BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045K06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,428,502 - 73,565,637
singlet/doubletdoublet
Overlap genePinc, LOC672208
Upstream geneXrcc5, March4, Smarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik
Downstream geneLOC100043291, Tns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045K06.bB6Ng01-045K06.g
ACCDH871039DH871040
length1,164698
definitionDH871039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045K06, 5' end.DH871040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,428,502 - 73,429,665)(73,564,942 - 73,565,637)
sequence
gaattctccagactacagctttctcggctgtcgcataggaggaaatgctg
gcaaaccagctcaccaaaatataacacaaaagaatgaaaactctcatgtt
tctataaagcaataaacaaaacaaacaaaaggcctgtgaagctcttctag
gccccaggttaaggactaagaaatgacttgaggagctttcttgattccat
taaagctcttgtcacttagctcccacgggacagaagagcttgagaacagg
tggggctgtcttgaccagtcgatctgacccttgacctcttggatctgatc
tcaccttgcaacctccctcttggctcctcatttatcttctccagatgctg
aggctagtgggccctgatctcatgaagtctcagaagctccgtcaccatcc
ttggcagcaagtcactccatgtgttgatctcccctcgtaggaaacagctg
ccatcaagttacagaccatggctcggagccctaaagtcattctagttttc
ttgtaatgtcacgagtcagtcattcttactgtaatcttaatattcttaat
aattaattcttaaaaggaaatgaagtgtgcatgagaacagcatttagaac
atactcagttcctctacagcttggtgtattttcttccagagaccttggtt
cttcctcctctttactgttttcctttaaaaagcaaaaaaatggaatatca
gcaacatatttattgcgtcgcacttaaaacagttcttagtattgatgaga
acttcatagtctagcgctgcatctgtatcactcctgccctccccccaaac
cgcttgtgtgtccaacttctctgtcccaaatttgtcatctcatctttaat
tgttattgtttacatgtacatgtacatacacactcaacacacatatgcac
acatgtacatacatttagcactgctcatgtgtatatgcatctagggctga
ccacttgggatagacaaccttttgaaacagcccagtccctggagaaactg
cttcactctttctctcagcaaccataccccaatctaaaagtcaaccgtgc
agacttttccctctgtccgcagcagcatgccaaccagcactgcattattc
tgttaaggcaccatattgttgagatttcttgagtaacttttcccttttgt
tgtcccaggacact
gaattcagtccgtaattctaatcattaataacatcagatagattttgtta
aagagaagactgaaagataattagaaacaaagcttgatgtttcataacct
atagagcaaaccagaggggatatgtagaagggtaaagtagactgctgtgg
gattcatgagaaaggaggggcaggtacggttatcatttacttctgcctcc
tgtccacacactggtcaggcgatgctctcagctacagatcctctgagaaa
attgagggtgacgtgaatgagttagaatggataaaggacaaaggaatcgg
cacctcagaaagtctctctaatgaaagcagggcactgtagattctgccca
cgtgttgcagcattttagtcgggtagatgttctttttaatgaacctaatt
atcttgagaatcagctgtgttttagattatagtaaaaaagttatcccctt
taaaaggggtagctgatttgtctacagcatgtatttccctctagcatcta
tttcatagtgcacctactatgtgtatgaagctgggacttcaaggtgggtc
ttttacattctttcagaaatgtaatgcttatatagaatcatagaacacac
acacacatacacacacaaatgttgtcttaccattttcttaatctttgttc
aaaatctctatcatttccttctgttttgggactttgacttaaaattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73428502_73429665
seq2: B6Ng01-045K06.b_44_1207

seq1  GAATTCTCCAGACTACAGCTTTCTCGGCTGTCGCATAGGAGGAAATGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGACTACAGCTTTCTCGGCTGTCGCATAGGAGGAAATGCTG  50

seq1  GCAAACCAGCTCACCAAAATATAACACAAAAGAATGAAAACTCTCATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCAGCTCACCAAAATATAACACAAAAGAATGAAAACTCTCATGTT  100

