BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058C02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 190,156,323 - 190,293,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsh2a
Upstream geneGpatch2, Esrrg, 9330162B11Rik
Downstream geneKctd3, Kcnk2, LOC100042424, LOC100039307
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058C02.bB6Ng01-058C02.g
ACCDH879791DH879792
length1,0001,099
definitionDH879791|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058C02, 5' end.DH879792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(190,156,323 - 190,157,309)(190,292,387 - 190,293,505)
sequence
gaattcctcaaggcaggtttagtataacagcttccctgcatggagggggc
acggaacatcccgtgtgcccatagcccaggatcttcatttgaaaaatagt
ttcttttaattttgatattatactataattacatcatttctcctctcctt
tttctcttccctagccttcccataagcctttccttgttccctcagaaacc
catggcctcctctttcactgttcttccaattgtgtgtgtatgtgtgttcc
taaatataaccttcttagtctgtatgatgttccttctttgtgtgttctca
gaccctttgatttgggacaaccaattagtgcccccttccctgggtaagac
tatgactcccactctcagaattccttagttacgtagagttctttgtctgg
ggttggtcctgtctctatccatcaagcatgtgctcagacttccacctgct
ttcagctgctccagagagttggtcttaaagggacagggagctcaactgcc
ctgtgtgtctctgaattggcttctcttgtgtgactgtactaaaacacgct
gatcaaggccacttaagggagaaagggtttactttaggttacaatcctta
gatggtctaagttcatcacagcagggattccctgacagcaggaacatgag
tctgacttaccatgtctgtggtcagtgagagtagaaagtgaagccagtct
gtaactcccaaagactaccccagtaacctgcgttctcccacagcgctcca
gagcattccctagcagcacagtggtctgggagagtccgagcctgtgggga
atggtcctcattcaaacctgcctgttaacacagaggtggggttgagggtg
aagctacagccccagaacataactgtgacaggatggaatgctgcagaagg
attctaaaggctgaccgtcacaagatgcgtagatttcagaaatgggaaaa
cataggatagagttagaagtccagtacgaccagtcattactgggatggct

gaattccctaagtaactaatctggtctatttggtaagttcaagtcagtga
tagaccctgtctgaaaaggaaaatgtatggtacccaatgaatggcaccct
tggtcatcctctgacatatttaccatatacaagacacacacacacacaca
cacacacacacacagacatacttacacacatacacacagacaagcacaca
tagttacacacacacatgcacatgcatgcacacacaagcaagcatgcatt
tactcctgcatgtaaacctctccacacacaaatgtagttttggaaacctg
ttctaacttgctaactgactaaatgcataaatgtagataaatgacccatc
tcaataaaataataaaatcatttaaccaaacctggcagttacaccaaagg
atcaggccaattatgcaggtggataagaattaaaaggtgggctgtagaga
cagctaagtagttaaaagcatgtgctcctctaacagaggactgtggttca
attcccaggacccaaatgggggtggggaccacaactgcctataattccag
atctaggaaatctgactccattctcacctgtaggcactagcatgcacata
caagtgcatatacatactcacactcaggctcacacatgcacatggcatta
aaaaaatctattctttctttctcttagtctctgtctctctcggtctttct
ccttctgtctttctctttgtctctgtctctctgtctctgtctgcctctgt
ctctctctctcatgtgttaataaagtcttaagtaacatcaaactactggc
tcaccatgaaagtcagacttgccccttccttttctcaagaaaatgaccag
tgctctggggagcggttcctggcaggctgagatgcgcatcccaagcctac
actctgtgcagctgcagctgtgcagcagacaggagctcttgcttagtgag
ccagtgtttatggcttagattctaaagtgatttggaatgttccagatgct
gcatctgcccttgccttgtaccgcgaggatgagccagtgagggagaagca
gatgactaatttattaggatggacatgctatctactttcagcgcggcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_190156323_190157309
seq2: B6Ng01-058C02.b_47_1022

seq1  GAATTCCTCAAGGCAGGTTTAGTATAACAGCTTCCCTGCATGGAGGGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAGGCAGGTTTAGTATAACAGCTTCCCTGCATGGAGGGGGC  50

seq1  ACGGAACATCCCGTGTGCCCATAGCCCAGGATCTTCATTTGAAAAATAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAACATCCCGTGTGCCCATAGCCCAGGATCTTCATTTGAAAAATAGT  100

seq1  TTCTTTTAATTTTGATATTATACTATAATTACATCATTTCTCCTCTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAATTTTGATATTATACTATAATTACATCATTTCTCCTCTCCTT  150

