BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050O20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 128,319,241 - 128,454,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE030049G20Rik
Upstream geneActr3, Slc35f5, Lypd1
Downstream geneLOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050O20.bB6Ng01-050O20.g
ACCDH874727DH874728
length873785
definitionDH874727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050O20, 5' end.DH874728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,453,398 - 128,454,275)(128,319,241 - 128,320,029)
sequence
gaattccaccctctgttgactggcagggatgaggcagggacacgatacag
gaaacaggatgaatctcgttagtgagtgagctctttaaggaagcttcatc
agaatgtcttcttgcctgctgcatatattggtgcttgtattagttgtgtg
tctccccattggaacgtaacgtttgaaaaaaaagtgtcttaaactgtgca
gtcagtcggtccatcaggagtgggaggcagccggtcatgctgcatctgca
tccaggaagcagagagaaatggaggctggagctcagcgcacttttctcag
tcccggaggccagcatatgcgatgctgctgctggtgcttagaatgtgacc
attttcatgtgtgtatatgttgtcaccatactcacattacctcttgttac
cctctcttgtcccatccttccaattcccactgagaacttccactttctgc
tttcatgtcttgcgtgccattgacaccctcttctggcttcttcatgcccc
ctacacatgttgtaagagcactatgcacacatacacactacataagtgtg
aacacacatacacacacacacacacatacacactcacacacatacacaaa
catgcatgcatgtgcccctatacagctacatacacattgaaaaagtgaat
gggaagcaaatagctctggcccacagggctaagcaaaggaatgatgtgcg
ccaatatctccaagcctcattaggaagctaatctgttggctttcctttag
tctttagtgctctcaggggaggagtcctggaggagtcttggggagaggga
acccttggccttttgcataaatgttggacactcagagtgcagtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattccctaccacagaggagaaatgactgatcctgaaaaatgcatgggc
atcggcaggtgccatctcttgcactttacagaaagaaggaaacaccacaa
gttcagacaaagacttccctacaactctcagcctgaccttgaaatttgaa
attcgctgaggtaaacaggacagcacacagaatgtcgctcttgatacctg
tctagaatttcacctccaccccaatttctagacttcttaacaagacctgc
tacagcaaatctcccttatagtgttcaagacagaaacctctactctccct
gttaggtcggcctgtccaaagcccatcttctttgacttttagggaagttg
acccaggaaatggtagtcttcctgacaaacagctacagggtatgtcctgt
cttgtcccctcaaagtgcatttctgccacattttatcaggcttagctttc
ctttcttgacaatattaacccaggactgctgctgtaagcatccagtcttg
actctgttgcctatagggactgctgatgagtgtgtatcacgactgctgag
cctaaagtttttaccttaaaaacgctcccattcagttataactgcatggg
ccacaccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
gctccctgcctgtatctccaacagtagaaagccagctgcttgcagttggg
aactcagcctgctgtgtatatgggggagctaatctgataagaattattct
gccagagttcagcataataccacctgtgtagctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_128453398_128454275
seq2: B6Ng01-050O20.b_50_922 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACTGCCACTTCCTGAGTGTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| 
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACTG-CACT--CTGAGTGT-  46

seq1  CCAACATTTATGCCAAAAGGCCAAGGGTTCCCTCTCCCCAAGACTCCTCC  100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTTATG-CAAAAGGCCAAGGGTTCCCTCTCCCCAAGACTCCTCC  95

seq1  AGGACTCCTCCCCTGAGAGCACTAAAGACTAAAGGAAAGCCAACAGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCCTCCCCTGAGAGCACTAAAGACTAAAGGAAAGCCAACAGATTA  145

seq1  GCTTCCTAATGAGGCTTGGAGATATTGGCGCACATCATTCCTTTGCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTAATGAGGCTTGGAGATATTGGCGCACATCATTCCTTTGCTTAG  195

seq1  CCCTGTGGGCCAGAGCTATTTGCTTCCCATTCACTTTTTCAATGTGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGGCCAGAGCTATTTGCTTCCCATTCACTTTTTCAATGTGTATG  245

seq1  TAGCTGTATAGGGGCACATGCATGCATGTTTGTGTATGTGTGTGAGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTATAGGGGCACATGCATGCATGTTTGTGTATGTGTGTGAGTGTG  295

seq1  TATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTCACACTTATGTAGTGTGTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTCACACTTATGTAGTGTGTATGT  345

seq1  GTGCATAGTGCTCTTACAACATGTGTAGGGGGCATGAAGAAGCCAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAGTGCTCTTACAACATGTGTAGGGGGCATGAAGAAGCCAGAAGA  395

seq1  GGGTGTCAATGGCACGCAAGACATGAAAGCAGAAAGTGGAAGTTCTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCAATGGCACGCAAGACATGAAAGCAGAAAGTGGAAGTTCTCAGT  445

seq1  GGGAATTGGAAGGATGGGACAAGAGAGGGTAACAAGAGGTAATGTGAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGGAAGGATGGGACAAGAGAGGGTAACAAGAGGTAATGTGAGTA  495

