BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049I01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 62,999,314 - 63,005,931
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePard3b, LOC667592, Nrp2, LOC100043070
Downstream geneA430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215, Mdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik, LOC671842
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049I01.bB6Ng01-049I01.g
ACCDH873743DH873744
length8831,088
definitionDH873743|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049I01, 5' end.DH873744|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049I01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,005,042 - 63,005,931)(62,999,314 - 63,000,398)
sequence
gaattcaaagaccctgtaccagtggatctatacaagaccctacaaggaag
tgatcaatgaaagttctttgagttttaagtctgtataatgctgaaatctt
ctctctctaagatgtgtacttggcccagcggcgtttgccttactttggaa
tcagctatactgcattagaatctgtattctaggggtggagatgcagctga
ctggaagagcacctgccttgcatagacaaggtccttgttccctagcactg
ctgcgagcaagcgggcagtctaacaaattccccacatgggttgtgtgcac
agtgaagtttgcaacaattttgcctaagctacctgttactatgccttgaa
tagattgttccccacaggctcatgatcatgtggtccctacctggtagcac
tgttttggtccgtggtagacactttagctggaagaagtgggttcctgggg
ttgtgactttaaagattgtatctgccttctgtactctcttctctctgatt
cttgtccaccgtgaggcgagcagcctctgtcacatgcgtctactactgtg
atggttctatttcaccatggggctcacaatgaacacaaccgcagcctata
ggcagagagctctgaaacctttagggtgaaataagttattcttgccttgt
ttcttgggtattaggtgccattgatgataaacctgcataataccggtgtc
attaaaagtctctttctcttctcagacagttctgagcccacaggaaaacc
agcatgaagggcagaaacactcagctgttcccacagatccgattcactgt
cagtgatgtgtaccaaagtggtatgtttggtaatggtagtgaactcactg
tgcacatctcagttgacagatgtctttctggtg
tcccttttcttcttttgtggttggggtagaaggaagaagagcagacaggg
ttttccagcttgtatggggcgagcaggggttccaaccaaacatgagccaa
cagaaggggaaaaaaagattgctatacagaaggagagactcaccctctag
aaagctactggtggaatcagttttaaataattcttgtcctaaatctttgc
ccgtttacagagtaaacacattggtttacagtggacaagcagatttaatg
tttgggaagccacctagtgcaaaaattctcaacctttggatctcgacccc
ttgaggggggtcaaatgatacagggctctcctaaaaccttcttcatatca
gatatttatattgattcatgacagtagcaaaaatcacagtcatgaagtag
caacaaaaattatcttatggttgggggggtcaccacaacatgaggaactg
tgttaaagagttgcaacattaggaggttgagaaccactagagcctctagt
ggtgtgaagtggctctcaacaacactccccaatacccaggtcctagaaga
ggacccgcgtcaaatccttaccttattagcatgaatgatccatcaaagca
aaacagatttgaagccaaaaagtgaaaccaagagcgacgggaatgcaaga
cccccatctctctgtgcagagacctgaccctggggcactgagtacagtgc
agctaggctggcatgcaggggggcttttctgtgaggggaagctatgttgt
tcttcctcctgcacactccagcttccacagcaagatgcggtatggggaat
cgtcctcacattgctcctctctggagccttctctatgagtatacaagcaa
ggctgacctctccacgacttcacaccgcgactggcttggacaaacaaaat
aatccttggcccacctaagagaaactaacatttgtatctattggacctcc
ccccttataataactaaattatgtttcccgaatggccctcctgctggggt
tctaagtccccagggggcctttcctatccagtaacggatgcgaggctagt
gtcactctactgtgacatctagatcgggggcttctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63005042_63005931
seq2: B6Ng01-049I01.b_45_927 (reverse)

seq1  CACCAAGAAAGAACATCATGTCAACTGAAGATGTTGCACAGTGGGTTCAC  50
      |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||
seq2  CACC-AGAAAG-ACATC-TGTCAACTG-AGATG-TGCACAGTGAGTTCAC  45

seq1  CAACCATACCAAACATACCACTCTGGTACACATCACTGACAGTGAATCGG  100
       | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTACCAAACATACCACTTTGGTACACATCACTGACAGTGAATCGG  95

seq1  ATCTGTGGGAACAGCTGAGTGTTTCTGCCCTTCCTGCTTGGTTTTCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  ATCTGTGGGAACAGCTGAGTGTTTCTGCCCTTCATGC-TGGTTTTCCTGT  144

