BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066D20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 153,551,454 - 153,667,339
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNiban, Edem3
Upstream geneEG545370, LOC668040, LOC676758, EG668050, LOC668055, 3110040M04Rik, LOC100043286, Ivns1abp, 1200016B10Rik, 1190005F20Rik, Rnf2
Downstream gene1700025G04Rik, LOC668076, 5730449L18Rik, Glt25d2, Rgl1, EG639787, Apobec4, Arpc5, Ncf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066D20.bB6Ng01-066D20.g
ACCDH885471DH885472
length9971,133
definitionDH885471|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D20, 5' end.DH885472|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,551,454 - 153,552,445)(153,666,199 - 153,667,339)
sequence
gaattctccaccttgttataagagaacccatgacagtttcatattggatt
tttatttttttaaatttattctattatgtgtacatctgtgcacacctgct
tgtctgtgtatgtaccatgcacatgcaggttcctgaggaggccagaagag
ggtgtcagacacctatgactggagctatcggtggttgtgagcttccctgt
ggtgctgggaagagaactggagtcttccggaagagcagagtgttaactgc
tgaaccatgtctctagctctgatattcaaatttcttgagtctaccccata
gattctctcccccctcatgatgaggtcctcctccttcagagacaaaacta
agtaagtactatggactccttcatattatagtgttccctaaatgaaagaa
acatctaattccacatgtttagcttgctgcaactaaaccctacacggaat
cccacttcagggagccagggttatgacgaattctacctaagaccaagtct
taggtaaatgtagtggtgttgaaagtgcctggataaaatattttacctaa
aaattacaggcaggattagttttgtgtgttatcatctaatctcagttagt
gatgattggagttgctggatgtggtggtgcccatctgtaattccaggatc
ggggaggtagaggcaggaggatctgatcaggagtttaaggtcttttgtct
tcattacaagttcaaggctatcctaggctgaatgaaacctctctaaaaag
tataaaggataaatggcagaattaggtaacaatataacaatataaccggc
tatagactaagacatctgagctgcatcagttttcctgagcataaatttct
gtccccagtgtgatagccactactgccattggagtcctgaccctgcctct
tctctccagctctatcagtgccctttcttattgctatgacagagtatcgg
acatggagccacttaaaggagaaaaggcttcctttttggcttatggg
gaattctctaagattcatcactcactgaccaatcatttatttggaccttt
tgaaaacaggtatttattcccttataaaagggcacgcttacctgggacct
aagacatgaacttacacaactacagcacagcactgctgtcattcatggct
ccatagataacctaagtcattcagtacctcaaaaccacgttgtagagaaa
agttactgtgtaatgccatggtaaaaaggaatgaagtccctcaaatattc
ctttagaagcaattaaaacaagttcaaaaataaataaaatgaataaaacc
atgatttcaatgtagaagtatcaataagcaaaaccaaaaataattaaatg
tgaccagctccagactgccacacacacccccaaaaaatctttttctttta
cttatatggctatatagtttttacacaggtcaccagagactaattttcaa
gtccacattagaaggaaggagtatttgttaaaacaaaacaaaacaaacct
aaacccatgatttaacagaaaatgtgacagactccagcttcaaaggagaa
agacagtagtcaccccgggactacagtctactaccatggtttctcatggc
tctataagatagggagatggagcagggcttggagacgagccttccatctc
aaactgcatactaaaatggatggagtaaggctgatggttagaggaaccac
cttaagagaaatgaactagaaaagacttccaatctaccccaccaggacct
aatgctgagttccatctagagtagtcatagcttcccccaacgggaagttg
atattgcaacattacagtttctccttctctatttaccccgagcagtaagc
aacaaatttccacactatctaccggaccctctccatggccccgtagtagg
tctttacggagacctatgggaaaagtacactgggctcagcttggttaaat
gctaaagtcattgttgggagaggaaagaaatcaagtcgtcctgccattgt
cactgattgaagcatgtaacagcgatgcgcagaacctgtcatgccgtaat
gcatctgcttcagacccgtaggtcactaaagaggtcctgtgaaggcaagc
aaagcgagaatgcacaatactcgcctcaatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_153551454_153552445
seq2: B6Ng01-066D20.b_42_1038

seq1  GAATTCTCCACCTTGTTATAAGAGAACCCATGACAGTTTCATATTGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACCTTGTTATAAGAGAACCCATGACAGTTTCATATTGGATT  50

seq1  TTTATTTTTTTAAATTTATTCTATTATGTGTACATCTGTGCACACCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTTTAAATTTATTCTATTATGTGTACATCTGTGCACACCTGCT  100

