BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059F02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 39,740,418 - 39,901,451
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933400N17Rik, LOC100042065
Upstream geneLonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3, Npas2, LOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2
Downstream geneMap4k4, Il1r2, Il1r1, Il1rl2, Il1rl1, Il18r1, Il18rap, Slc9a4, Slc9a2, Mfsd9, Tmem182
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059F02.bB6Ng01-059F02.g
ACCDH880636DH880637
length1,138859
definitionDH880636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059F02, 5' end.DH880637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,740,418 - 39,741,585)(39,900,593 - 39,901,451)
sequence
gaattcatgctttgtgtggaactctacctttgagcttagagatctgtaag
atggcaggaaacccttccagagcaccgagaagccacagtttaaatctctt
actaaacagccggacagatttcaggtactggatactaacgtcctccagga
agtcggggagcagcatgtcttccaggccctacagagaaaggagcgagcag
agtgacttggcctgcgagggcagggcctttcgacaagtgacccagagaca
ggctaggtcatggcaggtctgagggaggtcactaatgacctaagtcagcc
actgcttccagcacaggacaccctgccaccttggtgtgtgccggaactgg
cagctcagtatttcagataccgataatggaatctcccccactcccacccc
acattctgtggatggaacccaaggccttgtgcatatgccactggggcata
ccctcagtgtaggccctgattccattaaagtaagcaaacaaaacccagag
ccaaaacagagcaagcaacagcaccacgcccactctggcgaacgcagagg
gtcaggaccaacattaggagccgcgtcagtcagcccttttattctacgtc
tgtggtgacaaactagaagcatgagctccctaagtccgaaccagtgggac
tcttgatgaacaaagacctcagaaccgatgtccacctgacctcctaagtg
ctccagagaccggcgttcctgagcagagccagcctggcagtggcgctgct
tcagagtgatcagccatggctctgcattctgaaacatcttttctggatgt
tatttgttttatgtgtattagtgttagcctgaatgcatgtgtgcagtgcc
tgaggagactcagaagcgggcatagattccctggaactagaactacagaa
gttgtgaaccgccgtgtggggtgctgggaatcgatcctgagtctttggaa
gagcagcagtgctcctagctctgagtctctctcagcccctgaaatgcctt
ttaaagactggcctgggaacactatatccagtactcgagactgaagcaga
ggatgtaagtcaagccagcttgaataatcagggtctgttcagatttattt
attgcaggagagagacaccgaaggagagagatgagaga
gaattcttggaaggaatgcagagacccaggcctgggaggggaagagctgc
ttttacactgggatagggtttggaggtagctgatgcatgctggagttcag
gacacaaacctggaaaggtggggagtgtcaggcatgaaggggagtggggc
ttcaggctaaccaagaggtggtgatgaacggagctgatggtgtctaagcc
agacaaggctgttacataatttccatttgtttgttcccttttgagagaga
atctggatatagagtttaaattggtcttgaacttgaggccatcttcctgc
ctcaacctctggagtgaggaagctatgggcctgttttaccacacccagct
ataatttgtgattttttttttttaaataaagacttctattattatggggg
catctaggagactgcgatgaagctaagggtggtggaggctgaggcagatg
tgttgagtgatatttaggagataccgtgaacacaactcggtgattgtctg
cagtggatgaagaaggagatgcagagaagccgaaggccctgcttagactg
ccatgaagagaggatttgcacccagatggttctgcctaggtatcccttct
aaagcattattaagtcagacttccagctaagactaatcagcttggacaca
ggacaaaagaaacgcctgaagcctgggctctcatgagggagcaagtgttt
tcttcatggaggaggtctggcttaccacttgttgctaagaatgagtggaa
ttatcaggcaagaattggttagctggtgaatttagtccaccagccaaaga
ccagagtgggtagtgtctgtgtgcctctctctctcccctccctctgtctc
tctctcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_39740418_39741585
seq2: B6Ng01-059F02.b_48_1185

seq1  GAATTCATGCTTTGTGTGGAACTCTACCTTTGAGCTTAGAGATCTGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTTTGTGTGGAACTCTACCTTTGAGCTTAGAGATCTGTAAG  50

seq1  ATGGCAGGAAACCCTTCCAGAGCACCGAGAAGCCACAGTTTAAATCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGGAAACCCTTCCAGAGCACCGAGAAGCCACAGTTTAAATCTCTT  100

seq1  ACTAAACAGCCGGACAGATTTCAGGTACTGGATACTAACGTCCTCCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACAGCCGGACAGATTTCAGGTACTGGATACTAACGTCCTCCAGGA  150

