BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047O24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 42,084,412 - 42,241,809
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383634, LOC666582
Upstream geneLOC100041441
Downstream gene2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479, Fhl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047O24.bB6Ng01-047O24.g
ACCDH872659DH872660
length1,1301,011
definitionDH872659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047O24, 5' end.DH872660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,084,412 - 42,085,547)(42,240,789 - 42,241,809)
sequence
gaattcaaggttttcaagcttggcaacaagaaacatctcaacaactcaca
cttaagatctttaaagatgatcctgaacactaaatctaacttttctaact
gtaatataagaatagaaatggattataaacatcttaggtcaatatcaaac
cgcaacaactaagagttaaacaaactggacaatgtctattggatatagtg
cataaaatgtttgctgtgcaagtatgaagtatgagtttatattctcacca
ctcatgtaatattatcgatggttgcatgaagctttaattatggtgctctt
atagttaagacatggaagacagagacaggaagtatcctggaagattctat
gacaactggcctggcgcatgcagccatgaacagcaagagactgtgtctca
gacaagaagaaagtgaacctgtattctgacatcaggacacatgctgtgac
atgcccctgcctgcctgcacacatactcaactgcacattcaaacacacac
acacacacacaaacacatacacacacacatagattttttaatgtgttaaa
taattaaagaattccatgatctacccatgatagccatacttattgctctc
caaaccaagttccatgagcatattcattgtgtatattaatgcagctgggt
tttttttgtgatgtctctgtgtgaaaacgtgtttacaaacatatccatgc
atccatctcagtgaattatttgtctcaatcatcaacatgattttcccaac
agtactttatgaagatacagttcttagtcaattaattaatgcagagtata
aaatatttccctgatgcttcactgtttagatattgtgatataataatatg
ttaagtgggttttgtatttgaaatactgatacatttgacctgggtctgac
atcctcttccttattcaagcaaacatcccccttccttcatttccttatta
gcaggtaagaatccctttaggaggagtgccgggacacctttttcagtatc
cttgtcagttttcttaaattaatgtccatatccacttgaagtcccataga
aaattccatggacttcaaatatacctgttgttttttttctaatgatatta
cttgggaaatagcatccttcattgggtgcc
gaattctctgtgcttttccttattgggggtttctgtactgatgctgtaca
ttaacagttttatgcaaatttattatctaaaattcatatttacctccaga
ttaaaaatattaacagtgaattcttttggtatttgccttgatatgtggag
catctacccacctatgtgagcttggttgtacatgcatggttctgcccaca
caggcaaataattgatgtcatccatgatatttataggctactttggtgag
tgagtagaatatgatctgatagtcaacacagatcatataatcatgggaaa
tctaagaagagcacacacacagccacattctttttagtgtaaatttaaga
caactcacaaactgtccattcttagaagcagaattagaaaattcgttggg
aaaagtgatatgttgatcaacattaatgagtgatagactaagaagcagaa
gataaatgaggcagatgtgagtcaaagactttccttctctaggaactggt
tagggaaaggagcttaagaaaagatgcaataccagtgccaagtcgggctg
agtatagactaaatgcttttacttgctgctgtgctggtccattctacaca
ataacactcagatgaagaaaattgtgcatctctgttctttttagtggcag
caagtgctcatgatctcaaaaacatcagctctacttccatccccattgta
tctctttcaaagattaaaagcagggtcctgtcttatatgtgctgaacact
cctccctctccctttcactgacctctcccattccccttggccctactcct
ctccccctctctactggtgatattactgcagtgatgttgggaaacacaca
aacaacaatggtacagcagagcatcaattaggaagggtgagcatgagagc
aggagatctttatggagggtgagagatggatggtgatgtgttacaagatg
cactggatcctaagtcttgctcaaaggtaacaggctctgagctaattgtg
atgagggggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_42084412_42085547
seq2: B6Ng01-047O24.b_47_1176

seq1  GAATTCAAGGTTTTCAAGCTTGGCAACAAGAAACATCTCAACAACTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTTTTCAAGCTTGGCAACAAGAAACATCTCAACAACTCACA  50

seq1  CTTAAGATCTTTAAAGATGATCCTGAACACTAAATCTAACTTTTCTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGATCTTTAAAGATGATCCTGAACACTAAATCTAACTTTTCTAACT  100

seq1  GTAATATAAGAATAGAAATGGATTATAAACATCTTAGGTCAATATCAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATAAGAATAGAAATGGATTATAAACATCTTAGGTCAATATCAAAC  150

seq1  CGCAACAACTAAGAGTTAAACAAACTGGACAATGTCTATTGGATATAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAACAACTAAGAGTTAAACAAACTGGACAATGTCTATTGGATATAGTG  200

