BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 87,593,343 - 87,741,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSp100, A630001G21Rik, Cab39
Upstream geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338, Sp110, Sp140
Downstream geneItm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1, Htr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik, LOC100040414, Ptma, Pde6d, Cops7b, Nppc, 4930429A22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047J13.bB6Ng01-047J13.g
ACCDH872416DH872417
length9291,131
definitionDH872416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J13, 5' end.DH872417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,593,343 - 87,594,268)(87,739,946 - 87,741,107)
sequence
gaattcttctcaccaaagttctggctgctgcgtaggagtccaaaggttgg
gagcagagtgtgttgttatctttattagcatctaatcatgcctaaaagag
ataatatgtactatattacaaaatgtaactaattcatgtaaaaacctaat
gcatttttagttgtacaagtaagataccaaagtgggtggagggaaggtcc
cgcacggttctagaataaagtgaaatgtgtccctgcaggtccgagaatcc
ccagagaagaaaatgcggattttggaggagctgagcttcctgtggtatgt
ggcaacgctcagggcttcctggataaggagaaatttaagcaaggtgagtt
tcagatcttcggtgcctttcaaagccacagtgtagggggcaggcacctgt
gttgagggtgtctcatcccggatctagtttatgggactcgagatataggt
aatgtcatgcctgttaatgaggtgagaggttgtgaggccaaattaacaat
aagaagagggcatgagccgggctgtggtggcacgctcctttaatcccaac
acttgagaggcagagacaagcagatctctgagatcaagaccagcctggat
ttcagattgagttccaggatagcaaggacgagagaaagagagagagagag
agagagagagagagagagagagagagatcttggcattactcacctggtag
agactacctgagtctagtgccagatttctaacagccatggaattatgaag
gcacctctctctgtagatgcccaggagggaaccaacttgagtcgtatgtg
tcgagtggtactccttgtaacagtttcagcacacgaagatgacattggca
gatgccagtcaagggctgacttgtgttgtatggtggtaactcagaagagt
ctcggggtgcttgtgtttatcctgtgtct
gaattctaaaatatccaccaaactgcctaataaactgttgttaactatta
gcacacagttgctacttaatatttcataatttttctcaggaccataaagt
gaccatgaaatgaccttggtgtcacttggtcagaactgtttatgcctcat
tacaggtggccctggcccaaggtcacacacatggacaccaatccagcttg
agctcctttgtggagattactgagatctgggtatgcagggagttgatctg
cctctcacctcccaaaaatgtccctcacagaagctttttgtctgtccagt
catctactcctgaccttagactctgacttaacatcacttcctcagaaaac
ttttcctgatgtgtcatggttgtaattctacatgtgcttgtgggattatt
tagtaagttctctccttcattagactgtcagttccataaacacaaggacc
acaccacactggtatttacaacttttgaatttctggcacctaaactcttc
ctagtacatagcaagggcttagtgttaataaatacatcaatgaatggatg
aggaaaattagatgatgtgttcggggaagcatcatactcaatgttctgca
tggtatgctgtctaagaaagcttctaaccccaccccaagaattcacactg
ttcactgctgcacagggcttgtgctgtgtttcctcattaaagagggtgtt
caagaaactttgctcagttcccccaagtctcttaactgtgagagttaaac
aagagaaataaaaaagctggaattaagtttcggcctctctggagatgcag
tagtcattttactgaacccttcagtaaccatctgctgctcagcggatgtc
acatacatgtctctctgcatgtgacagtgctacaacccccttcacagcag
aaaggaaagttcagcatcatggttgcaatgcaaagaggacacattacttc
aggagttacacaaagaagcatctagcctctgtcaagagcatgtcaccttg
tagcctgctacatgcttgtaaagctgatgtccttgagtagtaccacaagg
acaggcttctatgtacaggccactgctgatcctgatccttaatgtgcttg
aaccagtcaggcactctgaactcggatggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_87593343_87594268
seq2: B6Ng01-047J13.b_46_974

seq1  GAATTCTTCTCACCAAAGTTCTGGCTGCTGCGTAGGAGTCCAAAGGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCACCAAAGTTCTGGCTGCTGCGTAGGAGTCCAAAGGTTGG  50

seq1  GAGCAGAGTGTGTTGTTATCTTTATTAGCATCTAATCATGCCTAAAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGTGTGTTGTTATCTTTATTAGCATCTAATCATGCCTAAAAGAG  100

seq1  ATAATATGTACTATATTACAAAATGTAACTAATTCATGTAAAAACCTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGTACTATATTACAAAATGTAACTAATTCATGTAAAAACCTAAT  150

