BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058N20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 25,373,146 - 25,527,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBai3
Upstream geneCol19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171
Downstream geneLOC665595
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058N20.bB6Ng01-058N20.g
ACCDH880324DH880325
length1,2051,124
definitionDH880324|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058N20, 5' end.DH880325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058N20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,526,229 - 25,527,454)(25,373,146 - 25,374,285)
sequence
gaattcatacacaggtcccctgttcttgctaacattttggctgctttgag
gctgcacagctcttgtgcatactgctataactgctatgggttcacatgta
cagctactctttatgtctggagcacactgatttcttgtagccatctactc
tctctggctcttatagactttcttgcctcattgcctgccatgattcctga
accttaggcagaaggggtacagtgtatgggttgcatttagggctgagctt
tatgtagtcttttattcttcactgtcagactctttttacatagggtgtca
gaagagtgtcaggtcatacatgtgacttctgctatcttccaggcttcaat
ctttctccagcaagtgagtagagcttgcttaatgtgtgacacgtattgca
tggctgtggctaggcttccctgaacccccggtgtgacagggtttttagat
gtgttcttaccgtcttgcaatgctctccatttggtgctgattactgggat
catctggactctttaacattccttacttaagagtgcttccatgtcctgat
ttgataatttttttcatactgagtgttgacaacttatattgattgttctg
tcccactgcctacatgtgaataataaacatactatattttagtcatgtaa
gcatcgctaacttctttactcttaatttttaaatgaagactgcaaaagca
ggatcaaacatatgcctgaaagccccaaggtctgaatatccccttcttca
agtatgttttcatccatggtcccgtatctcaaaggtgggaccactatgct
acttcttcttggagattttggttaaaaaattatcccaaagagactgatag
catcatctaaatattgtctattaaagctactaaagaactgctaccagtca
agatgccttgcttcaaagcagagcaaaacaatagctccaaacattgccag
tggatctagagcacatccttctgctatttgctattttcaaatgagtcaga
gtttctgtgagatgtggctaaaagaagagcaagaagaacaaaatgtgtca
ctcagacttcttgtttcctcaacagcgcatattgtgaaagattgtcaaca
gtctgtttcaagtatccagtctcgtggaatgatgtggttcagcaggcagg
caggcttggtatcagagctgtttcacactatcagttaaacatcctgaaag
ggagg
gaattccatttattgaatgtcattaatcagaacatgttccacaagaaaga
cttcaagtgattaaattgatctgtccttacactttttttcttcgtgggtt
aatttagaatagcctcaaaaattggccatggtctatgatggcactctgtg
atttgcataatccaaggacatctgtcttttttctactgctttgtttacta
aaggcaaggcttcatggaaatcacatctatggtctatagtttatttggtt
taggcttgaggctaattaagtgagagtcggagttcttccctatgtgggct
tggaccttggattcaatgcagcttcagaagacattccaaggcctgaccaa
ttgctcccctcaaacaaacaaacaaacaaacaaacacaaatcaactaaac
aacaaaccaaatctgaaaacaaaccccctaccccccaaaaagtgaaggat
aaaaagaaggattaaaagaaggatagagcccccacagcaaaattactgac
tgtacacagggtattttgcagtaatggtgacttagtggtatcattctaac
agtcccaagcaagacagtgaatagtcttcagttgagtacggctgtgtcaa
tctctggctcatgacagccaaaccaaatgagcagcaactttctggatgtg
tctctttaggactatagaaaggtgaattctcagtgggtacctttatgcag
gtatgcacacatcctaatacaggacatgatcaaataacagtgcattttca
gggagggaagggagaaaaaaaaaagagtgcattttctgttttctccccct
atacccttaaggaatgcagaatgtagctacaattcttatgaattgaccta
tttatatgctggggtctggaattcagcaaacaatcttaaggctactgttg
ccaattagtatgttgtactttgtttcattctgcccattctcaggctgttt
tgcttatatctgagatgccagatgctgaatggacaagtttaaagagagct
tgctggaaagtgcagatgtgatgatcactgagttccttaaggggcagcat
gtgttgcagcaggaaaagtggattcctcagtccgtctctacatctgctaa
gcagtgggtgaccctgagtagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_25526229_25527454
seq2: B6Ng01-058N20.b_49_1253 (reverse)

