BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-064H17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 87,351,151 - 87,470,990
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338
Upstream genenone
Downstream geneSp110, Sp140, Sp100, A630001G21Rik, Cab39, Itm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1, Htr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik, LOC100040414, Ptma, Pde6d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-064H17.bB6Ng01-064H17.g
ACCDH884257DH884258
length1,0201,021
definitionDH884257|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064H17, 5' end.DH884258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,351,151 - 87,352,186)(87,469,955 - 87,470,990)
sequence
gaattcctgaagtcccaatgccttcgattcagcctggtccccactttgcc
acagattactcaagttgccatctaccatcctcttattgatccatcttgcg
ctgccatccagtgcaattgctcatccattcatctggacccagtcttgcct
tttagactctgcagtggaactcaactctacagctcaaccatgaccctgca
gtcaaatccaaccatgacttcagtgcctgtccagagggctcagggtcctt
tgttatctcaccctacagactcctatgacttcccagctgtctcccaactc
tggcttgtcaagtgtttgccaccttaactcttggtagctagcctgtaata
tatagatatagggatagaggtagatagagatatgttacatatgacttaat
gttgttagtaagttataaacttatgtttaatgtatcagctaagagttagt
aattatgttggaatggcctgtttgccttggccagggtcattaaggaaagc
ggagctatctgacagatgactaccagtgaaaccactgcttgtggatttgt
tattattcaataaaatgttttagaaagacataaatacgtttacctctgtt
tgtgacacagcacgctcacgacaccctgctacacattgcttgggctccag
gtggcctcctggaaccgtgttgcaagctttcatgactccctcactctggg
cattttgaaccttgcaacatcagtaccatgcagatggtacccagctgctg
tcagctcaagatgcggcctgtccccctcgaacaactaccacaggctttct
gtgacttcataactgaactaaaaagacacttacttagttaagcagccatt
tttcaccgggctcccttgaggctctgtcatgttagacgcgctctcattgc
aaatgaatttacactgctatcttctggagccttccatggtgggtctgcct
caagcactttcctgtgtcttgtgccaagtcgagtatctctttatgtgata
tctttacattgcatgcactt
gaattccatccgttgcatgtggagggggagaaggacctgggaaggaaagt
ggtccagcagtcaggtgatacagcaaaccaccaagactgatgcagaagga
ccgacttctcctgaaggcagaaatggccctgggcacagaacggttggcct
tgtcaccttggctacttcccttctccaactcactcacccagcccagtcct
caagcatgtctcatggctgtccctcagatggccacaagaaggtaggaatt
ccttctgaacaggtgtcctagtgcaactctctaaacatacccagtctata
taagaagttaaagccctagaatgctgcccaagactgtagagcacttacct
accactagagagcactgtgggtccctcttgacactggaagctaaaaggaa
ctagtgaggccttttaagggaacaggaatcctctagatggctgtcatcaa
acacaagtaacatgagagtcaagcaagaacagaagtaagtctatcagaga
actaagagtggcaaagaacaacaagccaaacgctcttgcttaggcacgtg
tgttggagggctctttatgcgggcaaaaggtctcttagctgttggccaca
cgtttcaagcctcccagccagtgtaatgaagtggctgagatgtgctctgt
gttgtgagctggaagagacctgtgtggcctcatttcttatttaaccaggt
tgggtctggtagcaggcccaggttaagtgtcccactgctggctcagacat
gtctgctggaccttcccatctccaaaatgcttcagtttacttggagaagc
tcaagaacaagggattccaggagaaccacaaattacagggggctttggga
ctgatagagaaattttgattgtacagtgtttcaggactgaatctgacatt
tttaagataggttctcactatgtagcccagctggcctgaggtcctgaaat
ccacctccctctgcctctcactgctgggatgagtgtgtgctacatcattc
cagcctggaaggtcctgcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_87351151_87352186
seq2: B6Ng01-064H17.b_44_1063

seq1  GAATTCCTGAAGTCCCAATGCCTTCGATTCAGCCTGGTCCCCACTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAAGTCCCAATGCCTTCGATTCAGCCTGGTCCCCACTTTGCC  50

seq1  ACAGATTACTCAAGTTGCCATCTACCATCCTCTTATTGATCCATCTTGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTACTCAAGTTGCCATCTACCATCCTCTTATTGATCCATCTTGCG  100

seq1  CTGCCATCCAGTGCAATTGCTCATCCATTCATCTGGACCCAGTCTTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATCCAGTGCAATTGCTCATCCATTCATCTGGACCCAGTCTTGCCT  150

