BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049F15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 189,309,519 - 189,469,708
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTgfb2, Rrp15, LOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17, Gpatch2
Downstream geneEsrrg, 9330162B11Rik, Ush2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049F15.bB6Ng01-049F15.g
ACCDH873640DH873641
length1,0761,009
definitionDH873640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049F15, 5' end.DH873641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049F15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(189,468,608 - 189,469,708)(189,309,519 - 189,310,536)
sequence
gaattcatttatttgtgaaccaccggtatgggggtgacagtcaaagctgt
tagtaaagataacagaaaggtatcaatgaaaatgatctcatggtctgaaa
taaaactacatttacttcatcaagctaattatgtaaactatgtaacaccc
cggcaaatgtcggtgacctggggtttgcagactgctgaatttgtcccatc
ctttgcagaatggaagcctttgtccaccctgggtgttgggtcacacttgg
tccacttgaggctcagttttccatatgcgatagcacactgactgcctggg
ggcagaaggaggcgggcagagctttcccgggcagcccagttcaactggaa
aaaatgctcacaacgtcacctgatgccactggctcccaaatatgtcctca
tctatgtggctctgccagctgctgaaccagcagggaaactcggggtcatg
gaaagaacactaaacttagaggcagaaccctggaggtgaaggcttactgc
tgcctccggctgctaacacgggccctggaacttcaacgtttggatctacc
ctgaagccctgctaccatccccaggtcagtctcccagagctaaccagcca
aagggaatgatgagtggagtcaaccacactggcccaattcaccgtaggag
ctcttccaagatggttcccactgctccccactgtgggaacttcctctgtt
tccactctatcctcacactgctgggatcagccttgtacttaatcactgtt
actccgccatcagctgccatgtttatgacatcttttggctcatagtgtgt
gcagttgctccctaagtgctgaatgaatgaatgaacgaatgaatgattaa
tgaatgacgtcagttaggatcttggcctgcagagattccagctataaaga
tgcttttgatatgcagggagagagggagagatgggcaccacagcacatga
tacagtactcagagggcctctctatatgaaacgtctacagttactatacc
ctatgtatcagcagtttaggataaaatatttattttctaccaggattagc
tagatgcagagttcccctctcctacc
gaattctaataaggacatgaaacaaagagatgctaggatgaaggaaaagg
tccctaaacattgctttcaaaaagctctttatggggccagcaagatggct
cagtaggtaaaagtgcttgcctgttccccaagtttgaacttcaggtcccc
aggtggaaagagagactcaactccagaaagtttccctctattagtcacat
gcacatgcatacatgtggagacatacacacacaagcacacatgtggacac
atacatgcacatacataatacatacatacaagcacacgtgtggacacaca
caagcacacatgtgggcatacacacatacacacaaccacacctgtgaaca
cacacatatacacaaaattacaagcacacatgtgggcacacacacacaca
cacaagcacatgtgtggacacacatacatacacacacatacacacacaca
cacacacacatacacacagactctttatggctctatatcccacataaatt
tttcaaatgcttttttcaaacacaatgtaattatttggtaagatatttaa
aaagcagtatcctatattttgcacttttctataaatagaggagataattt
acccattaattaatttaaagatattttctaatgtctactatgtggcatac
tttatgaaaaggtctacaaatagagtaaataaataaaaatccagtttcta
accctgaggggtaaggaaaattgtctacttaagtttattaaatagcttcc
tataatgtgtcctgtaaatacagatactagtggcaatacaaacagtaagt
caccatttttaaattaggaattaaaaagactagccaacagttggccatgg
aggagcgtgctgcaatctgagcacttaggttacagcagcgaatcatgaat
ctgacatgagtagctgtgtagcaaacgtgtgtctcaaacagtaacagcaa
agccactgaggagagttgggagagtcggcatgagactctttttctgtgat
cagagtagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_189468608_189469708
seq2: B6Ng01-049F15.b_45_1120 (reverse)

seq1  GGTAGGAGAAAGGGGGACTCTTGCATCTTAGCTTTAATCCTGTGTAGGAA  50
      ||||||||  ||||| |||| |||||| ||||  |||||||| |||| ||
seq2  GGTAGGAG--AGGGGAACTC-TGCATC-TAGC--TAATCCTG-GTAGAAA  43

seq1  ATAAATATTTTTATCCCCTAAAACTGGCTGAATACATAGTGTATAGTAAC  100
      ||||||| ||||||||    ||||| |||| |||||||| ||||||||||
seq2  ATAAATA-TTTTATCC---TAAACT-GCTG-ATACATAGGGTATAGTAAC  87

