BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055D24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,703,449 - 142,830,228
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC026782, LOC545399, EG545367, Cfh, Kcnt2
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055D24.bB6Ng01-055D24.g
ACCDH877757DH877758
length9931,171
definitionDH877757|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055D24, 5' end.DH877758|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,829,237 - 142,830,228)(142,703,449 - 142,704,641)
sequence
gaattcctctggctcctgcaattcttccttcacctttttgatatgtgctc
tttcttcatctaatgtgtacctgtaggcatctgcatctactatcataagc
tgctgaggcaaacttcttttataacaacggagctaggcactgatctgtat
gtatagcagaataccattaggaaatttttcgttgatatttttctggccta
ggtctgggagctatccagcctcaggttcttcatcattgaggcaggcaatg
tcagtgatatttttttctacccttggtttgcaggctatccagcctctggt
ttcttgtcatcaaaacaggcagatttgttaatttataaaacacaatttat
gcatcttacgattcttgacaagatttgcttctgtttgagttattggaagc
cagtatgaggctggcctgggaggaggagccactttgattgggatataaag
tgaataagaaaatatattatggaaaaagtccagaattgtgaaggtaaatt
tattttttaaattaacatatacacatatacatgtatgtatgcatatgtat
ctgtatatgtgtatgtgtatatgtatatattgctctttttatatgtggtt
gtatctgtatgttttcttatgtggtgttcatgcatgttcatgaaggcaca
tgcttgtgtgcacttatatgtagcatttacaggttaaaatcaaacatctt
tcacaattgctttccacctaatgatctgagcaaagttttctcactgaaaa
tgaacattgttggtttcactagggtgatgtacctgtaaatccgagagatt
agcctgcctctgccttcccagagctgaggttacaggtctgccctaccaag
cctgattttttatatgttcttttaaacttataaatagtttccttttgctc
tttttcttgaaactccgtgatataattgattgcccacataaaggctagca
ctgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatggtga
gaattctttgctaaggaagtaaacaaactttactttgttgtcaaaaaacc
ccaaaaaacaaaaacaacaacaacaacaaaaacaacaacaacaacaaaaa
caaattccctgtattaaaaatagagacatgactgtgcagttaagggcact
ggctattcttccagtgaccctcccgctcccccagctcaattctctgctac
cacatcatggctcacattctttaacatagttctacagtatcacacactat
gttctggtctctagtgatacttcatgcacatgtttcacaaacattcatgc
aggcaaaccaccaaaacaaataaaataagacctaaataaatctttagaaa
ataaaaatccaataaacacgaactcatagcacagtaaaattgatggattt
ttgcacacctacctctctttttttcttccctagccaaaaccagcattgtt
tcagttcttttgtaagtctacctatggagattactgattgcatttgaaga
gatgaaatggttaagctctaatactttatgactatgagaaaagttataaa
agaaaagtctttgctaggacagtgagaattgaaaggaaggaaatctgttg
aacttattttaactctatactttctaaatctacctaaccatggcagtgtt
gaataaagtgtgcagtaaccatacaggtcttcatggtaccacttagtgct
gcacccttccctacttgtaggtctttgctttccctggtaaaatgatgttc
ttcctacagtttcattctatgactacacagctcatttcagtaactgaagt
aatgagtttcaatttaaaaaaaaaaatcctgaagtgattttctttgttac
agcattaatacataaaggacacagatgtggtcttttaagtatctctctca
atcttgttgacttgtggagagactccctcatgatgacttggaaagtcaga
tttgggttgagtgataatcaccatctttgatgctgtcactgagctgatac
agcacttctctttaactgtcttggataagaagaaatcaacttttggttca
ttactttcgattgaatattgtggtttagacccaggaatgtcataaaaaaa
tcggggcgtgaactgctagtacggtctacaccagccttattttacagtaa
ggaagtctgttatctactggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142829237_142830228
seq2: B6Ng01-055D24.b_47_1039 (reverse)

seq1  TCACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAGTGCTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAGTGCTAGC  50

seq1  C-TTATGTGGGCAATCAATTATATCACGGAGTTTCAAGAAAAAGAGCAAA  99
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTGGGCAATCAATTATATCACGGAGTTTCAAGAAAAAGAGCAAA  100

seq1  AGGAAACTATTTATAAGTTTAAAAGAACATATAAAAAATCAGGCTTGGTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACTATTTATAAGTTTAAAAGAACATATAAAAAATCAGGCTTGGTA  150

