BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058B14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 44,252,545 - 44,394,452
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4832428D23Rik, LOC435619
Upstream geneEG666644, LOC100041644, Nck2, 1500015O10Rik, Uxs1, LOC666676, LOC100042303, EG666690, Tpp2, A530098C11Rik, EG666713, 1700029F09Rik, Kdelc1, Bivm, Ercc5
Downstream geneTxn-ps1, Gulp1, LOC100041738, LOC100041752, LOC383640, Col3a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058B14.bB6Ng01-058B14.g
ACCDH879771DH879772
length1,081866
definitionDH879771|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058B14, 5' end.DH879772|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,393,360 - 44,394,452)(44,252,545 - 44,253,410)
sequence
gaattcaacacgacttactatgtatgtatttaatgcaaaatatcacagtt
gctgtttgtgattgtgagagacaaatacaggtaataaaacaacaacaaaa
aagccgaaatgctcatttctaagtggctacaacagagttgtttcctgaat
ataaatgacaaaaaaatagtttgtgtatttgtttgggtttattgttaaag
attgctgaaattagagtatcttgacctacaatggatattggagaaatcta
taagctgtaaataatagctgttaaaaagcttgtaaatgagtctgaatttt
aacttagttctaatgtgttactgcatttatttacaggaggtgcacagata
cttccacataaatggcaaaagcagaccacaaggtgcaggagtcagttttc
tccttctgccatgtgggctttaaggatcaagctcaattcactaggcttga
caattttcatgcactgagtcacctcactgcactttttaatgtaatcaatt
gcttatttttatgtttaaatcaattatttttatacgtctaggtatgtcat
catttttttacatttttaaacgtctaggtatgtcatcattttttttacat
tttttacagtgcccccctcacagaatatctcccccattctcctccctttc
cctgagaggttggagcatcctgggtatcctcctccctggcaaatcaagtt
tcttcagggttaggtacatcctctcccactgagacaaaacaaggccatcc
taatgaggaatggattctactgtaaggcaacagatttaggagcagtcctg
ctccagttgttgggagacccacatgcagtctgagctgcacatctcctaca
tatgtgctgggggccacagcccagccctgtatgttctttggttggtggct
cagtcccagagagcacccaagggtccaggttcctatccttttcaggcctc
aaaccttgaccagtcttccataagagtccctgactatgtccaatgtttag
ctgtgagtggggactgaaattctatttaagtatagtatacatggtatatt
ctcaaattgaacatatatcagtcaaaaacag
gaattcagagtccctaagccagaatttcaagaaatttactctttagactt
tgactataaagtcatgtctgtaaggtttctcttcattgcaactctcaaat
ggacgtaaacagcaaaagaccatatttgagtacaagccaacaatgagggg
tgggctagcctgtgtaatggtagaatataaactaaagaggtctccccaga
aacttgaaaagggcggaaactcaaggcattaactacacaggggttggaga
aggccttcaggtcagagtattcattcttctttaagttcattctttcagtg
tatcctggggggaaggatgctcaggaagagatttgccttcagatgatgca
gacttgttgactaaaggactaagcagagaggcaacttggaagcacatctg
catctacctcagcaccaaaatgcccagactttagtggttcctgctttagg
ttgttgtgaaatgcatgagaacactagggtacagagtgagctctggggct
ggcaggatcagcatcaaatgtgaacatagagcagataaaaacctgttcca
gacccaacaagtcagcaaccctagactgggtcttagcaaattgggtttta
acaaaattaccagttggctcacatatatgctggcgaataccagattacaa
acaactgaggtcagggagtagggagatggaccagtgggtggagtaagtgt
ggagaccttagtttggagctccaggatcacctaaaagacgagtgtgtgcc
cataattccagttctggtaggctatgtcctgaagcaaagacaggaaagat
cctgatgcttgctatccagttctagctaaatagtgagcttcaggctcagt
gacagacccagtctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_44393360_44394452
seq2: B6Ng01-058B14.b_50_1130 (reverse)

seq1  CTGTTTTGTGACTGATTATATGTTCAATTTTGGAGAATATACCATGTATA  50
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTT-TGACTGA-TATATGTTCAATTT--GAGAATATACCATGTATA  46