seq1  AGTCGGGGAGCAGCATGTCTTCCAGGCCCTACAGAGAAAGGAGCGAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGGGAGCAGCATGTCTTCCAGGCCCTACAGAGAAAGGAGCGAGCAG  200

seq1  AGTGACTTGGCCTGCGAGGGCAGGGCCTTTCGACAAGTGACCCAGAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTGGCCTGCGAGGGCAGGGCCTTTCGACAAGTGACCCAGAGACA  250

seq1  GGCTAGGTCATGGCAGGTCTGAGGGAGGTCACTAATGACCTAAGTCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGTCATGGCAGGTCTGAGGGAGGTCACTAATGACCTAAGTCAGCC  300

seq1  ACTGCTTCCAGCACAGGACACCCTGCCACCTTGGTGTGTGCCGGAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCAGCACAGGACACCCTGCCACCTTGGTGTGTGCCGGAACTGG  350

seq1  CAGCTCAGTATTTCAGATACCGATAATGGAATCTCCCCCACTCCCACCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAGTATTTCAGATACCGATAATGGAATCTCCCCCACTCCCACCCC  400

seq1  ACATTCTGTGGATGGAACCCAAGGCCTTGTGCATATGCCACTGGGGCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTGTGGATGGAACCCAAGGCCTTGTGCATATGCCACTGGGGCATA  450

seq1  CCCTCAGTGTAGGCCCTGATTCCATTAAAGTAAGCAAACAAAACCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTGTAGGCCCTGATTCCATTAAAGTAAGCAAACAAAACCCAGAG  500

seq1  CCAAAACAGAGCAAGCAACAGCACCACGCCCACTCTGGCGAACGCAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACAGAGCAAGCAACAGCACCACGCCCACTCTGGCGAACGCAGAGG  550

seq1  GTCAGGACCAACATTAGGAGCCGCGTCAGTCAGCCCTTTTATTCTACGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGACCAACATTAGGAGCCGCGTCAGTCAGCCCTTTTATTCTACGTC  600

seq1  TGTGGTGACAAACTAGAAGCATGAGCTCCCTAAGTCCGAACCAGTGGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGACAAACTAGAAGCATGAGCTCCCTAAGTCCGAACCAGTGGGAC  650

seq1  TCTTGATGAACAAAGACCTCAGAACCGATGTCCACCTGACCTCCTAAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATGAACAAAGACCTCAGAACCGATGTCCACCTGACCTCCTAAGTG  700

seq1  CTCCAGAGACCGGCGTTCCTGAGCAGAGCCAGCCTGGCAGTGGCGCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGACCGGCGTTCCTGAGCAGAGCCAGCCTGGCAGTGGCGCTGCT  750

seq1  TCAGAGTGATCAGCCATGGCTCTGCATTCTGAAACATCTTTTCTGGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTGATCAGCCATGGCTCTGCATTCTGAAACATCTTTTCTGGATGT  800

seq1  TATTTGTTTTATGTGTATTAGTGTTAGCCTGAATGCATGTGTGCAGTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTTATGTGTATTAGTGTTAGCCTGAATGCATGTGTGCAGTGCC  850

seq1  TGAGGAGACTCAGAAGCGGGCATAGATTCCCTGGAACTAGAACTACAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGACTCAGAAGCGGGCATAGATTCCCTGGAACTAGAACTACAGAA  900

seq1  GGTTGTGAACCGCCGTGT-GGGTGCTGGGAATCGATCCTGAGTCCTTTGG  949
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  -GTTGTGAACCGCCGTGTGGGGTGCTGGGAATCGATCCTGAGT-CTTTGG  948

seq1  AAGAGCAGCCAGTGCTCCTAGCCTCTGAGTCTTCTCTCCAGCCCCCTGAA  999
      |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||| |
seq2  AAGAGCAG-CAGTGCTCCTAG-CTCTGAGTC-TCTCT-CAG-CCCCTG-A  992

seq1  AATGCCTTTTTAAAAGACTGGCCTGGGAACACCTATAATCCCAGTACTCC  1049
      ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| 
seq2  AATGCCTTTT--AAAGACTGGCCTGGGAACA-CTATA--TCCAGTACTC-  1036

seq1  AGAGACTGAGGCAGGAGGATTGTAAGTTCAAAGCCAGCTTTGATTACATC  1099
       |||||||| ||| ||||| |||||||   |||||||| |||| || |||
seq2  -GAGACTGAAGCA-GAGGA-TGTAAGT--CAAGCCAGC-TTGAATA-ATC  1079