seq1  TTTCTCTTCCCTAGCCTTCCCATAAGCCTTTCCTTGTTCCCTCAGAAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCCCTAGCCTTCCCATAAGCCTTTCCTTGTTCCCTCAGAAACC  200

seq1  CATGGCCTCCTCTTTCACTGTTCTTCCAATTGTGTGTGTGTATGTGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCTCCTCTTTCACTGTTCTTCCAAT--TGTGTGTGTATGTGTGTT  248

seq1  CCTAAATATAACCTTCTTAGTCTGTATGATGTTCCTTCTTTGTGTGTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATATAACCTTCTTAGTCTGTATGATGTTCCTTCTTTGTGTGTTCT  298

seq1  CAGACCCTTTGATTTGGGACAACCAATTAGTGCCCCCTTCCCTGGGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCTTTGATTTGGGACAACCAATTAGTGCCCCCTTCCCTGGGTAAG  348

seq1  ACTATGACTCCCACTCTCAGAATTCCTTAGTTACGTAGAGTTCTTTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGACTCCCACTCTCAGAATTCCTTAGTTACGTAGAGTTCTTTGTCT  398

seq1  GGGGTTGGTCCTGTCTCTATCCATCAAGCATGTGCTCAGACTTCCACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGGTCCTGTCTCTATCCATCAAGCATGTGCTCAGACTTCCACCTG  448

seq1  CTTTCAGCTGCTCCAGAGAGTTGGTCTTAAAGGGACAGGGAGCTCAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGCTGCTCCAGAGAGTTGGTCTTAAAGGGACAGGGAGCTCAACTG  498

seq1  CCCTGTGTGTCTCTGAATTGGCTTCTCTTGTGTGACTGTACTAAAACACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTGTCTCTGAATTGGCTTCTCTTGTGTGACTGTACTAAAACACG  548

seq1  CTGATCAAGGCCACTTAAGGGAGAAAGGGTTTACTTTAGGTTACAATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAAGGCCACTTAAGGGAGAAAGGGTTTACTTTAGGTTACAATCCT  598

seq1  TAGATGGTCTAAGTTCATCACAGCAGGGATTCCCTGACAGCAGGAACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGTCTAAGTTCATCACAGCAGGGATTCCCTGACAGCAGGAACATG  648

seq1  AGTCTGACTTACCATGTCTGTGGTCAGTGAGAGTAGAAAGTGAAGCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGACTTACCATGTCTGTGGTCAGTGAGAGTAGAAAGTGAAGCCAGT  698

seq1  CTGTAACTCCCAAAGACTACCCCAGTAACCTGCGTTCTCCCACAGCGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTCCCAAAGACTACCCCAGTAACCTGCGTTCTCCCACAGCGCTC  748

seq1  CAGAGCATTCCCTAGCAGCACAGTGGTCTGGGAGAGTCCGAGCCTGTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATTCCCTAGCAGCACAGTGGTCTGGGAGAGTCCGAGCCTGTGGG  798

seq1  GAATGGTCCTCATTCAAACCTGCCTGTTAACACAGAGGTGGGGTTGAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTCCTCATTCAAACCTGCCTGTTAACACAGAGGTGGGGTTGAGGG  848

seq1  TGAAGCTACAGCCCCAGAACATAACTGTGACAGGATGGAATGCTGCAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTACAGCCCCAGAACATAACTGTGACAGGATGGAATGCTGCAGAA  898

seq1  GGAATTCTAAAGGCTGACCGTCACAAAGATGCGTAGATTTCAAGAAAATG  950
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||
seq2  GG-ATTCTAAAGGCTGACCGTCAC-AAGATGCGTAGATTTCA--GAAATG  944

seq1  GGGAAAAACAATAGGATAGAGTTAAGAAGGTCCAGTA  987
      ||  ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  GG--AAAAC-ATAGGATAGAGTT-AGAA-GTCCAGTA  976

seq1: chr1_190292387_190293505
seq2: B6Ng01-058C02.g_67_1165 (reverse)

seq1  TTGCCGCGCTGAAAGATAGAGTAGCCTGTCCATTCCTAATAAATTTAGTC  50
      ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||
seq2  TTGCCGCGCTGAAAG-TAGA-TAGCATGTCCA-TCCTAATAAA-TTAGTC  46

seq1  ATCCTTGCTGTCTCCCTCACTGGCCTCATCCTCCGCGGTACAAGGGCCAG  100
      |||  |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  || 
seq2  ATC--TGCT-TCTCCCTCACTGG-CTCATCCT-CGCGGTACAAGG--CAA  89

