BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-064F12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,637,033 - 169,763,950
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a
Upstream geneLOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream geneLOC100039879, Pbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-064F12.bB6Ng01-064F12.g
ACCDH884161DH884162
length1,1241,034
definitionDH884161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064F12, 5' end.DH884162|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,637,033 - 169,638,172)(169,762,912 - 169,763,950)
sequence
gaattccttataagatgaggagctgcccaaaccttatgacatgggaacaa
aaggagacaaggacgtaagggaccagacctctttatcttaggagggaatg
aaactgaacctggtattccaaggatgctgagtgctttgtagtggctctgt
ctctgtggccagtaaattcagtggaaaatatgttagtgatggttatttga
tatcacagacttctagctgattcatggaatgaagttttcttcttgtcaac
tggttcttagggcttagtttaaacccagctcaagtgctagtagggagacg
tggacaaagatctatcaataacacacactgcaatacttaatgatgtatta
ttttcaatttccctgttgacagttaaagagcaagggccaaatggaatgtg
ctcttttaaatggcaacatggacgcagcgggactgttggaaagccattag
tagccaaccctagttaatatcagctcaggtaaatgctgcctatcacgggc
ccttttccccagctcaatcactgaaggattaaaggacttcccctaacaca
ctcttttaaaaatttaatgatgttgggtattgcagaggttacgcattgta
ccgttaaggtgaagtgatttcagcttcatcttgacattgctggctaatca
gagaggaaagaaggtttcagagctaatgttacctgtaatatagtaagact
caccatccataaagttccctgctgcagcatccagggagctcacatagctg
cttttgccagattgtgttaacttctgagggcaatgtgttaggggagtgtc
tcctgcagctggccttccaatgggtgtgatatccatccggatactacctg
ttcttctgagagatgaattgggatttagaagacactgatgagaattggta
tgtcaggtctcagtttgttgttgtcattgtataaaaagtcactgcaagca
cttatggtttccttcatagggaagtgccctttctttcatggtaggcacat
gcctaggcacacttgatccctgtaggccaggattttcaatgtggcagctg
atggatagaagtctgggaggatggtgttctaggaactgaatcaacacttt
tgggttccagcgtggtcctcagat
gaattccttggccatacaattccccagagttttcagtgtgctcctgcttt
gttgaacgcacaccccatgagctcccgaacagtaactgcaccatgaattc
ttctattgatggaatagcaacacaccaacaacagccctgatctgaggaat
tctgttgcagaattgcgacttaatgagaagggtaatttatcaccatctaa
ggactgggaagatagctcagtttgcaaagtgatgctgagtaagcacagac
ctgagttcaatgtttaagaactagagcaaaaagtattggtacgcactgtt
acccagtgctgaggaatggggacaaagaggatgcctagggctgcctggac
cccaggatctgactaattgaggaactctaggtcctagagagacattctgt
tcaaaagaacaaaaaccaaggtgagttactatcctgaagacctctggcct
tcgtgtaaatgcacacacttccatgcacataactccatgtacactccatg
tccatgaacatacatgaaagaaagaaggataaataaaaccaagattatgg
gaaaatggccagggcatgtatatttttagagtctggaagaaaataagtaa
cccaggacttgtctgttacctaggacactaaggctggagttagagaggcc
agacactgaaggctgggagtggacacatgcattctgcctgccacaacaaa
aacaactgtttcactgtttgactaaccactaacacagacacttcgcttct
cccttcctccaggcgctgtggctgaaatattgctgatgataggcgttttt
aatcaagagaacgactctaccccataagttagcttggaaggctgacagca
agtccgatgtccatcggctgttgttggaagaaaccagtaagacaaagaca
gataagatgagagcaggttaccttggctcgctggttctggaacacactga
ccacacgacactcagcctgtctcgcagccagagtctcctcacttgagaat
gatactgagtataccccactaccctacacacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169637033_169638172
seq2: B6Ng01-064F12.b_43_1166

seq1  GAATTCCTTATAAGATGAGGAGCTGCCCAAACCTTATGACATGGGAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATAAGATGAGGAGCTGCCCAAACCTTATGACATGGGAACAA  50

seq1  AAGGAGACAAGGACGTAAGGGACCAGACCTCTTTATCTTAGGAGGGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGACAAGGACGTAAGGGACCAGACCTCTTTATCTTAGGAGGGAATG  100

seq1  AAACTGAACCTGGTATTCCAAGGATGCTGAGTGCTTTGTAGTGGCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAACCTGGTATTCCAAGGATGCTGAGTGCTTTGTAGTGGCTCTGT  150

seq1  CTCTGTGGCCAGTAAATTCAGTGGAAAATATGTTAGTGATGGTTATTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGCCAGTAAATTCAGTGGAAAATATGTTAGTGATGGTTATTTGA  200

