BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049C19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 194,757,638 - 194,867,221
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyt14
Upstream gene3322402L07Rik, LOC100042611, Traf5, Traf5, LOC100042625, Rcor3, Kcnh1, Hhat, A730013G03Rik, Sertad4, LOC100039677
Downstream geneAA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g, LOC667208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049C19.bB6Ng01-049C19.g
ACCDH873513DH873514
length9341,043
definitionDH873513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C19, 5' end.DH873514|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(194,757,638 - 194,758,575)(194,866,150 - 194,867,221)
sequence
gaattcaaaacaattgtattcttctcacattaattgccaatgacatggtg
aaatatacatttcaaaatctgaagaaaggctaagactgcacatgttaatt
atgacatggtcagaaactaagaccattttaccagcaattgtctcaaattc
ctgctagtctaaccacctgtgatatctggggaatcttacctagttactga
caattttaaaccgggtttctgacctttcaagtatttgagccttcaagtat
ttaataaaatatacactattttcatttaaaaatttggattattgttagaa
tgttccaaagctttcttaccttggatacactcagagagcacactaccacc
cagagcctctcttgggtatgcttattgtacggcttagtggatagaggcac
acagagctcctatggggaacctctagcttaaccttgcagtggaagtgttt
gccttccattctctttcaacaagcaggcacacaggtagtgtgtggggtca
gtttcaactaaaaagacaaggacagtgctctagagaatggtaggttcaca
taaggagctgggccctgaatgaggtcattatgtaaagcattgcgtaacta
gaatgtaagtgaaagagaaacaagcttctgtgttttttcagtcaactcta
cactatgtactaagccctatttctgctcccctcttcttcctcctcttcct
ttttcgaaaggctcttctttaatccagatataacaaaaagataggagtct
ctgacactgtcagtcttatgcagtccttggtattatatatggaaaacaag
aacaaacttttataagatactctttaaattgtcttgcacgtataagctat
atgttggtgtgtgtgtatgtgtttgccatagctgtatgtctttgctatat
gcggatatgtatattgaatgttgtatgtgtttgg
gaattcttgacccaaaataaaactgtatcctcttgtttctatcagatatt
tttgttcacggtgattaaaaataattgtgtaatacaggtgtaacattagc
cctcacccttccatgatcatgggggcactgctatgaagtatcaaatgaat
ttatatttggtctcctgactaatctggaacagggcagcccacttaagttg
aaataaagactcctcactttggaggaatttatggtcttgggacccagaaa
gttgtctaaacttacacatggtaaagctttcaatttctcaaggctttttt
tttttttagctacagagaggccatcagtatgtggcaagcaacaggcagac
agaagtcagggttcgaggcaggaagctctcaccatagcatctgggcttcc
aagtttctctgacctgagtctcagctttatttctgtacttacatatttta
acttttctttttataaagcttgttaaattggagttattctccttcacaac
caaacagtagcaaataatgcagaattaattagagacagagaattctgtta
aattgtacggcttcagagtggcaaataaatttcaagtttgtaacataaaa
tcaacataactcagatatattgataaggctctgacaattacttacatttg
tatttacattaatttacattaatttttaaaaattaatatggagaggtaat
attattttgtaaaggtgaatttgttgccttttaactttatgaaacagaaa
aaagacaatgttattagaataaataatttggattataactatttccatgg
tattataatccaagaataaaggagttagtagcttttcctgtgtttttact
aagttcttacacatatattctcagaaagctgaaactgttaaaagcttagt
ttaaaatgttttccttaggctgagacatgcttagttcagtcttctcaccc
gtgatcgaacgctcataggacctcctaggctactggaaacacggcattac
actccattacatagtgcaaatgtagcaagaaataatgtatggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_194757638_194758575
seq2: B6Ng01-049C19.b_43_976

seq1  GAATTCAAAACAATTGTATTCTTCTCACATTAATTGCCAATGACATGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAATTGTATTCTTCTCACATTAATTGCCAATGACATGGTG  50

seq1  AAATATACATTTCAAAATCTGAAGAAAGGCTAAGACTGCACATGTTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACATTTCAAAATCTGAAGAAAGGCTAAGACTGCACATGTTAATT  100

seq1  ATGACATGGTCAGAAACTAAGACCATTTTACCAGCAATTGTCTCAAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATGGTCAGAAACTAAGACCATTTTACCAGCAATTGTCTCAAATTC  150