seq1  CCTCCCTTCCAGGATGTTCTAACCTGATAGTTGTGAACACAGCTCTCTGA  50
      |||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||  ||||||
seq2  CCTCCCTTTCAGGATGTT-TAA-CTGATAG-TGTGAA-ACAG--CTCTGA  44

seq1  TACCAGGCCTGGCTGCCCTGCTGGACCACATCAATTCCAC-AGACCTGGG  99
      ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||   ||
seq2  TACCAAGCCTGCCTG-CCTGCTGAACCACATC-ATTCCACGAGAC--TGG  90

seq1  ATACTTTGAGAACAGACTGTTGACATATCTCTCCCAATATGCGCTTGTTT  149
      |||| |||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||| |||| 
seq2  ATAC-TTGA-AACAGACTGTTGACA-ATCTTTCACAATATGCGC-TGTT-  135

seq1  GGAGGAAAACAAGAAGTCTTGAGTGACACATTTTGTTCTTCCTTGCTCTT  199
       |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -GAGG-AAACAAGAAGTC-TGAGTGACACATTTTGTTCTT-CTTGCTCTT  181

seq1  CTTTTAGCCACATCTTCACAGAAACTCTGACTCATTTTGAAAATAGCAAA  249
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CTTTTAGCCACATC-TCACAGAAACTCTGACTCA-TTTGAAAATAGC-AA  228

seq1  ATAGCAGAAGGATGTTGCTCTAGGATCCACTGGCAATGTTTGGAGCTATT  299
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGAAGGATG-TGCTCTA-GATCCACTGGCAATGTTTGGAGCTATT  276

seq1  GTTTTGCTCTGCTTTGAAGCAAGGCATCTTGACTGGTAGCAGTTCTTTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCTCTGCTTTGAAGCAAGGCATCTTGACTGGTAGCAGTTCTTTAG  326

seq1  TAGCTTTAATAGACAATATTTAGATGATGCTATCAGTCTCTTTGGGATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTAATAGACAATATTTAGATGATGCTATCAGTCTCTTTGGGATAA  376

seq1  TTTTTTAACCAAAATCTCCAAGAAGAAGTAGCATAGTGGTCCCACCTTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAACCAAAATCTCCAAGAAGAAGTAGCATAGTGGTCCCACCTTTG  426

seq1  AGATACGGGACCATGGATG-AAACATACTTGAAGAAGGGGATATTCAGAC  498
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACGGGACCATGGATGAAAACATACTTGAAGAAGGGGATATTCAGAC  476

seq1  CTTGGGGCTTTCAGGCATATGTTTGATCCTGCTTTTGCAGTCTTCATTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCTTTCAGGCATATGTTTGATCCTGCTTTTGCAGTCTTCATTTA  526

seq1  AAAATTAAGAGTAAAGAAGTTAGCGATGCTTACATGACT-AAATATAGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAATTAAGAGTAAAGAAGTTAGCGATGCTTACATGACTAAAATATAGTA  576

seq1  TGTTTATTATTCACATGTAGGCAGTGGGACAGAACAATCAATATAAGTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTATTCACATGTAGGCAGTGGGACAGAACAATCAATATAAGTTG  626

seq1  TCAACACTCAGTATGAAAAAAATTATCAAATCAGGACATGGAAGCACTCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACTCAGTATGAAAAAAATTATCAAATCAGGACATGGAAGCACTCT  676

