BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043N17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 174,756,139 - 174,863,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApcs
Upstream geneCd84, Slamf6, Vangl2, LOC100040199, Nhlh1, Ncstn, Copa, Pex19, LOC100041219, Wdr42a, Pea15a, Casq1, Timm23p, Atp1a2, Igsf8, Kcnj9, Kcnj10, Pigm, LOC665819, Slamf9, LOC100040274, Igsf9, Tagln2, Ccdc19, EG240916, Slamf8, Fcrl6, Dusp23, LOC100040320, Crp, LOC665875
Downstream geneOlfr16, GA_x5J8B7W5Q1F-395172-396104, Olfr1408, GA_x5J8B7W5Q1F-344462-343889, Olfr1406, Olfr218, Olfr1405-ps1, Olfr1404, Fcer1a, Olfr1403, Darc, Cadm3, Aim2, EG240921, BC094916, LOC623121, AI447904, E430029J22Rik, LOC665972, AI607873, Ifi204, EG666028, LOC100040462, Mnda, Ifi203
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043N17.bB6Ng01-043N17.g
ACCDH869790DH869791
length1,1451,110
definitionDH869790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043N17, 5' end.DH869791|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(174,862,411 - 174,863,573)(174,756,139 - 174,757,258)
sequence
gaattccccattgtttatgaatgtgaatctctacataagcaaggtaacat
aatatgtatatgtgtgtgtacataacacacatgaatacacatgtattcat
acacatgtattcacacatgaatatgtatgtacgtatgtatgtatgtatat
agaatgtgtgaacttagattatgtctacccccactacctccctccagccc
ttctcagactgccctcaccacatcccctcccaacttccttccttcttttt
aaatttttaatagtctaatgagtctaaatagttctacccatattcacata
gatgtataaaccagccactgaaacatgggtaaaacttaccagatatccca
ctcatgcaaaacaactgactctcccccccgccaacccctgaaggcataaa
atgccaatagatcctcatgtagaagtggggccttatgaacccctatgtca
tccatattggaattttgactggtttgaacctataaaggtcttatgcaggc
aaccatagctgctgctactttatgagtgcatcagtcctatcatgtccaga
ggagactgttttacagtccccatcctatggctcttacaacccttccactc
ccttttctgtggtgtatcccaacccttcagagaggagggttgagatatag
atgttacacttcaggctgggcactctgctgtcacttttcccctgtacttt
gatcagttgtgagtctctgaattaactgatatatcatctttcttgctcac
attgtaagtgaaaaggatgttactctatttcccttatatatgtgaataat
gaggtatgaattttcccctctaatctcccaagactctcatgagcttgatc
aaaaagttgaagaaaccttttcagaacattgccatatccctcctgcttgc
actgacctctacacaaagaggtagagcaagttccttagatgggtttgaca
cagccaattctttatgggaaatactgagaatttgtcctttcgaaccctct
gcttttcctggaatgatcatgttgtttatcggggtataactttgaccaat
agcctgactgtgtttatctaaaagtagcattatctagtcagcatgattca
atgactggggtgacttatactcagtagacaatctagagaaaaagc
gaattctgctttgcaggccttctctatgtgtgcttagcttgggcaaggag
gagaggagttggatgcgaatggtctcagagactttatagctcctgactga
cttttcaggaggagaaaggatccaaaggtatagaagtgaggttattcata
ttatttttgtctttattctttaatggatcttatgagccaagaaacgggtt
agtgatcatctctggatgaccccttttatctgtctgtgcatcttctgtct
gttcctttctccatgcaatgtttctttggtttttccatccaatgttaaat
aaactactacaaagtgatctactacaaggatgctgtcaagtacttgctct
caatactatgatgaaggtcccaacatcttctttagaaatgctacacttga
taacagtggcacctatgactgctcagacagtcttcattgggtgtacattt
actctgagaaactaagaattactgtaataaatggtgagttgataaagaaa
tacatagtctttaccggggaagggaaagcacacatatgagccagtgtatg
aagttagtacaactaacttcaataagttgtgattgttttgaaagactaat
agacttacaacaaggagacgccatccatatctcaagagcagagcccttat
ttgccaagtgctgattgtaatgtctatgcacaaaatggaattttgcaaca
aatactgggatacttttgtcaattggctttctaaactgttaagttctgtc
cagacacaaaagaatccagttcttattttgatctcaaattcatcaattgc
tctgaagaatagtatttatatttattgaactgaaaggagtttgggaagcc
aaaggaagcaaggatataaagagattgaagaatccatattagccgaggat
ggtagaagaggaaaatcaacccatcagcaagctgtgcgggcaggtcctaa
agatgtgagtgagtctgctgagaacaggcaggggcctgccccttgaccca
caagaaatctgctcttcccaaacatcatgtagacgggaacttttgaaatt
gtttgctttggaaggaagaattgttttattctggcatgctctattatctt
aaaaaaagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_174862411_174863573
seq2: B6Ng01-043N17.b_43_1187 (reverse)

