BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046I10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 155,716,040 - 155,796,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul
Upstream geneSmg7, EG668097, Nmnat2, Lamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik
Downstream geneLOC100043359, Cacna1e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046I10.bB6Ng01-046I10.g
ACCDH871660DH871661
length1,1201,095
definitionDH871660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046I10, 5' end.DH871661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,795,617 - 155,796,731)(155,716,040 - 155,717,147)
sequence
gaattcacttgtcttagtcagggtttctatccctgcacaaaacatcatga
ccaagaagcaagttggggaggaaaggattttttcagcttacatttatgca
ttgctgttcatcaccaaacaaagtcaggactggaactcaagctggtcaag
ctgatgcagaggccatggaggcatgttacttactgacttgctcagcttct
ttattatagaactcaagactcccagaccagggatggcaccacccataatg
ggctatgccctcctccccattgatcactaattaagaaaatgccttacagc
tggatctcatggaggtccttcctcaagggaggctcctttctctgtgataa
ctgcagcttgtgtcaagttgacacacaaagccagtcaggtcaccactgta
gccacgatacagggatggggacggataaggatccaattagaggaagagct
ttcactgccaacagatcggtaacctgcgtgtagtcttaatcaagacccca
gagaggtctttgtttgccagaagctgagcttcctcatgggtgctgtggtt
gctggcttctgcttagcgccagcaccagggttttcctctgggttccttct
ctgagtcctagctaaaaatatatgcaagggccagagaggcaccagggtgg
catgcctgccaccaagcctggtaacctgagctcaggctacaggagccaca
tagagggagaaagccaggtcctatgtggggtgtcctctgccttccatagt
gcatgccatggccaaatacatgcccacatacatacacccactaaagggca
ctaaataattggacgaaaccataataaccacttggataagtttgagaatc
gttggcaaaaagcagaagtggaccatgtccaagcagctcccatcaatcca
atccgacctggtttctatatctatcagataactcgacgcttcagctgaga
aatgggatgcagacagtaagtcagacagtgggaacaagccagacaccaaa
tgcagctgaaaaggagtccggtacgttctgactcatctgatagaggctag
cagtctacacagactgagtcagaccgactcatgtccactgcatcctattg
ggagctattggatcagttca
gaattcactctgtatttctgtattccaggctggcctcaaactctcagatc
tgcctgcctctacctcccgagtgctgtgattaaaggtgtgtgccaccata
gcccggctgctgctggcaactaccctaacctgggtcttctctcattaata
actcaggctagtgaaatactctttaggctctgggaggacaggagtgtgtc
attgcagttaataaactcatttgaaattaattctgaggaccccctcccca
ttttatcacctaatggaagcagacaagtggcactggctatgcctggggta
ttcagaaatatgggggatctcagatgaaggaggcaggtctgactggagtg
gagaacctcgtggacttctgtggtgtctggccaatctgctaatgattcac
catgtctggcttccagctcgggttccgtgggtagtgtctggtttgggatg
agcgattcctatcttcaaagtcctaagaccaggatgctcatgtttgaatg
aacagcacacagccttgatgttaagccaacgtgcagaactaaatttcacc
aagggaacgttctgtggggttacttgtcctgcatacgtgctgctctcaac
cttgaacttctagtgccctgctgaatgttctgttcccctcctccagctgc
tgacacccccatcccagcttccaggaagttgagagatgaaagtggtggtc
aagagatggatgattgtctacatgtactctcacatttaccccgtccccag
acctacagccctgaggcacaagaagtgccattgctaacgggaaaacacta
ccattcctggtgttacagtgggaaccgggtagagctcggatgctctgaag
catgtctgtctgctcatgggaaactgtggagccgcagaggtggcaacttt
tacccagggcagctcaggatttcccagagcaaagacaacacccacagact
gactaccaggactctctctctggtgctttgtcatcatactcatgtacttc
tgtctggaggcactttctggagtgccaacacacacataccaccttttttt
tgctattacatcatgagttttctttacatcttttcatggctaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_155795617_155796731
seq2: B6Ng01-046I10.b_81_1163 (reverse)

seq1  TGAACTGATTTCCAAATAGGCTCCCATTTAGAGATGCCAGTGGGACATGA  50
      |||||||||   | |||| |||||||  ||| |||| |||| ||||||||
seq2  TGAACTGAT---CCAATA-GCTCCCA-ATAG-GATG-CAGT-GGACATGA  42

seq1  TGTCGGGGTCTTGACTCAGTCTGGTGTAGACTGCTAGGCTCCTTCCTATC  100
       |||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||     |||||
seq2  -GTC--GGTC-TGACTCAGTCT-GTGTAGACTGCTAGCCT-----CTATC  82