seq1  TATCACAGACTTCTAGCTGATTCATGGAATGAAGTTTTCTTCTTGTCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGACTTCTAGCTGATTCATGGAATGAAGTTTTCTTCTTGTCAAC  250

seq1  TGGTTCTTAGGGCTTAGTTTAAACCCAGCTCAAGTGCTAGTAGGGAGACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTAGGGCTTAGTTTAAACCCAGCTCAAGTGCTAGTAGGGAGACG  300

seq1  TGGACAAAGATCTATCAATAACACACACTGCAATACTTAATGATGTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAAGATCTATCAATAACACACACTGCAATACTTAATGATGTATTA  350

seq1  TTTTCAATTTCCCTGTTGACAGTTAAAGAGCAAGGGCCAAATGGAATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATTTCCCTGTTGACAGTTAAAGAGCAAGGGCCAAATGGAATGTG  400

seq1  CTCTTTTAAATGGCAACATGGACGCAGCGGGACTGTTGGAAAGCCATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTAAATGGCAACATGGACGCAGCGGGACTGTTGGAAAGCCATTAG  450

seq1  TAGCCAACCCTAGTTAATATCAGCTCAGGTAAATGCTGCCTATCACGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAACCCTAGTTAATATCAGCTCAGGTAAATGCTGCCTATCACGGGC  500

seq1  CCTTTTCCCCAGCTCAATCACTGAAGGATTAAAGGACTTCCCCTAACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCCCCAGCTCAATCACTGAAGGATTAAAGGACTTCCCCTAACACA  550

seq1  CTCTTTTAAAAATTTAATGATGTTGGGTATTGCAGAGGTTACGCATTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTAAAAATTTAATGATGTTGGGTATTGCAGAGGTTACGCATTGTA  600

seq1  CCGTTAAGGTGAAGTGATTTCAGCTTCATCTTGACATTGCTGGCTAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTAAGGTGAAGTGATTTCAGCTTCATCTTGACATTGCTGGCTAATCA  650

seq1  GAGAGGAAAGAAGGTTTCAGAGCTAATGTTACCTGTAATATAGTAAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAAGAAGGTTTCAGAGCTAATGTTACCTGTAATATAGTAAGACT  700

seq1  CACCATCCATAAAGTTCCCTGCTGCAGCATCCAGGGAGCTCACATAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCCATAAAGTTCCCTGCTGCAGCATCCAGGGAGCTCACATAGCTG  750

seq1  CTTTTGCCAGATTGTGTTAACTTCTGAGGGCAATGTGTTAGGGGAGTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCAGATTGTGTTAACTTCTGAGGGCAATGTGTTAGGGGAGTGTC  800

seq1  TCCTGCAGCTGGCCTTCCAATGGGTGTGATATCCATCCGGATACTACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAGCTGGCCTTCCAATGGGTGTGATATCCATCCGGATACTACCTG  850

seq1  TTCTTCTGAGAGATGAATTGGGATTTTAGAAGACACTGATGAGAATTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGAGAGATGAATTGGGA-TTTAGAAGACACTGATGAGAATTGGT  899

seq1  ATGTCAAGGTCTCAGTTTGTTGTTGTCATTGTATAAAAAGTCACTTGCAG  950
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  ATGTC-AGGTCTCAGTTTGTTGTTGTCATTGTATAAAAAGTCAC-TGCAA  947

seq1  GCACTTATGGTTTCCTTCATAGGGAAGTTGCCCTTTCTTTCATTGTTAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |
seq2  GCACTTATGGTTTCCTTCATAGGGAAG-TGCCCTTTCTTTCATGGT--AG  994

seq1  GCACATGCCTAGGCACACTTTGATCCCTTGTATGGCCAAGGATTTTTCAA  1050
      |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||   |
seq2  GCACATGCCTAGGCACAC-TTGATCCC-TGTA-GGCC-AGGATTTT--CA  1038

seq1  ATGT-GCAGCTGATGGATAGAAAGTCTGAGAGCAGTGTGTTTCTAGGAAA  1099
      |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |  ||| ||||||| ||
seq2  ATGTGGCAGCTGATGGATAG-AAGTCTGGGAGGATGGTG-TTCTAGG-AA  1085

seq1  CTGAATCAACAACTCTTGGGTTCCCAGCTGTGTCCTCAGAT  1140
      |||||||||| ||| ||||||| |||||   ||||||||||
seq2  CTGAATCAAC-ACTTTTGGGTT-CCAGCGTGGTCCTCAGAT  1124

seq1: chr1_169762912_169763950
seq2: B6Ng01-064F12.g_69_1102 (reverse)

seq1  TGTGTGTGT------------TATACTCATGTATTCAATTTCTTCAAGGT  38
      |||||||||            |||||||| ||| |||  ||| |||| ||
seq2  TGTGTGTGTAGGGTAGTGGGGTATACTCA-GTA-TCA--TTC-TCAA-GT  44

