BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048G04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,448,039 - 56,575,081
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667237, LOC626009, 9130227L01Rik
Downstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048G04.bB6Ng01-048G04.g
ACCDH872959DH872960
length9681,041
definitionDH872959|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048G04, 5' end.DH872960|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,448,039 - 56,449,021)(56,574,023 - 56,575,081)
sequence
gaattcaatctcaaaaaataagagaatcaacctcctgaaagatgtccttt
gttctgcattgaattattaccttccttttactctcctccatacacaagga
tgaaatgtcagtggttcatggaatcaggagaaagggggcacacacccagc
aataactgaagatccttagagctgaacaaccacatgcaaacacttcatca
tgtgaacaccctgtatattcttgctctggtctcattgtatgagcaaatca
tcttgtcctaagttattcatgttagaaattctgatgcactaaccaagcac
agacataagtctatgtctaatataaggctgaaggcagggaaatagataca
tatgacacagattgtaacataaaatgacaacaagtacaatttaccaattt
gcaaggaggctgcactctttcaaggagctttcacctctgaacaaagccta
gttcatactccacaataattgctgttttattgttattgtgaaagaatgtg
ttttctcttacttaaaatattttaatacttttcttgtatatgtatgagca
ttttgcctgtgtgcatgtcaatgtaccacagggcatcatatccccttgag
ctagaaagagttacaatatagaaatttgtacaatatgatgattgggcatt
tgggtgtactgctgtatgccagtcagtgttttcctcacttcttcctatcc
agcccaccaggtttgacagatatagtcttgtgaagggtggaagaagaagg
gtaccctggcaatctcagacccaagtcttcaaccaagaggtatcaattgt
caagtgccagatgagatgagtatagagtttctggcttggtggtatgtgga
gaagaatctcagcccagatgtgcagagacgagcatttacatgtactcatc
tatcagcagcatgactcacaatatacacatcatcatgtgtgcatatgata
gctactctggtgatatcg
gaattcagagaaacatgtttagccattcatgactgacacttctaaggtta
tcttttaaagaacattaagtaatgtatccaaaagtagagaaaagtatttc
tttcagcttatacagactgttgaaacatcacactgcacctcaattatgtt
ccaattaaaataaaaaaattcaaatctgaaggggaaaaggttaagaaata
aattagaacattctggaaatttattatactgtcatgattatgatgttaaa
atgccatcattaattgagtataaaaatgatattaaacgtgttcctgtaga
agtggctattatagagttgattctgaaacagatgtcactcagacccactt
cagactcacgtgtgttccacataaatataacatgtcataaatctcttttc
aacatgaaggtcaaatacaatgtcatcaaaggtgaatacatgagccttag
tatagcagggatagtcacttgtatgggtgtggctttatgcacataatctc
tataaacttttgataatcactcttgattcttctctttttcagaggaaact
tgttcatttgacctgatggaacagtagaaggttctatatcttcctcaatg
acaatttggagtacttataattcaggctttagctatggctaaacactcac
cattactatgagttgtggagcattaacagatgctgtttgcaagccctctc
catcagagcattttctttggagatcacatttttttttcacctgcaaactg
agatgtttgctataattgagtttagcattatatgaagctaaccctggaaa
aacattttttgctctttgtgctgtgatacacttgttgtaagaattcctaa
tctagaaaggactatctgttacctcatgacagaggacctcctgaaggatc
ctacatgagaacatgcctcttagcactaggagatttactgagcaaagaga
caatctatggtgtggactaaatttttcagtggtgaaggtgcattctattg
ttacttattgctctggactatatatctagcttgggatgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56448039_56449021
seq2: B6Ng01-048G04.b_45_1012

seq1  GAATTCAATCTCAAAAAATAAGAGAATCAACCTCCTGAAAGATGTCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTCAAAAAATAAGAGAATCAACCTCCTGAAAGATGTCCTTT  50

seq1  GTTCTGCATTGAATTATTACCTTCCTTTTACTCTCCTCCATACACAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCATTGAATTATTACCTTCCTTTTACTCTCCTCCATACACAAGGA  100

seq1  TGAAATGTCAGTGGTTCATGGAATCAGGAGAAAGGGGGCACACACCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTCAGTGGTTCATGGAATCAGGAGAAAGGGGGCACACACCCAGC  150

seq1  AATAACTGAAGATCCTTAGAGCTGAACAACCACATGCAAACACTTCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTGAAGATCCTTAGAGCTGAACAACCACATGCAAACACTTCATCA  200