seq1  CTATTAACTAAAATAGAATTTCAGTTCCCCACTCACAGCTAAACATTGGA  100
      ||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAT--ACTTAAATAGAATTTCAG-TCCCCACTCACAGCTAAACATTGGA  93

seq1  CATAGGTCAGGGACTCTTATGGAAGACTTGGTCAAAGGTTTGAAGGCCCT  150
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  | |||
seq2  CATA-GTCAGGGACTCTTATGGAAGAC-TGGTC-AAGGTTTGA--GGCCT  138

seq1  GAAAAGGATAGGAACCTGGACCCTTGGGTGCTCTCTGGGACTGAGCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGATAGGAACCTGGACCCTTGGGTGCTCTCTGGGACTGAGCCACC  188

seq1  AACCAAAGAACATACAGGGCTGGGCTGTGGCCCCCAGCACATATGTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGAACATACAGGGCTGGGCTGTGGCCCCCAGCACATATGTAGGA  238

seq1  GATGTGCAGCTCAGACTGCATGTGGGTCTCCCAACAACTGGAGCAGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCAGCTCAGACTGCATGTGGGTCTCCCAACAACTGGAGCAGGACT  288

seq1  GCTCCTAAATCTGTTGCCTTACAGTAGAATCCATTCCTCATTAGGATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAAATCTGTTGCCTTACAGTAGAATCCATTCCTCATTAGGATGGC  338

seq1  CTTGTTTTGTCTCAGTGGGAGAGGATGTACCTAACCCTGAAGAAACTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTGTCTCAGTGGGAGAGGATGTACCTAACCCTGAAGAAACTTGA  388

seq1  TTTGCCAGGGAGGAGGATACCCAGGATGCTCCAACCTCTCAGGGAAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAGGGAGGAGGATACCCAGGATGCTCCAACCTCTCAGGGAAAGGG  438

seq1  AGGAGAATGGGGGAGATATTCTGTGAGGGGGGCACTGTAAAAAATGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATGGGGGAGATATTCTGTGAGGGGGGCACTGTAAAAAATGTAAA  488

seq1  AAAAATGATGACATACCTAGACGTTTAAAAATGTAAAAAAATGATGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGATGACATACCTAGACGTTTAAAAATGTAAAAAAATGATGACAT  538

seq1  ACCTAGACGTATAAAAATAATTGATTTAAACATAAAAATAAGCAATTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGACGTATAAAAATAATTGATTTAAACATAAAAATAAGCAATTGAT  588

seq1  TACATTAAAAAGTGCAGTGAGGTGACTCAGTGCATGAAAATTGTCAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTAAAAAGTGCAGTGAGGTGACTCAGTGCATGAAAATTGTCAAGCC  638

seq1  TAGTGAATTGAGCTTGATCCTTAAAGCCCACATGGCAGAAGGAGAAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAATTGAGCTTGATCCTTAAAGCCCACATGGCAGAAGGAGAAAACT  688

seq1  GACTCCTGCACCTTGTGGTCTGCTTTTGCCATTTATGTGGAAGTATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGCACCTTGTGGTCTGCTTTTGCCATTTATGTGGAAGTATCTGT  738

seq1  GCACCTCCTGTAAATAAATGCAGTAACACATTAGAACTAAGTTAAAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCCTGTAAATAAATGCAGTAACACATTAGAACTAAGTTAAAATTC  788

seq1  AGACTCATTTACAAGCTTTTTAACAGCTATTATTTACAGCTTATAGATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATTTACAAGCTTTTTAACAGCTATTATTTACAGCTTATAGATTT  838

seq1  CTCCAATATCCATTGTAGGTCAAGATACTCTAATTTCAGCAATCTTTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATATCCATTGTAGGTCAAGATACTCTAATTTCAGCAATCTTTAAC  888

seq1  AATAAACCCAAACAAATACACAAACTATTTTTTTGTCATTTATATTCAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACCCAAACAAATACACAAACTATTTTTTTGTCATTTATATTCAGG  938

seq1  AAACAACTCTGTTGTAGCCACTTAGAAATGAGCATTTCGGCTTTTTTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTCTGTTGTAGCCACTTAGAAATGAGCATTTCGGCTTTTTTGTT  988

seq1  GTTGTTTTATTACCTGTATTTGTCTCTCACAATCACAAACAGCAACTGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTTATTACCTGTATTTGTCTCTCACAATCACAAACAGCAACTGTG  1038

