BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059E22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 91,854,285 - 92,017,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAsb18, Iqca
Upstream geneSh3bp4, LOC383542, EG665688, Centg2, Gbx2
Downstream geneCxcr7, Cops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059E22.bB6Ng01-059E22.g
ACCDH880628DH880629
length1,149486
definitionDH880628|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E22, 5' end.DH880629|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,016,297 - 92,017,464)(91,854,285 - 91,854,776)
sequence
gaattctcagaagcagctgcactcagcagaggagaggcaaacacgtgtgg
gttattcgagtaagaagccaaagtatcttcctcttggccatcacttccat
gaaaaatagatgaggttcaacaggggacatgagaagaggccgggaaagaa
ctcaagattcgggcaccgttcactgaggcctcagggataggtgcatagcc
catgtgaaaccacatgctttgatggggctcgtcacagtgaattaaattaa
gagcgcccagcaactaggggctcttgtggtcttcgatccaggtactacgg
ctcaatgaaagatagacactaagctcttcagcaaatatagtatgctgatt
ccctttgcctagactcataaatggatccagacaaaagccatgagcccttt
tcattctcagtgtaccccacaaactgcaaggacagagtactcttcccctg
atagtggcttctcagaagcatgctggccaccagtcgtacttagcactgct
cttaggatatcttctatctctaaagtgtgaccaagcaccaccaaagagat
gaagacatgcttagatgtgggagagctcacacccaagcatttctactgca
gtgtgtgtaacaggaagtgggatggagtgtggccacctcctcgaagggac
tgagcactgtgaggatagaacacagagtgggttttcacactcagagtctc
ccagttcggagcaggcagaagcccttcatccctgcgctcaatggctttgt
gtagacactgcttggacagaaacagccacacaccttcttagtttataaat
atagtcacactcacttgccacttgatcaaacaagcagaggagtttggaaa
aggacaggacagatgaagctccttctgatgaggaagggacatggggacgc
tggctgggcttcaagccatgtcttgaagggaatgggagacagtgaagaaa
gccctttgctttcattctgacaggtcagctctttcctgagtataactctt
ccacataaacgtattggatagaaaacagagtagacctgcttgtcactttc
tcacagagatcacagcatagattctcagtaaccctagtggatggtccttt
tcataaatgaagggaagagcaaactgttctgtacggttctggggggggg
tcttaattgaagatatctgcattcattcattgtgtatgtatgtgggtgta
agtgtgccagtgctgtgggtagagctggaagacatccagcaggaagttag
ttttctccttctactttaagcgtctcagggtttgaacttgggtcaccagg
cttgttggcaagagctttgctgagacctcaggctggcccgcataattttc
ctaatttcccccttctgttttgagagaggatcatgctggctaccctaggc
tgatatcgaacttgcaattctgtgcctcaatttcccaagtgtaggattac
aggcatggaccactgtgcctcacttcctttttgcttttgaaaacctctgt
acctcatgggctttgcactccctcatagttcactctgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacgtgatgggctttgcactccctctccc
tcatagttcactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92016297_92017464
seq2: B6Ng01-059E22.b_45_1193 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCAGACCCGTACAG-ACAGTCTGCTCTTCCCTTTACAATTTAA  49
      |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |    || |
seq2  CCCCCCCCCAGAACCGTACAGAACAGTTTGCTCTTCCCTTCA----TTTA  46

seq1  TGAAAAGGAACCATCCACTAGGGGTTACTTGAGAATCTATGCTGGTTTGA  99
      |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||
seq2  TGAAAAGG-ACCATCCACTA-GGGTTAC-TGAGAATCTATGCTG---TGA  90

seq1  TCCTCTGTTGAGAAAGTGACAAGCAGGTCTTACTTCTGTTTTCCTATCCC  149
      | ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| 
seq2  T-CTCTG-TGAGAAAGTGACAAGCAGGTC-TAC-TCTGTTTT-CTATCC-  134

seq1  AAATACCGTTTATGTGGGAGAGTTAATACTCAGGAAAGAGCTGACCCTGT  199
       |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  -AATA-CGTTTATGTGGAAGAGTT-ATACTCAGGAAAGAGCTGA-CCTGT  180

seq1  CAGAATGAAAGCAAAGGGCTTTCTTCACTGTCTCCCATTCCCTTCAAGAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGAAAGCAAAGGGCTTTCTTCACTGTCTCCCATTCCCTTCAAGAC  230

seq1  ATGGCTTGAAGCCCAGCCAGCGTCCCCATGTCCCTTCCTCATCAGAAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGAAGCCCAGCCAGCGTCCCCATGTCCCTTCCTCATCAGAAGGA  280

seq1  GCTTCATCTGTCCTGTCCTTTTCCAAACTCCTCTGCTTGTTTGATCAAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATCTGTCCTGTCCTTTTCCAAACTCCTCTGCTTGTTTGATCAAGT  330

seq1  GGCAAGTGAGTGTGACTATATTTATAAACTAAGAAGGTGTGTGGCTGTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTGAGTGTGACTATATTTATAAACTAAGAAGGTGTGTGGCTGTTT  380

seq1  CTGTCCAAGCAGTGTCTACACAAAGCCATTGAGCGCAGGGATGAAGGGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAAGCAGTGTCTACACAAAGCCATTGAGCGCAGGGATGAAGGGCT  430