seq1  TGTCTGTGTATGTACCATGCACATGCAGGTTCCTGAGGAGGCCAGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGTATGTACCATGCACATGCAGGTTCCTGAGGAGGCCAGAAGAG  150

seq1  GGTGTCAGACACCTATGACTGGAGCTATCGGTGGTTGTGAGCTTCCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGACACCTATGACTGGAGCTATCGGTGGTTGTGAGCTTCCCTGT  200

seq1  GGTGCTGGGAAGAGAACTGGAGTCTTCCGGAAGAGCAGAGTGTTAACTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGGAAGAGAACTGGAGTCTTCCGGAAGAGCAGAGTGTTAACTGC  250

seq1  TGAACCATGTCTCTAGCTCTGATATTCAAATTTCTTGAGTCTACCCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCATGTCTCTAGCTCTGATATTCAAATTTCTTGAGTCTACCCCATA  300

seq1  GATTCTCTCCCCCCTCATGATGAGGTCCTCCTCCTTCAGAGACAAAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTCCCCCCTCATGATGAGGTCCTCCTCCTTCAGAGACAAAACTA  350

seq1  AGTAAGTACTATGGACTCCTTCATATTATAGTGTTCCCTAAATGAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTACTATGGACTCCTTCATATTATAGTGTTCCCTAAATGAAAGAA  400

seq1  ACATCTAATTCCACATGTTTAGCTTGCTGCAACTAAACCCTACACGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAATTCCACATGTTTAGCTTGCTGCAACTAAACCCTACACGGAAT  450

seq1  CCCACTTCAGGGAGCCAGGGTTATGACGAATTCTACCTAAGACCAAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCAGGGAGCCAGGGTTATGACGAATTCTACCTAAGACCAAGTCT  500

seq1  TAGGTAAATGTAGTGGTGTTGAAAGTGCCTGGATAAAATATTTTACCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAATGTAGTGGTGTTGAAAGTGCCTGGATAAAATATTTTACCTAA  550

seq1  AAATTACAGGCAGGATTAGTTTTGTGTGTTATCATCTAATCTCAGTTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACAGGCAGGATTAGTTTTGTGTGTTATCATCTAATCTCAGTTAGT  600

seq1  GATGATTGGAGTTGCTGGATGTGGTGGTGCCCATCTGTAATTCCAGGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTGGAGTTGCTGGATGTGGTGGTGCCCATCTGTAATTCCAGGATC  650

seq1  GGGGAGGTAGAGGCAGGAGGATCTGATCAGGAGTTTAAGGTC-TTTGTCT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGGGAGGTAGAGGCAGGAGGATCTGATCAGGAGTTTAAGGTCTTTTGTCT  700

seq1  TCATTACAAGTTCAAGGCTATCCTAGGCTGAATGAAACCTCTCTAAAAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACAAGTTCAAGGCTATCCTAGGCTGAATGAAACCTCTCTAAAAAG  750

seq1  TATAAAGGATAAATGGCAGAATTAGGTAACAATATAACAATATAACCGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGGATAAATGGCAGAATTAGGTAACAATATAACAATATAACCGGC  800

seq1  TATAGACTAAGACATCTGAGCTGCATCAG-TTTCCTGAGCAATAAATTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TATAGACTAAGACATCTGAGCTGCATCAGTTTTCCTGAGC-ATAAATTTC  849

seq1  TGTCCCCAGTGTGATAGCCACTACTGCCA-TGGAGTCCTGACCCTGCCTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCAGTGTGATAGCCACTACTGCCATTGGAGTCCTGACCCTGCCTC  899

seq1  TTCTCTCCAGCTCTATCAGTGCCCTTTCTTATTGCTATGACAGAGTATCG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCAGCTCTATCAGTGCCCTTTCTTATTGCTATGACAGAGTATCG  949

seq1  GACA-GGAGCCACTTAAGGGAG-AAAGGCTTCC-TTTTGGCTTATGGG  992
      |||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACATGGAGCCACTTAAAGGAGAAAAGGCTTCCTTTTTGGCTTATGGG  997

seq1: chr1_153666199_153667339
seq2: B6Ng01-066D20.g_67_1199 (reverse)

seq1  AAGATTTGAGCGAGTATTGTGGCATCTCGGCTTTGC-TGCCTTCACAGGA  49
      ||||||   ||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||
seq2  AAGATTGAGGCGAGTATTGTGCATTCTC-GCTTTGCTTGCCTTCACAGGA  49

seq1  ACTCTCTAAGTGACCTACGGGTTCTGAAGCAGATGCATTTACGGCAATGA  99
       |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CCTCT-TTAGTGACCTACGGG-TCTGAAGCAGATGCA-TTACGGC-ATGA  95

