BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055A02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 183,292,861 - 183,452,935
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCnih3, Ccdc121
Upstream geneItpkb, 6330403A02Rik, Gm821, Parp1, Lin9, Mixl1, LOC666431, Acbd3, H3f3a, BC031781, Lefty2, Pycr2, Lefty1, Tmem63a, Ephx1, 9130409I23Rik, EG625597, Fgfr3-ps, Nvl, Cnih4, Wdr26, LOC100042363, LOC666519
Downstream geneA230079K17Rik, Lbr, EG433384, Enah, Srp9, EG625823, Degs1, 1700047M11Rik, Fbxo28, LOC435657, ENSMUSG00000073482, Trp53bp2, Capn2, LOC666624
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055A02.bB6Ng01-055A02.g
ACCDH877590DH877591
length1,137536
definitionDH877590|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055A02, 5' end.DH877591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055A02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(183,451,802 - 183,452,935)(183,292,861 - 183,293,402)
sequence
gaattctttgtgccatgtgactgaagcctgaaattattttaaaaagaaac
attattagtggctcacattaacaatgaaggcgccttaaaaattatttttt
ttccattcaaactgttgcaatgaagtctctaaactgacaaacatcacggg
ggctttagaattagggtataatgtgcttcactctgcaccattttgacatc
ctaaaaaatccttgataataaaccataaaattctcctgtcagtcaaagga
tcatggagactcgctgctgaaagggactcagaacaataggtgtagcttct
ctttttctggaataccttccagactctcatttacaaataattgacaccaa
ctacagcttaaacaacaacaacaacagaggttatagtgcccagcaaacac
ctagccgcctatcacagacggcaggcaggaagggacacaataagacttca
tagcatcacccaccacctgaacccagccctgccaccatgctgtgacccag
ggagctgtgcgatctgtctctgagaccttgtgtcctggggtcttgtttgt
tcctctcagatcctggggctctgctccccagggctgtctcgctcagagac
tgatgggaagttgtttattcttgtgccttaaatttacacaaggcagcagc
tacctggccaacatggctcaggtggctagctcatgtccaataaactcttt
ttgttctccaaactggaccctctctgcagacagattaagtgcaatttctg
cgcataatcgccaaggggcttgagagtctaaagcgtaaacataagctatg
aaccccagggtgaagactctggttaagggaaattagtttggttgttgctg
cttgctagctccacctctctccacccctcttaaggaaggcacagggaagt
gagtcatgaaggctctgtacaatgtctacctgtgttcatatcccactggg
cacgccttacacccttgactgtagcagaatgcttcttcggatacaaggca
aagcaacagcaattacgcttttgtgtttgatttcaattgacgcagcagcc
acgtctctcatttaaccatgcctgccccacccctcaaagcacggggccca
cttgcagtggcagccaacaaggcctcatgaatgttaa
aaactcgggttcccacacttgctcattgggccatctcaccagcccctgag
atacccattaaaagtgtattacatttagtatgtgtgtatatgtacatgtg
tgtgcatatgtgcacaggcacagtacatacatgggggtcagaggacaact
tgtgggagtcactggtatctctaccatgtgggtcttagagatcatactca
ggccatcagacttggtggcaagtgtctttttctttttcctgctatgccat
ctccccagtccctgtgagacccattttgatcctaattgtgaaatatccca
ttcattcaccacttggcaaccagatgcagacaatctccttgtggcttata
ggggcaaatactaaattccagtggatgtctttgcagttcaggttgcttct
tgtggtggcttgcgggaccttagaaaggaaactggattgttctgaataga
ggagaggcatagaatgagtcctgctagagacagggaagctgcttctgtga
attccaacctcagatctggggggtgggagtgggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_183451802_183452935
seq2: B6Ng01-055A02.b_46_1182 (reverse)

seq1  TTAACAATTCATGGAGACACTGTTGGCTGCCACTGCAGGTGGGCACCGTG  50
      ||||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTAAC-ATTCAT-GAGGCCTTGTTGGCTGCCACTGCAAGTGGGCCCCGTG  48

