BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061N11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 99,849,435 - 99,946,227
singlet/doubletdoublet
Overlap genePam
Upstream geneSlco6b1, LOC670708, LOC623430, Slco6c1, EG634331, EG634346, D1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, LOC100041823
Downstream geneLOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868, EG666182
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061N11.bB6Ng01-061N11.g
ACCDH882412DH882413
length1,1441,143
definitionDH882412|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061N11, 5' end.DH882413|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,849,435 - 99,850,589)(99,945,067 - 99,946,227)
sequence
gaattcctaatagcacctgtaaatatttcatagcggctcgatgatagaaa
gcagtgagctggtgcagacccacagctattcagtgctcacaactgtgttt
ctgaaaagttaagtcatttcaacacatatttataactcagttcaatgctt
ctccctaagaccagcggaagacagcaacagaggacctcactgttcactgt
aagcacacagtcctggggaggaggcctctacaatccagtcccaccactca
caaccttccccacatcgtcgtcatcgtgattgcttgtgttcacaccatgg
aaagaacactgtaccagagcttagtgccaggggactttctgcaaagtcct
gcagattccaactgctagcataaggctcagatgtacaaaagggagaaata
agaggaccctacacagccacaatttccagtactatctgttggtatatcag
ccatctcagagtcaagagagatatgacgatgttgatgcctctttactgag
gcaattgggaactatatttaaaaagtattttttttttctgaaaaagaaaa
tggtatgctagaaatacagagtgggtaccttgctgcttaggatctcctgt
cagatttgattactaagtatttttaaccatggggacttataaagatagtg
gccatcttaaaataacaaataatagtctttgtttttattttgtcttttca
aagaactgagatacaatagtttctgtggagagggaggctaataaagccaa
ctgcttatttaaattattatgggacaaacaaaaccagctgtatactatta
catgtagaagctgttgacataaaaccagtaatttttgttttgggaaacca
aaggtaccattcacattctagtgttgaatgctgtgatttgatcctgattg
gataatatcatttattgtgcagcagaaagaattctctctggctgaattta
ttgagaagactcgagaatgcagtgactcaaatgggtttctagatagataa
tatggcttcattttctggctttgcaataggccagtttccagaaaaaaata
ttctgtacatatagcatagtttggtaacttactatagtactgccgtaata
ccacactgtccaaataatggagacagtgaagaaggtgggtataa
gaattcagaggccctcatgaatattacacaagcattctacctatcagcta
tatcctcaatccaacagatgttgttgttgtgggttttttttttttaaatc
atgccatatgtgtagagcaatatgttttttatacttagtgtatatggtgt
gtacatgcacatgagcacgtgtgcatgctatagcatgcatgtgaaagcaa
ggaagcaagataacagttttcaggagttggctctctccttccaccataca
ggtctgggatgctcaggttgtcagagctcagtatcaagcaacagacttga
ccagccatctccttggctctcagtagtactcctgcttacctaccatcttg
ctgaacttggtctgttttgcttttcaaacaggatctcagaaagcacagat
gaaagaacggaagcttgattggaaagctctctctcgttaactgacttaat
ggcatgctatgttttcctgagactacatgttacaattctgctctcatttt
ttctcaagctctacaggagtgagaaccccccaacttgtcaattaggttca
aaaaaaacctctatatttttttcagattggaaattggtactgttctattc
catttactgtttttgaagccactggtctggttagacatttgtaaactgtt
tacttacaaaggaaacattaagaggcaggcgtggcatcatctaaattgaa
atagagataataatagtgcctttgaaagagctaagatctaagtatatagt
acagagtgacaacctttcagtttatattgtgctgtgactgtcttaaggaa
gacctgcccactttcttgcttattcttacaattgcagtagttacaataaa
aattagatctcggtattgttgaaaaacatgtcaatcaaatatgcacggga
gagaaaccatagttttatactacagatgataaattattatacttattaaa
gtgttgcactcgatcagatagcagaggatatcataatagcttcaagttga
cgctggcacatgctatttcagcattacttaaatctgggttgtaaaaggcc
tgtgttccttcagcatgggtgcagaagcaagaagacaagagttcaaggaa
agctatatgtctgttggcttccagggaaggcatacatacaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_99849435_99850589
seq2: B6Ng01-061N11.b_50_1193

seq1  GAATTCCTAATAGCACCTGTAAATATTTCATAGCGGCTCGATGATAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATAGCACCTGTAAATATTTCATAGCGGCTCGATGATAGAAA  50

seq1  GCAGTGAGCTGGTGCAGACCCACAGCTATTCAGTGCTCACAACTGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGCTGGTGCAGACCCACAGCTATTCAGTGCTCACAACTGTGTTT  100

seq1  CTGAAAAGTTAAGTCATTTCAACACATATTTATAACTCAGTTCAATGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGTTAAGTCATTTCAACACATATTTATAACTCAGTTCAATGCTT  150

seq1  CTCCCTAAGACCAGCGGAAGACAGCAACAGAGGACCTCACTGTTCACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAAGACCAGCGGAAGACAGCAACAGAGGACCTCACTGTTCACTGT  200

