BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055I08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 17,526,715 - 17,648,875
singlet/doubletdoublet
Overlap genePi15
Upstream geneUbe2w, Tceb1, LOC665480, Tmem70, Ly96, LOC100040056, LOC665496, EG545306, Jph1, Gdap1, LOC383495, Rbm6-ps1, Ppia-ps1_125.1
Downstream geneCrispld1, LOC665564, LOC100040126, Crisp4, EG574082, EG654460, Defb17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055I08.bB6Ng01-055I08.g
ACCDH877944DH877945
length1,1141,128
definitionDH877944|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I08, 5' end.DH877945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,526,715 - 17,527,844)(17,647,721 - 17,648,875)
sequence
gaattcaacctaactcagctactgaactcaactaaattgaattgtattgt
ctaaactcacctgaactgcctcctcctgtcagttcttgtgagagttgggc
atctcctatagctgactcattgtatgaaatctttctctgattcatcacct
tgtctgccccttaattaaatgtcactttcaaacatagcatcttcttttta
taaactaaccttacctacattgtttagaattaaaggtatataccaagagc
atggctgtatttgagctagagtagctatgttgctggattaaaatttctct
acacttcccagtctattttcttttgtgaacagctccatagctcctggtct
gtctgaagtgtgtatatagtgttgcagaggcctttgtccagtgccctttc
tcacaattctcctcaatcagctgtgctctaacatcttttctcctgaagtt
ttctttcaactgcccatggaagaatagtcattcatcctatgctttgcagt
tgggtgtggagatcattccctgagaaacagtagttgagtatgaccattgt
caatgccagttttatcaatttctgtaatttatcctggaatcccacaacat
tttgtcacgtccctgactttttaaaactcatatttccctatgaaaaccta
ccctatatttgggatgagaagattaggatttatttcttctttacttttac
acagccattgactggattctccttctagagtgaagttggttgtgaatggc
atgctctaaaatatcagtgcgtactgagttagtgaccactaagtcactgt
ttctcagagaaaatacagagtttgttgattcattgacattgaattcactg
ccaatgaaatagtaactcatgcctgaatgcagcacacccacaggcagtga
tttttctggaaggtggtgagtcttctggcattatcatgtcagacagctca
tatcacagtttgctacaaatcagctttacaaaatagaaagtcatcagcaa
aagcacagacacagaaaagtgcttaacatcaacctgctgttagagacttc
ttggaaagactgaaaagctgagcccaccagctttgcctcagctgacagtt
aagattgtggattc
gaattcatctggggcaaggatttgataataaataaacagaatccattgtg
tggcctccagcaaaatatgtcaccaaaggtctaaattcattctttatgaa
agagataatatatttccagagttgttataggcaggacagggaggaaaata
gccttctaactgactttattgtcatatatatagttggcaaggaaaaactg
agataattttccaagagtgaaacaaagagaaagctaattttctcagtata
acacacattgcttcttcagactgaggttcaagatcaagaatccagaagat
tcaatatgttcatcatagggatacctttactgtgttcttacatggtgaaa
gagcaacccagctcctctggacttcttttatgagggtcctaatccactca
tgatgcctccacccagttgctatcatttcctaaggctccgcctctgaatg
tcattgcactgaggattaggtgttaacatacgagtcactaggattgggca
gatactctcataaagtagcaaaatccctagaaaataattgcaattgctca
agattgaccactttaaaatatcagagaataatttctgtggaaggaaatac
tactttatatcattactaggctctttctataagggattaattgacttttc
ttgggattttttttttttgaactgctgtctgtgatagcctctaagctgat
acaattaccaacactgtctaccaaacacacttgtctctggatggcaattg
ctcaaatatctcctccaggacttccttcttctattaccaagaccatggtg
atgctaaagaagattaaactgcagagactgctctctgtatggtgcctttc
atgaccatgcacctagctgaataggttcttgtcatgtttctttaagccct
ttcttgaagtttatcttctgacatccctaccacacatcttaaactgtatg
aactggatgtctttaatacagcctcagagagattatcagcccaagacttt
agcatactttgctacggaccctgcatgtgaagatcatagaatgtcctcta
agtcaggtcactcccagttctcttctgaacataagttcagctgcccgact
cacccgtaagctctggcgatgactataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_17526715_17527844
seq2: B6Ng01-055I08.b_46_1159

seq1  GAATTCAACCTAACTCAGCTACTGAACTCAACTAAATTGAATTGTATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTAACTCAGCTACTGAACTCAACTAAATTGAATTGTATTGT  50

seq1  CTAAACTCACCTGAACTGCCTCCTCCTGTCAGTTCTTGTGAGAGTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTCACCTGAACTGCCTCCTCCTGTCAGTTCTTGTGAGAGTTGGGC  100

seq1  ATCTCCTATAGCTGACTCATTGTATGAAATCTTTCTCTGATTCATCACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTATAGCTGACTCATTGTATGAAATCTTTCTCTGATTCATCACCT  150

seq1  TGTCTGCCCCTTAATTAAATGTCACTTTCAAACATAGCATCTTCTTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCCCTTAATTAAATGTCACTTTCAAACATAGCATCTTCTTTTTA  200

