BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066C13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,060,176 - 142,191,321
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCfh, Kcnt2
Upstream geneDennd1b, Crb1, Zbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066C13.bB6Ng01-066C13.g
ACCDH885415DH885416
length1,1631,073
definitionDH885415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C13, 5' end.DH885416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,190,140 - 142,191,321)(142,060,176 - 142,061,196)
sequence
gaattctgtcataaattcataaattttgcggcatggttttgcatcatatt
tcacatgaaaatactgcacaatgggacctaattttatctgggtttgtgta
acaaaacataagtgggctgtttgtcattatttgtgtcaagattatgaaga
gacagagtgagagaactagtttgtgctaggacaatgtgaagattttagga
tgttaaagaggagaagagtggatttctagtgagacgtgggattacaaaag
ctcattttaacttataatactgtgttgttgacacgggtggctcttagatt
tttgcatgccagggattcataaagtagcatggaacaaagataaaaaaaaa
aagaatgttctcaaatgttactttttaatgctgtttagaaaaatgccaag
tcacttactaatgtgggcttccagctgtcagaagcaaggaggggcagtga
cagaaaccccagctcattagagggagctccagcatcaacatggaacagtg
atttcttctgtgcatttctttgactgaacttcaccttcttaatgtgctct
gaaccatgaccagcaaagaaggatgctagcacaagttgactaagcatgca
ctcatatccctgaggtgcttagatatctgaaagctgctcagctattaacc
attcacttttccatgtaatctgcttaactgagtaagtcatcacaatgtat
gagatttaatttttatttaaatttatttattttcatttatttatatttca
ttactttatatcccactcactgtcccttatttttgacacatttagaatgt
accagggagctgtccattgtgtaaaaaatactgcaatttaatggcacgtc
agaattataataaatatagaaacttcaaaaacttagcaaatctatatgcc
ctatcaagccattgaagaggtgcctccccaatgcaacatgttttattaaa
tctaaatagcatgagtatgaaaaatacagggtcacaatactgtaaatgga
cacacaaagatgaaccctaattctagataactatataaatgactacataa
ttgtggttcaaggttattacatttgaaaagaagactgctgaaataatcta
actatggagttcttcctttttcaagcatctgccatagttccaaatgctta
gcaccttctattt
gaattctggctggctggttcaactcagctcttctggtccaaactcttttc
caacataatttattcaaacaggcttctcttgggtcaaccctgagttactc
tgcttgatctcaaacaaattctggcaatttgttctaaccttctgactcat
tctcattcactggctcattcggtacttacctgtaaactgtctctataaaa
cagttccagtaaaacttcttcttctccctcgcccatctctctctttcccc
ctctctcttccacccctacttcatagttatgttgcctctctttcctgttt
tcatgagagttggacatatcctatctctgactcattctgtctaatttttc
tctggttaatcattttgcccctggattagacaccacatttacacatggtt
gcttctttttacaaactaactttgccttcattttgggggattaaaggtgt
gtgctaagggcatatctgtatttccagctagaagtattaaaggtatgaca
ctccagatggatcagatcttggatgtgatcccctgtcagagcagccatat
tgctgaattaaaattcctctacataaggtaacatgaattgtatggagaca
ttcaacattcaaatagtataaaaaggcaggacagaattatgttagtacta
tattatggagtggaaaaatgtttgtgtggaggtatttataggagtgccta
agcacaaattgtaggaacaatgaacatttatgaacaaacctaggtgagaa
gggcctgttcctttcatgactgaggtttatggtattgcttatctggttat
atgtgttagttccgtatatgaacggatgatcaggggttatgtgaattcaa
gaatggcagtgaaagcagaaaaataagacatgtctgttggagggtgtcta
acttgaacattctgatcatgtgcagaatctgaatcttagtggattcctga
ttctagtgaagccaaatttcttatatctcacatatatccaaaaaaaacac
cttcttgaaattagaactggtgactccttaacaataaattatttgaatgc
tttgattgttaatttaaagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142190140_142191321
seq2: B6Ng01-066C13.b_45_1207 (reverse)

seq1  AAATAGAAGTGCCTAAGCATTTGTGAACTATTGGGCAGATGCTTGGAAAA  50
      |||||||||   ||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||
seq2  AAATAGAAGGTGCTAAGCATTTG-GAACTAT--GGCAGATGCTT-GAAAA  46

seq1  AGGAAGAAACTCATAAAGTTAGGAATTAAATTTTCAGCAAGTCTTCTTTT  100
      ||||||||   |||  ||||||  ||||   ||||||| ||||||| |||
seq2  AGGAAGAACTCCAT--AGTTAG--ATTA---TTTCAGC-AGTCTTC-TTT  87