seq1  GCTTTTTCTTCCTAGAAATTTTGTCCTACTGGAGTATAAGTTCCACCCCA  50
      |||||||||  |||||    |||| ||||| ||||||||||  |||||||
seq2  GCTTTTTCT--CTAGA----TTGT-CTACT-GAGTATAAGT--CACCCCA  40

seq1  GTCATGGGATCATGCTGACTAGATAATGCTACTTTTAGATAAACACCAAG  100
      ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GTCATTGAATCATGCTGACTAGATAATGCTACTTTTAGATAAACAC--AG  88

seq1  TTCAGGCTATTGGGTTCAAAG-TATACCCCGATAAACAAACATGATCATT  149
       ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  -TCAGGCTATTGG--TCAAAGTTATACCCCGATAAAC-AACATGATCA-T  133

seq1  TCCAGGAAAAGCAGAGGGTTCGAAAGGACAAATTCTCAGTATTTCCCATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAAAAGCAGAGGGTTCGAAAGGACAAATTCTCAGTATTTCCCATA  183

seq1  AAGAATTGGCTGTTGTCAAACCCATCTAAGGAACTTGCTCTACCTCTTTT  249
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGAATTGGCTG-TGTCAAACCCATCTAAGGAACTTGCTCTACCTC-TTT  231

seq1  GTGTAGAGGTCAGTGCAAGCAGGAGGGATATGGCAATGTTCTGAAAAGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAGGTCAGTGCAAGCAGGAGGGATATGGCAATGTTCTGAAAAGGT  281

seq1  TTCTTCAACTTTTTGATCAAGCTCATGAGAGTCTTGGGAGATTAGAGGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAACTTTTTGATCAAGCTCATGAGAGTCTTGGGAGATTAGAGGGG  331

seq1  AAAATTCATACCTCATTATTCACATATATAAGGGAAATAGAGTAACATCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCATACCTCATTATTCACATATATAAGGGAAATAGAGTAACATCC  381

seq1  TTTTCACTTACAATGTGAGCAAGAAAGATGATATATCAGTTAATTCAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTTACAATGTGAGCAAGAAAGATGATATATCAGTTAATTCAGAG  431

seq1  ACTCACAACTGATCAAAGTACAGGGGAAAAGTGACAGCAGAGTGCCCAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAACTGATCAAAGTACAGGGGAAAAGTGACAGCAGAGTGCCCAGC  481

seq1  CTGAAGTGTAACATCTATATCTCAACCCTCCTCTCTGAAGGGTTGGGATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTGTAACATCTATATCTCAACCCTCCTCTCTGAAGGGTTGGGATA  531

seq1  CACCACAGAAAAGGGAGTGGAAGGGTTGTAAGAGCCATAGGATGGGGACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGAAAAGGGAGTGGAAGGGTTGTAAGAGCCATAGGATGGGGACT  581