seq1  ATATTTTGCATTAAATACATACATAGTAAGTCGTGTTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGCATTAAATACATACATAGTAAGTCGTGTTGAATTC  1081

seq1: chr1_44252545_44253410
seq2: B6Ng01-058B14.g_69_934

seq1  GAATTCAGAGTCCCTAAGCCAGAATTTCAAGAAATTTACTCTTTAGACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCCCTAAGCCAGAATTTCAAGAAATTTACTCTTTAGACTT  50

seq1  TGACTATAAAGTCATGTCTGTAAGGTTTCTCTTCATTGCAACTCTCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAAAGTCATGTCTGTAAGGTTTCTCTTCATTGCAACTCTCAAAT  100

seq1  GGACGTAAACAGCAAAAGACCATATTTGAGTACAAGCCAACAATGAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGTAAACAGCAAAAGACCATATTTGAGTACAAGCCAACAATGAGGGG  150

seq1  TGGGCTAGCCTGTGTAATGGTAGAATATAAACTAAAGAGGTCTCCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTAGCCTGTGTAATGGTAGAATATAAACTAAAGAGGTCTCCCCAGA  200

seq1  AACTTGAAAAGGGCGGAAACTCAAGGCATTAACTACACAGGGGTTGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAAAGGGCGGAAACTCAAGGCATTAACTACACAGGGGTTGGAGA  250

seq1  AGGCCTTCAGGTCAGAGTATTCATTCTTCTTTAAGTTCATTCTTTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTCAGGTCAGAGTATTCATTCTTCTTTAAGTTCATTCTTTCAGTG  300

seq1  TATCCTGGGGGGAAGGATGCTCAGGAAGAGATTTGCCTTCAGATGATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGGGGGAAGGATGCTCAGGAAGAGATTTGCCTTCAGATGATGCA  350

seq1  GACTTGTTGACTAAAGGACTAAGCAGAGAGGCAACTTGGAAGCACATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTTGACTAAAGGACTAAGCAGAGAGGCAACTTGGAAGCACATCTG  400

seq1  CATCTACCTCAGCACCAAAATGCCCAGACTTTAGTGGTTCCTGCTTTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACCTCAGCACCAAAATGCCCAGACTTTAGTGGTTCCTGCTTTAGG  450

seq1  TTGTTGTGAAATGCATGAGAACACTAGGGTACAGAGTGAGCTCTGGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTGAAATGCATGAGAACACTAGGGTACAGAGTGAGCTCTGGGGCT  500

seq1  GGCAGGATCAGCATCAAATGTGAACATAGAGCAGATAAAAACCTGTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATCAGCATCAAATGTGAACATAGAGCAGATAAAAACCTGTTCCA  550

seq1  GACCCAACAAGTCAGCAACCCTAGACTGGGTCTTAGCAAATTGGGTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAACAAGTCAGCAACCCTAGACTGGGTCTTAGCAAATTGGGTTTTA  600

seq1  ACAAAATTACCAGTTGGCTCACATATATGCTGGCGAATACCAGATTACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTACCAGTTGGCTCACATATATGCTGGCGAATACCAGATTACAA  650

seq1  ACAACTGAGGTCAGGGAGTAGGGAGATGGACCAGTGGGTGGAGTAAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGAGGTCAGGGAGTAGGGAGATGGACCAGTGGGTGGAGTAAGTGT  700

seq1  GGAGACCTTAGTTTGGAGCTCCAGGATCACCTAAAAGACGAGTGTGTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCTTAGTTTGGAGCTCCAGGATCACCTAAAAGACGAGTGTGTGCC  750

seq1  CATAATTCCAGTTCTGGTAGGCTATGTCCTGAAGCAAAGACAGG-AAGAT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATAATTCCAGTTCTGGTAGGCTATGTCCTGAAGCAAAGACAGGAAAGAT  800

seq1  CCTGATGCTTGCTATCCAGTTCTAGCTAAAATAGTGAGCTTCAGGCTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCTTGCTATCCAGTTCTAGCT-AAATAGTGAGCTTCAGGCTCAG  849

seq1  TGACAGACCCAGTCTTA  866
      |||||||||||||||||
seq2  TGACAGACCCAGTCTTA  866