seq1  TAAACTAACCTTACCTACATTGTTTAGAATTAAAGGTATATACCAAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAACCTTACCTACATTGTTTAGAATTAAAGGTATATACCAAGAGC  250

seq1  ATGGCTGTATTTGAGCTAGAGTAGCTATGTTGCTGGATTAAAATTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTATTTGAGCTAGAGTAGCTATGTTGCTGGATTAAAATTTCTCT  300

seq1  ACACTTCCCAGTCTATTTTCTTTTGTGAACAGCTCCATAGCTCCTGGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCCAGTCTATTTTCTTTTGTGAACAGCTCCATAGCTCCTGGTCT  350

seq1  GTCTGAAGTGTGTATATAGTGTTGCAGAGGCCTTTGTCCAGTGCCCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAGTGTGTATATAGTGTTGCAGAGGCCTTTGTCCAGTGCCCTTTC  400

seq1  TCACAATTCTCCTCAATCAGCTGTGCTCTAACATCTTTTCTCCTGAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTCTCCTCAATCAGCTGTGCTCTAACATCTTTTCTCCTGAAGTT  450

seq1  TTCTTTCAACTGCCCATGGAAGAATAGTCATTCATCCTATGCTTTGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCAACTGCCCATGGAAGAATAGTCATTCATCCTATGCTTTGCAGT  500

seq1  TGGGTGTGGAGATCATTCCCTGAGAAACAGTAGTTGAGTATGACCATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGGAGATCATTCCCTGAGAAACAGTAGTTGAGTATGACCATTGT  550

seq1  CAATGCCAGTTTTATCAATTTCTGTAATTTATCCTGGAATCCCACAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCAGTTTTATCAATTTCTGTAATTTATCCTGGAATCCCACAACAT  600

seq1  TTTGTCACGTCCCTGACTTTTTAAAACTCATATTTCCCTATGAAAACCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACGTCCCTGACTTTTTAAAACTCATATTTCCCTATGAAAACCTA  650

seq1  CCCTATATTTGGGATGAGAAGATTAGGATTTATTTCTTCTTTACTTTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATATTTGGGATGAGAAGATTAGGATTTATTTCTTCTTTACTTTTAC  700

seq1  ACAGCCATTGACTGGATTCTCCTTCTAGAGTGAAGTTGGTTGTGAATGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATTGACTGGATTCTCCTTCTAGAGTGAAGTTGGTTGTGAATGGC  750

seq1  ATGCTCTAAAATATCAGTGCGTACTGAGTTAGTGACCACTAAGTCACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTAAAATATCAGTGCGTACTGAGTTAGTGACCACTAAGTCACTGT  800

seq1  TTCTCAGAGAAAATACAGAGTTTGTTGATTCATTGACATTGAATTCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGAGAAAATACAGAGTTTGTTGATTCATTGACATTGAATTCACTG  850

seq1  CCAATGAAATAGTAACTCATGCCTGAATGCAGCACACCCACAGGCAGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAAATAGTAACTCATGCCTGAATGCAGCACACCCACAGGCAGTGA  900

seq1  TTTTTCTGGAAGGTGGTGAGTCTTCTGGCATTTATCATGTCAGACAGCTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGGAAGGTGGTGAGTCTTCTGGCA-TTATCATGTCAGACAGCTC  949

seq1  AATATCACAGTTTGCTACAAAATCAGCTTTACAAAATAAGAAAAGTCATC  1000
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  -ATATCACAGTTTGCTAC-AAATCAGCTTTACAAAATA--GAAAGTCATC  995

seq1  AGCAAAAAGCACAGACACAGAAAAGTGCCTAACATCAAACCTGCTGTTAA  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
seq2  AGC-AAAAGCACAGACACAGAAAAGTGCTTAACATC-AACCTGCTGTT-A  1042

seq1  GAGGACCTTCTTGTGAAAGACTGAAAAGGCTGGGAGCCACACAGCTGTTG  1100
      |||   ||||||| ||||||||||||| |||  |||||   ||||| |||
seq2  GAG--ACTTCTTG-GAAAGACTGAAAA-GCT--GAGCCCACCAGCT-TTG  1085

seq1  CCTCAGCTGACAGTGTACAGATTGT-GATTC  1130
      |||||||||||||| || ||||||| |||||
seq2  CCTCAGCTGACAGT-TA-AGATTGTGGATTC  1114

seq1: chr1_17647721_17648875
seq2: B6Ng01-055I08.g_67_1194 (reverse)

seq1  TTATAGCTCATCGCCACAAGAGCCTACTGAGTGAGTACGGGGCCAGCTGG  50
      |||||| ||||||||   ||||| ||| | |||||| ||||  |||||| 
seq2  TTATAG-TCATCGCC---AGAGCTTAC-GGGTGAGT-CGGG--CAGCTGA  42

seq1  ACACTTTATGCTCAGGAAAGAGAACTGTGAAGTGACCCTGAACTTAAGGA  100
      ||   ||||| ||||  |||||||||| | ||||| |||| |||||  ||
seq2  AC---TTATGTTCAG--AAGAGAACTG-GGAGTGA-CCTG-ACTTA--GA  82