seq1  TGTAGACGTTTCATTATAGAGAGGCCCCTCTGAGTACTTGTATCATGTGC  150
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| 
seq2  TGTAGACGTTTCA-TATAGAGAGG-CCCTCTGAGTAC-TGTATCATGTG-  133

seq1  CTGTGGTTGGCCCATCTCTCCCTCTCTTCCCTGCATATCAAAAAGCATCT  200
      |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGTGGT--GCCCATCTCTCCCTCTC-TCCCTGCATATC-AAAAGCATCT  179

seq1  TTATAGCTTGGAATCTCTGCAGGCCAAGATTCCTAACTGACGTTCATTCA  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TTATAGC-TGGAATCTCTGCAGGCCAAGA-TCCTAACTGACG-TCATTCA  226

seq1  TTAATTCATTCATTCGTTCATTCATTCATTCAGCACTTAGGGAGCAACTG  300
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAA-TCATTCATTCGTTCATTCATTCATTCAGCACTTAGGGAGCAACTG  275

seq1  CACACACTATGAGCCAAAAGATGTCATAAACATGGCAGCTGATGGCGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTATGAGCCAAAAGATGTCATAAACATGGCAGCTGATGGCGGAG  325

seq1  TAACAGTGATTAAGTACAAGGCTGATCCCAGCAGTGTGAGGATAGAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGATTAAGTACAAGGCTGATCCCAGCAGTGTGAGGATAGAGTGG  375

seq1  AAACAGAGGAAGTTCCCACAGTGGGGAGCAGTGGGAACCATCTTGGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGGAAGTTCCCACAGTGGGGAGCAGTGGGAACCATCTTGGAAGA  425

seq1  GCTCCTACGGTGAATTGGGCCAGTGTGGTTGACTCCACTCATCATTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTACGGTGAATTGGGCCAGTGTGGTTGACTCCACTCATCATTCCCT  475

seq1  TTGGCTGGTTAGCTCTGGGAGACTGACCTGGGGATGGTAGCAGGGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGTTAGCTCTGGGAGACTGACCTGGGGATGGTAGCAGGGCTTCA  525

seq1  GGGTAGATCCAAACGTTGAAGTTCCAGGGCCCGTGTTAGCAGCCGGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATCCAAACGTTGAAGTTCCAGGGCCCGTGTTAGCAGCCGGAGGC  575

seq1  AGCAGTAAGCCTTCACCTCCAGGGTTCTGCCTCTAAGTTTAGTGTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAAGCCTTCACCTCCAGGGTTCTGCCTCTAAGTTTAGTGTTCTTT  625

seq1  CCATGACCCCGAGTTTCCCTGCTGGTTCAGCAGCTGGCAGAGCCACATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCCCGAGTTTCCCTGCTGGTTCAGCAGCTGGCAGAGCCACATAG  675

seq1  ATGAGGACATATTTGGGAGCCAGTGGCATCAGGTGACGTTGTGAGCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGACATATTTGGGAGCCAGTGGCATCAGGTGACGTTGTGAGCATTT  725

seq1  TTTCCAGTTGAACTGGGCTGCCCGGGAAAGCTCTGCCCGCCTCCTTCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTTGAACTGGGCTGCCCGGGAAAGCTCTGCCCGCCTCCTTCTGC  775

seq1  CCCCAGGCAGTCAGTGTGCTATCGCATATGGAAAACTGAGCCTCAAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCAGTCAGTGTGCTATCGCATATGGAAAACTGAGCCTCAAGTGG  825

seq1  ACCAAGTGTGACCCAACACCCAGGGTGGACAAAGGCTTCCATTCTGCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTGTGACCCAACACCCAGGGTGGACAAAGGCTTCCATTCTGCAAA  875

seq1  GGATGGGACAAATTCAGCAGTCTGCAAACCCCAGGTCACCGACATTTGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGACAAATTCAGCAGTCTGCAAACCCCAGGTCACCGACATTTGCC  925

seq1  GGGGTGTTACATAGTTTACATAATTAGCTTGATGAAGTAAATGTAGTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTTACATAGTTTACATAATTAGCTTGATGAAGTAAATGTAGTTTT  975

seq1  ATTTCAGACCATGAGATCATTTTCATTGATACCTTTCTGTTATCTTTACT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGACCATGAGATCATTTTCATTGATACCTTTCTGTTATCTTTACT  1025

seq1  AACAGCTTTGACTGTCACCCCCATACCGGTGGTTCACAAATAAATGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTTGACTGTCACCCCCATACCGGTGGTTCACAAATAAATGAATT  1075