seq1  TCTGCCTGCTCCGAACTGGGAGACTCTGAGTGTGAAAACCCACTCTGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGCTCCGAACTGGGAGACTCTGAGTGTGAAAACCCACTCTGTGT  480

seq1  TCTATCCTCACAGTGCTCAGTCCCTTCGAGGAGGTGGCCACACTCCATCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCTCACAGTGCTCAGTCCCTTCGAGGAGGTGGCCACACTCCATCC  530

seq1  CACTTCCTGTTACACACACTGCAGTAGAAATGCTTGGGTGTGAGCTCTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTGTTACACACACTGCAGTAGAAATGCTTGGGTGTGAGCTCTCC  580

seq1  CACATCTAAGCATGTCTTCATCTCTTTGGTGGTGCTTGGTCACACTTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTAAGCATGTCTTCATCTCTTTGGTGGTGCTTGGTCACACTTTAG  630

seq1  AGATAGAAGATATCCTAAGAGCAGTGCTAAGTACGACTGGTGGCCAGCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAAGATATCCTAAGAGCAGTGCTAAGTACGACTGGTGGCCAGCAT  680

seq1  GCTTCTGAGAAGCCACTATCAGGGGAAGAGTACTCTGTCCTTGCAGTTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGAGAAGCCACTATCAGGGGAAGAGTACTCTGTCCTTGCAGTTTG  730

seq1  TGGGGTACACTGAGAATGAAAAGGGCTCATGGCTTTTGTCTGGATCCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTACACTGAGAATGAAAAGGGCTCATGGCTTTTGTCTGGATCCATT  780

seq1  TATGAGTCTAGGCAAAGGGAATCAGCATACTATATTTGCTGAAGAGCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTCTAGGCAAAGGGAATCAGCATACTATATTTGCTGAAGAGCTTA  830

seq1  GTGTCTATCTTTCATTGAGCCGTAGTACCTGGATCGAAGACCACAAGAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTATCTTTCATTGAGCCGTAGTACCTGGATCGAAGACCACAAGAGC  880

seq1  CCCTAGTTGCTGGGCGCTCTTAATTTAATTCACTGTGACGAGCCCCATCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTTGCTGGGCGCTCTTAATTTAATTCACTGTGACGAGCCCCATCA  930

seq1  AAGCATGTGGTTTCACATGGGCTATGCACCTATCCCTGAGGCCTCAGTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGGTTTCACATGGGCTATGCACCTATCCCTGAGGCCTCAGTGA  980

seq1  ACGGTGCCCGAATCTTGAGTTCTTTCCCGGCCTCTTCTCATGTCCCCTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGCCCGAATCTTGAGTTCTTTCCCGGCCTCTTCTCATGTCCCCTGT  1030

seq1  TGAACCTCATCTATTTTTCATGGAAGTGATGGCCAAGAGGAAGATACTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTCATCTATTTTTCATGGAAGTGATGGCCAAGAGGAAGATACTTT  1080

seq1  GGCTTCTTACTCGAATAACCCACACGTGTTTGCCTCTCCTCTGCTGAGTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTACTCGAATAACCCACACGTGTTTGCCTCTCCTCTGCTGAGTG  1130

seq1  CAGCTGCTTCTGAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTTCTGAGAATTC  1149

seq1: chr1_91854285_91854776
seq2: B6Ng01-059E22.g_66_557

seq1  GAATTCTCTTAATTGAAGATATCTGCATTCATTCATTGTGTATGTATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTAATTGAAGATATCTGCATTCATTCATTGTGTATGTATGTG  50

seq1  GGTGTAAGTGTGCCAGTGCTGTGGGTAGAGCTGGAAGACATCCAGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAAGTGTGCCAGTGCTGTGGGTAGAGCTGGAAGACATCCAGCAGGA  100

seq1  AGTTAGTTTTCTCCTTCTACTTTAAGCGTCTCAGGGTTTGAACTTGGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTTTTCTCCTTCTACTTTAAGCGTCTCAGGGTTTGAACTTGGGTC  150

seq1  ACCAGGCTTGTTGGCAAGAGCTTTGCTGAGACCTCAGGCTGGCCCGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTTGTTGGCAAGAGCTTTGCTGAGACCTCAGGCTGGCCCGCATA  200

seq1  ATTTTCCTAATTTCCCCCTTCTGTTTTGAGAGAGGATCATGCTGGCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTAATTTCCCCCTTCTGTTTTGAGAGAGGATCATGCTGGCTACC  250

seq1  CTAGGCTGATATCGAACTTGCAATTCTGTGCCTCAATTTCCCAAGTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGATATCGAACTTGCAATTCTGTGCCTCAATTTCCCAAGTGTAG  300

seq1  GATTACAGGCATGGACCACTGTGCCTCACTTCCTTTTTGCTTTTGAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAGGCATGGACCACTGTGCCTCACTTCCTTTTTGCTTTTGAAAAC  350

seq1  CTCTGTACCTCATGGGCTTTGCACTCCCTCATAGTTCACTCTGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACCTCATGGGCTTTGCACTCCCTCATAGTTCACTCTGTGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACCTCATGGGCTTTGCACTCCC  450
      |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTGATGGGCTTTGCACTCCC  450

seq1  TCTCCCTCATAGTTCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCATAGTTCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  492