seq1  TCAAATGTAATAAACTTTGAACACAATTATGTATGTCATTTATAATAGTT  150
      ||||||||||||| |||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TCAAATGTAATAACCTTGAACCACAATTATGTA-GTCATTTAT-ATAGTT  135

seq1  ATCTTAGAATTAGGGTTTCATCTTTGTGTGTCCAATTTACAGTATTGTTG  200
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ATC-TAGAATTAGGG-TTCATCTTTGTGTGTCC-ATTTACAGTATTG-TG  181

seq1  ACCCTGTATTTTTCATACTCATGCTATTTAGATTTAATAAAACATGTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTATTTTTCATACTCATGCTATTTAGATTTAATAAAACATGTTGC  231

seq1  ATTGGGGAGGCACCTCTTCAATGGCTTGATAGGGCATATAGATTTGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGAGGCACCTCTTCAATGGCTTGATAGGGCATATAGATTTGCTAA  281

seq1  GTTTTTGAAGTTTCTATATTTATTATAATTCTGACGTGCCATTAAATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGAAGTTTCTATATTTATTATAATTCTGACGTGCCATTAAATTGC  331

seq1  AGTATTTTTTACACAATGGACAGCTCCCTGGTACATTCTAAATGTGTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTTTACACAATGGACAGCTCCCTGGTACATTCTAAATGTGTCAA  381

seq1  AAATAAGGGACAGTGAGTGGGATATAAAGTAATGAAATATAAATAAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGGACAGTGAGTGGGATATAAAGTAATGAAATATAAATAAATGA  431

seq1  AAATAAATAAATTTAAATAAAAATTAAATCTCATACATTGTGATGACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATTTAAATAAAAATTAAATCTCATACATTGTGATGACTTA  481

seq1  CTCAGTTAAGCAGATTACATGGAAAAGTGAATGGTTAATAGCTGAGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTAAGCAGATTACATGGAAAAGTGAATGGTTAATAGCTGAGCAGC  531

seq1  TTTCAGATATCTAAGCACCTCAGGGATATGAGTGCATGCTTAGTCAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATATCTAAGCACCTCAGGGATATGAGTGCATGCTTAGTCAACTT  581

seq1  GTGCTAGCATCCTTCTTTGCTGGTCATGGTTCAGAGCACATTAAGAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGCATCCTTCTTTGCTGGTCATGGTTCAGAGCACATTAAGAAGGT  631

seq1  GAAGTTCAGTCAAAGAAATGCACAGAAGAAATCACTGTTCCATGTTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCAGTCAAAGAAATGCACAGAAGAAATCACTGTTCCATGTTGATG  681

seq1  CTGGAGCTCCCTCTAATGAGCTGGGGTTTCTGTCACTGCCCCTCCTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTCCCTCTAATGAGCTGGGGTTTCTGTCACTGCCCCTCCTTGCT  731

seq1  TCTGACAGCTGGAAGCCCACATTAGTAAGTGACTTGGCATTTTTCTAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGCTGGAAGCCCACATTAGTAAGTGACTTGGCATTTTTCTAAAC  781

seq1  AGCATTAAAAAGTAACATTTGAGAACATTCTTTTTTTTTTTATCTTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAAAAAGTAACATTTGAGAACATTCTTTTTTTTTTTATCTTTGTT  831

seq1  CCATGCTACTTTATGAATCCCTGGCATGCAAAAATCTAAGAGCCACCCGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTACTTTATGAATCCCTGGCATGCAAAAATCTAAGAGCCACCCGT  881

seq1  GTCAACAACACAGTATTATAAGTTAAAATGAGCTTTTGTAATCCCACGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACAACACAGTATTATAAGTTAAAATGAGCTTTTGTAATCCCACGTC  931

seq1  TCACTAGAAATCCACTCTTCTCCTCTTTAACATCCTAAAATCTTCACATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGAAATCCACTCTTCTCCTCTTTAACATCCTAAAATCTTCACATT  981

seq1  GTCCTAGCACAAACTAGTTCTCTCACTCTGTCTCTTCATAATCTTGACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGCACAAACTAGTTCTCTCACTCTGTCTCTTCATAATCTTGACAC  1031

seq1  AAATAATGACAAACAGCCCACTTATGTTTTGTTACACAAACCCAGATAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGACAAACAGCCCACTTATGTTTTGTTACACAAACCCAGATAAA  1081

seq1  ATTAGGTCCCATTGTGCAGTATTTTCATGTGAAATATGATGCAAAACCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTCCCATTGTGCAGTATTTTCATGTGAAATATGATGCAAAACCAT  1131

seq1  GCCGCAAAATTTATGAATTTATGACAGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCAAAATTTATGAATTTATGACAGAATTC  1163

seq1: chr1_142060176_142061196
seq2: B6Ng01-066C13.g_143_1142

seq1  TTCTCTTGGGTCAACCCTGAGTTACTCTGCTTGATCTCAAACAAATTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGGGTCAACCCTGAGTTACTCTGCTTGATCTCAAACAAATTCTG  50

