BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049J18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,527,380 - 133,676,181
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9
Upstream geneC4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2, Dyrk3, Lgtn, Rassf5, Ikbke, Srgap2, LOC100042826, LOC100042821, 2700049P18Rik, Avpr1b
Downstream gene4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049J18.bB6Ng01-049J18.g
ACCDH873823DH873824
length9631,126
definitionDH873823|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049J18, 5' end.DH873824|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,675,202 - 133,676,181)(133,527,380 - 133,528,519)
sequence
gaattccagaacagccagggctatacagagaaacactgtcttgaaaaaaa
ccaaacccccacgcccccaaaaaaagaagcctaaaaggattgtaatccct
aggtgggagataagttaggcagatctctgaagcccactggccagcctagc
ctatttagtatttattagtaaagtttctgacctctataaacacgtgcaca
catacttacatgtacatatgtactgcatctacatgagcatgaatccacac
agtgacacacgatcacatatgcatacaacacaaatacatcaagtgtttct
ttgaagcaaaaagtaaaaacatgaaagttgtttacttaataaaggaaaac
attatatgaaatgctaagaatgaaatatatctgtttgtggagtttttcac
attatcttttatagttgagtcttagcttcagtgcattatggcaaaatgta
tacaaatcctttaaaatttactgagacttgctagaggacatagtatacag
tcaatttaaaaattaatttaggggctggagaaatggctgtgaggtggtac
tttgagaaggcccaggttcaattacaaggatccatacagcagctcacact
gtctctaattccagtttcgggaaatccaacaccttcacacagagttacat
gcaatacacataacattaaaaattttaaaaacttatgtgtgtataagaaa
aaggataagtgaattttaccaactgtgtaaaggtttcatacacataatgc
acatatgtacattattcacattattttgttgaacttttctgtacttgtgt
catcttttgaagcctccctttaatatctttaaatcagcatacagtgaaca
ccttcattatggcatttcatataatttgtgtttttgttggtctgcttcta
actctttcccacatctccttgaatgaatctcatcatgatggagtgacctt
ttatgttcatcca
gaattcttgtgcaacctagacaagatcaactatggaattatccagaatgt
aagtagtacatttagtgaagctcaaaagacactttcctccgaagttacag
aatgttcagttttacaaagatgtttgaaaaacaaagacctttaccaaact
tttttaaaaagttaatgcacaaaactgaagactgccgaaacaaagatgtt
cagaaagaacaaaccaccaaaattatattaatttgaagataaatcagcta
ttaaaagcccagttattagctcatatgcaatctgaattattgcttttaaa
taaatggttattctaaggaatgggtccatctgtctgtctgttcttctctg
gtcttgccatcttcccttaagtatgtctgatgagatgaaccaaagatgac
aaccacattctctaagggtccactgtatgagatctccctattgtcttaac
cacaggagtcctagcactcaggtacaacggccaccaaacctcaacactta
catggagaacacatatacaaaacttaagccagagacaccttgaagaaatg
ctacaatacaggcagcttcctacttcatgtctgagcagactcagtaccca
gctatgcagaacttctgttttggaagcatgaaggtgacatggtcacagta
attacagtcagcaaaaaatatttttctgggaaagaggagaagagagagag
agagagagagagagagagaagaaagaaagagtcgcctcccatgaagagta
caatgaaatacacacaacctaaggaagccttaaagattcatcttacatta
aaatatgttttaaaggctcacaaggaataagatatatgaaaataaatatc
taaactatcacaaggagtaattggaacatgagatacaaagagtagtagag
atcacaattattgctatataagtgtttcatagctcttcctctcagattat
ggtaaaaataggaggtgctgaacatttcatcgcagatcttttgaaactaa
aaaatataatagttgtagaaaccacaaattactgaatgtcctttatatta
atttgaaaggtaaaaacttgatctagcaccttctagacactcaaatctct
tttgaagtgttccaatttaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133675202_133676181
seq2: B6Ng01-049J18.b_44_1006 (reverse)

seq1  TGGATTGAACATAAAAAGGTCACTACATCATGATGAGATTTTCATTTCAA  50
      |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||
seq2  TGGA-TGAACAT-AAAAGGTCACTCCATCATGATGAGA--TTCA-TTCAA  45

seq1  AGGGAGATGTGGGAGAAGAGTAAGAAGGCAGACCAACCAAAAAACAACAA  100
        |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||  |||||||  ||
seq2  --GGAGATGTGGGA-AAGAGTTAGAA-GCAGACCAAC--AAAAACACAAA  89