seq1  AAGCACACAGTCCTGGGGAGGAGGCCTCTACAATCCAGTCCCACCACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACAGTCCTGGGGAGGAGGCCTCTACAATCCAGTCCCACCACTCA  250

seq1  CAACCTTCCCCACATCGTCGTCATCGTGATTGCTTGTGTTCACACCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTCCCCACATCGTCGTCATCGTGATTGCTTGTGTTCACACCATGG  300

seq1  AAAGAACACTGTACCAGAGCTTAGTGCCAGGGGACTTTCTGCAAAGTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACACTGTACCAGAGCTTAGTGCCAGGGGACTTTCTGCAAAGTCCT  350

seq1  GCAGATTCCAACTGCTAGCATAAGGCTCAGATGTACAAAAGGGAGAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTCCAACTGCTAGCATAAGGCTCAGATGTACAAAAGGGAGAAATA  400

seq1  AGAGGACCCTACACAGCCACAATTTCCAGTACTATCTGTTGGTATATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACCCTACACAGCCACAATTTCCAGTACTATCTGTTGGTATATCAG  450

seq1  CCATCTCAGAGTCAAGAGAGATATGACGATGTTGATGCCTCTTTACTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCAGAGTCAAGAGAGATATGACGATGTTGATGCCTCTTTACTGAG  500

seq1  GCAATTGGGAACTATATTTAAAAAGTATTTTTTTTTTCTGAAAAAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGGGAACTATATTTAAAAAGTATTTTTTTTTTCTGAAAAAGAAAA  550

seq1  TGGTATGCTAGAAATACAGAGTGGGTACCTTGCTGCTTAGGATCTCCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGCTAGAAATACAGAGTGGGTACCTTGCTGCTTAGGATCTCCTGT  600

seq1  CAGATTTGATTACTAAGTATTTTTAACCATGGGGACTTATAAAGATAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTGATTACTAAGTATTTTTAACCATGGGGACTTATAAAGATAGTG  650

seq1  GCCATCTTAAAATAACAAATAATAGTCTTTGTTTTTATTTTGTCTTTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTAAAATAACAAATAATAGTCTTTGTTTTTATTTTGTCTTTTCA  700

seq1  AAGAACTGAGATACAATAGTTTCTGTGGAGAGGGAGGCTAATAAAGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGAGATACAATAGTTTCTGTGGAGAGGGAGGCTAATAAAGCCAA  750

seq1  CTGCTTATTTAAATTATTATGGGACAAACAAAACCAGCTGTATACTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTATTTAAATTATTATGGGACAAACAAAACCAGCTGTATACTATTA  800

seq1  CATGTAGAAGCTGTTGACATAAAACCAGTAATTTTTGTTTTGGGAAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGAAGCTGTTGACATAAAACCAGTAATTTTTGTTTTGGGAAACCA  850

seq1  AAGGTACCATTCACATTCTAGTGTTGAATGCTGTGATTTGATCCTGATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTACCATTCACATTCTAGTGTTGAATGCTGTGATTTGATCCTGATTG  900

seq1  GATAATATCATTTTATTGTGCAGGCAGAAAGAATTC-CCCTGGCTGAATT  949
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||
seq2  GATAATATCA-TTTATTGTGCA-GCAGAAAGAATTCTCTCTGGCTGAATT  948

seq1  TATTGAGAAGACTCGAGAATGCAGTGACCAAAATGGGTTTCCAGATAGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  TATTGAGAAGACTCGAGAATGCAGTGACTCAAATGGGTTTCTAGATAGAT  998

seq1  AATATGGCTCAATTTTCTGGCTTTGCAATAGGCCAGTTTCCAGAAAAAAA  1049
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGCTTCATTTTCTGGCTTTGCAATAGGCCAGTTTCCAGAAAAAAA  1048

seq1  TATTCTGTTACATATAGCATAGTTTCTGGTAACTTACTATAGTTAACTGC  1099
      ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||
seq2  TATTCTG-TACATATAGCATAGTT--TGGTAACTTACTATAGT--ACTGC  1093

seq1  CGTTAAATAACCACAACTGTCAAAATAAT-GAGACAGTGAAGGAAGGTGG  1148
      |||  ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CGT--AAT-ACCAC-ACTGTCCAAATAATGGAGACAGTGAA-GAAGGTGG  1138

seq1  TGTATAA  1155
       ||||||
seq2  -GTATAA  1144

seq1: chr1_99945067_99946227
seq2: B6Ng01-061N11.g_70_1212 (reverse)

seq1  TATTGTAATGATGCCCTTCCCTGGAAAGCCACACAGAACATAAAGCTTTC  50
      |||||||   ||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||
seq2  TATTGTATGTATG-CCTTCCCTGG-AAGCCA-ACAG-ACATATAGCTTTC  46

seq1  CTTTGAACTCTTTGTTCTTCCTTGCCTCTGCCACCCATGCTGAAGAGAAC  100
      | ||||||||||   |||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||
seq2  C-TTGAACTCTT--GTCTT-CTTGCTTCTG-CACCCATGCTGAAG-GAAC  90