seq1  GCATTTTTAGTTGTACAAGTAAGATACCAAAGTGGGTGGAGGGAAGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTTAGTTGTACAAGTAAGATACCAAAGTGGGTGGAGGGAAGGTCC  200

seq1  CGCACGGTTCTAGAATAAAGTGAAATGTGTCCCTGCAGGTCCGAGAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACGGTTCTAGAATAAAGTGAAATGTGTCCCTGCAGGTCCGAGAATCC  250

seq1  CCAGAGAAGAAAATGCGGATTTTGGAGGAGCTGAGCTTCCTGTGGTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAGAAAATGCGGATTTTGGAGGAGCTGAGCTTCCTGTGGTATGT  300

seq1  GGCAACGCTCAGGGCTTCCTGGATAAGGAGAAATTTAAGCAAGGTGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACGCTCAGGGCTTCCTGGATAAGGAGAAATTTAAGCAAGGTGAGTT  350

seq1  TCAGATCTTCGGTGCCTTTCAAAGCCACAGTGTAGGGGGCAGGCACCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTTCGGTGCCTTTCAAAGCCACAGTGTAGGGGGCAGGCACCTGT  400

seq1  GTTGAGGGTGTCTCATCCCGGATCTAGTTTATGGGACTCGAGATATAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGGTGTCTCATCCCGGATCTAGTTTATGGGACTCGAGATATAGGT  450

seq1  AATGTCATGCCTGTTAATGAGGTGAGAGGTTGTGAGGCCAAATTAACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCATGCCTGTTAATGAGGTGAGAGGTTGTGAGGCCAAATTAACAAT  500

seq1  AAGAAGAGGGCATGAGCCGGGCTGTGGTGGCACGCTCCTTTAATCCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGGGCATGAGCCGGGCTGTGGTGGCACGCTCCTTTAATCCCAAC  550

seq1  ACTTGAGAGGCAGAGACAAGCAGATCTCTGAGATCAAGACCAGCCTGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAGGCAGAGACAAGCAGATCTCTGAGATCAAGACCAGCCTGGAT  600

seq1  TTCAGATTGAGTTCCAGGATAGCAAGGACGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTGAGTTCCAGGATAGCAAGGACGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAG  650

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCTTGGCATTACTCACCTGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCTTGGCATTACTCACCTGGTAG  700

seq1  AGACTACCTGAGTCTAGTGCCAGAATTTCTAACAGCCAT-GAATTATGAA  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGACTACCTGAGTCTAGTGCCAG-ATTTCTAACAGCCATGGAATTATGAA  749

seq1  GGCACCTCTCTCTGTAGATGCCCAGGAGGGAACCAAC-TGAGTCGTATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGCACCTCTCTCTGTAGATGCCCAGGAGGGAACCAACTTGAGTCGTATGT  799

seq1  GTCGAGT-GTACTCCTTGTAACAGTTTCAGCACAGCGAGATGACATTTGC  847
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||
seq2  GTCGAGTGGTACTCCTTGTAACAGTTTCAGCACACGAAGATGACATTGGC  849

seq1  AGATGCCAGTCAAGGGCTGAC-TGTGTTGGATGGTGGTTACTCAGAAGAG  896
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  AGATGCCAGTCAAGGGCTGACTTGTGTTGTATGGTGGTAACTCAGAAGAG  899

seq1  TCTCGGGGTTGCTGTGTTTATCCTGTGTCT  926
      |||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGGGTGCTTGTGTTTATCCTGTGTCT  929

seq1: chr1_87739946_87741107
seq2: B6Ng01-047J13.g_68_1198 (reverse)

seq1  ATCCATCCAGTTTCCGAGTGCCTGACTTGTTTCAAGCACTATTCTAGGGT  50
      ||||||||   ||| ||||||||||| || ||||||||| |||  ||| |
seq2  ATCCATCCGAGTTCAGAGTGCCTGAC-TGGTTCAAGCAC-ATT-AAGGAT  47

seq1  CTGGGGATTCAGCAGTGGCCTGTACATAGAAGCCCTGTCCTTGTGGTACC  100
      | ||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CAGG---ATCAGCAGTGGCCTGTACATAGAAG-CCTGTCCTTGTGGTA-C  92

seq1  TACTCAGGGGACATCAGCCTTTAACAAGCATGGTAGCAGGCTACAAGGTG  150
      ||||||  ||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TACTCA-AGGACATCAGC--TTTACAAGCAT-GTAGCAGGCTACAAGGT-  137

