BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044E01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 139,590,368 - 139,734,318
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667686, EG623818, Nr5a2, Rnu7-ps3, LOC100042567
Downstream geneLOC100043143, Ptprc, LOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600, Nek7, LOC545363, LOC667745, Lhx9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044E01.bB6Ng01-044E01.g
ACCDH870062DH870063
length1,141244
definitionDH870062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044E01, 5' end.DH870063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,590,368 - 139,591,516)(139,734,075 - 139,734,318)
sequence
gaattctattgccactaaaaacaaaaacaaacaaacaaaacaacaaaata
agctacgattttaatacagaggataaaacagatgatgtggcctcagcctt
agcaacaaacacaacaccacagaatcaagttgaataatcaaaatgtagat
gctcctgtctaacttcttttcctttttcaaaaagtgatttcttttctgta
attatgcacctgctttctttgtttagatttatttttatttagtaagcata
aagaataagaatggcaaaggaggcacaatccaccggctaaacatttggat
tattaactatacttattacttatgtttctatatgaaacttcattaaggtt
ttattactgtgaagatacaccagtcaacccttataaagccaagcatttaa
taggggctgatttcatgtttaagaggttaaatctattatcatcatggcag
gaagaatggcagcatccaggcagacctggtattggaggagccaatagttc
tacatctttatccaaaggcagccaggagaagattgtcttctgcagatggc
caggaggagagtggattccacactgggtagaacctgaggaaacctcaatg
gccatctacacactgacaaacttgctttaacaaggtcttaccacttccaa
caaggacacaccttctaatagtgcaactccctatggccaagcattccaat
acatgaatctatgggagccaaacctattcaaaccaccatagcaacttaaa
attactgggtagattaattaattaaaataaaccatggaaatagaggagag
acaagttgggaagagaaaagagatacacaaaaatagaagatacgagaagg
gaatgagaatacggtcaaaatatattatatctatttatgcaaatgtcaca
ggaaaccataattaatagttatagtaatttttaaagctataaacatatat
gtaaacacacagatggagagtagcatgcataatttctctctttaaatatt
gtatgtgtaaaatatgtgtgcccacatgagtttttgtgcagcatttatgc
agtgcttatgcaagccagagatgttggatcttccaggacttgaatgacag
gacttgtgagttactgggactgaatctgggttcctctgcaa
aagattgtcatttaatgagttgtgagggacaatgaacatgagtagtcact
aggagaccactcttgcaattaagtcatatggcaagctaagcgaaatagaa
tgagaataatgaacagatccacagcttataattattaagatttcccactt
tgtatattttacaggaaccaacagattatcttgctaataaaagaacgact
atctgtatgcttggattttgtgtggtggtatggggttgtaggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_139590368_139591516
seq2: B6Ng01-044E01.b_28_1168

seq1  GAATTCTATTGCCACTAAAAACAAAAACAAACAAACAAAACAACAAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGCCACTAAAAACAAAAACAAACAAACAAAACAACAAAATA  50

seq1  AGCTACGATTTTAATACAGAGGATAAAACAGATGATGTGGCCTCAGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACGATTTTAATACAGAGGATAAAACAGATGATGTGGCCTCAGCCTT  100

seq1  AGCAACAAACACAACACCACAGAATCAAGTTGAATAATCAAAATGTAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAACACAACACCACAGAATCAAGTTGAATAATCAAAATGTAGAT  150

seq1  GCTCCTGTCTAACTTCTTTTCCTTTTTCAAAAAGTGATTTCTTTTCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGTCTAACTTCTTTTCCTTTTTCAAAAAGTGATTTCTTTTCTGTA  200

seq1  ATTATGCACCTGCTTTCTTTGTTTAGATTTATTTTTATTTAGTAAGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCACCTGCTTTCTTTGTTTAGATTTATTTTTATTTAGTAAGCATA  250

seq1  AAGAATAAGAATGGCAAAGGAGGCACAATCCACCGGCTAAACATTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAGAATGGCAAAGGAGGCACAATCCACCGGCTAAACATTTGGAT  300

seq1  TATTAACTATACTTATTACTTATGTTTCTATATGAAACTTCATTAAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACTATACTTATTACTTATGTTTCTATATGAAACTTCATTAAGGTT  350

seq1  TTATTACTGTGAAGATACACCAGTCAACCCTTATAAAGCCAAGCATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTGTGAAGATACACCAGTCAACCCTTATAAAGCCAAGCATTTAA  400