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1076

seq1: chr1_189309519_189310536
seq2: B6Ng01-049F15.g_69_1077

seq1  GAATTCTAATAAGGACATGAAACAAAGAGATGCTAGGATGAAGGAAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATAAGGACATGAAACAAAGAGATGCTAGGATGAAGGAAAAGG  50

seq1  TCCCTAAACATTGCTTTCAAAAAGCTCTTTATGGGGCCAGCAAGATGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAACATTGCTTTCAAAAAGCTCTTTATGGGGCCAGCAAGATGGCT  100

seq1  CAGTAGGTAAAAGTGCTTGCCTGTTCCCCAAGTTTGAACTTCAGGTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGTAAAAGTGCTTGCCTGTTCCCCAAGTTTGAACTTCAGGTCCCC  150

seq1  AGGTGGAAAGAGAGACTCAACTCCAGAAAGTTTCCCTCTATTAGTCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAAAGAGAGACTCAACTCCAGAAAGTTTCCCTCTATTAGTCACAT  200

seq1  GCACATGCATACATGTGGAGACATACACACACAAGCACACATGTGGACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGCATACATGTGGAGACATACACACACAAGCACACATGTGGACAC  250

seq1  ATACATGCACATACATAATACATACATACAAGCACACGTGTGGACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCACATACATAATACATACATACAAGCACACGTGTGGACACACA  300

seq1  CAAGCACACATGTGGGCATACACACATACACACAACCACACCTGTGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACACATGTGGGCATACACACATACACACAACCACACCTGTGAACA  350

seq1  CACACATATACACAAAATTACAAGCACACATGTGGGCACACACACACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATATACACAAAATTACAAGCACACATGTGGGCACACACACACACA  400

seq1  CACAAGCACATGTGTGGACACACATACATACACACACATACACACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCACATGTGTGGACACACATACATACACACACATACACACACACA  450

seq1  CACACACACATACACACAGACTCTTTATGGCTCTATATCCCACATAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATACACACAGACTCTTTATGGCTCTATATCCCACATAAATT  500

seq1  TTTCAAATGCTTTTTTCAAACACAATGTAATTATTTGGTAAGATATTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATGCTTTTTTCAAACACAATGTAATTATTTGGTAAGATATTTAA  550

seq1  AAAGCAGTATCCTATATTTTGCACTTTTCTATAAATAGAGGAGATAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTATCCTATATTTTGCACTTTTCTATAAATAGAGGAGATAATTT  600

seq1  ACCCATTAATTAATTTAAAGATATTTTCTAATGTCTACTATGTGGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTAATTAATTTAAAGATATTTTCTAATGTCTACTATGTGGCATAC  650

seq1  TTTATGAAAAGGTCTACAAATAGAGTAAATAAATAAAAATCCAGTTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAAAAGGTCTACAAATAGAGTAAATAAATAAAAATCCAGTTTCTA  700

seq1  ACCCTGAGGGGTAAGGAAAATTGTCTACTTAAGTTTATTAAATAGCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAGGGGTAAGGAAAATTGTCTACTTAAGTTTATTAAATAGCTTCC  750

seq1  TATAATGTGTCCTGTAAATACAGATACTAGTGGCAATACAAACAGTAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGTGTCCTGTAAATACAGATACTAGTGGCAATACAAACAGTAAGT  800

seq1  CACCATTTTTAAATTAGGAATTAAAAAGACTAGCCAACAGTTGGCCATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTTTTAAATTAGGAATTAAAAAGACTAGCCAACAGTTGGCCATGG  850

seq1  AGGAGCGTGCTGCAATCTGAGCACTTAGGTTACAGCAGGCGAATCATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGAGCGTGCTGCAATCTGAGCACTTAGGTTACAGCA-GCGAATCATGAA  899

seq1  TCTGACATGAGTAGGCTGTGTAGCAAACGTGTGTCTCAAACAGTAACAGC  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATGAGTA-GCTGTGTAGCAAACGTGTGTCTCAAACAGTAACAGC  948

seq1  AAAAGCCACTGGAGGGAGAGTTGGGGAGAGTCGGCATTGAGAACTCTTTT  1000
       ||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  -AAAGCCACTG--AGGAGAGTT-GGGAGAGTCGGCA-TGAG-ACTCTTTT  992

seq1  TCTGTGGATCAGAGTAGT  1018
      ||||| ||||||||||||
seq2  TCTGT-GATCAGAGTAGT  1009