seq1  GAGGGAGACTCTGGCTGCGGAGACAGGGCTGAGTGTCCGTGTGGTTCAGG  88
      || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| |
seq2  GA-GGAGACTCTGGCTGC-GAGACA-GGCTGAGTGT-CGTGTGG-TCA-G  88

seq1  TGTGGTTCCAGAACCAGCGAGCCAAGGTAACCTGCTTCTCATCTTTATCT  138
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGT-GTTCCAGAACCAGCGAGCCAAGGTAACCTGC-TCTCATC-TTATCT  135

seq1  GTCTTTGTCTTACTGGTTTCTTCCAACAACAGCCGATGGACATCGGACTT  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGTCTTACTGGTTTCTTCCAACAACAGCCGATGGACATCGGACTT  185

seq1  GCTGTCAGCCTTTCTAAGCTAACTTATGGGGTAGAGTCGTTCTCTTGATT  238
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAGCC-TTCCAAGCTAACTTATGGGGTAGAGTCGTTCTCTTGATT  234

seq1  AAAAACGCCTATCATCAGCAATTATTTCAGCCACAGCGCCTGGAGGAAGG  288
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACGCCTATCATCAGCAA-TATTTCAGCCACAGCGCCTGGAGGAAGG  283

seq1  GAGAAGCGAAGTGTCTGTGTTAGTGGTTAGTCAAACAGTGAAACAGTTGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCGAAGTGTCTGTGTTAGTGGTTAGTCAAACAGTGAAACAGTTGT  333

seq1  TTTTGTTGTGGCAGGCAGAATGCATGTGTCCACTCCCAGCCTTCAGTGTC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGTGGCAGGCAGAATGCATGTGTCCACTCCCAGCCTTCAGTGTC  383

seq1  TGGCCTCTCTAACTCCAGCCTTAGTGTCCTAGGTAACAGACAAGTCCTGG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTCTAACTCCAGCCTTAGTGTCCTAGGTAACAGACAAGTCCTGG  433

seq1  GTTACTTATTTTCTTCCAGACTCTAAAAATATACATGCCCTGGCCATTTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTATTTTCTTCCAGACTCTAAAAATATACATGCCCTGGCCATTTT  483

seq1  CCCATAATCTTGGTTTTATTTATCCTTCTTTCTTTCATGTATGTTCATGG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAATCTTGGTTTTATTTATCCTTCTTTCTTTCATGTATGTTCATGG  533

seq1  ACATGGAGTGTACATGGAGTTATGTGCATGGAAGTGTGTGCATTTACACG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAGTGTACATGGAGTTATGTGCATGGAAGTGTGTGCATTTACACG  583

seq1  AAGGCCAGAGGTCTTCAGGATAGTAACTCACCTTGGTTTTTGTTCTTTTG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGAGGTCTTCAGGATAGTAACTCACCTTGGTTTTTGTTCTTTTG  633

seq1  AACAGAATGTCTCTCTAGGACCTAGAGTTCCTCAATTAGTCAGATCCTGG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATGTCTCTCTAGGACCTAGAGTTCCTCAATTAGTCAGATCCTGG  683

seq1  GGTCCAGGCAGCCCTAGGCATCCTCTTTGTCCCCATTCCTCAGCACTGGG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGGCAGCCCTAGGCATCCTCTTTGTCCCCATTCCTCAGCACTGGG  733

seq1  TAACAGTGCGTACCAATACTTTTTGCTCTAGTTCTTAAACATTGAACTCA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGCGTACCAATACTTTTTGCTCTAGTTCTTAAACATTGAACTCA  783

seq1  GGTCTGTGCTTACTCAGCATCACTTTGCAAACTGAGCTATCTTCCCAGTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGCTTACTCAGCATCACTTTGCAAACTGAGCTATCTTCCCAGTC  833

seq1  CTTAGATGGTGATAAATTACCCTTCTCATTAAGTCGCAATTCTGCAACAG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATGGTGATAAATTACCCTTCTCATTAAGTCGCAATTCTGCAACAG  883

seq1  AATTCCTCAGATCAGGGCTGTTGTTGGTGTGTTGCTATTCCATCAATAGA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTCAGATCAGGGCTGTTGTTGGTGTGTTGCTATTCCATCAATAGA  933

seq1  AGAATTCATGGTGCAGTTACTGTTCGGGAGCTCATGGGGTGTGCGTTCAA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCATGGTGCAGTTACTGTTCGGGAGCTCATGGGGTGTGCGTTCAA  983

seq1  CAAAGCAGGAGCACACTGAAAACTCTGGGGAATTGTATGGCCAAGGAATT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGGAGCACACTGAAAACTCTGGGGAATTGTATGGCCAAGGAATT  1033

seq1  C  1039
      |
seq2  C  1034