seq1  GGGCAGATGCAGCATCTGGGAACATTTCCAAATTCCACTTTAAGAATCTT  150
      ||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| |||||| |
seq2  GGGCAGATGCAGCATCT-GGAACA-TTCCAAAT--CACTTT-AGAATC-T  133

seq1  AAGCCATAAACACTGGCCTCACTAAGCAAGAGCCTCCTGTCTGCTGCACA  200
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGCCATAAACACTGG-CTCACTAAGCAAGAG-CTCCTGTCTGCTGCACA  181

seq1  GCCTGCAGCTGCACAGAGTGTAGGCTTGGGATGCGCATCTCAGCCTGCCA  250
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTGCAGCTGCACAGAGTGTAGGCTTGGGATGCGCATCTCAGCCTGCCA  230

seq1  GGAACCGCTCCCCAGAGCACTGGTCATTTTCCTGAGAAAAGGAAGGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAACCGCTCCCCAGAGCACTGGTCATTTTCTTGAGAAAAGGAAGGGGCA  280

seq1  AGTCTGACTTTCATGGTGAGCCAGTAGTTTGATGTTACTTAAGACTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGACTTTCATGGTGAGCCAGTAGTTTGATGTTACTTAAGACTTTAT  330

seq1  TAACACATGAGAGAGAGAGACAGAGGCAGACAGAGACAGAGAGACAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACATGAGAGAGAGAGACAGAGGCAGACAGAGACAGAGAGACAGAGA  380

seq1  CAAAGAGAAAGACAGAAGGAGAAAGACCGAGAGAGACAGAGACTAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGAAAGACAGAAGGAGAAAGACCGAGAGAGACAGAGACTAAGAGA  430

seq1  AAGAAAGAATAGATTTTTTTAATGCCATGTGCATGTGTGAGCCTGAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAATAGATTTTTTTAATGCCATGTGCATGTGTGAGCCTGAGTGT  480

seq1  GAGTATGTATATGCACTTGTATGTGCATGCTAGTGCCTACAGGTGAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGTATATGCACTTGTATGTGCATGCTAGTGCCTACAGGTGAGAAT  530

seq1  GGAGTCAGATTTCCTAGATCTGGAATTATAGGCAGTTGTGGTCCCCACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGATTTCCTAGATCTGGAATTATAGGCAGTTGTGGTCCCCACCC  580

seq1  CCATTTGGGTCCTGGGAATTGAACCACAGTCCTCTGTTAGAGGAGCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGGTCCTGGGAATTGAACCACAGTCCTCTGTTAGAGGAGCACAT  630

seq1  GCTTTTAACTACTTAGCTGTCTCTACAGCCCACCTTTTAATTCTTATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAACTACTTAGCTGTCTCTACAGCCCACCTTTTAATTCTTATCCA  680

seq1  CCTGCATAATTGGCCTGATCCTTTGGTGTAACTGCCAGGTTTGGTTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATAATTGGCCTGATCCTTTGGTGTAACTGCCAGGTTTGGTTAAAT  730

seq1  GATTTTATTATTTTATTGAGATGGGTCATTTATCTACATTTATGCATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATTATTTTATTGAGATGGGTCATTTATCTACATTTATGCATTTA  780

seq1  GTCAGTTAGCAAGTTAGAACAGGTTTCCAAAACTACATTTGTGTGTGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTAGCAAGTTAGAACAGGTTTCCAAAACTACATTTGTGTGTGGAG  830

seq1  AGGTTTACATGCAGGAGTAAATGCATGCTTGCTTGTGTGTGCATGCATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTACATGCAGGAGTAAATGCATGCTTGCTTGTGTGTGCATGCATGT  880

seq1  GCATGTGTGTGTGTAACTATGTGTGCTTGTCTGTGTGTATGTGTGTAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTGTGTGTAACTATGTGTGCTTGTCTGTGTGTATGTGTGTAAGT  930

seq1  ATGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTGTATATGGTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTGTATATGGTAA  980

seq1  ATATGTCAGAGGATGACCAAGGGTGCCATTCATTGGGTACCATACATTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCAGAGGATGACCAAGGGTGCCATTCATTGGGTACCATACATTTT  1030

seq1  CCTTTTCAGACAGGGTCTATCACTGACTTGAACTTACCAAATAGACCAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCAGACAGGGTCTATCACTGACTTGAACTTACCAAATAGACCAGA  1080

seq1  TTAGTTACTTAGGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTACTTAGGGAATTC  1099