seq1  GCAATTTGTTCTAACCTTCTGACTCATTCTCATTCACTGGCTCATTCGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTGTTCTAACCTTCTGACTCATTCTCATTCACTGGCTCATTCGGT  100

seq1  ACTTACCTGTAAACTGTCTCTATAAAACAGTTCCAGTAAAACTTCTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCTGTAAACTGTCTCTATAAAACAGTTCCAGTAAAACTTCTTCTT  150

seq1  CTCCCTCGCCCATCTCTCTCTTTCCCCCTCTCTCTTCCACCCCTACTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCGCCCATCTCTCTCTTTCCCCCTCTCTCTTCCACCCCTACTTCA  200

seq1  TAGTTATGTTGCCTCTCTTTCCTGTTTTCATGAGAGTTGGACATATCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATGTTGCCTCTCTTTCCTGTTTTCATGAGAGTTGGACATATCCTA  250

seq1  TCTCTGACTCATTCTGTCTAATTTTTCTCTGGTTAATCATTTTGCCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACTCATTCTGTCTAATTTTTCTCTGGTTAATCATTTTGCCCCTG  300

seq1  GATTAGACACCACATTTACACATGGTTGCTTCTTTTTACAAACTAACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGACACCACATTTACACATGGTTGCTTCTTTTTACAAACTAACTTT  350

seq1  GCCTTCATTTTGGGGGATTAAAGGTGTGTGCTAAGGGCATATCTGTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCATTTTGGGGGATTAAAGGTGTGTGCTAAGGGCATATCTGTATTT  400

seq1  CCAGCTAGAAGTATTAAAGGTATGACACTCCAGATGGATCAGATCTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAGAAGTATTAAAGGTATGACACTCCAGATGGATCAGATCTTGGA  450

seq1  TGTGATCCCCTGTCAGAGCAGCCATATTGCTGAATTAAAATTCCTCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCCCTGTCAGAGCAGCCATATTGCTGAATTAAAATTCCTCTACA  500

seq1  TAAGGTAACATGAATTGTATGGAGACATTCAACATTCAAATAGTATAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAACATGAATTGTATGGAGACATTCAACATTCAAATAGTATAAAA  550

seq1  AGGCAGGACAGAATTATGTTAGTACTATATTATGGAGTGGAAAAATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGACAGAATTATGTTAGTACTATATTATGGAGTGGAAAAATGTTT  600

seq1  GTGTGGAGGTATTTATAGGAGTGCCTAAGCACAAATTGTAGGAACAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAGGTATTTATAGGAGTGCCTAAGCACAAATTGTAGGAACAATGA  650

seq1  ACATTTATGAACAAACCTAGGTGAGAAGGGCCTGTTCCTTTCATGACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATGAACAAACCTAGGTGAGAAGGGCCTGTTCCTTTCATGACTGA  700

seq1  GGTTTATGGTATTGCTTATCTGGTTATATGTGTTAGTTCCGTATATGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATGGTATTGCTTATCTGGTTATATGTGTTAGTTCCGTATATGAAC  750

seq1  GGATGATCAGGGGTTATGTGAATTCAAGAATGGCAGTGAAGGCAGAAAAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  GGATGATCAGGGGTTATGTGAATTCAAGAATGGCAGTGAAAGCAG-AAAA  799

seq1  ATAAGACATGTCTGTTGGAGGTGTGTCTAACTTGAAACATTCTGAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  ATAAGACATGTCTGTTGGAGG-GTGTCTAACTTG-AACATTCTG-ATCAT  846

seq1  GTGCAGAATCTGAATCTTAGTTGGAATTCCTGATTCCTAAGTGAAGCCTA  900
      |||||||||||||||||||||  | |||||||||||   |||||||||  
seq2  GTGCAGAATCTGAATCTTAGT--GGATTCCTGATTC--TAGTGAAGCC--  890

seq1  GATTTTCCTATAATCTCACAGATATCACAAGAAAAAACAGCCTTTCTTGA  950
       | |||| ||| |||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||
seq2  AAATTTCTTAT-ATCTCACATATATC-CAA-AAAAAACA--CCTTCTTGA  935

seq1  AATATAGAACTGGTGACTTCATTAACACATTAGAATATTTGAAAGTCTTT  1000
      ||| ||||||||||||| || |||  ||| || | |||||||| | ||||
seq2  AAT-TAGAACTGGTGAC-TCCTTA--ACAATAAATTATTTGAATG-CTTT  980

seq1  GAGTGTTTAATTTAAAGTGTG  1021
      || || |||||||||||||||
seq2  GATTG-TTAATTTAAAGTGTG  1000