  700

seq1  CAATAGAATGGGAGTCCCTGGAATTTGAGCTATGTATGTTGCCTGGACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAATGGGAGTCCCTGGAATTTGAGCTATGTATGTTGCCTGGACCA  750

seq1  CGTTAGGGCTGAGGCAACTGGACCAGGCATGGCCTAGGGTACAAAGAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAGGGCTGAGGCAACTGGACCAGGCATGGCCTAGGGTACAAAGAGGT  800

seq1  GGTGATTAATTTAGGGGTCAAGTGTTTAAACATCTGTCGCCTGTAGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTAATTTAGGGGTCAAGTGTTTAAACATCTGTCGCCTGTAGACTG  850

seq1  CTTGCTTCAGTTCAGACACCTCTGCTTTGGAAGAAGGAGCCGGGAGGCCC  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGCTTCAGTTCA-ACACCTCTGCTTTGGAAGAAGGAGCCGGGAGG-CC  898

seq1  CCTGCTGCCCTTATTTCCAGCCCAGTTGCCTGGTGCTCTGTCCCTCAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  CCTGCTGCCCTTATTTCCAGCCCAGTTGCCT-GTGCTCTG-CCCTCAGCT  946

seq1  TCTCTGAGATACCAGCCCTAGGGAGACTGTGCACTGCAGTTTGTACCACC  1000
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGA-ACCAGCCCTAAGGAGACTGTGCACTGCAGTTTGTACCACC  995

seq1  CTGTGGTGACTTTATGCTATGACATATGCTCCCTCCACTAGCCTTTCTAT  1050
      ||||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||| 
seq2  CTGTGGTGACTTTA--GTATGAC-TATGTTCCCTCCACTAACCTTTCTA-  1041

seq1  TATATGAGTGTCATCCCTCTCTAC  1074
      ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATATGAGTGTCATCCCCCTCTAC  1065

seq1: chr1_122726552_122727605
seq2: B6Ng01-043I11.g_67_1111 (reverse)

seq1  TGGGTTTCTGAGAACTTAGAGGCAAGTAGAGCAGAGAGGCAGAGAGGCAC  50
      ||||||| |||||||||||| ||||| || |||||   ||||||||||| 
seq2  TGGGTTTTTGAGAACTTAGA-GCAAGAAG-GCAGAAGAGCAGAGAGGCAA  48

seq1  CTGGCTATCAAGAGCTGCTCAGTCTCTGCATTAAAATTAAGAAGCACACA  100
      ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CTGGCTATC-AGAG-TGCTCAGTCTCTGCATT-AAATTAAG-AGCACACA  94

seq1  TCGACTGACCCGAGGAACAGGGCCCTGTGCTCAAGGCTAGGGAGTC-AAG  149
      ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCGACTGACCCGAAGAACA-GGCCCTGTGCTCAAGGCTAGGGAGTCAAAG  143

seq1  TCTTTTTTTATTTCATTCAATGATGGGTTCTTAACCTTGAAGATTTGGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |
seq2  TCTTTTTTTATTTCATTCAATGATGGAGTCTTAACC-TGAAGATTTGG-T  191

seq1  TAATCTCTATAATCCTAGGAAGGATTATTAGCTCTGTTTTACAGATTAAG  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCTATAATCCTAGGAAAGATTATTAGCTCTGTTTTACAGATTAAG  241

seq1  CCAAGTCAATTCATGTTGCAAATCTCTGCTCATAGCTAAAGGCAAGTTGC  299
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAA-TCAATTCATGTTGCAAATCTCTGCTCATAGCTAAAGGCAAGTTGC  290

seq1  AAACCAGAACAAAGGCAAGTTACAAACCAGAACACACACTTTCAAGTTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGAACAAAGGCAAGTTACAAACCAGAACACACACTTTCAAGTTCC  340

seq1  TACATTGAAATCCTTACCCACATGGGCTGGGGAGATGGCTCAGCCTATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGAAATCCTTACCCACATGGGCTGGGGAGATGGCTCAGCCTATAA  390

seq1  AATGCTTTCTTTGCAACTTTGATAGCCTAAATTTAACCCCTAGAATATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTCTTTGCAACTTTGATAGCCTAAATTTAACCCCTAGAATATAA  440

seq1  GCCTAGGGTAATGACACACACTTGTAATCCTGGCACTGAGGCAGAGGCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGGTAATGACACACACTTGTAATCCTGGCACTGAGGCAGAGGCAT  490

seq1  GCCGAATCCTGAGGCGCACTTGGCCCGCCAGCCCTAACCTACTTTGTAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAATCCTGAGGCGCACTTGGCCCGCCAGCCCTAACCTACTTTGTAAG  540

seq1  TTCTAGGTTAGTGAGAGGCTCTGTCTCAAAAGAAATCAAGGTAGACAGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGTTAGTGAGAGGCTCTGTCTCAAAAGAAATCAAGGTAGACAGTA  590

seq1  TCTTAGGAACAACAACTGAGGTTAGCTCTGGCTTCCACGTGCATGTGCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAACAACAACTGAGGTTAGCTCTGGCTTCCACGTGCATGTGCAC  640

seq1  ACACAGGCACCTGTACAAATACCAATACACACCACAGCTTAATAAAAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGCACCTGTACAAATACCAATACACACCACAGCTTAATAAAAACA  690

seq1  TCCCTACCCTCAGAATCTCCAAATGTGACTGTATTTGAGACAAGGTTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACCCTCAGAATCTCCAAATGTGACTGTATTTGAGACAAGGTTACT  740

seq1  AAGGCAAAGGGATCTGACAATGGTCCAGCTGTAATGCTGTTGTGCACAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAAGGGATCTGACAATGGTCCAGCTGTAATGCTGTTGTGCACAAA  790

seq1  ACATGGGGATGGTTGCAAGAAAGGAAAGTGTCCTTGGCCTGACACAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGGATGGTTGCAAGAAAGGAAAGTGTCCTTGGCCTGACACAAAGT  840

seq1  CCTATATCATAGTCTTAATCCAATAAGGCTAGCACCCTTACAGGAAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATCATAGTCTTAATCCAATAAGGCTAGCACCCTTACAGGAAGAAG  890

seq1  AGGCAGACGGACATGGCACACAGAGCAATACCCTTGGAAAGGCATATGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACGGACATGGCACACAGAGCAATACCCTTGGAAAGGCATATGGC  940

seq1  GGAGGTTGGCCAAGCACAAGGCAGGGAGATGGTCACTGACACCTTGAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTGGCCAAGCACAAGGCAGGGAGATGGTCACTGACACCTTGAGCA  990

seq1  TGGGCTTAGGGCTATGGTAGCTCCATCCAACTGAGACAATGTGTGACGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTAGGGCTATGGTAGCTCCATCCAACTGAGACAATGTGTGACGAG  1040

seq1  AATTC  1054
      |||||
seq2  AATTC  1045