seq1  CTGCTAGTCTAACCACCTGTGATATCTGGGGAATCTTACCTAGTTACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGTCTAACCACCTGTGATATCTGGGGAATCTTACCTAGTTACTGA  200

seq1  CAATTTTAAACCGGGTTTCTGACCTTTCAAGTATTTGAGCCTTCAAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTAAACCGGGTTTCTGACCTTTCAAGTATTTGAGCCTTCAAGTAT  250

seq1  TTAATAAAATATACACTATTTTCATTTAAAAATTTGGATTATTGTTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAATATACACTATTTTCATTTAAAAATTTGGATTATTGTTAGAA  300

seq1  TGTTCCAAAGCTTTCTTACCTTGGATACACTCAGAGAGCACACTACCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAAAGCTTTCTTACCTTGGATACACTCAGAGAGCACACTACCACC  350

seq1  CAGAGCCTCTCTTGGGTATGCTTATTGTACGGCTTAGTGGATAGAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTCTCTTGGGTATGCTTATTGTACGGCTTAGTGGATAGAGGCAC  400

seq1  ACAGAGCTCCTATGGGGAACCTCTAGCTTAACCTTGCAGTGGAAGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTCCTATGGGGAACCTCTAGCTTAACCTTGCAGTGGAAGTGTTT  450

seq1  GCCTTCCATTCTCTTTCAACAAGCAGGCACACAGGTAGTGTGTGGGGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCATTCTCTTTCAACAAGCAGGCACACAGGTAGTGTGTGGGGTCA  500

seq1  GTTTCAACTAAAAAGACAAGGACAGTGCTCTAGAGAATGGTAGGTTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAACTAAAAAGACAAGGACAGTGCTCTAGAGAATGGTAGGTTCACA  550

seq1  TAAGGAGCTGGGCCCTGAATGAGGTCATTATGTAAAGCATTGCGTAACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGCTGGGCCCTGAATGAGGTCATTATGTAAAGCATTGCGTAACTA  600

seq1  GAATGTAAGTGAAAGAGAAACAAGCTTCTGTGTTTTTTCAGTCAACTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAAGTGAAAGAGAAACAAGCTTCTGTGTTTTTTCAGTCAACTCTA  650

seq1  CACTATGTACTAAGCCCTATTTCTGCTCCCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTACTAAGCCCTATTTCTGCTCCCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCT  700

seq1  TTTTCGAAAGGCTCTTCTTTAATCCAGATATAACAAAAAGATAGGAGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGAAAGGCTCTTCTTTAATCCAGATATAACAAAAAGATAGGAGTCT  750

seq1  CTGACACTGTCAGTCTTATGCAGTCCTTGGTATTATATATGGAAAACAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACTGTCAGTCTTATGCAGTCCTTGGTATTATATATGGAAAACAAG  800

seq1  AACAAACTTTTATAAGATACTCTTTAAATTGTCTTGCACGTATAAGCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTTTTATAAGATACTCTTTAAATTGTCTTGCACGTATAAGCTAT  850

seq1  ATGTTTGGTGTGTGTTGTATGTGTTTGCCATAGGCTGTATGTCTTTGCTA  900
      ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATG-TTGGTGTGTG-TGTATGTGTTTGCCATA-GCTGTATGTCTTTGCTA  897

seq1  TATGCGGTATATGTATATTGAATGTTGTATGTGTTTGG  938
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGG-ATATGTATATTGAATGTTGTATGTGTTTGG  934

seq1: chr1_194866150_194867221
seq2: B6Ng01-049C19.g_65_1107 (reverse)

seq1  ACCATACAATTATTTTCCTTGCTACCATTTTGCTACTATTGTAAATTGGA  50
      ||||||| |||||||  ||||||||   ||||| |||| |||||  ||||
seq2  ACCATAC-ATTATTT--CTTGCTAC--ATTTGC-ACTA-TGTAA--TGGA  41

seq1  GTGTAATTGCCCGTGTTTTCCCAGTAGTCTTAGGAGGTCCCTATGGAAGG  100
      |||||||   ||||||||  ||||||| | |||||||| ||||||    |
seq2  GTGTAAT--GCCGTGTTT--CCAGTAG-CCTAGGAGGT-CCTATG---AG  82