seq1  CTTTGAGGGGT-GTGCAGGCATGGTTAATGAAGAGACGTGGCTGCTGCCG  99
      ||||||||||| | ||||||||||||||   |||||||||||||||| ||
seq2  CTTTGAGGGGTGGGGCAGGCATGGTTAAATGAGAGACGTGGCTGCTG-CG  97

seq1  TCAATTGGAAATCAAACAC-AAAGCGTAATTGCTGTTGCTTTGCC-TGTA  147
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAATT-GAAATCAAACACAAAAGCGTAATTGCTGTTGCTTTGCCTTGTA  146

seq1  TCCG-AGGAGCATTCTGCTACAGTC-AGGGTGTAAGGCGTG-CCAGTGGG  194
      |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCGAAGAAGCATTCTGCTACAGTCAAGGGTGTAAGGCGTGCCCAGTGGG  196

seq1  ATATGAACACAGGTAGACATTGTACAGAGCC-TCATGACTCACTTCCCTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACACAGGTAGACATTGTACAGAGCCTTCATGACTCACTTCCCTG  246

seq1  TGCCTTCCTTAAGAGGGGTGGAGAGAGGTGGAGCTAGCAAGCAGCAACAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCTTAAGAGGGGTGGAGAGAGGTGGAGCTAGCAAGCAGCAACAA  296

seq1  CCAAACTAATTTCCCTTAACCAGAGTCTTCACCCTGGGGTTCATAGCTTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTAATTTCCCTTAACCAGAGTCTTCACCCTGGGGTTCATAGCTTA  346

seq1  TGTTTACGCTTTAGACTCTCAAGCCCCTTGGCGATTATGCGCAGAAATTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACGCTTTAGACTCTCAAGCCCCTTGGCGATTATGCGCAGAAATTG  396

seq1  CACTTAATCTGTCTGCAGAGAGGGTCCAGTTTGGAGAACAAAAAGAGTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAATCTGTCTGCAGAGAGGGTCCAGTTTGGAGAACAAAAAGAGTTT  446

seq1  ATTGGACCTGAGCTAGCCACCTGAGCCATGTTGGCCAGGTAGCTGCTGCC  493
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACATGAGCTAGCCACCTGAGCCATGTTGGCCAGGTAGCTGCTGCC  496

seq1  TTGTGTAAATTTAAGGCACAAGAATAAACAACTTCCCATCAGTCTCTGAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAATTTAAGGCACAAGAATAAACAACTTCCCATCAGTCTCTGAG  546

seq1  CGAGACAGCCCTGGGGAGCAGAGCCCCAGGATCTGAGAGGAACAAACAAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACAGCCCTGGGGAGCAGAGCCCCAGGATCTGAGAGGAACAAACAAG  596

seq1  ACCCCAGGACACAAGGTCTCAGAGACAGATCGCACAGCTCCCTGGGTCAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGGACACAAGGTCTCAGAGACAGATCGCACAGCTCCCTGGGTCAC  646

seq1  AGCATGGTGGCAGGGCTGGGTTCAGGTGGTGGGTGATGCTATGAAGTCTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGTGGCAGGGCTGGGTTCAGGTGGTGGGTGATGCTATGAAGTCTT  696

seq1  ATTGTGTCCCTTCCTGCCTGCCGTCTGTGATAGGCGGCTAGGTGTTTGCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTCCCTTCCTGCCTGCCGTCTGTGATAGGCGGCTAGGTGTTTGCT  746

seq1  GGGCACTATAACCTCTGTTGTTGTTGTTGTTTAAGCTGTAGTTGGTGTCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTATAACCTCTGTTGTTGTTGTTGTTTAAGCTGTAGTTGGTGTCA  796