seq1  TTTAGACTCTGCAGTGGAACTCAACTCTACAGCTCAACCATGACCCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACTCTGCAGTGGAACTCAACTCTACAGCTCAACCATGACCCTGCA  200

seq1  GTCAAATCCAACCATGACTTCAGTGCCTGTCCAGAGGGCTCAGGGTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATCCAACCATGACTTCAGTGCCTGTCCAGAGGGCTCAGGGTCCTT  250

seq1  TGTTATCTCACCCTACAGACTCCTATGACTTCCCAGCTGTCTCCCAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTCACCCTACAGACTCCTATGACTTCCCAGCTGTCTCCCAACTC  300

seq1  TGGCTTGTCAAGTGTTTGCCACCTTAACTCTTGGTAGCTAGCCTGTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTCAAGTGTTTGCCACCTTAACTCTTGGTAGCTAGCCTGTAATA  350

seq1  TATAGATATAGGGATAGAGGTAGATAGAGATATGTTACATATGACTTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATAGGGATAGAGGTAGATAGAGATATGTTACATATGACTTAAT  400

seq1  GTTGTTAGTAAGTTATAAACTTATGTTTAATGTATCAGCTAAGAGTTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAGTAAGTTATAAACTTATGTTTAATGTATCAGCTAAGAGTTAGT  450

seq1  AATTATGTTGGAATGGCCTGTTTGCCTTGGCCAGGGTCATTAAGGAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTTGGAATGGCCTGTTTGCCTTGGCCAGGGTCATTAAGGAAAGC  500

seq1  GGAGCTATCTGACAGATGACTACCAGTGAAACCACTGCTTGTGGATTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTATCTGACAGATGACTACCAGTGAAACCACTGCTTGTGGATTTGT  550

seq1  TATTATTCAATAAAATGTTTTAGAAAGACATAAATACGTTTACCTCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCAATAAAATGTTTTAGAAAGACATAAATACGTTTACCTCTGTT  600

seq1  TGTGACACAGCACGCTCACGACACCCTGCTACACATTGCTT-GGCTCCA-  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGTGACACAGCACGCTCACGACACCCTGCTACACATTGCTTGGGCTCCAG  650

seq1  GTGGCCTCCTGGAACCGTGTTGCAAGCTTTCATGACTCCCTCACTCT-GG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGGCCTCCTGGAACCGTGTTGCAAGCTTTCATGACTCCCTCACTCTGGG  700

seq1  CATTTTGAACCTTGCAACATCAGTACCATGCAGATGGTACCCAGCTGCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGAACCTTGCAACATCAGTACCATGCAGATGGTACCCAGCTGCTG  750

seq1  TCAGCTCAAGATGCGGCCTGTCCCCCTCGAACAACTACCACAGGCTTTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCAAGATGCGGCCTGTCCCCCTCGAACAACTACCACAGGCTTTCT  800

seq1  GTGACTTCATAACTGAACTAAAAAGACACTTACTTAGTTAAGCAGCCATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTCATAACTGAACTAAAAAGACACTTACTTAGTTAAGCAGCCATT  850

seq1  TTTCAACAGGGCTCCCTTGAGGCTCTGTCATTGTTAGACGCGCTCTCATT  897
      |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTC-ACCGGGCTCCCTTGAGGCTCTGTCA-TGTTAGACGCGCTCTCATT  898

seq1  GCAAATGAATTTACACTGCTATCTTCTGGAGCTTTCCATGAGTGGGTTCT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||
seq2  GCAAATGAATTTACACTGCTATCTTCTGGAGCCTTCCATG-GTGGG-TCT  946

seq1  TGCCCTCAAAGCACCTTTCCTGTTGTCCTTGTGCAAAGTCGGAGGTTATC  997
         |||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| |||  ||||
seq2  --GCCTC-AAGCA-CTTTCCTG-TGT-CTTGTGCCAAGTC-GAG--TATC  987

seq1  TCTTTAATGTTGATAATCTTTTAACAATTGCATGCACTT  1036
      ||||| ||| |||| ||||||  || |||||||||||||
seq2  TCTTT-ATG-TGAT-ATCTTT--AC-ATTGCATGCACTT  1020

seq1: chr1_87469955_87470990
seq2: B6Ng01-064H17.g_69_1089 (reverse)

seq1  AAAGCAAGGAACTTCTCAGGCTGGGAATGAATGGTAGCACACACCTTCAT  50
      ||||| |||| |||| |||||| |||||||   |||||||||||  ||| 
seq2  AAAGC-AGGACCTTC-CAGGCT-GGAATGA--TGTAGCACACAC--TCA-  42