seq1  TAGGGGCTGATTTCATGTTTAAGAGGTTAAATCTATTATCATCATGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTGATTTCATGTTTAAGAGGTTAAATCTATTATCATCATGGCAG  450

seq1  GAAGAATGGCAGCATCCAGGCAGACCTGGTATTGGAGGAGCCAATAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATGGCAGCATCCAGGCAGACCTGGTATTGGAGGAGCCAATAGTTC  500

seq1  TACATCTTTATCCAAAGGCAGCCAGGAGAAGATTGTCTTCTGCAGATGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTTATCCAAAGGCAGCCAGGAGAAGATTGTCTTCTGCAGATGGC  550

seq1  CAGGAGGAGAGTGGATTCCACACTGGGTAGAACCTGAGGAAACCTCAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAGAGTGGATTCCACACTGGGTAGAACCTGAGGAAACCTCAATG  600

seq1  GCCATCTACACACTGACAAACTTGCTTTAACAAGGTCTTACCACTTCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTACACACTGACAAACTTGCTTTAACAAGGTCTTACCACTTCCAA  650

seq1  CAAGGACACACCTTCTAATAGTGCAACTCCCTATGGCCAAGCATTCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACACACCTTCTAATAGTGCAACTCCCTATGGCCAAGCATTCCAAT  700

seq1  ACATGAATCTATGGGAGCCAAACCTATTCAAACCACCATAGCAACTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAATCTATGGGAGCCAAACCTATTCAAACCACCATAGCAACTTAAA  750

seq1  ATTACTGGGTAGATTAATTAATTAAAATAAACCATGGAAATAGAGGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGGGTAGATTAATTAATTAAAATAAACCATGGAAATAGAGGAGAG  800

seq1  ACAAGTTGGGAAGAGAAAAGAGATACACAAAAATAGAAGATACGAGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGGGAAGAGAAAAGAGATACACAAAAATAGAAGATACGAGAAGG  850

seq1  GAATGAGAATACGGTCAAAATATATTATATCTATTTATGCAAATGTCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGAATACGGTCAAAATATATTATATCTATTTATGCAAATGTCACA  900

seq1  GGGAAACCATAATTAATAGTTATAGTAATTTTTAAAGCTATAAACATATA  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGAAACCATAATTAATAGTTATAGTAATTTTTAAAGCTATAAACATATA  949

seq1  TGTAAACACACAGGATGGAGAGGTAGCATGCATAATTTCTCTCTTTTAAA  1000
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTAAACACACA-GATGGAGA-GTAGCATGCATAATTTCTCTC-TTTAAA  996

seq1  TATTGTATGTGT-ATATATGTGTGCCCACATGAGTTTATGTGCAGCATTT  1049
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TATTGTATGTGTAAAATATGTGTGCCCACATGAGTTTTTGTGCAGCA-TT  1045

seq1  TATGCAAGTGCTTATGCAAGCCAGAGGATGTTGGATCTTCCAGGACTGGA  1099
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATGC-AGTGCTTATGCAAGCCAGA-GATGTTGGATCTTCCAGGACTTGA  1093

seq1  ATGACAGGGACTTGTGAGTTACCTGGGAACTGAATCTGGG-TCCTCTGCA  1148
      |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  ATGACA-GGACTTGTGAGTTA-CTGGG-ACTGAATCTGGGTTCCTCTGCA  1140

seq1  A  1149
      |
seq2  A  1141

seq1: chr1_139734075_139734318
seq2: B6Ng01-044E01.g_72_315 (reverse)

seq1  TACCTACAACCCCATACCACCACACAAAATCCAAGCATACAGATAGTCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACAACCCCATACCACCACACAAAATCCAAGCATACAGATAGTCGT  50

seq1  TCTTTTATTAGCAAGATAATCTGTTGGTTCCTGTAAAATATACAAAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATTAGCAAGATAATCTGTTGGTTCCTGTAAAATATACAAAGTGG  100

seq1  GAAATCTTAATAATTATAAGCTGTGGATCTGTTCATTATTCTCATTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTTAATAATTATAAGCTGTGGATCTGTTCATTATTCTCATTCTAT  150

seq1  TTCGCTTAGCTTGCCATATGACTTAATTGCAAGAGTGGTCTCCTAGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTTAGCTTGCCATATGACTTAATTGCAAGAGTGGTCTCCTAGTGAC  200

seq1  TACTCATGTTCATTGTCCCTCACAACTCATTAAATGACAATCTT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATGTTCATTGTCCCTCACAACTCATTAAATGACAATCTT  244