seq1  CAGTTTCTGCGCATCGCTGTTACATGCTTCAATCAGTGACAAATGGCCAG  149
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  CAGGTTCTGCGCATCGCTGTTACATGCTTCAATCAGTGAC-AATGG-CAG  143

seq1  GACGACTTGATTTCTTTTCCTCTCCCAACAATGACCTTAGCATTTAACCA  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  GACGACTTGATTTC-TTTCCTCTCCCAACAATGACTTTAGCATTTAACC-  191

seq1  AAGCTGAGCCCAGTGTACTTTTCCCATAGGTCTCCGTAAAGACCTACTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAGCCCAGTGTACTTTTCCCATAGGTCTCCGTAAAGACCTACTAC  241

seq1  GGGGCCATGGAGAGGGTCCGGTAGATAGTGTGGAAATTTGTTGCTTACTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCATGGAGAGGGTCCGGTAGATAGTGTGGAAATTTGTTGCTTACTG  291

seq1  CTCGGGGTAAATAGAGAAGGAGAAACTGTAATGTTGCAATATCAACTTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGGTAAATAGAGAAGGAGAAACTGTAATGTTGCAATATCAACTTCC  341

seq1  CGTTGGGGGAAGCTATGACTACTCTAGATGGAACTCAGCATTAGGTCCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGGGGAAGCTATGACTACTCTAGATGGAACTCAGCATTAGGTCCTG  391

seq1  GTGGGGTAGATTGGAAGTCTTTTCTAGTTCATTTCTCTTAAGGTGGTTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTAGATTGGAAGTCTTTTCTAGTTCATTTCTCTTAAGGTGGTTCC  441

seq1  TCTAACCATCAGCCTTACTCCATCCATTTTAGTATGCAGTTTGAGATGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCATCAGCCTTACTCCATCCATTTTAGTATGCAGTTTGAGATGGA  491

seq1  AGGCTCGTCTCCAAGCCCTGCTCCATCTCCCTATCTTATAGAGCCATGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCGTCTCCAAGCCCTGCTCCATCTCCCTATCTTATAGAGCCATGAG  541

seq1  AAACCATGGTAGTAGACTGTAGTCCCGGGGTGACTACTGTCTTTCTCCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATGGTAGTAGACTGTAGTCCCGGGGTGACTACTGTCTTTCTCCTT  591

seq1  TGAAGCTGGAGTCTGTCACATTTTCTGTTAAATCATGGGTTTAGGTTTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGGAGTCTGTCACATTTTCTGTTAAATCATGGGTTTAGGTTTGT  641

seq1  TTTGTTTTGTTTTAACAAATACTCCTTCCTTCTAATGTGGACTTGAAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTAACAAATACTCCTTCCTTCTAATGTGGACTTGAAAAT  691

seq1  TAGTCTCTGGTGACCTGTGTAAAAACTATATAGCCATATAAGTAAAAGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCTGGTGACCTGTGTAAAAACTATATAGCCATATAAGTAAAAGAA  741

seq1  AAAGATTTTTTGGGGGTGTGTGTGGCAGTCTGGAGCTGGTCACATTTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTTTTGGGGGTGTGTGTGGCAGTCTGGAGCTGGTCACATTTAAT  791

seq1  TATTTTTGGTTTTGCTTATTGATACTTCTACATTGAAATCATGGTTTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGGTTTTGCTTATTGATACTTCTACATTGAAATCATGGTTTTAT  841

seq1  TCATTTTATTTATTTTTGAACTTGTTTTAATTGCTTCTAAAGGAATATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTATTTATTTTTGAACTTGTTTTAATTGCTTCTAAAGGAATATTT  891

seq1  GAGGGACTTCATTCCTTTTTACCATGGCATTACACAGTAACTTTTCTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACTTCATTCCTTTTTACCATGGCATTACACAGTAACTTTTCTCTA  941

seq1  CAACGTGGTTTTGAGGTACTGAATGACTTAGGTTATCTATGGAGCCATGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTGGTTTTGAGGTACTGAATGACTTAGGTTATCTATGGAGCCATGA  991

seq1  ATGACAGCAGTGCTGTGCTGTAGTTGTGTAAGTTCATGTCTTAGGTCCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGCAGTGCTGTGCTGTAGTTGTGTAAGTTCATGTCTTAGGTCCCA  1041

seq1  GGTAAGCGTGCCCTTTTATAAGGGAATAAATACCTGTTTTCAAAAGGTCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCGTGCCCTTTTATAAGGGAATAAATACCTGTTTTCAAAAGGTCC  1091

seq1  AAATAAATGATTGGTCAGTGAGTGATGAATCTTAGAGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGATTGGTCAGTGAGTGATGAATCTTAGAGAATTC  1133