seq1  CATAAAATGTTTGCTGTGCAAGTATGAAGTATGAGTTTATATTCTCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATGTTTGCTGTGCAAGTATGAAGTATGAGTTTATATTCTCACCA  250

seq1  CTCATGTAATATTATCGATGGTTGCATGAAGCTTTAATTATGGTGCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTAATATTATCGATGGTTGCATGAAGCTTTAATTATGGTGCTCTT  300

seq1  ATAGTTAAGACATGGAAGACAGAGACAGGAAGTATCCTGGAAGATTCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTAAGACATGGAAGACAGAGACAGGAAGTATCCTGGAAGATTCTAT  350

seq1  GACAACTGGCCTGGCGCATGCAGCCATGAACAGCAAGAGACTGTGTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGGCCTGGCGCATGCAGCCATGAACAGCAAGAGACTGTGTCTCA  400

seq1  GACAAGAAGAAAGTGAACCTGTATTCTGACATCAGGACACATGCTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAAGAAAGTGAACCTGTATTCTGACATCAGGACACATGCTGTGAC  450

seq1  ATGCCCCTGCCTGCCTGCACACATACTCAACTGCACATTCAAACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCTGCCTGCCTGCACACATACTCAACTGCACATTCAAACACACAC  500

seq1  ACACACACACAAACACATACACACACACATAGATTTTTTAATGTGTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAAACACATACACACACACATAGATTTTTTAATGTGTTAAA  550

seq1  TAATTAAAGAATTCCATGATCTACCCATGATAGCCATACTTATTGCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAAGAATTCCATGATCTACCCATGATAGCCATACTTATTGCTCTC  600

seq1  CAAACCAAGTTCCATGAGCATATTCATTGTGTATATTAATGCAGCTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAAGTTCCATGAGCATATTCATTGTGTATATTAATGCAGCTGGGT  650

seq1  TTTTTTTGTGATGTCTCTGTGTGAAAACGTGTTTACAAACATATCCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTGATGTCTCTGTGTGAAAACGTGTTTACAAACATATCCATGC  700

seq1  ATCCATCTCAGTGAATTA-TTGTCTCAATCATCAACATGATTTTCCCAAC  749
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTCAGTGAATTATTTGTCTCAATCATCAACATGATTTTCCCAAC  750

seq1  AGTACTTTATGAAGATACAGTTCTTAGTCAATTAATTAATGCAGAGTATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTATGAAGATACAGTTCTTAGTCAATTAATTAATGCAGAGTATA  800

seq1  AAATATTTCCCTGATGCTTCACTGTTTTAGATATTGTGATATAATAATAT  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTCCCTGATGCTTCACTG-TTTAGATATTGTGATATAATAATAT  849

seq1  GTT-AGT-GGTTTTGTATTTG-AATACTGATTACATTTGACTTGTGTCTT  896
      ||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||| 
seq2  GTTAAGTGGGTTTTGTATTTGAAATACTGA-TACATTTGACCTGGGTCT-  897

seq1  GTACATCCTCTTCTTTATTTCTAGCAAACAATCCCCCTTCTTTCATTTTC  946
        ||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||| |
seq2  -GACATCCTCTTCCTTA-TTCAAGCAAAC-ATCCCCCTTCCTTCATTTCC  944

seq1  TTATTAGCATGTAAAGATTCCTTTTAGAGTAGTGACAGGAACACTTTTTC  996
      ||||||||| ||||  || |||||  ||| |||| | || |||| |||| 
seq2  TTATTAGCAGGTAAGAATCCCTTTAGGAGGAGTG-CCGGGACACCTTTTT  993

seq1  AAGTATCCTTGTCAGTTTTCTTAAATTTTAATTGTCATAT-CACTTGAAG  1045
       ||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||| |||||||||
seq2  CAGTATCCTTGTCAGTTTTCTTAAA--TTAATGTCCATATCCACTTGAAG  1041

seq1  TCACATAGAAAATTTTCAATGTAC-TCAAATATACCTGTTGTTTTTTTTT  1094
      || |||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||
seq2  TCCCATAGAAAA--TTCCATGGACTTCAAATATACCTGTTG--TTTTTTT  1087

seq1  TCTAATGATAATTACTGGGAAAATAGCAT-CTTCATT-TGTGCC  1136
      ||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||  |||||
seq2  TCTAATGAT-ATTACTTGGGAAATAGCATCCTTCATTGGGTGCC  1130

seq1: chr1_42240789_42241809
seq2: B6Ng01-047O24.g_68_1078 (reverse)