seq1  TGGTGACAACATATACACACATGAAAATGGTCACATTCTAAGCACCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACAACATATACACACATGAAAATGGTCACATTCTAAGCACCAGCA  545

seq1  GCAGCATCGCATATGCTGGCCTCCGGGACTGAGAAAAGTGCGCTGAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATCGCATATGCTGGCCTCCGGGACTGAGAAAAGTGCGCTGAGCTC  595

seq1  CAGCCTCCATTTCTCTCTGCTTCCTGGATGCAGATGCAGCATGACCGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCATTTCTCTCTGCTTCCTGGATGCAGATGCAGCATGACCGGCT  645

seq1  GCCTCCCACTCCTGATGGACCGACTGACTGCACAGTTTAAGACACTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCACTCCTGATGGACCGACTGACTGCACAGTTTAAGACACTTTTT  695

seq1  TTTCAAACGTTACGTTCCAATGGGGAGACACACAACTAATACAAGCACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACGTTACGTTCCAATGGGGAGACACACAACTAATACAAGCACCA  745

seq1  ATATATGCAGCAGGCAAGAAGACATTCTGATGAAGCTTCCTTAAAGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCAGCAGGCAAGAAGACATTCTGATGAAGCTTCCTTAAAGAGCT  795

seq1  CACTCACTAACGAGATTCATCCTGTTTCCTGTATCGTGTCCCTGCCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACTAACGAGATTCATCCTGTTTCCTGTATCGTGTCCCTGCCTCAT  845

seq1  CCCTGCCAGTCAACAGAGGGTGGAATTC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCAGTCAACAGAGGGTGGAATTC  873

seq1: chr1_128319241_128320029
seq2: B6Ng01-050O20.g_71_855

seq1  GAATTCCCTACCACAGAGGAGAAATGACTGATCCTGAAAAATGCATGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTACCACAGAGGAGAAATGACTGATCCTGAAAAATGCATGGGC  50

seq1  ATCGGCAGGTGCCATCTCTTGCACTTTACAGAAAGAAGGAAACACCACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGCAGGTGCCATCTCTTGCACTTTACAGAAAGAAGGAAACACCACAA  100

seq1  GTTCAGACAAAGACTTCCCTACAACTCTCAGCCTGACCTTGAAATTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACAAAGACTTCCCTACAACTCTCAGCCTGACCTTGAAATTTGAA  150

seq1  ATTCGCTGAGGTAAACAGGACAGCACACAGAATGTCGCTCTTGATACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCTGAGGTAAACAGGACAGCACACAGAATGTCGCTCTTGATACCTG  200

seq1  TCTAGAATTTCACCTCCACCCCAATTTCTAGACTTCTTAACAAGACCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATTTCACCTCCACCCCAATTTCTAGACTTCTTAACAAGACCTGC  250

seq1  TACAGCAAATCTCCCTTATAGTGTTCAAGACAGAAACCTCTACTCTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAAATCTCCCTTATAGTGTTCAAGACAGAAACCTCTACTCTCCCT  300

seq1  GTTAGGTCGGCCTGTCCAAAGCCCATCTTCTTTGACTTTTAGGGAAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTCGGCCTGTCCAAAGCCCATCTTCTTTGACTTTTAGGGAAGTTG  350

seq1  ACCCAGGAAATGGTAGTCTTCCTGACAAACAGCTACAGGGTATGTCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGAAATGGTAGTCTTCCTGACAAACAGCTACAGGGTATGTCCTGT  400

seq1  CTTGTCCCCTCAAAGTGCATTTCTGCCACATTTTATCAGGCTTAGCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCCCTCAAAGTGCATTTCTGCCACATTTTATCAGGCTTAGCTTTC  450

seq1  CTTTCTTGACAATATTAACCCAGGACTGCTGCTGTAAGCATCCAGTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGACAATATTAACCCAGGACTGCTGCTGTAAGCATCCAGTCTTG  500

seq1  ACTCTGTTGCCTATAGGGACTGCTGATGAGTGTGTATCAGGACTGCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTCTGTTGCCTATAGGGACTGCTGATGAGTGTGTATCACGACTGCTGAG  550

seq1  CCTAAAGTTTTTACCTTAAAAACGCTCCCATTCAGTTATAACTGCATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGTTTTTACCTTAAAAACGCTCCCATTCAGTTATAACTGCATGGG  600

seq1  CCACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC-  649

seq1  AGCTCCCTGCCTGTATCTCCAACAGTAGAAAGCCAGCTGCTTGCAGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCTGCCTGTATCTCCAACAGTAGAAAGCCAGCTGCTTGCAGTTGG  699

seq1  GAACTCAGCCTGCTGTGTATAGTGGGGGAGCTAATCTGATAAGAAATGTA  750
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | 
seq2  GAACTCAGCCTGCTGTGTATA-TGGGGGAGCTAATCTGATAAGAATTAT-  747

seq1  TCTGGCAGAGTTCAGCAGTAATAGCAACTGTGTAGCTGC  789
      |||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||
seq2  TCTGCCAGAGTTCAGCA-TAATACCACCTGTGTAGCTGC  785