seq1  TGTGAACACCCTGTATATTCTTGCTCTGGTCTCATTGTATGAGCAAATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACACCCTGTATATTCTTGCTCTGGTCTCATTGTATGAGCAAATCA  250

seq1  TCTTGTCCTAAGTTATTCATGTTAGAAATTCTGATGCACTAACCAAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCCTAAGTTATTCATGTTAGAAATTCTGATGCACTAACCAAGCAC  300

seq1  AGACATAAGTCTATGTCTAATATAAGGCTGAAGGCAGGGAAATAGATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAAGTCTATGTCTAATATAAGGCTGAAGGCAGGGAAATAGATACA  350

seq1  TATGACACAGATTGTAACATAAAATGACAACAAGTACAATTTACCAATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACACAGATTGTAACATAAAATGACAACAAGTACAATTTACCAATTT  400

seq1  GCAAGGAGGCTGCACTCTTTCAAGGAGCTTTCACCTCTGAACAAAGCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAGGCTGCACTCTTTCAAGGAGCTTTCACCTCTGAACAAAGCCTA  450

seq1  GTTCATACTCCACAATAATTGCTGTTTTATTGTTATTGTGAAAGAATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATACTCCACAATAATTGCTGTTTTATTGTTATTGTGAAAGAATGTG  500

seq1  TTTTCTCTTACTTAAAATATTTTAATACTTTTCTTGTATATGTATGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTACTTAAAATATTTTAATACTTTTCTTGTATATGTATGAGCA  550

seq1  TTTTGCCTGTGTGCATGTCAATGTACCACAGGGCATCATATCCCCTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTGTGTGCATGTCAATGTACCACAGGGCATCATATCCCCTTGAG  600

seq1  CTAGAAAGAGTTACAATATAGAAA-TTGTACAATATGATGATTGGGCATT  649
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGAGTTACAATATAGAAATTTGTACAATATGATGATTGGGCATT  650

seq1  TGGGTGTACTGCTGTATGCCAGTCAGTGTTTTCCTCACTTCTTCCTATCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTACTGCTGTATGCCAGTCAGTGTTTTCCTCACTTCTTCCTATCC  700

seq1  AGCCCACCAGGTTTGACAGATATAGTCTTGTGAAGGGTGGAAGAAGAAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACCAGGTTTGACAGATATAGTCTTGTGAAGGGTGGAAGAAGAAGG  750

seq1  GTACCCTGGCAATCTCAGACCCAAGTCTTCAACCAAGAGGTAATCAATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTACCCTGGCAATCTCAGACCCAAGTCTTCAACCAAGAGGT-ATCAATTG  799

seq1  TCAATTGCCAGATGAGATGAGTATAGAGTTCCTGGCTTGGTTGGTAATGT  849
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||
seq2  TCAAGTGCCAGATGAGATGAGTATAGAGTTTCTGGCTTGG-TGGT-ATGT  847

seq1  GGAGAAGAATCTCAGCCCAAGGATGTTGCAGAGACGGAGCATTTAACAAT  899
      |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||   ||
seq2  GGAGAAGAATCTCAGCCCA--GATG-TGCAGAGAC-GAGCATTTA--CAT  891

seq1  GTACTCATCTTATCAGCAGCATGACTTCAACAAATATACAACATTCCATC  949
      ||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||| ||||  ||||
seq2  GTACTCATC-TATCAGCAGCATGAC-TCA--CAATATAC-ACAT--CATC  934

seq1  ATGTGTGCATATGATAGCTACTCTGTTGATATCG  983
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTGTGCATATGATAGCTACTCTGGTGATATCG  968

seq1: chr1_56574023_56575081
seq2: B6Ng01-048G04.g_68_1108 (reverse)

seq1  TTGCATTTCCCAAGCTAGAATTTAT-TAGTCCAGAAACCAATTAGTAACA  49
      |||||  ||||||||||||   ||| ||||||||  | |||| |||||||
seq2  TTGCA--TCCCAAGCTAGA---TATATAGTCCAG--AGCAATAAGTAACA  43

seq1  ATAGGAATGGCATCTCTCACCACTGAAAAATTCTAGTTCACACCATAGAT  99
      ||| |||| ||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||| 
seq2  ATA-GAAT-GCACCT-TCACCACTGAAAAATT-TAGTCCACACCATAGA-  88