seq1  TCTATAAAGCAATAAACAAAACAAACAAAAGGCCTGTGAAGCTCTTCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAAGCAATAAACAAAACAAACAAAAGGCCTGTGAAGCTCTTCTAG  150

seq1  GCCCCAGGTTAAGGACTAAGAAATGACTTGAGGAGCTTTCTTGATTCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGGTTAAGGACTAAGAAATGACTTGAGGAGCTTTCTTGATTCCAT  200

seq1  TAAAGCTCTTGTCACTTAGCTCCCACGGGACAGAAGAGCTTGAGAACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTCTTGTCACTTAGCTCCCACGGGACAGAAGAGCTTGAGAACAGG  250

seq1  TGGGGCTGTCTTGACCAGTCGATCTGACCCTTGACCTCTTGGATCTGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTGTCTTGACCAGTCGATCTGACCCTTGACCTCTTGGATCTGATC  300

seq1  TCACCTTGCAACCTCCCTCTTGGCTCCTCATTTATCTTCTCCAGATGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTGCAACCTCCCTCTTGGCTCCTCATTTATCTTCTCCAGATGCTG  350

seq1  AGGCTAGTGGGCCCTGATCTCATGAAGTCTCAGAAGCTCCGTCACCATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGTGGGCCCTGATCTCATGAAGTCTCAGAAGCTCCGTCACCATCC  400

seq1  TTGGCAGCAAGTCACTCCATGTGTTGATCTCCCCTCGTAGGAAACAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGCAAGTCACTCCATGTGTTGATCTCCCCTCGTAGGAAACAGCTG  450

seq1  CCATCAAGTTACAGACCATGGCTCGGAGCCCTAAAGTCATTCTAGTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAGTTACAGACCATGGCTCGGAGCCCTAAAGTCATTCTAGTTTTC  500

seq1  TTGTAATGTCACGAGTCAGTCATTCTTACTGTAATCTTAATATTCTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATGTCACGAGTCAGTCATTCTTACTGTAATCTTAATATTCTTAAT  550

seq1  AATTAATTCTTAAAAGGAAATGAAGTGTGCATGAGAACAGCATTTAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTCTTAAAAGGAAATGAAGTGTGCATGAGAACAGCATTTAGAAC  600

seq1  ATACTCAGTTCCTCTACAGCTTGGTGTATTTTCTTCCAGAGACCTTGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCAGTTCCTCTACAGCTTGGTGTATTTTCTTCCAGAGACCTTGGTT  650

seq1  CTTCCTCCTCTTTACTGTTTTCCTTTAAAAAGCAAAAAAATGGAATATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCTCTTTACTGTTTTCCTTTAAAAAGCAAAAAAATGGAATATCA  700

seq1  GCAACATATTTATTGCGTCGCACTTAAAACAGTTCTTAGTATTGATGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATATTTATTGCGTCGCACTTAAAACAGTTCTTAGTATTGATGAGA  750

seq1  ACTTCATAGTCTAGCGCTGCATCTGTATCACTCCTGCCCTCCCCCCAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATAGTCTAGCGCTGCATCTGTATCACTCCTGCCCTCCCCCCAAAC  800

seq1  CGCTTGTGTGTCCAACTTCTCTGTCCCAAATTTGTCATCTCATCTTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGTGTGTCCAACTTCTCTGTCCCAAATTTGTCATCTCATCTTTAAT  850

seq1  TGTTATTG-TTACATGTACATGTACATACACACTC-ACACACATATGCAC  898
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTTATTGTTTACATGTACATGTACATACACACTCAACACACATATGCAC  900

seq1  ACATGTACATACATTTAGCACTGCTCATGTGTATATGCATCTAGGGCTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACATACATTTAGCACTGCTCATGTGTATATGCATCTAGGGCTGA  950

seq1  CCACTTGGGATTAGACAACC-TTTGAAACAGCCCAGTCCCTGGAGAAAAC  997
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCACTTGGGA-TAGACAACCTTTTGAAACAGCCCAGTCCCTGGAG-AAAC  998