seq1  ATATATGACAATGCCATAATGAAGGTTGTCACTTGTATGCTGATTTAAAG  150
       ||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||
seq2  TTATATGA-AATGCCATAATGAAGGTGTTCAC-TGTATGCTGATTTAAAG  137

seq1  ATATTTAAAGGGGAGGGCTCAAAAGATGACACAAGTACAGAAAAGTTCAA  200
      |||||  || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATT--AAAGGGAGGCTTCAAAAGATGACACAAGTACAGAAAAGTTCAA  185

seq1  CAAAATAATGTTGAATTAATGTACATATGTGCATTATGTGTATGAAACCT  250
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAATG-TGAA-TAATGTACATATGTGCATTATGTGTATGAAACCT  233

seq1  TTACACAGTTGGTAAAATTCACTTATCCTTTTTCTTATACACACATAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGTTGGTAAAATTCACTTATCCTTTTTCTTATACACACATAAGT  283

seq1  TTTTAAAATTTTTAATGTTATGTGTATTGCATGTAACTCTGTGTGAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATTTTTAATGTTATGTGTATTGCATGTAACTCTGTGTGAAGGT  333

seq1  GTTGGATTTCCCGAAACTGGAATTAGAGACAGTGTGAGCTGCTGTATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATTTCCCGAAACTGGAATTAGAGACAGTGTGAGCTGCTGTATGGA  383

seq1  TCCTTGTAATTGAACCTGGGCCTTCTCAAAGTACCACCTCACAGCCATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAATTGAACCTGGGCCTTCTCAAAGTACCACCTCACAGCCATTT  433

seq1  CTCCAGCCCCTAAATTAATTTTTAAATTGACTGTATACTATGTCCTCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCCCTAAATTAATTTTTAAATTGACTGTATACTATGTCCTCTAG  483

seq1  CAAGTCTCAGTAAATTTTAAAGGATTTGTATACATTTTGCCATAATGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCAGTAAATTTTAAAGGATTTGTATACATTTTGCCATAATGCAC  533

seq1  TGAAGCTAAGACTCAACTATAAAAGATAATGTGAAAAACTCCACAAACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTAAGACTCAACTATAAAAGATAATGTGAAAAACTCCACAAACAG  583

seq1  ATATATTTCATTCTTAGCATTTCATATAATGTTTTCCTTTATTAAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTCATTCTTAGCATTTCATATAATGTTTTCCTTTATTAAGTAAA  633

seq1  CAACTTTCATGTTTTTACTTTTTGCTTCAAAGAAACACTTGATGTATTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTCATGTTTTTACTTTTTGCTTCAAAGAAACACTTGATGTATTTG  683

seq1  TGTTGTATGCATATGTGATCGTGTGTCACTGTGTGGATTCATGCTCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTATGCATATGTGATCGTGTGTCACTGTGTGGATTCATGCTCATGT  733

seq1  AGATGCAGTACATATGTACATGTAAGTATGTGTGCACGTGTTTATAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGTACATATGTACATGTAAGTATGTGTGCACGTGTTTATAGAGG  783

seq1  TCAGAAACTTTACTAATAAATACTAAATAGGCTAGGCTGGCCAGTGGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAACTTTACTAATAAATACTAAATAGGCTAGGCTGGCCAGTGGGCT  833

seq1  TCAGAGATCTGCCTAACTTATCTCCCACCTAGGGATTACAATCCTTTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATCTGCCTAACTTATCTCCCACCTAGGGATTACAATCCTTTTAG  883

seq1  GCTTCTTTTTTTGGGGGCGTGGGGGTTTGGTTTTTTTCAAGACAGTGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTTTTTGGGGGCGTGGGGGTTTGGTTTTTTTCAAGACAGTGTTT  933

seq1  CTCTGTATAGCCCTGGCTGTTCTGGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATAGCCCTGGCTGTTCTGGAATTC  963

seq1: chr1_133527380_133528519
seq2: B6Ng01-049J18.g_65_1190

seq1  GAATTCTTGTGCAACCTAGACAAGATCAACTATGGAATTATCCAGAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGCAACCTAGACAAGATCAACTATGGAATTATCCAGAATGT  50

seq1  AAGTAGTACATTTAGTGAAGCTCAAAAGACACTTTCCTCCGAAGTTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTACATTTAGTGAAGCTCAAAAGACACTTTCCTCCGAAGTTACAG  100

seq1  AATGTTCAGTTTTACAAAGATGTTTGAAAAACAAAGACCTTTACCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAGTTTTACAAAGATGTTTGAAAAACAAAGACCTTTACCAAACT  150