seq1  AAGGGGTCCTGTTTCCAAGAAATTATATATATGCAGAGAGAGAGAGAGAC  1149
      |  |||| |||||  ||   | |||| ||| |||||   |||||||| ||
seq2  A--GGGT-CTGTT--CA--GATTTATTTAT-TGCAG---GAGAGAGACAC  1118

seq1  ACACAGAGAGAGA-GAGAGA  1168
        |  |||||||| ||||||
seq2  CGAAGGAGAGAGATGAGAGA  1138

seq1: chr1_39900593_39901451
seq2: B6Ng01-059F02.g_70_928 (reverse)

seq1  CAAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCACACAGACACTA  50
      |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGAGAGACAGAGGGAG-GGGAGAGAGAGAGGCACACAGACACTA  49

seq1  CCCACTCTGGTCTTTGGCTGGTGGACTAATTTCACCAGCTAACCAATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCTGGTCTTTGGCTGGTGGACTAAATTCACCAGCTAACCAATTCT  99

seq1  TGCCTGATAATTCCACTCATTCTTAGCAACAAGTGGTAAGCCAGACCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGATAATTCCACTCATTCTTAGCAACAAGTGGTAAGCCAGACCTCC  149

seq1  TCCATGAAG-AAACACTTGCTCCCTCATGAGAGCCCAGGCTTCAGGCGTT  199
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAGAAAACACTTGCTCCCTCATGAGAGCCCAGGCTTCAGGCGTT  199

seq1  TCTTTTGTCCTGTGTCCAAGCTGATTAGTCTTAGCTGGAAGTCTGACTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTCCTGTGTCCAAGCTGATTAGTCTTAGCTGGAAGTCTGACTTA  249

seq1  ATAATGCTTTAGAAGGGATACCTAGGCAGAACCATCTGGGTGCAAATCCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCTTTAGAAGGGATACCTAGGCAGAACCATCTGGGTGCAAATCCT  299

seq1  CTCTTCATGGCAGTCTAAGCAGGGCCTTCGGCTTCTCTGCATCTCCTTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCATGGCAGTCTAAGCAGGGCCTTCGGCTTCTCTGCATCTCCTTCT  349

seq1  TCATCCACTGCAGACAATCACCGAGTTGTGTTCACGGTATCTCCTAAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCACTGCAGACAATCACCGAGTTGTGTTCACGGTATCTCCTAAATA  399

seq1  TCACTCAACACATCTGCCTCAGCCTCCACCACCCTTAGCTTCATCGCAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAACACATCTGCCTCAGCCTCCACCACCCTTAGCTTCATCGCAGT  449

seq1  CTCCTAGATGCCCCCATAATAATAGAAGTCTTTATTTAAAAAAAAAAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGATGCCCCCATAATAATAGAAGTCTTTATTTAAAAAAAAAAAAT  499

seq1  CACAAATTATAGCTGGGTGTGGTAAAACAGGCCCATAGCTTCCTCACTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTATAGCTGGGTGTGGTAAAACAGGCCCATAGCTTCCTCACTCC  549

seq1  AGAGGTTGAGGCAGGAAGATGGCCTCAAGTTCAAGACCAATTTAAACTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTGAGGCAGGAAGATGGCCTCAAGTTCAAGACCAATTTAAACTCT  599

seq1  ATATCCAGATTCTCTCTCAAAAGGGAACAAACAAATGGAAATTATGTAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAGATTCTCTCTCAAAAGGGAACAAACAAATGGAAATTATGTAAC  649

seq1  AGCCTTGTCTGGCTTAGACACCATCAGCTCCGTTCATCACCACCTCTTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGTCTGGCTTAGACACCATCAGCTCCGTTCATCACCACCTCTTGG  699

seq1  TTAGCCTGAAGCCCCACTCCCCTTCATGCCTGACACTCCCCACCTTTCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTGAAGCCCCACTCCCCTTCATGCCTGACACTCCCCACCTTTCCA  749

seq1  GGTTTGTGTCCTGAACTCCAGCATGCATCAGCTACCTCCAAACCCTATCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGTCCTGAACTCCAGCATGCATCAGCTACCTCCAAACCCTATCC  799

seq1  CAGTGTAAAAGCAGCTCTTCCCCTCCCAGGCCTGGGTCTCTGCATTCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAAAAGCAGCTCTTCCCCTCCCAGGCCTGGGTCTCTGCATTCCTT  849

seq1  CCAAGAATTC  859
      ||||||||||
seq2  CCAAGAATTC  859