BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050M08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 190,887,542 - 191,002,285
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEsrrg, Ush2a, Kctd3
Downstream geneKcnk2, LOC100042424, LOC100039307, Cenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2, Prox1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050M08.bB6Ng01-050M08.g
ACCDH874616DH874617
length1,050994
definitionDH874616|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050M08, 5' end.DH874617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050M08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(191,001,193 - 191,002,285)(190,887,542 - 190,888,556)
sequence
gaattctcagatttccttaaagacagcatcagccatttagtacagacaaa
ctaaatttaatgctatatataacatttagctccattggaccccaaaccct
gggtttgtagtgtaatgctgagtatccccactgtttgctggtccacagaa
ctaaacagtccccaaggcaacacctttagactctcctagacttctctgtg
ttttatttacccacatctctcatggttggcagctcctaccaccattccac
acatccatagaaacattagaaatgcccacagtgtgattcttgcccctgat
caaaattccattcaaattaaaaccaggggtgtagactttttcctaaccaa
aattaactttgcaactgtgttatccagatgtaggatgtctttgacagttg
tttatggagtgtacacaagtccagctttgggaaacagacacttgctttgg
cgggtgattgccagtgtgcttgggtagatgtttctgcaatgcttcctgga
aatctggacatcagattgactcataggataaatttgtttggttcttggcc
aatcattgtcctgctaatcactcccttccccctcccccaccattatttct
cacatcttgaatttttattgtgctcaactaagacacagccattgtccagg
gtagtattgtggcatttcaagttacatagcctaagaatgaggtgtttgag
ggagttaattacaagtctttgcatggttctgaagttccatgatcacctta
taggaaagaggagaaatgtatgtcttccatggttgctcttgcactgatgt
gtttgtagaccacatcaaagtcatttaacgtcttcttgtatttattagtt
atgccttcagtgacgtatataaatataatcacatagactcatttccctat
cagcttgcaaagtcagactgagtctgtgtcacatgagagatctagagtgt
gatgagtgagatgtactatatgtgtttgtaatttctggtcttaatggata
agcatacaagtcaatgagatggctggagactataatttctcctggctctg

gaattcttatcattcatgtttacctattgcagcaactttgaatgggaggt
tgagctttcatactggagaggaatcactctgcctcctgggtgacaggatt
ctctgccatggccagtgcatctggtaggtttggctctctcccagttttac
agtggggtcatctcagtgagcggctacttctttcattattttttaattaa
tcacaggaaggaatcatttcatcaagtcattttcacacaaatttcccatc
tgctctgttctttccttcccccatgctccccacatcctatggctggtaga
attctgatgtctagaagctacagaaatgccaggcaggtgtagtggctcgt
gtataattccaccacttagaaggcagaaacagcatccatcaagcaatctg
tctcacaagactagcctgatcagtgagctctgggtttgactgagagaccc
tgcctctcagtaaataaggtaatagaggaagacacctgatatcagtaagc
cttggatctccacactcagaccacagaggccatataagggcttagacaac
atggtggcaggatagtcatctggaatgagtctgcagcattcagacatatg
gtgaaacaatagccagctaaagatacctagggactcaccaataagcagaa
agttgagctatgatctaatgtgctatattttgtaagaaaaaaatttttgt
atgttttttttttaaatatacccttgaggctggggtcagtgccttcacct
ctccacagtgatgctgttttctatgggatcctgtataaagctgtttttac
atgcaatggttcttttgattgtgtacacaggtgaaggtcttgtctctcac
acagcagtgatgttgaacatgccaagtcagctatggacacacattgctgc
tgctactgctgctgccatgctgggagacaaggcagtctagtttaagaagc
ctattctgcagtgagttctgctggacagtgatctgcattgctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_191001193_191002285
seq2: B6Ng01-050M08.b_45_1094 (reverse)

seq1  CAGAGCCAGGAGGGAAAATTATTATGCTCTTCCAGCCACTCTTCATATGA  50
      ||||||||||||   |||||||  |     |||||||| || |||| |||
seq2  CAGAGCCAGGAG---AAATTATAGT----CTCCAGCCA-TC-TCAT-TGA  40

seq1  TACTTTGTAATGGCTATTCCATCTAAGACACAGGAAATTAAACAAAACAC  100
          |||||   |||  ||||| |||||| || |||||||    ||||||
seq2  ---CTTGTA--TGCTTATCCAT-TAAGAC-CA-GAAATTA---CAAACAC  79

seq1  CAATATAGTAACATCTCCACTCATCACACTCTTAGAATCCTCT-TCATGT  149
        ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    ||| ||||||
seq2  --ATATAGT-ACATCT-CACTCATCACACTC-TAGA----TCTCTCATGT  120