seq1  TTTTTAAAAAGTTAATGCACAAAACTGAAGACTGCCGAAACAAAGATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAAGTTAATGCACAAAACTGAAGACTGCCGAAACAAAGATGTT  200

seq1  CAGAAAGAACAAACCACCAAAATTATATTAATTTGAAGATAAATCAGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGAACAAACCACCAAAATTATATTAATTTGAAGATAAATCAGCTA  250

seq1  TTAAAAGCCCAGTTATTAGCTCATATGCAATCTGAATTATTGCTTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCCCAGTTATTAGCTCATATGCAATCTGAATTATTGCTTTTAAA  300

seq1  TAAATGGTTATTCTAAGGAATGGGTCCATCTGTCTGTCTGTTCTTCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTTATTCTAAGGAATGGGTCCATCTGTCTGTCTGTTCTTCTCTG  350

seq1  GTCTTGCCATCTTCCCTTAAGTATGTCTGATGAGATGAACCAAAGATGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCCATCTTCCCTTAAGTATGTCTGATGAGATGAACCAAAGATGAC  400

seq1  AACCACATTCTCTAAGGGTCCACTGTATGAGATCTCCCTATTGTCTTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACATTCTCTAAGGGTCCACTGTATGAGATCTCCCTATTGTCTTAAC  450

seq1  CACAGGAGTCCTAGCACTCAGGTACAACGGCCACCAAACCTCAACACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAGTCCTAGCACTCAGGTACAACGGCCACCAAACCTCAACACTTA  500

seq1  CATGGAGAACACATATACAAAACTTAAGCCAGAGACACCTTGAAGAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGAACACATATACAAAACTTAAGCCAGAGACACCTTGAAGAAATG  550

seq1  CTACAATACAGGCAGCTTCCTACTTCATGTCTGAGCAGACTCAGTACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATACAGGCAGCTTCCTACTTCATGTCTGAGCAGACTCAGTACCCA  600

seq1  GCTATGCAGAACTTCTGTTTTGGAAGCATGAAGGTGACATGGTCACAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGCAGAACTTCTGTTTTGGAAGCATGAAGGTGACATGGTCACAGTA  650

seq1  ATTACAGTCAGCAAAAAATATTTTTCTGGGAAAGAGGAGAAGAGAGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTCAGCAAAAAATATTTTTCTGGGAAAGAGGAGAAGAGAGAGAG  700

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAAGAAAGAGTCGCCTCCCATGAAGAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAAGAAAGAGTCGCCTCCCATGAAGAGTA  750

seq1  CAATGAAATACACACAACCTAAGGAAGCCTTAAAGATTCATCTTACATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAATACACACAACCTAAGGAAGCCTTAAAGATTCATCTTACATTA  800

seq1  AAATATGTTTTAAAGGCTCACAAGGAATAAGATATATGAAAATAAAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAATATGTTTTAAAGGCTCACAAGGAATAAGATATATGAAAAT-AAATAT  849

seq1  CTAAACTATCACAAGGAGTAATTGGAACATGAGATACAAAAGAGTAGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTAAACTATCACAAGGAGTAATTGGAACATGAGATAC-AAAGAGTAGTAG  898

seq1  AGATCACAATTATTGCTATATAAGTGTTTCCATAGCTCTTCCTCTCAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  AGATCACAATTATTGCTATATAAGTGTTT-CATAGCTCTTCCTCTCA-GA  946

seq1  TTATGGTAAAAATAGGAGGTGCTGTAACATTTCATCGCCAGATCTCTGGA  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||
seq2  TTATGGTAAAAATAGGAGGTGCTG-AACATTTCATCG-CAGATCTTTTGA  994

seq1  AACCTTAATAAATAT-ATAGTTTGTAGAAACCACAACATTACTGAAATGT  1049
      |||  ||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AAC--TAAAAAATATAATAG-TTGTAGAAACCACAA-ATTACTG-AATGT  1039

seq1  CCCTTATATTTAATTGAAAGTAAAAAACTTGATCTAGCACCTTCTAAGAC  1099
      || ||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTTTATATTAATTTGAAAGGTAAAAACTTGATCTAGCACCTTCT-AGAC  1088

seq1  ATCAAAATCTCTTATGAAGTTTTATCCCAATTTAAAAAAAA  1140
      |   ||||||||| |||||| ||   |||||||||||||||
seq2  ACTCAAATCTCTTTTGAAGTGTT---CCAATTTAAAAAAAA  1126