seq1  GGACATATCTATGATCTTCACATGCAGTGTCTGTAGCAAAGTATGCTAAA  150
      |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  GGACAT-TCTATGATCTTCACATGCAGGGTCCGTAGCAAAGTATGCTAAA  131

seq1  GTCTTTGGGCTTGATAATCTCTCTGAGGCCTTGTAATTAAAAGACATCCA  200
      ||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||  | |||||||||||
seq2  GTC-TTGGGC-TGATAATCTCTCTGAGGC--TGTA--TTAAAGACATCCA  175

seq1  GTTCATACAGTTTAAGATGTGT-GTAGGGATGTCAGAAGTATAAAACTTC  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||
seq2  GTTCATACAGTTTAAGATGTGTGGTAGGGATGTCAGAAG-AT-AAACTTC  223

seq1  AAGAAAGGGCTTAAAGAAACAATGACAAGAACCTATTCAGCTAGGTGCAT  299
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGGCTTAAAGAAAC-ATGACAAGAACCTATTCAGCTAGGTGCAT  272

seq1  GGTCATGAAAGGCACCATACAGAGAGCAGTCTCTGCAGTTTAATCTTCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGAAAGGCACCATACAGAGAGCAGTCTCTGCAGTTTAATCTTCTT  322

seq1  TAGCATCACCATGGTCTTGGTAATAGAAGAAGGAAGTCCTGGAGGAGATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCACCATGGTCTTGGTAATAGAAGAAGGAAGTCCTGGAGGAGATA  372

seq1  TTTGAGCAATTGCCATCCAGAGACAAGTGTGTTTGGTAGACAGTGTTGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCAATTGCCATCCAGAGACAAGTGTGTTTGGTAGACAGTGTTGGT  422

seq1  AATTGTATCAGCTTAGAGGCTATCACAGACAGCAGTTCAAAAAAAAAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTATCAGCTTAGAGGCTATCACAGACAGCAGTTCAAAAAAAAAAAA  472

seq1  TCCCAAGAAAAGTCAATTAATCCCTTATAGAAAGAGCCTAGTAATGATAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGAAAAGTCAATTAATCCCTTATAGAAAGAGCCTAGTAATGATAT  522

seq1  AAAGTAGTATTTCCTTCCACAGAAATTATTCTCTGATATTTTAAAGTGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGTATTTCCTTCCACAGAAATTATTCTCTGATATTTTAAAGTGGT  572

seq1  CAATCTTGAGCAATTGCAATTATTTTCTAGGGATTTTGCTACTTTATGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTGAGCAATTGCAATTATTTTCTAGGGATTTTGCTACTTTATGAG  622

seq1  AGTATCTGCCCAATCCTAGTGACTCGTATGTTAACACCTAATCCTCAGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGCCCAATCCTAGTGACTCGTATGTTAACACCTAATCCTCAGTG  672

seq1  CAATGACATTCAGAGGCGGAGCCTTAGGAAATGATAGCAACTGGGTGGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACATTCAGAGGCGGAGCCTTAGGAAATGATAGCAACTGGGTGGAG  722

seq1  GCATCATGAGTGGATTAGGACCCTCATAAAAGAAGTCCAGAGGAGCTGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATGAGTGGATTAGGACCCTCATAAAAGAAGTCCAGAGGAGCTGGG  772

seq1  TTGCTCTTTCACCATGTAAGAACACAGTAAAGGTATCCCTATGATGAACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTTCACCATGTAAGAACACAGTAAAGGTATCCCTATGATGAACA  822

seq1  TATTGAATCTTCTGGATTCTTGATCTTGAACCTCAGTCTGAAGAAGCAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATCTTCTGGATTCTTGATCTTGAACCTCAGTCTGAAGAAGCAAT  872

seq1  GTGTGTTATACTGAGAAAATTAGCTTTCTCTTTGTTTCACTCTTGGAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTATACTGAGAAAATTAGCTTTCTCTTTGTTTCACTCTTGGAAAA  922

seq1  TTATCTCAGTTTTTCCTTGCCAACTATATATATGACAATAAAGTCAGTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCAGTTTTTCCTTGCCAACTATATATATGACAATAAAGTCAGTTA  972

seq1  GAAGGCTATTTTCCTCCCTGTCCTGCCTATAACAACTCTGGAAATATATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTATTTTCCTCCCTGTCCTGCCTATAACAACTCTGGAAATATATT  1022

seq1  ATCTCTTTCATAAAGAATGAATTTAGACCTTTGGTGACATATTTTGCTGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTCATAAAGAATGAATTTAGACCTTTGGTGACATATTTTGCTGG  1072

seq1  AGGCCACACAATGGATTCTGTTTATTTATTATCAAATCCTTGCCCCAGAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACACAATGGATTCTGTTTATTTATTATCAAATCCTTGCCCCAGAT  1122

seq1  GAATTC  1155
      ||||||
seq2  GAATTC  1128