seq1  TAAGTAAGGAATGTTAAAGAGTCCAGATGATCCCAGTAATCAGCACCAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAGGAATGTTAAAGAGTCCAGATGATCCCAGTAATCAGCACCAAA  726

seq1  TGGAGAGCATTGCAAGACGGTAAGAACACATCTAAAAACCCTGTCACACC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGCATTGCAAGACGGTAAGAACACATCTAAAAACCCTGTCACACC  776

seq1  GGGGGTTCAGGGAAGCCTAGCCACAGCCATGCAATACGTGTCACACATTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTTCAGGGAAGCCTAGCCACAGCCATGCAATACGTGTCACACATTA  826

seq1  AGCAAGCTCTACTCACTTGCTGGAGAAAGATTGAAGCCTGGAAGATAGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTCTACTCACTTGCTGGAGAAAGATTGAAGCCTGGAAGATAGCA  876

seq1  GAAGTCACATGTATGACCTGACACTCTTCTGACACCCTATGTAAAAAGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACATGTATGACCTGACACTCTTCTGACACCCTATGTAAAAAGAG  926

seq1  TCTGACAGTGAAGAATAAAAGACTACATAAAGCTCAGCCCTAAATGCAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGTGAAGAATAAAAGACTACATAAAGCTCAGCCCTAAATGCAAC  976

seq1  CCATACACTGTACCCCTTCTGCCTAAGGTTCAGGAATCATGGCAGGCAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACACTGTACCCCTTCTGCCTAAGGTTCAGGAATCATGGCAGGCAAT  1026

seq1  GAGGCAAGAAAGTCTATAAGAGCCAGAGAGAGTAGATGGCTACAAGAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAGAAAGTCTATAAGAGCCAGAGAGAGTAGATGGCTACAAGAAAT  1076

seq1  CAGTGTGCTCCAGACATAAAGAGTAGCTGTACATGTGAACCCATAGCAGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGCTCCAGACATAAAGAGTAGCTGTACATGTGAACCCATAGCAGT  1126

seq1  TATAGCAGTATGCACAAGAGCTGTGCAGCCTCAAAGCAGCCAAAATGTTA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCAGTATGCACAAGAGCTGTGCAGCCTCAAAGCAGCCAAAATGTTA  1176

seq1  GCAAGAACAGGGGACCTGTGTATGAATTC  1226
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAACAGGGGACCTGTGTATGAATTC  1205

seq1: chr1_25373146_25374285
seq2: B6Ng01-058N20.g_70_1193

seq1  GAATTCCATTTATTGAATGTCATTAATCAGAACATGTTCCACAAGAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTATTGAATGTCATTAATCAGAACATGTTCCACAAGAAAGA  50

seq1  CTTCAAGTGATTAAATTGATCTGTCCTTACACTTTTTTTCTTCGTGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTGATTAAATTGATCTGTCCTTACACTTTTTTTCTTCGTGGGTT  100

seq1  AATTTAGAATAGCCTCAAAAATTGGCCATGGTCTATGATGGCACTCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAATAGCCTCAAAAATTGGCCATGGTCTATGATGGCACTCTGTG  150

seq1  ATTTGCATAATCCAAGGACATCTGTCTTTTTTCTACTGCTTTGTTTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCATAATCCAAGGACATCTGTCTTTTTTCTACTGCTTTGTTTACTA  200

seq1  AAGGCAAGGCTTCATGGAAATCACATCTATGGTCTATAGTTTATTTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGGCTTCATGGAAATCACATCTATGGTCTATAGTTTATTTGGTT  250

seq1  TAGGCTTGAGGCTAATTAAGTGAGAGTCGGAGTTCTTCCCTATGTGGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTGAGGCTAATTAAGTGAGAGTCGGAGTTCTTCCCTATGTGGGCT  300

seq1  TGGACCTTGGATTCAATGCAGCTTCAGAAGACATTCCAAGGCCTGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTTGGATTCAATGCAGCTTCAGAAGACATTCCAAGGCCTGACCAA  350