seq1  CGTTTCGATCCACGGGTTGAGAAAGACTGAACTAAGCCATGTCTCCAGCC  150
      || |||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  CG-TTCGAT-CACGGG-TGAG-AAGACTGAACTAAG-CATGTCT-CAG-C  125

seq1  CTAAGGGAAACATTTTTAAACTAAGCTTTTTAACAGTTTCAGCTTTCTGA  200
      |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAAAACA-TTTTAAACTAAGC-TTTTAACAGTTTCAGCTTTCTGA  173

seq1  GAATATATGTGTAAGAACTTAGTAAAAAACACAGGAAAAGCTACTAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATGTGTAAGAACTTAGT-AAAAACACAGGAAAAGCTACTAACTC  222

seq1  CTTTATTTCTTGGATTATAATACCATGGAAATAGTTATAATCCAAATTAT  300
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTA-TTCTTGGATTATAATACCATGGAAATAGTTATAATCCAAATTAT  271

seq1  TTATTCTAATAACATTGTCTTTTTTCTGTTTCATAAAGTTAAAAGGCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTAATAACATTGTCTTTTTTCTGTTTCATAAAGTTAAAAGGCAAC  321

seq1  AAATTCACCTTTACAAAATAATATTACCTCTCCATATTAATTTTTAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACCTTTACAAAATAATATTACCTCTCCATATTAATTTTTAAAAA  371

seq1  TTAATGTAAATTAATGTAAATACAAATGTAAGTAATTGTCAGAGCCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTAAATTAATGTAAATACAAATGTAAGTAATTGTCAGAGCCTTAT  421

seq1  CAATATATCTGAGTTATGTTGATTTTATGTTACAAACTTGAAATTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATCTGAGTTATGTTGATTTTATGTTACAAACTTGAAATTTATTT  471

seq1  GCCACTCTGAAGCCGTACAATTTAACAGAATTCTCTGTCTCTAATTAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCTGAAGCCGTACAATTTAACAGAATTCTCTGTCTCTAATTAATT  521

seq1  CTGCATTATTTGCTACTGTTTGGTTGTGAAGGAGAATAACTCCAATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTATTTGCTACTGTTTGGTTGTGAAGGAGAATAACTCCAATTTAA  571

seq1  CAAGCTTTATAAAAAGAAAAGTTAAAATATGTAAGTACAGAAATAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTATAAAAAGAAAAGTTAAAATATGTAAGTACAGAAATAAAGCT  621

seq1  GAGACTCAGGTCAGAGAAACTTGGAAGCCCAGATGCTATGGTGAGAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCAGGTCAGAGAAACTTGGAAGCCCAGATGCTATGGTGAGAGCTT  671

seq1  CCTGCCTCGAACCCTGACTTCTGTCTGCCTGTTGCTTGCCACATACTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTCGAACCCTGACTTCTGTCTGCCTGTTGCTTGCCACATACTGAT  721

seq1  GGCCTCTCTGTAGCTAAAAAAAAAAAAAGCCTTGAGAAATTGAAAGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTCTGTAGCTAAAAAAAAAAAAAGCCTTGAGAAATTGAAAGCTTT  771

seq1  ACCATGTGTAAGTTTAGACAACTTTCTGGGTCCCAAGACCATAAATTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGTAAGTTTAGACAACTTTCTGGGTCCCAAGACCATAAATTCCT  821

seq1  CCAAAGTGAGGAGTCTTTATTTCAACTTAAGTGGGCTGCCCTGTTCCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGAGGAGTCTTTATTTCAACTTAAGTGGGCTGCCCTGTTCCAGA  871

seq1  TTAGTCAGGAGACCAAATATAAATTCATTTGATACTTCATAGCAGTGCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGGAGACCAAATATAAATTCATTTGATACTTCATAGCAGTGCCC  921

seq1  CCATGATCATGGAAGGGTGAGGGCTAATGTTACACCTGTATTACACAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATCATGGAAGGGTGAGGGCTAATGTTACACCTGTATTACACAATT  971

seq1  ATTTTTAATCACCGTGAACAAAAATATCTGATAGAAACAAGAGGATACAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAATCACCGTGAACAAAAATATCTGATAGAAACAAGAGGATACAG  1021

seq1  TTTTATTTTGGGTCAAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTGGGTCAAGAATTC  1043