BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062O02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 130,704,010 - 130,893,240
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneYsk4, Rab3gap1, Zranb3, LOC666778, LOC100042670, EG666784, R3hdm1, LOC667109, LOC100042111, Ubxd2, Lct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4
Downstream geneLOC100042732, Thsd7b, LOC100042745, LOC100042740
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062O02.bB6Ng01-062O02.g
ACCDH883139DH883140
length9871,105
definitionDH883139|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062O02, 5' end.DH883140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,892,253 - 130,893,240)(130,704,010 - 130,705,124)
sequence
gaattctacagactcctcctagcatccagtttccatgtttaccaagtctc
atttctcatgtgttcttgtattttaacagatgcaagcagcttttatgggt
ttccattcacttagggttcagggtgtgtcataggccattaggagccctgt
ttaattctcatgaagaatttttggcctttttctatccttgacgacagtag
tctctgaatcctgagagtgagtcttgtgcacttttcaggatctccatagt
aatgggtcacaggtactaagtgctcgctatgacttggtgttttagctata
gtattttatgagagcctggttatgtgcctttaatggaagtattagtatgc
ccattttacatgggagaaaaatgagccttgtatcaatggatttatttaag
atacattagctaataaacctcattccaagccccccccccaaaaaaaatag
gtgcttcagtgatttgatggggacaggccaatagcatagactgcatctgt
ccatacacagtggtctgattaattacaaacactggctccatgccttacag
gctgtgcaaatctagatatctaggccctttataatttcctatgccccatt
tattaaaaagtaatcaataatgcttaccatgtctaaaagaactaaattta
atatagtagtatagaagccaatagtaaatatggccagtctctgtctccat
gagtatttcactcaaagtcatcaaccacaggatagcaaggcccagaaaag
gatccaggaatgtagttcaagtggtagagtgctctcctaaggtgcacaaa
gccctaggttccattttaagcagcacataaagagggtacggtgatacaca
cttggcatcccagcacttaagagctagaggtaggaagatcatgaatgaat
gtggtgtgatcttggtgacaaatgagttcaaagtcaacctagactgcatg
agaccctgcatcaaagaaagaagtggggggggggggg
gaattcatcttctttataggctgctgccgccactgcctcgcctggctcat
ggtgcagatggctgggatggcaaaagtagcagttgggcagagccattaag
ccaacacactgaaccattgcttggatcttatataagaaaatctgaagcta
tctgatgctctcggactttggtaaaggtaaactttggtaaactgaatgtg
tgagccccttggcttaccacccttggctaaggtcagagcagttgatgggg
ccagaggagctgagctgtccgatcacaagtgaaactggtcagtggtggtt
acaggagaaggaaagaaaatgctgccatccacgcagcatctatcattgac
agtttctttttcaagcatagtgtctctaggaagttctccccatgggcagg
tgatgccaatgcggtcacatcaggacacctaaggacagctgtcacagtgt
tccagcttgggcttttcttgagacacagagtaggctctgagtagacactg
agttagagggaggggcttgatctgcacctttgtacatgtgacccttgtac
ccttgtacatgtgtcccttgcttctccttattttcccaggctgagactgg
gggtggccactttagaggagtaggggttcagaggcacacttatacccttt
tagcctttagctattctgtgtcaccccagggactttagcatcaagaaagc
catcaccagatgcgagtccttggatctccaagacagggagctaaataagt
ctctttctttataaagtgtctgtcctagttagctttaaccgtcaacagct
ttacactcccctaagaaaggtagtcaactgggatgctgagattagaccag
cctctgggcatgtcagtgggaggttgccttgactgttcccagctttgggc
tgtatcactccgtgggcaagtggtcctggcctgacactctcaagatgact
gtaattgacaatggatgtatccgatagcagcaataatctgttctttccta
agtgctttgttcagagaagtttatcgcagcaacagaaaggaaactgcagc
agtaagttctgtgaaaccctcagcacgtagaatatagccagaattttgga
tgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_130892253_130893240
seq2: B6Ng01-062O02.b_46_1032 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCACTTCTTTCTTTGATGCAGGGTCTCATGCAGTCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCACTTCTTTCTTTGATGCAGGGTCTCATGCAGTCTAGG  50

seq1  TTGACTTTGAACTCATTTTGTCACCAAGATCACACCACATTCATTCATGA  100
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTTGAACTCA-TTTGTCACCAAGATCACACCACATTCATTCATGA  99

seq1  TCTTCCTACCTCTAGCTCTTAAGTGCTGGGATGCCAAGTGTGTATCACCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTACCTCTAGCTCTTAAGTGCTGGGATGCCAAGTGTGTATCACCG  149

seq1  TACCCTCTTTATGTGCTGCTTAAAATGGAACCTAGGGCTTTGTGCACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTTTATGTGCTGCTTAAAATGGAACCTAGGGCTTTGTGCACCTT  199

seq1  AGGAGAGCACTCTACCACTTGAACTACATTCCTGGATCCTTTTCTGGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCACTCTACCACTTGAACTACATTCCTGGATCCTTTTCTGGGCC  249

seq1  TTGCTATCCTGTGGTTGATGACTTTGAGTGAAATACTCATGGAGACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATCCTGTGGTTGATGACTTTGAGTGAAATACTCATGGAGACAGAG  299

seq1  ACTGGCCATATTTACTATTGGCTTCTATACTACTATATTAAATTTAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCATATTTACTATTGGCTTCTATACTACTATATTAAATTTAGTTC  349

seq1  TTTTAGACATGGTAAGCATTATTGATTACTTTTTAATAAATGGGGCATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGACATGGTAAGCATTATTGATTACTTTTTAATAAATGGGGCATAG  399

seq1  GAAATTATAAAGGGCCTAGATATCTAGATTTGCACAGCCTGTAAGGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATAAAGGGCCTAGATATCTAGATTTGCACAGCCTGTAAGGCATG  449

seq1  GAGCCAGTGTTTGTAATTAATCAGACCACTGTGTATGGACAGATGCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGTGTTTGTAATTAATCAGACCACTGTGTATGGACAGATGCAGTC  499

seq1  TATGCTATTGGCCTGTCCCCATCAAATCACTGAAGCACCTATTTTTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATTGGCCTGTCCCCATCAAATCACTGAAGCACCTATTTTTTTTG  549

seq1  GGGGGGGGGCTTGGAATGAGGTTTATTAGCTAATGTATCTTAAATAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGCTTGGAATGAGGTTTATTAGCTAATGTATCTTAAATAAATC  599

seq1  CATTGATACAAGGCTCATTTTTCTCCCATGTAAAATGGGCATACTAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATACAAGGCTCATTTTTCTCCCATGTAAAATGGGCATACTAATAC  649

seq1  TTCCATTAAAGGCACATAACCAGGCTCTCATAAAATACTATAGCTAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTAAAGGCACATAACCAGGCTCTCATAAAATACTATAGCTAAAAC  699

seq1  ACCAAGTCATAGCGAGCACTTAGTACCTGTGACCCATTACTATGGAGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTCATAGCGAGCACTTAGTACCTGTGACCCATTACTATGGAGATC  749

seq1  CTGAAAAGTGCACAAGACTCACTCTCAGGATTCAGAGACTACTGTCGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGTGCACAAGACTCACTCTCAGGATTCAGAGACTACTGTCGTCA  799

seq1  AGGATAGAAAAAGGCCAAAAATTCTTCATGAGAATTAAACAGGGCTCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAAAAAGGCCAAAAATTCTTCATGAGAATTAAACAGGGCTCCTA  849

seq1  ATGGCCTATGACACACCCTGAACCCTAAGTGAATGGAAACCCATAAAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTATGACACACCCTGAACCCTAAGTGAATGGAAACCCATAAAAGC  899

seq1  TGCTTGCATCTGTTAAAATACAAGAACACATGAGAAATGAGACTTGGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCATCTGTTAAAATACAAGAACACATGAGAAATGAGACTTGGTAA  949

seq1  ACATGGAAACTGGATGCTAGGAGGAGTCTGTAGAATTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAACTGGATGCTAGGAGGAGTCTGTAGAATTC  987

seq1: chr1_130704010_130705124
seq2: B6Ng01-062O02.g_66_1170

seq1  GAATTCATCTTCTTTATAGGCTGCTGCCGCCACTGCCTCGCCTGGCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTCTTTATAGGCTGCTGCCGCCACTGCCTCGCCTGGCTCAT  50

seq1  GGTGCAGATGGCTGGGATGGCAAAAGTAGCAGTTGGGCAGAGCCATTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGATGGCTGGGATGGCAAAAGTAGCAGTTGGGCAGAGCCATTAAG  100

seq1  CCAACACACTGAACCATTGCTTGGATCTTATATAAGAAAATCTGAAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACACTGAACCATTGCTTGGATCTTATATAAGAAAATCTGAAGCTA  150

seq1  TCTGATGCTCTCGGACTTTGGTAAAGGTAAACTTTGGTAAACTGAATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCTCTCGGACTTTGGTAAAGGTAAACTTTGGTAAACTGAATGTG  200

seq1  TGAGCCCCTTGGCTTACCACCCTTGGCTAAGGTCAGAGCAGTTGATGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCCTTGGCTTACCACCCTTGGCTAAGGTCAGAGCAGTTGATGGGG  250

seq1  CCAGAGGAGCTGAGCTGTCCGATCACAAGTGAAACTGGTCAGTGGTGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGAGCTGAGCTGTCCGATCACAAGTGAAACTGGTCAGTGGTGGTT  300

seq1  ACAGGAGAAGGAAAGAAAATGCTGCCATCCACGCAGCATCTATCATTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGAAGGAAAGAAAATGCTGCCATCCACGCAGCATCTATCATTGAC  350

seq1  AGTTTCTTTTTCAAGCATAGTGTCTCTAGGAAGTTCTCCCCATGGGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTTTTCAAGCATAGTGTCTCTAGGAAGTTCTCCCCATGGGCAGG  400

seq1  TGATGCCAATGCGGTCACATCAGGACACCTAAGGACAGCTGTCACAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCAATGCGGTCACATCAGGACACCTAAGGACAGCTGTCACAGTGT  450

seq1  TCCAGCTTGGGCTTTTCTTGAGACACAGAGTAGGCTCTGAGTAGACACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTTGGGCTTTTCTTGAGACACAGAGTAGGCTCTGAGTAGACACTG  500

seq1  AGTTAGAGGGAGGGGCTTGATCTGCACCTTTGTACATGTGACCCTTGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGGGAGGGGCTTGATCTGCACCTTTGTACATGTGACCCTTGTAC  550

seq1  CCTTGTACATGTGTCCCTTGCTTCTCCTTATTTTCCCAGGCTGAGACTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTACATGTGTCCCTTGCTTCTCCTTATTTTCCCAGGCTGAGACTGG  600

seq1  GGGTGGCCACTTTAGAGGAGTAGGGGTTCAGAGGCACACTTATACCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCCACTTTAGAGGAGTAGGGGTTCAGAGGCACACTTATACCCTTT  650

seq1  TAGCCTTTAGCTATTCTGTGTCACCCCAGGGACTTTAGCATCAAGAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTAGCTATTCTGTGTCACCCCAGGGACTTTAGCATCAAGAAAGC  700

seq1  CATCACCAGATGCGAGTCCTTGGATCTCCAAGACAGGGAGCTAAATAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCAGATGCGAGTCCTTGGATCTCCAAGACAGGGAGCTAAATAAGT  750

seq1  CTCTTTCTTTATAAAGTGTCTGTCCTAGTTAGCTTTAACCGTCAACAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTTTATAAAGTGTCTGTCCTAGTTAGCTTTAACCGTCAACAGCT  800

seq1  TTACACTCCCCTAAGAAAGGTAGTCAACTGGGATGCTGAGATTAGACCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTCCCCTAAGAAAGGTAGTCAACTGGGATGCTGAGATTAGACCAG  850

seq1  CCTCTGGGCATGTCAGTGGGAGGTTGCCTTGACTGTTCCCAGCTTTGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGCATGTCAGTGGGAGGTTGCCTTGACTGTTCCCAGCTTTGGGC  900

seq1  TGTATCACTCCGTGGGCAAGTGGTCCTGGCCTGACACCCTCAAAGATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |
seq2  TGTATCACTCCGTGGGCAAGTGGTCCTGGCCTGACACTCTC-AAGATG-A  948

seq1  CTGTAATTGACAATTGAATGTATCCGATTAGCAGCAATAAATCTGTTCTT  1000
      ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  CTGTAATTGACAA-TGGATGTATCCGA-TAGCAGCAAT-AATCTGTTCTT  995

seq1  TCCTAAGTTGCTTTTGTTCAGAGAGTTTTATCGCAGCAACAGAAAGGAAA  1050
      ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAG-TGC-TTTGTTCAGAGAAGTTTATCGCAGCAACAGAAAGGAAA  1043

seq1  CTGCAGCAGTAGGTTCTGTGAGACACCCAGCACGTAGGATATAAGCACAG  1100
      ||||||||||| ||||||||| || | |||||||||| |||||  ||   
seq2  CTGCAGCAGTAAGTTCTGTGAAACCCTCAGCACGTAGAATATAGCCA---  1090

seq1  GAATTTTGGATGAGC  1115
      |||||||||||||||
seq2  GAATTTTGGATGAGC  1105