seq1  TTGCTCCCCTCAAACAAACAAACAAACAAACAAACACAAATCAACTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCCCTCAAACAAACAAACAAACAAACAAACACAAATCAACTAAAC  400

seq1  AACAAACCAAATCTGAAAACAAACCCCCTACCCCCCAAAAAGTGAAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACCAAATCTGAAAACAAACCCCCTACCCCCCAAAAAGTGAAGGAT  450

seq1  AAAAAGAAGGATTAAAAGAAGGATAGAGCCCCCACAGCAAAATTACTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGGATTAAAAGAAGGATAGAGCCCCCACAGCAAAATTACTGAC  500

seq1  TGTACACAGGGTATTTTGCAGTAATGGTGACTTAGTGGTATCATTCTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACAGGGTATTTTGCAGTAATGGTGACTTAGTGGTATCATTCTAAC  550

seq1  AGTCCCAAGCAAGACAGTGAATAGTCTTCAGTTGAGTACGGCTGTGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAAGCAAGACAGTGAATAGTCTTCAGTTGAGTACGGCTGTGTCAA  600

seq1  TCTCTGGCTCATGACAGCCAAACCAAATGAGCAGCAACTTTCTGGATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTCATGACAGCCAAACCAAATGAGCAGCAACTTTCTGGATGTG  650

seq1  TCTCTTTAGGACTATAGAAAGGTGAATTCTCAGTGGGTACCTTTATGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAGGACTATAGAAAGGTGAATTCTCAGTGGGTACCTTTATGCAG  700

seq1  GTATGCACACATCCTAATACAGGACATGATCAAATAACAGTGCATTTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCACACATCCTAATACAGGACATGATCAAATAACAGTGCATTTTCA  750

seq1  GGGAGGGAAGGGAGAAAAAAAAAAGAGTGCATTTTCTGTTTTCTCCCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGAAGGGAGAAAAAAAAAAGAGTGCATTTTCTGTTTTCTCCCCCT  800

seq1  ATACCCTTAAGGAATGCAGAATGTAGCTACAATTCTTATGAATTGACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTTAAGGAATGCAGAATGTAGCTACAATTCTTATGAATTGACCTA  850

seq1  TTTATATGCTGGGGTCTGGAATTCAGCAAACAATCTTAAGGCTACTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTATATGCTGGGGTCTGGAATTCAGCAAACAATCTTAAGGCTACTG-TT  899

seq1  GCCAATTAGTATGTTGTTACTTTGTTTCAATTCTTGCCCCATTCTCCAGG  950
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||| ||||
seq2  GCCAATTAGTATGTTG-TACTTTGTTTC-ATTCT--GCCCATTCT-CAGG  944

seq1  CTGTTTTGCTTATATCTGAGATGCCAAGATGCTGAATGGACAAGTTTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |
seq2  CTGTTTTGCTTATATCTGAGATGCC-AGATGCTGAATGGACAAGTTT--A  991

seq1  AGGAGAGCTTGCTGGAAAGTGGCAGATGTGATGAATCACTGAGTTCCCTT  1050
      | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | 
seq2  AAGAGAGCTTGCTGGAAAGT-GCAGATGTGATG-ATCACTGAGTTCCTT-  1038

seq1  TACAGGGGGCAGCATGTGATGCAAGCAAGAAAAGT-GATTCCTCCAGTCT  1099
         | ||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| ||||| 
seq2  ---AAGGGGCAGCATGTGTTGC-AGCAGGAAAAGTGGATTCCT-CAGTCC  1083

seq1  G-CTCCACA-CTGCTAAGCAGTTGGGTGACCTTGAAGTAGAGA  1140
      | ||| ||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||
seq2  GTCTCTACATCTGCTAAGCAG-TGGGTGACCCTG-AGTAGAGA  1124