seq1  TGCTCCACTCTTTCTCTCAGCAACCATACCCCAATCTAAAAGTCAAACCG  1047
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTTCACTCTTTCTCTCAGCAACCATACCCCAATCTAAAAGTC-AACCG  1047

seq1  TGCAGACTTT--CCTCTGTCCGCAGCAGCATGCCAACCAGCACTGCCATT  1095
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCAGACTTTTCCCTCTGTCCGCAGCAGCATGCCAACCAGCACTG-CATT  1096

seq1  ATTCTGTTTAGGCAACCATATTGTTGAGATTTCTTGAGTACATTTTCCCT  1145
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  ATTCTGTTAAGGC-ACCATATTGTTGAGATTTCTTGAGTAACTTTTCCCT  1145

seq1  TTTGTATCCACAGGACACT  1164
      |||||   | |||||||||
seq2  TTTGTTGTCCCAGGACACT  1164

seq1: chr1_73564942_73565637
seq2: B6Ng01-045K06.g_70_767 (reverse)

seq1  TAAA-TTTAAGTCAAAGT-CCAAAACAGAAGGAAATGATAGAGATTTTGA  48
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTAAGTCAAAGTCCCAAAACAGAAGGAAATGATAGAGATTTTGA  50

seq1  ACAAAGATTAAGAAAATGGTAAGACAACATTTGTGTGTGTATGTGTGTGT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATTAAGAAAATGGTAAGACAACATTTGTGTGTGTATGTGTGTGT  100

seq1  GTGTTCTATGATTCTATATAAGCATTACATTTCTGAAAGAATGTAAAAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTATGATTCTATATAAGCATTACATTTCTGAAAGAATGTAAAAGA  150

seq1  CCCACCTTGAAGTCCCAGCTTCATACACATAGTAGGTGCACTATGAAATA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTGAAGTCCCAGCTTCATACACATAGTAGGTGCACTATGAAATA  200

seq1  GATGCTAGAGGGAAATACATGCTGTAGACAAATCAGCTACCCCTTTTAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAGAGGGAAATACATGCTGTAGACAAATCAGCTACCCCTTTTAAA  250

seq1  GGGGATAACTTTTTTACTATAATCTAAAACACAGCTGATTCTCAAGATAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAACTTTTTTACTATAATCTAAAACACAGCTGATTCTCAAGATAA  300

seq1  TTAGGTTCATTAAAAAGAACATCTACCCGACTAAAATGCTGCAACACGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTCATTAAAAAGAACATCTACCCGACTAAAATGCTGCAACACGTG  350

seq1  GGCAGAATCTACAGTGCCCTGCTTTCATTAGAGAGACTTTCTGAGGTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAATCTACAGTGCCCTGCTTTCATTAGAGAGACTTTCTGAGGTGCC  400

seq1  GATTCCTTTGTCCTTTATCCATTCTAACTCATTCACGTCACCCTCAATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTTGTCCTTTATCCATTCTAACTCATTCACGTCACCCTCAATTT  450

seq1  TCTCAGAGGATCTGTAGCTGAGAGCATCGCCTGACCAGTGTGTGGACAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGGATCTGTAGCTGAGAGCATCGCCTGACCAGTGTGTGGACAGG  500

seq1  AGGCAGAAGTAAATGATAACCGTACCTGCCCCTCCTTTCTCATGAATCCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAGTAAATGATAACCGTACCTGCCCCTCCTTTCTCATGAATCCC  550

seq1  ACAGCAGTCTACTTTACCCTTCTACATATCCCCTCTGGTTTGCTCTATAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTCTACTTTACCCTTCTACATATCCCCTCTGGTTTGCTCTATAG  600

seq1  GTTATGAAACATCAAGCTTTGTTTCTAATTATCTTTCAGTCTTCTCTTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGAAACATCAAGCTTTGTTTCTAATTATCTTTCAGTCTTCTCTTTA  650

seq1  ACAAAATCTATCTGATGTTATTAATGATTAGAATTTCGGACTGAATTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAAAATCTATCTGATGTTATTAATGATTAGAATTACGGACTGAATTC  698