seq1  TTGTCTCTTTGCTACAGTAAATCTCCTAGTTGCTAGGAGGCATTGTTCTC  149
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
seq2  TTGTCTCTTTGCT-CAGTAAATCTCCTAG-TGCTAAGAGGCA-TGTTCTC  135

seq1  ATGTGAGGATCCTTCAGGAGTTCCTCTGTTCATGAGGTAACAG-TAGTCC  198
      |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ATGT-AGGATCCTTCAGGAGGTCCTCTG-TCATGAGGTAACAGATAGTCC  183

seq1  TCTACTAGATTAGGAATTCTTACAACAAGTGTATCACAAGCAACAAAGAG  248
      | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  T-TTCTAGATTAGGAATTCTTACAACAAGTGTATCAC-AGC-ACAAAGAG  230

seq1  C-AAAAATGTTTTTCCAGGGTTAAGCTTCATTATATGCTAAACTCAATTA  297
      | |||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATGTTTTTCCAGGGTT-AGCTTCATATAATGCTAAACTCAATTA  279

seq1  TAGCATACATCTCAGTTTGCAGGTGAAAAAAAAAATGTGATCTCCAAAGA  347
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAACATCTCAGTTTGCAGGTG-AAAAAAAAATGTGATCTCCAAAGA  328

seq1  AAATGCTCTGATGGAGAGGGCTTGC-AACAGCATCTGTTAATGCTCCACA  396
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTCTGATGGAGAGGGCTTGCAAACAGCATCTGTTAATGCTCCACA  378

seq1  ACTCATAGTAATGGTGAGTGTTTAGCCATAGCTAAAGCCTGAATTATAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAGTAATGGTGAGTGTTTAGCCATAGCTAAAGCCTGAATTATAAG  428

seq1  TACTCCAAATTGTCATTGAGGAAGATATAGAACCTTCTACTGTTCCATCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAAATTGTCATTGAGGAAGATATAGAACCTTCTACTGTTCCATCA  478

seq1  GGTCAAATGAACAAGTTTCCTCTGAAAAAGAGAAGAATCAAGAGTGATTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAATGAACAAGTTTCCTCTGAAAAAGAGAAGAATCAAGAGTGATTA  528

seq1  TCAAAAGTTTATAGAGATTATGTGCATAAAGCCACACCCATACAAGTGAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGTTTATAGAGATTATGTGCATAAAGCCACACCCATACAAGTGAC  578

seq1  TATCCCTGCTATACTAAGGCTCATGTATTCACCTTTGATGACATTGTATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTGCTATACTAAGGCTCATGTATTCACCTTTGATGACATTGTATT  628

seq1  TGACCTTCATGTTGAAAAGAGATTTATGACATGTTATATTTATGTGGAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTCATGTTGAAAAGAGATTTATGACATGTTATATTTATGTGGAAC  678

seq1  ACACGTGAGTCTGAAGTGGGTCTGAGTGACATCTGTTTCAGAATCAACTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGAGTCTGAAGTGGGTCTGAGTGACATCTGTTTCAGAATCAACTC  728

seq1  TATAATAGCCACTTCTACAGGAACACGTTTAATATCATTTTTATACTCAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAGCCACTTCTACAGGAACACGTTTAATATCATTTTTATACTCAA  778

seq1  TTAATGATGGCATTTTAACATCATAATCATGACAGTATAATAAATTTCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATGGCATTTTAACATCATAATCATGACAGTATAATAAATTTCCA  828

seq1  GAATGTTCTAATTTATTTCTTAACCTTTTCCCCTTCAGATTTGAATTTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTCTAATTTATTTCTTAACCTTTTCCCCTTCAGATTTGAATTTTT  878

seq1  TTATTTTAATTGGAACATAATTGAGGTGCAGTGTGATGTTTCAACAGTCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAATTGGAACATAATTGAGGTGCAGTGTGATGTTTCAACAGTCT  928

seq1  GTATAAGCTGAAAGAAATACTTTTCTCTACTTTTGGATACATTACTTAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGCTGAAAGAAATACTTTTCTCTACTTTTGGATACATTACTTAAT  978

seq1  GTTCTTTAAAAGATAACCTTAGAAGTGTCAGTCATGAATGGCTAAACATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTAAAAGATAACCTTAGAAGTGTCAGTCATGAATGGCTAAACATG  1028

seq1  TTTCTCTGAATTC  1059
      |||||||||||||
seq2  TTTCTCTGAATTC  1041