seq1  GTAAAACAGTCTCCTCTGGACATGATAGGACTGATGCACTCATAAAGTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACAGTCTCCTCTGGACATGATAGGACTGATGCACTCATAAAGTAG  631

seq1  CAGCAGCTATGGTTGCCTGCATAAGACCTTTATAGGTTCAAACCAGTCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTATGGTTGCCTGCATAAGACCTTTATAGGTTCAAACCAGTCAA  681

seq1  AATTCCAATATGGATGACATAGGGGTTCATAAGGCCCCACTTCTACATGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAATATGGATGACATAGGGGTTCATAAGGCCCCACTTCTACATGA  731

seq1  GGATCTATTGGCATTTTATGCCTTCAGGGGTTGGCGGGGGGGAGAGTCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTATTGGCATTTTATGCCTTCAGGGGTTGGCGGGGGGGAGAGTCAG  781

seq1  TTGTTTTGCATGAGTGGGATATCTGGTAAGTTTTACCCATGTTTCAGTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGCATGAGTGGGATATCTGGTAAGTTTTACCCATGTTTCAGTGG  831

seq1  CTGGTTTATACATCTATGTGAATATGGGTAGAACTATTTAGACTCATTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTATACATCTATGTGAATATGGGTAGAACTATTTAGACTCATTAG  881

seq1  ACTATTAAAAATTTAAAAAGAAGGAAGGAAGTTGGGAGGGGATGTGGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAAAAATTTAAAAAGAAGGAAGGAAGTTGGGAGGGGATGTGGTGA  931

seq1  GGGCAGTCTGAGAAGGGCTGGAGGGAGGTAGTGGGGGTAGACATAATCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTCTGAGAAGGGCTGGAGGGAGGTAGTGGGGGTAGACATAATCTA  981

seq1  AGTTCACACATTCTATATACATACATACATACGTACATACATATTCATGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACACATTCTATATACATACATACATACGTACATACATATTCATGT  1031

seq1  GTGAATACATGTGTATGAATACATGTGTATTCATGTGTGTTATGTACACA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATACATGTGTATGAATACATGTGTATTCATGTGTGTTATGTACACA  1081

seq1  CACATATACATATTATGTTACCTTGCTTATGTAGAGATTCACATTCATAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATACATATTATGTTACCTTGCTTATGTAGAGATTCACATTCATAA  1131

seq1  ACAATGGGGAATTC  1163
      ||||||||||||||
seq2  ACAATGGGGAATTC  1145

seq1: chr1_174756139_174757258
seq2: B6Ng01-043N17.g_67_1176

seq1  GAATTCTGCTTTGCAGGCCTTCTCTATGTGTGCTTAGCTTGGGCAAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTTGCAGGCCTTCTCTATGTGTGCTTAGCTTGGGCAAGGAG  50

seq1  GAGAGGAGTTGGATGCGAATGGTCTCAGAGACTTTATAGCTCCTGACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGTTGGATGCGAATGGTCTCAGAGACTTTATAGCTCCTGACTGA  100

seq1  CTTTTCAGGAGGAGAAAGGATCCAAAGGTATAGAAGTGAGGTTATTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGGAGGAGAAAGGATCCAAAGGTATAGAAGTGAGGTTATTCATA  150

seq1  TTATTTTTGTCTTTATTCTTTAATGGATCTTATGAGCCAAGAAACGGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGTCTTTATTCTTTAATGGATCTTATGAGCCAAGAAACGGGTT  200

seq1  AGTGATCATCTCTGGATGACCCCTTTTATCTGTCTGTGCATCTTCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCATCTCTGGATGACCCCTTTTATCTGTCTGTGCATCTTCTGTCT  250

seq1  GTTCCTTTCTCCATGCAATGTTTCTTTGGTTTTTCCATCCAATGTTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTCTCCATGCAATGTTTCTTTGGTTTTTCCATCCAATGTTAAAT  300