seq1  ACAAGCCCTTTTAACAACACCAGGTTTAGAGTAATTGCTGAAAATAACCA  150
      ||| |||  ||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||   | ||
seq2  ACAGGCC--TTTTACAAC-CCAGATTTA-AGTAA-TGCTGAAA--TAGCA  133

seq1  TGTGCCAGCGTCAAACTGAGGCTATAATGATATCCTCTGCTTATCTGATC  200
      ||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGCCAGCGTCAACTTGAAGCTATTATGATATCCTCTGC-TATCTGATC  182

seq1  GGTTGCAACACTTTAATAAGTAT-ATAATTTATCATCTGTAGTATGAAAA  249
      |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGTGCAACACTTTAATAAGTATAATAATTTATCATCTGTAGTAT-AAAA  231

seq1  CTATTGTTTTCTCTCCCGTGCATATTTGATTGACATGTTTTTCAACAATA  299
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTA-TGGTTTCTCTCCCGTGCATATTTGATTGACATGTTTTTCAACAATA  280

seq1  CCGGGATCTAATTTTTATTGTAACTACTGCAATTGTAAGGATAAGCAAGA  349
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCGAGATCTAATTTTTATTGTAACTACTGCAATTGTAAGAATAAGCAAGA  330

seq1  AAGTGGGCAGGTCTTCCTTAAGACAGTCACAGCACAATATAAACTG-AAG  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGTGGGCAGGTCTTCCTTAAGACAGTCACAGCACAATATAAACTGAAAG  380

seq1  GTTGTCACTCTGTACTATATACTTAGATCTTAGCTCTTTCAAAGGCACTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCACTCTGTACTATATACTTAGATCTTAGCTCTTTCAAAGGCACTA  430

seq1  TTATTATCTCTATTTCAATTTAGATGATGCCACGCCTGCCTCTTAATGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTCTATTTCAATTTAGATGATGCCACGCCTGCCTCTTAATGTT  480

seq1  TCCTTTGTAAGTAAACAGTTTACAAATGTCTAACCAGACCAGTGGCTTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTAAGTAAACAGTTTACAAATGTCTAACCAGACCAGTGGCTTCA  530

seq1  AAAACAGTAAATGGAATAGAACAGTACCAATTTCCAATCTGAAAAAAATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTAAATGGAATAGAACAGTACCAATTTCCAATCTGAAAAAAATA  580

seq1  TAGAGGTTTTTTTTGAACCTAATTGACAAGTTGGGGGGTTCTCACTCCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTTTTTTTTGAACCTAATTGACAAGTTGGGGGGTTCTCACTCCTG  630

seq1  TAGAGCTTGAGAAAAAATGAGAGCAGAATTGTAACATGTAGTCTCAGGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTTGAGAAAAAATGAGAGCAGAATTGTAACATGTAGTCTCAGGAA  680

seq1  AACATAGCATGCCATTAAGTCAGTTAACGAGAGAGAGCTTTCCAATCAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGCATGCCATTAAGTCAGTTAACGAGAGAGAGCTTTCCAATCAAG  730

seq1  CTTCCGTTCTTTCATCTGTGCTTTCTGAGATCCTGTTTGAAAAGCAAAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGTTCTTTCATCTGTGCTTTCTGAGATCCTGTTTGAAAAGCAAAAC  780

seq1  AGACCAAGTTCAGCAAGATGGTAGGTAAGCAGGAGTACTACTGAGAGCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGTTCAGCAAGATGGTAGGTAAGCAGGAGTACTACTGAGAGCCA  830

seq1  AGGAGATGGCTGGTCAAGTCTGTTGCTTGATACTGAGCTCTGACAACCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGGCTGGTCAAGTCTGTTGCTTGATACTGAGCTCTGACAACCTG  880

seq1  AGCATCCCAGACCTGTATGGTGGAAGGAGAGAGCCAACTCCTGAAAACTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCAGACCTGTATGGTGGAAGGAGAGAGCCAACTCCTGAAAACTG  930

seq1  TTATCTTGCTTCCTTGCTTTCACATGCATGCTATAGCATGCACACGTGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGCTTCCTTGCTTTCACATGCATGCTATAGCATGCACACGTGCT  980

seq1  CATGTGCATGTACACACCATATACACTAAGTATAAAAAACATATTGCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGTACACACCATATACACTAAGTATAAAAAACATATTGCTCT  1030

seq1  ACACATATGGCATGATTTAAAAAAAAAAAACCCACAACAACAACATCTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATGGCATGATTTAAAAAAAAAAAACCCACAACAACAACATCTGT  1080

seq1  TGGATTGAGGATATAGCTGATAGGTAGAATGCTTGTGTAATATTCATGAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGAGGATATAGCTGATAGGTAGAATGCTTGTGTAATATTCATGAG  1130

seq1  GGCCTCTGAATTC  1161
      |||||||||||||
seq2  GGCCTCTGAATTC  1143