seq1  ATTATTTGTAAATGAGAGTCTGGAAGGTATTCCAGAAAAAGAGAAGCTAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGTAAATGAGAGTCTGGAAGGTATTCCAGAAAAAGAGAAGCTAC  846

seq1  ACCTATTGTTCTGAGTCCCTTTCAGCAGCGAGTCTCCATGATCCTTTGAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTGTTCTGAGTCCCTTTCAGCAGCGAGTCTCCATGATCCTTTGAC  896

seq1  TGACAGGAGAATTTTATGGTTTATTATCAAGGATTTTTTAGGATGTCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGAGAATTTTATGGTTTATTATCAAGGATTTTTTAGGATGTCAAA  946

seq1  ATGGTGCAGAGTGAAGCACATTATACCCTAATTCTAAAGCCCCCGTGATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCAGAGTGAAGCACATTATACCCTAATTCTAAAGCCCCCGTGATG  996

seq1  TTTGTCAGTTTAGAGACTTCATTGCAACAGTTTGAATGGAAAAAAAATAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAGTTTAGAGACTTCATTGCAACAGTTTGAATGGAAAAAAAATAA  1046

seq1  TTTTTAAGGCGCCTTCATTGTTAATGTGAGCCACTAATAATGTTTCTTTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGGCGCCTTCATTGTTAATGTGAGCCACTAATAATGTTTCTTTT  1096

seq1  TAAAATAATTTCAGGCTTCAGTCACATGGCACAAAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATTTCAGGCTTCAGTCACATGGCACAAAGAATTC  1137

seq1: chr1_183292861_183293402
seq2: B6Ng01-055A02.g_68_609

seq1  GAATTCAAACTCGGGTTCCCACACTTGCTCATTGGGCCATCTCACCAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCGGGTTCCCACACTTGCTCATTGGGCCATCTCACCAGCC  50

seq1  CCTGAGATACCCATTAAAAGTGTATTACATTTAGTATGTGTGTATATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGATACCCATTAAAAGTGTATTACATTTAGTATGTGTGTATATGTA  100

seq1  CATGTGTGTGCATATGTGCACAGGCACAGTACATACATGGGGGTCAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGCATATGTGCACAGGCACAGTACATACATGGGGGTCAGAGG  150

seq1  ACAACTTGTGGGAGTCACTGGTATCTCTACCATGTGGGTCTTAGAGATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTGTGGGAGTCACTGGTATCTCTACCATGTGGGTCTTAGAGATCA  200

seq1  TACTCAGGCCATCAGACTTGGTGGCAAGTGTCTTTTTCTTTTTCCTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGGCCATCAGACTTGGTGGCAAGTGTCTTTTTCTTTTTCCTGCTA  250

seq1  TGCCATCTCCCCAGTCCCTGTGAGACCCATTTTGATCCTAATTGTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCTCCCCAGTCCCTGTGAGACCCATTTTGATCCTAATTGTGAAAT  300

seq1  ATCCCATTCATTCACCACTTGGCAACCAGATGCAGACAATCTCCTTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTCATTCACCACTTGGCAACCAGATGCAGACAATCTCCTTGTGG  350

seq1  CTTATAGGGGCAAATACTAAATTCCAGTGGATGTCTTTGCAGTTCAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGGGGCAAATACTAAATTCCAGTGGATGTCTTTGCAGTTCAGGTT  400

seq1  GCTTCTTGTGGTGGCTTGCGGGACCTTAGAAAGGAAACTGGATTGTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTGTGGTGGCTTGCGGGACCTTAGAAAGGAAACTGGATTGTTCTG  450

seq1  AATAGAGGAGAGGCATAGAATGAGTCCTGCTAGAGACAGGGAAGCTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGGAGAGGCATAGAATGAGTCCTGCTAGAGACAGGGAAGCTGCTT  500

seq1  CTGTGAATTCCAACCTCAGATCTGGGGGGTGGGAGTGGGGGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATTCCAACCTCAGATCTGGGGGGTGGGAGTGGGGGT  542