seq1  GACACAGACTCAGTCTGACTTTGCAAAGCTGGATTAAGGGAAAATGGAGT  199
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||   ||||
seq2  GACACAGACTCAGTCTGACTTTGC-AAGCT-GAT--AGGGAAA--TGAGT  164

seq1  CCTATGTGATTATTAATTTATTATACGTCACTGAAGGCATAAACTAAATA  249
       ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  -CTATGTGATTAT--ATTTA-TATACGTCACTGAAGGCAT-AACT-AATA  208

seq1  AATAACAAGAAGACGTTAAATGACTTTTGATGTGGTCTACAAACACATCA  299
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAT-ACAAGAAGACGTTAAATGAC-TTTGATGTGGTCTACAAACACATCA  256

seq1  GTGCAAGAGCAACCATGGAAGACATACATTTCTCCTCTTTCCTATAAGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGAGCAACCATGGAAGACATACATTTCTCCTCTTTCCTATAAGGT  306

seq1  GATCATGGAACTTCAGAACCATGCAAAGACTTGTAATTAACTCCCTCAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGGAACTTCAGAACCATGCAAAGACTTGTAATTAACTCCCTCAAA  356

seq1  CACCTCATTCTTAGGCTATGTAACTTGAAATGCCACAATACTACCCTGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCATTCTTAGGCTATGTAACTTGAAATGCCACAATACTACCCTGGA  406

seq1  CAATGGCTGTGTCTTAGTTGAGCACAATAAAAATTCAAGATGTGAGAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCTGTGTCTTAGTTGAGCACAATAAAAATTCAAGATGTGAGAAAT  456

seq1  AATGGTGGGGGAGGGGGAAGGGAGTGATTAGCAGGACAATGATTGGCCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGGGGGAGGGGGAAGGGAGTGATTAGCAGGACAATGATTGGCCAA  506

seq1  GAACCAAACAAATTTATCCTATGAGTCAATCTGATGTCCAGATTTCCAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAACAAATTTATCCTATGAGTCAATCTGATGTCCAGATTTCCAGG  556

seq1  AAGCATTGCAGAAACATCTACCCAAGCACACTGGCAATCACCCGCCAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGCAGAAACATCTACCCAAGCACACTGGCAATCACCCGCCAAAG  606

seq1  CAAGTGTCTGTTTCCCAAAGCTGGACTTGTGTACACTCCATAAACAACTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTCTGTTTCCCAAAGCTGGACTTGTGTACACTCCATAAACAACTG  656

seq1  TCAAAGACATCCTACATCTGGATAACACAGTTGCAAAGTTAATTTTGGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGACATCCTACATCTGGATAACACAGTTGCAAAGTTAATTTTGGTT  706

seq1  AGGAAAAAGTCTACACCCCTGGTTTTAATTTGAATGGAATTTTGATCAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGTCTACACCCCTGGTTTTAATTTGAATGGAATTTTGATCAGG  756

seq1  GGCAAGAATCACACTGTGGGCATTTCTAATGTTTCTATGGATGTGTGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAATCACACTGTGGGCATTTCTAATGTTTCTATGGATGTGTGGAA  806

seq1  TGGTGGTAGGAGCTGCCAACCATGAGAGATGTGGGTAAATAAAACACAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTAGGAGCTGCCAACCATGAGAGATGTGGGTAAATAAAACACAGA  856

seq1  GAAGTCTAGGAGAGTCTAAAGGTGTTGCCTTGGGGACTGTTTAGTTCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTAGGAGAGTCTAAAGGTGTTGCCTTGGGGACTGTTTAGTTCTGT  906

seq1  GGACCAGCAAACAGTGGGGATACTCAGCATTACACTACAAACCCAGGGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGCAAACAGTGGGGATACTCAGCATTACACTACAAACCCAGGGTT  956

seq1  TGGGGTCCAATGGAGCTAAATGTTATATATAGCATTAAATTTAGTTTGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCCAATGGAGCTAAATGTTATATATAGCATTAAATTTAGTTTGTC  1006

seq1  TGTACTAAATGGCTGATGCTGTCTTTAAGGAAATCTGAGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAAATGGCTGATGCTGTCTTTAAGGAAATCTGAGAATTC  1050

seq1: chr1_190887542_190888556
seq2: B6Ng01-050M08.g_69_1062

seq1  GAATTCTTATCATTCATGTTTACCTATTGCAGCAACTTTGAATGGGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCATTCATGTTTACCTATTGCAGCAACTTTGAATGGGAGGT  50