seq1  GGGCTCAGAACTGTCCTGAGAAGAGAAAGAGACTTTTAATGACACCGGTA  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGAACTGT-CTGAGAAGAGAAAGAGACTTTTAATGACACCGGTA  193

seq1  TTATGCAGGTTTATCATCAATGGCACCTAATACCCAAGAAAACAAGGCAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTATGCAGGTTTATCATCAATGGCACCTAATACCCAAG-AAACAAGGCAA  242

seq1  GAATAACTTATTTCACCCT-AAGGTTTCAGAGCTCTCTGCCTATAGGCTG  299
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTTATTTCACCCTAAAGGTTTCAGAGCTCTCTGCCTATAGGCTG  292

seq1  CGGTTGTGTTCATTGTGAGCCCCATGGTGAAATAGAACCATCACAGTAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTGTGTTCATTGTGAGCCCCATGGTGAAATAGAACCATCACAGTAGT  342

seq1  AGACGCATGTGACAGAGGCTGCTCGCCTCACGGTGGACAAGAATCAGAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCATGTGACAGAGGCTGCTCGCCTCACGGTGGACAAGAATCAGAGA  392

seq1  GAAGAGAGTACAGAAGGCAGATACAATCTTTAAAGTCACAACCCCAGGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGTACAGAAGGCAGATACAATCTTTAAAGTCACAACCCCAGGAA  442

seq1  CCCACTTCTTCCAGCTAAAGTGTCTACCACGGACCAAAACAGTGCTACCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCTTCCAGCTAAAGTGTCTACCACGGACCAAAACAGTGCTACCA  492

seq1  GGTAGGGACCACATGATCATGAGCCTGTGGGGAACAATCTATTCAAGGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGACCACATGATCATGAGCCTGTGGGGAACAATCTATTCAAGGCA  542

seq1  TAGTAACAGGTAGCTTAGGCAAAATTGTTGCAAACTTCACTGTGCACACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACAGGTAGCTTAGGCAAAATTGTTGCAAACTTCACTGTGCACACA  592

seq1  ACCCATGTGGGGAATTTGTTAGACTGCCCGCTTGCTCGCAGCAGTGCTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGTGGGGAATTTGTTAGACTGCCCGCTTGCTCGCAGCAGTGCTAG  642

seq1  GGAACAAGGACCTTGTCTATGCAAGGCAGGTGCTCTTCCAGTCAGCTGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAGGACCTTGTCTATGCAAGGCAGGTGCTCTTCCAGTCAGCTGCA  692

seq1  TCTCCACCCCTAGAATACAGATTCTAATGCAGTATAGCTGATTCCAAAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACCCCTAGAATACAGATTCTAATGCAGTATAGCTGATTCCAAAGT  742

seq1  AAGGCAAACGCCGCTGGGCCAAGTACACATCTTAGAGAGAGAAGATTTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAACGCCGCTGGGCCAAGTACACATCTTAGAGAGAGAAGATTTCA  792

seq1  GCATTATACAGACTTAAAACTCAAAGAACTTTCATTGATCACTTCCTTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATACAGACTTAAAACTCAAAGAACTTTCATTGATCACTTCCTTGT  842

seq1  AGGGTCTTGTATAGATCCACTGGTACAGGGTCTTTGAATTC  890
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTTGTATAGATCCACTGGTACAGGGTCTTTGAATTC  883

seq1: chr1_62999314_63000398
seq2: B6Ng01-049I01.g_6_1088

seq1  TTTCTTC-TTTGTGGTTGGGGTAGAAGGAAGAAGAGCAGACAGGGTTTTC  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTTTGTGGTTGGGGTAGAAGGAAGAAGAGCAGACAGGGTTTTC  50

seq1  CAGCTTGTATGGGGCGAGCAGGGGTTCCAACCAAACATGAGCCAACAGAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTATGGGGCGAGCAGGGGTTCCAACCAAACATGAGCCAACAGAA  100

seq1  GGGGAAAAAAAGATTGCTATACAGAAGGAGAGACTCACCCTCTAGAAAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAAAGATTGCTATACAGAAGGAGAGACTCACCCTCTAGAAAGC  150

seq1  TACTGGTGGAATCAGTTTTAAATAATTCTTGTCCTAAATCTTTGCCCGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTGGAATCAGTTTTAAATAATTCTTGTCCTAAATCTTTGCCCGTT  200