seq1  AGATGAGTTCAGGAACCGTACCCGGACTCCCTTTTCAGGCTGCATTTGGT  150
      ||||||| ||||  | |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  AGATGAG-TCAG--AACGTA-CCGGACT-CCTTTTCA-GCTGCATTTGGT  126

seq1  GTCTGGCTTTGTTCCCACTGTCTTGACTTACTTGTCCTGCATCCCATTTC  200
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  GTCTGGC-TTGTTCCCACTGTC-TGACTTAC-TGT-CTGCATCCCATTTC  172

seq1  TCAGCCTGAAGCCTTCGAGTTTATCTGATAGATAATAGAAACCAGGTCGG  250
      |||| |||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCAG-CTGAAG-CGTCGAG-TTATCTGATAGAT-ATAGAAACCAGGTCGG  218

seq1  ATTGGATTGATGGGAGCTGCTTGGACATGGTCCACTTCTGCCTTTTTGCC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTGGATTGATGGGAGCTGCTTGGACATGGTCCACTTCTG-CTTTTTGCC  267

seq1  AACGATTCTCAAACTTATCCAAGTGGTTATTATGGTTTCGTCCAATTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATTCTCAAACTTATCCAAGTGGTTATTATGGTTTCGTCCAATTATT  317

seq1  TAGTGCCC-TTAGTGGGTGTATGTATGTGGGCATGTATTTGGCCATGGCA  399
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCCTTTAGTGGGTGTATGTATGTGGGCATGTATTTGGCCATGGCA  367

seq1  TGCACTATGGAAGGCAGAGGACACCCCACATAGGACCTGGCTTTCTCCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTATGGAAGGCAGAGGACACCCCACATAGGACCTGGCTTTCTCCCT  417

seq1  CTATGTGGCTCCTGTAGCCTGAGCTCAGGTTACCAGGCTTGGTGGCAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGGCTCCTGTAGCCTGAGCTCAGGTTACCAGGCTTGGTGGCAGGC  467

seq1  ATGCCACCCTGGTGCCTCTCTGGCCCTTGCATATATTTTTAGCTAGGACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACCCTGGTGCCTCTCTGGCCCTTGCATATATTTTTAGCTAGGACT  517

seq1  CAGAGAAGGAACCCAGAGGAAAACCCTGGTGCTGGCGCTAAGCAGAAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGGAACCCAGAGGAAAACCCTGGTGCTGGCGCTAAGCAGAAGCC  567

seq1  AGCAACCACAGCACCCATGAGGAAGCTCAGCTTCTGGCAAACAAAGACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACAGCACCCATGAGGAAGCTCAGCTTCTGGCAAACAAAGACCT  617

seq1  CTCTGGGGTCTTGATTAAGACTACACGCAGGTTACCGATCTGTTGGCAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGGTCTTGATTAAGACTACACGCAGGTTACCGATCTGTTGGCAGT  667

seq1  GAAAGCTCTTCCTCTAATTGGATCCTTATCCGTCCCCATCCCTGTATCGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCTTCCTCTAATTGGATCCTTATCCGTCCCCATCCCTGTATCGT  717

seq1  GGCTACAGTGGTGACCTGACTGGCTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAGTGGTGACCTGACTGGCTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTG  767

seq1  CAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCCCTTGAGGAAGGACCTCCATGAGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCCCTTGAGGAAGGACCTCCATGAGAT  817

seq1  CCAGCTGTAAGGCATTTTCTTAATTAGTGATCAATGGGGAGGAGGGCATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTAAGGCATTTTCTTAATTAGTGATCAATGGGGAGGAGGGCATA  867

seq1  GCCCATTATGGGTGGTGCCATCCCTGGTCTGGGAGTCTTGAGTTCTATAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTATGGGTGGTGCCATCCCTGGTCTGGGAGTCTTGAGTTCTATAA  917

seq1  TAAAGAAGCTGAGCAAGTCAGTAAGTAACATGCCTCCATGGCCTCTGCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAGCTGAGCAAGTCAGTAAGTAACATGCCTCCATGGCCTCTGCAT  967

seq1  CAGCTTGACCAGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTTGTTTGGTGATGAACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGACCAGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTTGTTTGGTGATGAACAG  1017

seq1  CAATGCATAAATGTAAGCTGAAAAAATCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCATAAATGTAAGCTGAAAAAATCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCT  1067

seq1  TGGTCATGATGTTTTG  1115
      ||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGATGTTTTG  1083

seq1: chr1_155716040_155717147
seq2: B6Ng01-046I10.g_66_1160

seq1  GAATTCACTCTGTATTTCTGTATTCCAGGCTGGCCTCAAACTCTCAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTATTTCTGTATTCCAGGCTGGCCTCAAACTCTCAGATC  50

seq1  TGCCTGCCTCTACCTCCCGAGTGCTGTGATTAAAGGTGTGTGCCACCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTCTACCTCCCGAGTGCTGTGATTAAAGGTGTGTGCCACCATA  100