seq1  TCCCAGCAGTGGAGAGGCAGAGGGAGGTGGATTTCAGGGACCTCCAGGCC  100
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TCCCAGCAGT-GAGAGGCAGAGGGAGGTGGATTTCA-GGACCT-CAGGCC  89

seq1  AGCCTGGGCTACATAGTGAGAACCTATCTTAAAAAATGTCAGATTCAGTC  150
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AG-CTGGGCTACATAGTGAGAACCTATCTT-AAAAATGTCAGATTCAGTC  137

seq1  CTGAAACACTGTACAATCAAAATTTCTCTATCAGTTCCAAAAGCCCCCTG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  CTGAAACACTGTACAATCAAAATTTCTCTATCAG-TCCCAAAGCCCCCTG  186

seq1  TAATTTGTGGTTCCTCCTGGAAT-CCTTGTTCTTGAGCTTCTCCAAGTAA  249
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGTGGTT-CTCCTGGAATCCCTTGTTCTTGAGCTTCTCCAAGTAA  235

seq1  ACTGAAGCATTTTTGGAGATGGGAAGGTCCAGCAGACATGTCTGAGCCAG  299
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCA-TTTTGGAGATGGGAAGGTCCAGCAGACATGTCTGAGCCAG  284

seq1  CAGTGGGACACTTAACCTGGGCCTGCTACCAGACCCAACCTGGTTAAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGACACTTAACCTGGGCCTGCTACCAGACCCAACCTGGTTAAATA  334

seq1  AGAAATGAGGCCACACAGGTCTCTTCCAGCTCACAACACAGAGCACATCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGAGGCCACACAGGTCTCTTCCAGCTCACAACACAGAGCACATCT  384

seq1  CAGCCACTTCATTACACTGGCTGGGAGGCTTGAAACGTGTGGCCAACAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACTTCATTACACTGGCTGGGAGGCTTGAAACGTGTGGCCAACAGC  434

seq1  TAAGAGACCTTTTGCCCGCATAAAGAGCCCTCCAACACACGTGCCTAAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGACCTTTTGCCCGCATAAAGAGCCCTCCAACACACGTGCCTAAGC  484

seq1  AAGAGCGTTTGGCTTGTTGTTCTTTGCCACTCTTAGTTCTCTGATAGACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCGTTTGGCTTGTTGTTCTTTGCCACTCTTAGTTCTCTGATAGACT  534

seq1  TACTTCTGTTCTTGCTTGACTCTCATGTTACTTGTGTTTGATGACAGCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTGTTCTTGCTTGACTCTCATGTTACTTGTGTTTGATGACAGCCA  584

seq1  TCTAGAGGATTCCTGTTCCCTTAAAAGGCCTCACTAGTTCCTTTTAGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGGATTCCTGTTCCCTTAAAAGGCCTCACTAGTTCCTTTTAGCTT  634

seq1  CCAGTGTCAAGAGGGACCCACAGTGCTCTCTAGTGGTAGGTAAGTGCTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTCAAGAGGGACCCACAGTGCTCTCTAGTGGTAGGTAAGTGCTCT  684

seq1  ACAGTCTTGGGCAGCATTCTAGGGCTTTAACTTCTTATATAGACTGGGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTGGGCAGCATTCTAGGGCTTTAACTTCTTATATAGACTGGGTA  734

seq1  TGTTTAGAGAGTTGCACTAGGACACCTGTTCAGAAGGAATTCCTACCTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGAGAGTTGCACTAGGACACCTGTTCAGAAGGAATTCCTACCTTC  784

seq1  TTGTGGCCATCTGAGGGACAGCCATGAGACATGCTTGAGGACTGGGCTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCCATCTGAGGGACAGCCATGAGACATGCTTGAGGACTGGGCTGG  834

seq1  GTGAGTGAGTTGGAGAAGGGAAGTAGCCAAGGTGACAAGGCCAACCGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGAGTTGGAGAAGGGAAGTAGCCAAGGTGACAAGGCCAACCGTTC  884

seq1  TGTGCCCAGGGCCATTTCTGCCTTCAGGAGAAGTCGGTCCTTCTGCATCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCAGGGCCATTTCTGCCTTCAGGAGAAGTCGGTCCTTCTGCATCA  934

seq1  GTCTTGGTGGTTTGCTGTATCACCTGACTGCTGGACCACTTTCCTTCCCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGTGGTTTGCTGTATCACCTGACTGCTGGACCACTTTCCTTCCCA  984

seq1  GGTCCTTCTCCCCCTCCACATGCAACGGATGGAATTC  1036
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTCTCCCCCTCCACATGCAACGGATGGAATTC  1021