seq1  AAACTACTACAAAGTGATCTACTACAAGGATGCTGTCAAGTACTTGCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACTACAAAGTGATCTACTACAAGGATGCTGTCAAGTACTTGCTCT  350

seq1  CAATACTATGATGAAGGTCCCAACATCTTCTTTAGAAATGCTACACTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTATGATGAAGGTCCCAACATCTTCTTTAGAAATGCTACACTTGA  400

seq1  TAACAGTGGCACCTATGACTGCTCAGACAGTCTTCATTGGGTGTACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGGCACCTATGACTGCTCAGACAGTCTTCATTGGGTGTACATTT  450

seq1  ACTCTGAGAAACTAAGAATTACTGTAATAAATGGTGAGTTGATAAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGAAACTAAGAATTACTGTAATAAATGGTGAGTTGATAAAGAAA  500

seq1  TACATAGTCTTTACCGGGGAAGGGAAAGCACACATATGAGCCAGTGTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGTCTTTACCGGGGAAGGGAAAGCACACATATGAGCCAGTGTATG  550

seq1  AAGTTAGTACAACTAACTTCAATAAGTTGTGATTGTTTTGAAAGACTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGTACAACTAACTTCAATAAGTTGTGATTGTTTTGAAAGACTAAT  600

seq1  AGACTTACAACAAGGAGACGCCATCCATATCTCAAGAGCAGAGCCCTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTACAACAAGGAGACGCCATCCATATCTCAAGAGCAGAGCCCTTAT  650

seq1  TTGCCAAGTGCTGATTGTAATGTCTATGCACAAAATGGAATTTTGCAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAAGTGCTGATTGTAATGTCTATGCACAAAATGGAATTTTGCAACA  700

seq1  AATACTGGGATACTTTTGTCAATTGGCTTTCTAAACTGTTAAGTTCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGGGATACTTTTGTCAATTGGCTTTCTAAACTGTTAAGTTCTGTC  750

seq1  CAGACACAAAAGAATCCAGTTCTTATTTTGATCTCAAATTCATCAATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAAAAGAATCCAGTTCTTATTTTGATCTCAAATTCATCAATTGC  800

seq1  TCTGAAGAATAGTATTTATATTTATTGAACTGAAAGGAGTTTGGGAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGAATAGTATTTATATTTATTGAACTGAAAGGAGTTTGGGAAGCC  850

seq1  AAAGGAAGCAAGGATATAAAGAGATTGAAGAATCCATATTAGCCGAGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGCAAGGATATAAAGAGATTGAAGAATCCATATTAGCCGAGGAT  900

seq1  GGTAGAAGAGGAAAATCAACCCATCAGCAAGCTGTGCGGGCAGGTCCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  GGTAGAAGAGGAAAATCAACCCATCAGCAAGCTGTGCGGGCAGGT-CCTA  949

seq1  AAGATGTGAGTGAGTCTGCTGAGAACAGGCAGGTGGCCTGCCCCTTTGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AAGATGTGAGTGAGTCTGCTGAGAACAGGCAGG-GGCCTGCCCC-TTGAC  997

seq1  CCACAAGAAAATCTGCTCTTCCCAAACATCATGTAAGACGGGAACCTTTG  1050
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CCACAAG-AAATCTGCTCTTCCCAAACATCATGT-AGACGGGAACTTTTG  1045

seq1  AAA-TGTTTGCCTTTGAAGGAAGAAATTTTGTTTTATCTTGGCATGCTCA  1099
      ||| ||||||| || ||||||||||   |||||||||  |||||||||| 
seq2  AAATTGTTTGCTTTGGAAGGAAGAA---TTGTTTTATTCTGGCATGCTC-  1091

seq1  TAATTATCTATAAAAAAAGCA  1120
        ||||||| |||||||||||
seq2  -TATTATCT-TAAAAAAAGCA  1110