seq1  GGGCAGACCTGTAACCTCAGCTCTGGGAAGGCAGAGGCAGGCTAATCTCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGACCTGTAACCTCAGCTCTGGGAAGGCAGAGGCAGGCTAATCTCT  200

seq1  CGGATTTACAGGTACATCACCCTAGTGAAACCAACAATGTTCATTTTCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTTACAGGTACATCACCCTAGTGAAACCAACAATGTTCATTTTCAG  250

seq1  TGAGAAAACTTTGCTCAGATCATTAGGTGGAAAGCAATTGTGAAAGATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAACTTTGCTCAGATCATTAGGTGGAAAGCAATTGTGAAAGATGT  300

seq1  TTGATTTTAACCTGTAAATGCTACATATAAGTGCACACAAGCATGTGCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTAACCTGTAAATGCTACATATAAGTGCACACAAGCATGTGCCT  350

seq1  TCATGAACATGCATGAACACCACATAAGAAAACATACAGATACAACCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAACATGCATGAACACCACATAAGAAAACATACAGATACAACCACA  400

seq1  TATAAAAAGAGCAATATATACATATACACATACACATATACAGATACATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGAGCAATATATACATATACACATACACATATACAGATACATA  450

seq1  TGCATACATACATGTATATGTGTATATGTTAATTTAAAAAATAAATTTAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACATACATGTATATGTGTATATGTTAATTTAAAAAATAAATTTAC  500

seq1  CTTCACAATTCTGGACTTTTTCCATAATATATTTTCTTATTCACTTTATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAATTCTGGACTTTTTCCATAATATATTTTCTTATTCACTTTATA  550

seq1  TCCCAATCAAAGTGGCTCCTCCTCCCAGGCCAGCCTCATACTGGCTTCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATCAAAGTGGCTCCTCCTCCCAGGCCAGCCTCATACTGGCTTCCA  600

seq1  ATAACTCAAACAGAAGCAAATCTTGTCAAGAATCGTAAGATGCATAAATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCAAACAGAAGCAAATCTTGTCAAGAATCGTAAGATGCATAAATT  650

seq1  GTGTTTTATAAATTAACAAATCTGCCTGTTTTGATGACAAGAAACCAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTATAAATTAACAAATCTGCCTGTTTTGATGACAAGAAACCAGAG  700

seq1  GCTGGATAGCCTGCAAACCAAGGGTAGAAAAAAATATCACTGACATTGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATAGCCTGCAAACCAAGGGTAGAAAAAAATATCACTGACATTGCC  750

seq1  TGCCTCAATGATGAAGAACCTGAGGCTGGATAGCTCCCAGACCTAGGCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAATGATGAAGAACCTGAGGCTGGATAGCTCCCAGACCTAGGCCA  800

seq1  GAAAAATATCAACGAAAAATTTCCTAATGGTATTCTGCTATACATACAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATCAACGAAAAATTTCCTAATGGTATTCTGCTATACATACAGA  850

seq1  TCAGTGCCTAGCTCCGTTGTTATAAAAGAAGTTTGCCTCAGCAGCTTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCCTAGCTCCGTTGTTATAAAAGAAGTTTGCCTCAGCAGCTTATG  900

seq1  ATAGTAGATGCAGATGCCTACAGGTACACATTAGATGAAGAAAGAGCACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGATGCAGATGCCTACAGGTACACATTAGATGAAGAAAGAGCACA  950

seq1  TATCAAAAAGGTGAAGGAAGAATTGCAGGAGCCAGAGGAATTC  992
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAAAGGTGAAGGAAGAATTGCAGGAGCCAGAGGAATTC  993

seq1: chr1_142703449_142704641
seq2: B6Ng01-055D24.g_66_1236

seq1  GAATTCTTTGCTAAGGAAGTAAACAAACTTTACTTTGTTGTCAAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTAAGGAAGTAAACAAACTTTACTTTGTTGTCAAAAAACC  50

seq1  CCAAAAAACAAAAACAACAACAACAACAAAAACAACAACAACAACAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAACAAAAACAACAACAACAACAAAAACAACAACAACAACAAAAA  100

seq1  CAAATTCCCTGTATTAAAAATAGAGACATGACTGTGCAGTTAAGGGCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCCTGTATTAAAAATAGAGACATGACTGTGCAGTTAAGGGCACT  150

seq1  GGCTATTCTTCCAGTGACCCTCCCGCTCCCCCAGCTCAATTCTCTGCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTCTTCCAGTGACCCTCCCGCTCCCCCAGCTCAATTCTCTGCTAC  200