seq1  TACAGAGTAAACACATTGGTTTACAGTGGACAAGCAGATTTAATGTTTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTAAACACATTGGTTTACAGTGGACAAGCAGATTTAATGTTTGG  250

seq1  GAAGCCACCTAGTGCAAAAATTCTCAACCTTTGGATCTCGACCCCTTGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCACCTAGTGCAAAAATTCTCAACCTTTGGATCTCGACCCCTTGAG  300

seq1  GGGGGTCAAATGATACAGGGCTCTCCTAAAACCTTCTTCATATCAGATAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCAAATGATACAGGGCTCTCCTAAAACCTTCTTCATATCAGATAT  350

seq1  TTATATTGATTCATGACAGTAGCAAAAATCACAGTCATGAAGTAGCAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTGATTCATGACAGTAGCAAAAATCACAGTCATGAAGTAGCAACA  400

seq1  AAAATTATCTTATGGTTGGGGGGGTCACCACAACATGAGGAACTGTGTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCTTATGGTTGGGGGGGTCACCACAACATGAGGAACTGTGTTA  450

seq1  AAGAGTTGCAACATTAGGAGGTTGAGAACCACTAGAGCCTCTAGTGGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGCAACATTAGGAGGTTGAGAACCACTAGAGCCTCTAGTGGTGT  500

seq1  GAAGTGGCTCTCAACAACACTCCCCAATACCCAGGTCCTAGAAGAGGACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGCTCTCAACAACACTCCCCAATACCCAGGTCCTAGAAGAGGACC  550

seq1  CGCGTCAAATCCTTACCTTATTAGCATGAATGATCCATCAAAGCAAAACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTCAAATCCTTACCTTATTAGCATGAATGATCCATCAAAGCAAAACA  600

seq1  GATTTGAAGCC-AAAAGTG-AACCAAGAGCGAC-GGAATGCAAGACCCCC  646
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATTTGAAGCCAAAAAGTGAAACCAAGAGCGACGGGAATGCAAGACCCCC  650

seq1  ATCTCTCTGTGCAGAGACCTGACCCT-GGGCACTGAGTACAGTGCAGCTA  695
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGTGCAGAGACCTGACCCTGGGGCACTGAGTACAGTGCAGCTA  700

seq1  GGCTGGCATGCA-GGGGGCATTTCTGTGAGGGGAAGCTATGTTGTTCTTC  744
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCATGCAGGGGGGCTTTTCTGTGAGGGGAAGCTATGTTGTTCTTC  750

seq1  CTCCTGGCACACT-CAGC-TCCACAGCAAGATGCGGTAT-GGGAATCGTC  791
      ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCCT-GCACACTCCAGCTTCCACAGCAAGATGCGGTATGGGGAATCGTC  799

seq1  CTCACATTGCTCCTCTCTGGAGCC-TCTCTATCGAGTATACAAGCAAGGC  840
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCACATTGCTCCTCTCTGGAGCCTTCTCTAT-GAGTATACAAGCAAGGC  848

seq1  TGACCTCTCCACGACTTCACACAGCGACTGGCTTTGACAAACAAAATATC  890
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  
seq2  TGACCTCTCCACGACTTCACACCGCGACTGGCTTGGACAAACAAAATAAT  898

seq1  CATTGGCCAACTAAAGAGAAACTAGCATTTGTATCTATTGACACTCCTCT  940
      | |||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||   |||| | 
seq2  CCTTGGCCCACCTAAGAGAAACTAACATTTGTATCTATTGGACCTCCCCC  948

seq1  CTTTATTATTAACTAAATTATGTTTCCACGAATTGTCCTTCATGCT-GGG  989
      |||   || |||||||||||||||||| |||| || || || |||| |||
seq2  CTT--ATAATAACTAAATTATGTTTCC-CGAA-TGGCCCTCCTGCTGGGG  994

seq1  TTCTAAGTACCACAGGGGTCCTTTCCTATCCAGTAACGGATGCGAGGCTA  1039
      |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGT-CCCCAGGGGGCCTTTCCTATCCAGTAACGGATGCGAGGCTA  1043

seq1  GTGTCCACTCTTACTGTGACTATCTCAGTATCTGTGTGCTTCTCTT  1085
      |||| ||||| ||||||||| |||| || ||| | | |||||||||
seq2  GTGT-CACTC-TACTGTGAC-ATCT-AG-ATC-GGGGGCTTCTCTT  1083