seq1  GACATGCTCTTTGACAAGGAGGCTTAGATGCTTTCTCTGTTGGTAACTCC  200
      ||||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||| |||  ||||||||
seq2  GACATGCTC-TTGACA--GAGGC-TAGATGC-TTCTTTGT--GTAACTCC  180

seq1  CTTGGAAGTAATTGTGTTCCTCTTTTGCATTGCAACCATTGATGCTTGAA  250
          ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ---TGAAGTAA-TGTG-TCCTC-TTTGCATTGCAACCA-TGATGC-TGAA  222

seq1  CTTTCCTTTCTGCCTGTGAAGGGGGTTGTAGCACCTGTCACATGCAGAGA  300
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTCTG-CTGTGAAGGGGGTTGTAGCA-CTGTCACATGCAGAGA  270

seq1  GACCTTGTATGTGACATCCGCTGAGCAGCAGATGGTTACTGAAGGGTTCA  350
      || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA-CATGTATGTGACATCCGCTGAGCAGCAGATGGTTACTGAAGGGTTCA  319

seq1  GTAAAATGACTACTGCATCTCCAGAGAGGCCGAAACTTAATTCCAGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATGACTACTGCATCTCCAGAGAGGCCGAAACTTAATTCCAGCTTT  369

seq1  TTTATTTCTCTTGTTTAACTCTCACAGTTAAGAGACTTGGGGGAACTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTCTTGTTTAACTCTCACAGTTAAGAGACTTGGGGGAACTGAG  419

seq1  CAAAGTTTCTTGAACACCCTCTTTAATGAGGAAACACAGCACAAGCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTCTTGAACACCCTCTTTAATGAGGAAACACAGCACAAGCCCTG  469

seq1  TGCAGCAGTGAACAGTGTGAATTCTTGGGGTGGGGTTAGAAGCTTTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGTGAACAGTGTGAATTCTTGGGGTGGGGTTAGAAGCTTTCTTA  519

seq1  GACAGCATACCATGCAGAACATTGAGTATGATGCTTCCCCGAACACATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCATACCATGCAGAACATTGAGTATGATGCTTCCCCGAACACATCA  569

seq1  TCTAATTTTCCTCATCCATTCATTGATGTATTTATTAACACTAAGCCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTTCCTCATCCATTCATTGATGTATTTATTAACACTAAGCCCTT  619

seq1  GCTATGTACTAGGAAGAGTTTAGGTGCCAGAAATTCAAAAGTTGTAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTACTAGGAAGAGTTTAGGTGCCAGAAATTCAAAAGTTGTAAATA  669

seq1  CCAGTGTGGTGTGGTCCTTGTGTTTATGGAACTGACAGTCTAATGAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTGGTGTGGTCCTTGTGTTTATGGAACTGACAGTCTAATGAAGGA  719

seq1  GAGAACTTACTAAATAATCCCACAAGCACATGTAGAATTACAACCATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTACTAAATAATCCCACAAGCACATGTAGAATTACAACCATGAC  769

seq1  ACATCAGGAAAAGTTTTCTGAGGAAGTGATGTTAAGTCAGAGTCTAAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGAAAAGTTTTCTGAGGAAGTGATGTTAAGTCAGAGTCTAAGGT  819

seq1  CAGGAGTAGATGACTGGACAGACAAAAAGCTTCTGTGAGGGACATTTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTAGATGACTGGACAGACAAAAAGCTTCTGTGAGGGACATTTTTG  869

seq1  GGAGGTGAGAGGCAGATCAACTCCCTGCATACCCAGATCTCAGTAATCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGAGAGGCAGATCAACTCCCTGCATACCCAGATCTCAGTAATCTC  919

seq1  CACAAAGGAGCTCAAGCTGGATTGGTGTCCATGTGTGTGACCTTGGGCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGGAGCTCAAGCTGGATTGGTGTCCATGTGTGTGACCTTGGGCCA  969

seq1  GGGCCACCTGTAATGAGGCATAAACAGTTCTGACCAAGTGACACCAAGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACCTGTAATGAGGCATAAACAGTTCTGACCAAGTGACACCAAGGT  1019

seq1  CATTTCATGGTCACTTTATGGTCCTGAGAAAAATTATGAAATATTAAGTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATGGTCACTTTATGGTCCTGAGAAAAATTATGAAATATTAAGTA  1069

seq1  GCAACTGTGTGCTAATAGTTAACAACAGTTTATTAGGCAGTTTGGTGGAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGTGTGCTAATAGTTAACAACAGTTTATTAGGCAGTTTGGTGGAT  1119

seq1  ATTTTAGAATTC  1162
      ||||||||||||
seq2  ATTTTAGAATTC  1131