seq1  GCCCGGCTGCTGCTGGCAACTACCCTAACCTGGGTCTTCTCTCATTAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGCTGCTGCTGGCAACTACCCTAACCTGGGTCTTCTCTCATTAATA  150

seq1  ACTCAGGCTAGTGAAATACTCTTTAGGCTCTGGGAGGACAGGAGTGTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGCTAGTGAAATACTCTTTAGGCTCTGGGAGGACAGGAGTGTGTC  200

seq1  ATTGCAGTTAATAAACTCATTTGAAATTAATTCTGAGGACCCCCTCCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGTTAATAAACTCATTTGAAATTAATTCTGAGGACCCCCTCCCCA  250

seq1  TTTTATCACCTAATGGAAGCAGACAAGTGGCACTGGCTATGCCTGGGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCACCTAATGGAAGCAGACAAGTGGCACTGGCTATGCCTGGGGTA  300

seq1  TTCAGAAATATGGGGGATCTCAGATGAAGGAGGCAGGTCTGACTGGAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAATATGGGGGATCTCAGATGAAGGAGGCAGGTCTGACTGGAGTG  350

seq1  GAGAACCTCGTGGACTTCTGTGGTGTCTGGCCAATCTGCTAATGATTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTCGTGGACTTCTGTGGTGTCTGGCCAATCTGCTAATGATTCAC  400

seq1  CATGTCTGGCTTCCAGCTCGGGTTCCGTGGGTAGTGTCTGGTTTGGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGGCTTCCAGCTCGGGTTCCGTGGGTAGTGTCTGGTTTGGGATG  450

seq1  AGCGATTCCTATCTTCAAAGTCCTAAGACCAGGATGCTCATGTTTGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATTCCTATCTTCAAAGTCCTAAGACCAGGATGCTCATGTTTGAATG  500

seq1  AACAGCACACAGCCTTGATGTTAAGCCAACGTGCAGAACTAAATTTCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCACACAGCCTTGATGTTAAGCCAACGTGCAGAACTAAATTTCACC  550

seq1  AAGGGAACGTTCTGTGGGGTTACTTGTCCTGCATACGTGCTGCTCTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACGTTCTGTGGGGTTACTTGTCCTGCATACGTGCTGCTCTCAAC  600

seq1  CTTGAACTTCTAGTGCCCTGCTGAATGTTCTGTTCCCCTCCTCCAGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTTCTAGTGCCCTGCTGAATGTTCTGTTCCCCTCCTCCAGCTGC  650

seq1  TGACACCCCCATCCCAGCTTCCAGGAAGTTGAGAGATGAAAGTGGTGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCCCCATCCCAGCTTCCAGGAAGTTGAGAGATGAAAGTGGTGGTC  700

seq1  AAGAGATGGATGATTGTCTACATGTACTCTCACATTTACCCCGTCCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGGATGATTGTCTACATGTACTCTCACATTTACCCCGTCCCCAG  750

seq1  ACCTACAGCCCTGAGGCACAAGAAGTGCCATTGCTAACGGGAAAACACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACAGCCCTGAGGCACAAGAAGTGCCATTGCTAACGGGAAAACACTA  800

seq1  CCATTCCTGGTGTTACAGTGGGAACCGGGTAGAGCTCGGATGCTCTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCTGGTGTTACAGTGGGAACCGGGTAGAGCTCGGATGCTCTGAAG  850

seq1  CATGTCTGTCTGCTCATGGGAAACTGTGGAGCCGCAGAGGTGGCCACTTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGTCTGTCTGCTCATGGGAAACTGTGGAGCCGCAGAGGTGGCAACTTT  900

seq1  TACCCAGGGCAGCTCAGGATTTCCCAGAGCAAAGACAACAACCAACAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||
seq2  TACCCAGGGCAGCTCAGGATTTCCCAGAGCAAAGACAACACCCA--CAGA  948

seq1  CTGACTACCAGGGAACTCTCCTCTCTGGTGCTTTGTCATCATACTCATTG  1000
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGACTACCAGG--ACTCT-CTCTCTGGTGCTTTGTCATCATACTCA-TG  994

seq1  TACTTCTGTCTGGAGGCACTTTCTGGAGGTGCACACACACACATACACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||
seq2  TACTTCTGTCTGGAGGCACTTTCTGGA-GTGCCAACACACACATAC-CAC  1042

seq1  TTTTTTTTTTGTCTATTACAATCATGAGGTTTTCTTACCATCTTTTCATT  1100
       ||||||||   ||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| |
seq2  CTTTTTTTT--GCTATTAC-ATCATGA-GTTTTCTTTACATCTTTTCA-T  1087

seq1  GGCTAAAA  1108
      ||||||||
seq2  GGCTAAAA  1095