seq1  TGAGCTTTCATACTGGAGAGGAATCACTCTGCCTCCTGGGTGACAGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTTCATACTGGAGAGGAATCACTCTGCCTCCTGGGTGACAGGATT  100

seq1  CTCTGCCATGGCCAGTGCATCTGGTAGGTTTGGCTCTCTCCCAGTTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATGGCCAGTGCATCTGGTAGGTTTGGCTCTCTCCCAGTTTTAC  150

seq1  AGTGGGGTCATCTCAGTGAGCGGCTACTTCTTTCATTATTTTTTAATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGTCATCTCAGTGAGCGGCTACTTCTTTCATTATTTTTTAATTAA  200

seq1  TCACAGGAAGGAATCATTTCATCAAGTCATTTTCACACAAATTTCCCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAAGGAATCATTTCATCAAGTCATTTTCACACAAATTTCCCATC  250

seq1  TGCTCTGTTCTTTCCTTCCCCCATGCTCCCCACATCCTATGGCTGGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGTTCTTTCCTTCCCCCATGCTCCCCACATCCTATGGCTGGTAGA  300

seq1  ATTCTGATGTCTAGAAGCTACAGAAATGCCAGGCAGGTGTAGTGGCTCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATGTCTAGAAGCTACAGAAATGCCAGGCAGGTGTAGTGGCTCGT  350

seq1  GTATAATTCCACCACTTAGAAGGCAGAAACAGCATCCATCAAGCAATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATTCCACCACTTAGAAGGCAGAAACAGCATCCATCAAGCAATCTG  400

seq1  TCTCACAAGACTAGCCTGATCAGTGAGCTCTGGGTTTGACTGAGAGACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAAGACTAGCCTGATCAGTGAGCTCTGGGTTTGACTGAGAGACCC  450

seq1  TGCCTCTCAGTAAATAAGGTAATAGAGGAAGACACCTGATATCAGTAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCAGTAAATAAGGTAATAGAGGAAGACACCTGATATCAGTAAGC  500

seq1  CTTGGATCTCCACACTCAGACCACAGAGGCCATATAAGGGCTTAGACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATCTCCACACTCAGACCACAGAGGCCATATAAGGGCTTAGACAAC  550

seq1  ATGGTGGCAGGATAGTCATCTGGAATGAGTCTGCAGCATTCAGACATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCAGGATAGTCATCTGGAATGAGTCTGCAGCATTCAGACATATG  600

seq1  GTGAAACAATAGCCAGCTAAAGATACCTAGGGACTCACCAATAAGCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACAATAGCCAGCTAAAGATACCTAGGGACTCACCAATAAGCAGAA  650

seq1  AGTTGAGCTATGATCTAATGTGCTATA-TTTGTAAG-ATAACATTTTTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||
seq2  AGTTGAGCTATGATCTAATGTGCTATATTTTGTAAGAAAAAAATTTTTGT  700

seq1  ATGTTTTTTTTTATAAATATACCCTTGAGGCTGGGGTCAGTGCCTTCACC  748
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTTTTT-TAAATATACCCTTGAGGCTGGGGTCAGTGCCTTCACC  749

seq1  TCTCCACAGTGATGCTG-TTTCTATGGGATCCTGTATTAAAGCTGTTTTT  797
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTCCACAGTGATGCTGTTTTCTATGGGATCCTGTA-TAAAGCTGTTTTT  798

seq1  ACATGCAATGG-TCTTTTGATTGTGTTACTACAGGGTGAAGGTCTTGTCT  846
      ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  ACATGCAATGGTTCTTTTGATTGTG-TAC-ACA-GGTGAAGGTCTTGTCT  845

seq1  CTCACACAGCAGTGATGTATGAACATGCCCAAAGTCAGCTATGGACACAC  896
      |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAGCAGTGATGT-TGAACATGCC--AAGTCAGCTATGGACACAC  892

seq1  ATTGCTGCTGCTACTGCTGCTGCGCATTGCTGGGAGACAAAGGCAGTCCT  946
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||
seq2  ATTGCTGCTGCTACTGCTGCTGC-CA-TGCTGGGAGAC-AAGGCAGT-CT  938

seq1  AGTTTTTAAAGAAAAGCCCCTATTCTGCAGGTGAGTTTCTGGCTGGACAG  996
      |||||   |||||     ||||||||||| ||||| |||| |||||||| 
seq2  AGTTT---AAGAA----GCCTATTCTGCA-GTGAG-TTCT-GCTGGACA-  977

seq1  GTGAATTCTGCATTGCTCT  1015
      ||||  |||||||||||||
seq2  GTGA--TCTGCATTGCTCT  994