seq1  CACATCATGGCTCACATTCTTTAACATAGTTCTACAGTATCACACACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATGGCTCACATTCTTTAACATAGTTCTACAGTATCACACACTAT  250

seq1  GTTCTGGTCTCTAGTGATACTTCATGCACATGTTTCACAAACATTCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGTCTCTAGTGATACTTCATGCACATGTTTCACAAACATTCATGC  300

seq1  AGGCAAACCACCAAAACAAATAAAATAAGACCTAAATAAATCTTTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAACCACCAAAACAAATAAAATAAGACCTAAATAAATCTTTAGAAA  350

seq1  ATAAAAATCCAATAAACACGAACTCATAGCACAGTAAAATTGATGGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATCCAATAAACACGAACTCATAGCACAGTAAAATTGATGGATTT  400

seq1  TTGCACACCTACCTCTCTTTTTTTCTTCCCTAGCCAAAACCAGCATTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACACCTACCTCTCTTTTTTTCTTCCCTAGCCAAAACCAGCATTGTT  450

seq1  TCAGTTCTTTTGTAAGTCTACCTATGGAGATTACTGATTGCATTTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTTTTGTAAGTCTACCTATGGAGATTACTGATTGCATTTGAAGA  500

seq1  GATGAAATGGTTAAGCTCTAATACTTTATGACTATGAGAAAAGTTATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAATGGTTAAGCTCTAATACTTTATGACTATGAGAAAAGTTATAAA  550

seq1  AGAAAAGTCTTTGCTAGGACAGTGAGAATTGAAAGGAAGGAAATCTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTCTTTGCTAGGACAGTGAGAATTGAAAGGAAGGAAATCTGTTG  600

seq1  AACTTATTTTAACTCTATACTTTCTAAATCTACCTAACCATGGCAGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATTTTAACTCTATACTTTCTAAATCTACCTAACCATGGCAGTGTT  650

seq1  GAATAAAGTGTGCAGTAACCATACAGGTCTTCATGGTACCACTTAGTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAGTGTGCAGTAACCATACAGGTCTTCATGGTACCACTTAGTGCT  700

seq1  GCACCCTTCCCTACTTGTAGGTCTTTGCTTTCCCTGGTAAAATGATGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTTCCCTACTTGTAGGTCTTTGCTTTCCCTGGTAAAATGATGTTC  750

seq1  TTCCTACAGTTTCATTCTATGACTACACAGCTCATTTCAGTAACTGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACAGTTTCATTCTATGACTACACAGCTCATTTCAGTAACTGAAGT  800

seq1  AATGAGTTTCAATTTAAAAAAAAAAATCCTGAAGTGATTTTCTTTGTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTTTCAATTTAAAAAAAAAAATCCTGAAGTGATTTTCTTTGTTAC  850

seq1  AGCATTAATACAT-AAGGACACAGATGTGGTCTTTTAAGTATCTCTCTCA  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAATACATAAAGGACACAGATGTGGTCTTTTAAGTATCTCTCTCA  900

seq1  ATCTTGTTGACTTGTGGAGAGACTCCCTCATGATGACTTGGAAAGTCAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTTGACTTGTGGAGAGACTCCCTCATGATGACTTGGAAAGTCAGA  950

seq1  ATTGGGTTGAGTGAATAATCACCATCTTTGATGCTGTCACTGAGCTGAAT  999
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTGGGTTGAGTG-ATAATCACCATCTTTGATGCTGTCACTGAGCTG-AT  998

seq1  AACCAGCAACCTTCTCTTTAAACTGTCTTGGATAAGAAGATATCAACTTT  1049
      |  |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  A--CAGCA--CTTCTCTTT-AACTGTCTTGGATAAGAAGAAATCAAC-TT  1042

seq1  TTGGTTCCATTACTTTCGATTGAATATTGT-GTTTAGACCCAGGAAAATG  1098
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||
seq2  TTGGTT-CATTACTTTCGATTGAATATTGTGGTTTAGACCCAGG--AATG  1089

seq1  TCATAAAATAATCGGGGCGTGAACATGCCTAAGGTAACGGTCTACAACCA  1148
      |||||||| ||||||||||||||| || |||  || ||||||||| ||||
seq2  TCATAAAAAAATCGGGGCGTGAAC-TG-CTA--GT-ACGGTCTAC-ACCA  1133

seq1  AGGCACTTATTTTACAGTAAAGAGAGGTACTGTTTATCTACTGGG  1193
        || ||||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||
seq2  --GC-CTTATTTTACAGTAAGGA-AG--TCTG-TTATCTACTGGG  1171