seq1  TGCCCCCTCATCCACATCTAGCTCAGGAGCCCTGTTTACCTCTGAGCAAG  50
      ||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||| |||||| ||||||||
seq2  TGCCCCCTCAT-CACAATTAGCTCA-GAG-CCTG-TTACCTTTGAGCAAG  46

seq1  ACCTGGGCTCCAGTGCATCTTGTTAACACATCACCATCCATCTCTCACCC  100
      || | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTTAGGATCCAGTGCATCTTG-TAACACATCACCATCCATCTCTCA-CC  94

seq1  CTCCATAAAGGATCTCCCTGCTCTCATGCTCACCCCTTCCTAATTGATGC  150
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCATAAA-GATCT-CCTGCTCTCATGCTCA-CCCTTCCTAATTGATGC  141

seq1  TCTGCTGTTACCATTGTTGTTTGTGTGTTTCCCAACATCACTGCAGTAAT  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTG-TACCATTGTTGTTTGTGTGTTTCCCAACATCACTGCAGTAAT  190

seq1  ATCACCAGTAGAGAGGGGGAGAGGAGTAGGGCCAAGGGGAATGGGAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAGTAGAGAGGGGGAGAGGAGTAGGGCCAAGGGGAATGGGAGAGG  240

seq1  TCAGTGAAAGGGAGAGGGAGGAGTGTTCAGCACATATAAGACAGGACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAAGGGAGAGGGAGGAGTGTTCAGCACATATAAGACAGGACCCT  290

seq1  GCTTTTAATCTTTGAAAGAGATACAATGGGGATGGAAGTAGAGCTGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAATCTTTGAAAGAGATACAATGGGGATGGAAGTAGAGCTGATGT  340

seq1  TTTTGAGATCATGAGCACTTGCTGCCACTAAAAAGAACAGAGATGCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGATCATGAGCACTTGCTGCCACTAAAAAGAACAGAGATGCACAA  390

seq1  TTTTCTTCATCTGAGTGTTATTGTGTAGAATGGACCAGCACAGCAGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCATCTGAGTGTTATTGTGTAGAATGGACCAGCACAGCAGCAAG  440

seq1  TAAAAGCATTTAGTCTATACTCAGCCCGACTTGGCACTGGTATTGCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCATTTAGTCTATACTCAGCCCGACTTGGCACTGGTATTGCATCT  490

seq1  TTTCTTAAGCTCCTTTCCCTAACCAGTTCCTAGAGAAGGAAAGTCTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAGCTCCTTTCCCTAACCAGTTCCTAGAGAAGGAAAGTCTTTGA  540

seq1  CTCACATCTGCCTCATTTATCTTCTGCTTCTTAGTCTATCACTCATTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATCTGCCTCATTTATCTTCTGCTTCTTAGTCTATCACTCATTAAT  590

seq1  GTTGATCAACATATCACTTTTCCCAACGAATTTTCTAATTCTGCTTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCAACATATCACTTTTCCCAACGAATTTTCTAATTCTGCTTCTAA  640

seq1  GAATGGACAGTTTGTGAGTTGTCTTAAATTTACACTAAAAAGAATGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGACAGTTTGTGAGTTGTCTTAAATTTACACTAAAAAGAATGTGGC  690

seq1  TGTGTGTGTGCTCTTCTTAGATTTCCCATGATTATATGATCTGTGTTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCTCTTCTTAGATTTCCCATGATTATATGATCTGTGTTGAC  740

seq1  TATCAGATCATATTCTACTCACTCACCAAAGTAGCCTATAAATATCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGATCATATTCTACTCACTCACCAAAGTAGCCTATAAATATCATGG  790

seq1  ATGACATCAATTATTTGCCTGTGTGGGCAGAACCATGCATGTACAACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATCAATTATTTGCCTGTGTGGGCAGAACCATGCATGTACAACCAA  840

seq1  GCTCACATAGGTGGGTAGATGCTCCACATATCAAGGCAAATACCAAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACATAGGTGGGTAGATGCTCCACATATCAAGGCAAATACCAAAAGA  890

seq1  ATTCACTGTTAATATTTTTAATCTGGAGGTAAATATGAATTTTAGATAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGTTAATATTTTTAATCTGGAGGTAAATATGAATTTTAGATAAT  940

seq1  AAATTTGCATAAAACTGTTAATGTACAGCATCAGTACAGAAACCCCCAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGCATAAAACTGTTAATGTACAGCATCAGTACAGAAACCCCCAAT  990

seq1  AAGGAAAAGCACAGAGAATTC  1021
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAGCACAGAGAATTC  1011