BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066H13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 25,137,639 - 25,288,777
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBai3
Upstream geneCol9a1, Col19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171
Downstream geneLOC665595
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066H13.bB6Ng01-066H13.g
ACCDH885642DH885643
length1,1921,092
definitionDH885642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066H13, 5' end.DH885643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066H13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,287,562 - 25,288,777)(25,137,639 - 25,138,746)
sequence
gaattcactggttgtgaggaatttctgcaagcacagctatgtttaaagac
tatttgaaaaaatgcataatgtacagaaagatattatgaaaaaaatgtat
ggttttcagtataatatggatgcccatatcattattgcgtctacttctga
catcattggactgttactcttattacgtctttacatttcactgtatctga
tgtttgcattctgaatgacaacctaaacttcataaataaaagaaagttac
agttaacacttttttctgtagcatgaaaaattatgacacacgaataataa
tgtgaaggccagagcagtgaatgcgtttttaaaaataaacatgccctatg
cagcccaggacagctgttttgcttcacattagccccagctcttaacagct
tgccttacagatatccttgaaatcaatcagacatgtgtaccgtgctttct
aagaatgctgtacagtgagaataagccttggaaagtttaaaagtgcaggc
gatacataccagagggcttatagtaacagtgagtgctttgctaatcattg
aaaaaccaactgataagagtttcatggcgctggagatgtatctcagtcag
cggatactacatacaccgagccctgagttcaatccccagcactatataag
gtgggcatggtggcacatgcctgtaacttcagcgcccagttagtagaggc
aggggtgtcagcagttcaaggtcactctcagctacatggggagtttggga
ccagcctgatctaggtgggagcctgcccccataaagggaattatttgtca
taaaatagcgaagtattttataggacaatgatacatgtgcatcaggatgg
tgtcactcttttatgactcaacttttaatagtaacaagatgtagaacttg
acagctcctctctcaccttgcagatcattcctcataccacctgttccaaa
ttttggtgtctcctactagatttagttcaatgtctatattttctttaata
agagagcgttgtgagtccacatttaccatttcatagattattgtgcatag
acaagtataagggcacgattgtggagaatgattggttgtatacacagagg
tgccatgaaagactgacgttcatctatctctcatgtgagcaagatatgag
gagagtgtaaaggtggtccttgaacaaatgtaacttcttaat
gaattccttgagctttttgtctccactaatataaatagtttcagttgcct
gattcttagaatcatattaggcccctttgtgccagcagcacactggaagt
catcctaaccagatgcccatttgcttccttgtttctgctccctgtatata
taacactgcaagccctgtatatatatatatatatatatatatatatatat
agtcatctttgtccttccttcccaatttcaattaaagacagaatttcaca
ggttcacctgtaatggctagctcgtcacttccttcctgggttagccattt
taactgatattacaagttcttattttaccctgtcagtctaccctgaatat
tattataacactgtcatctttaaattatttgtcagaccataacaaattat
ttcccactagaaagaaataaaaaagctaaacaaagtacagtcaaatggga
ttacctttttgccttctcttgtgggggtaagatttttatgtcatcctgtg
tttctttttcactaagccttgcttaggggaattttgacttctcgttttgt
gggcgtgccacactgaagcaagccttcatgccttgccttccctctggact
tctaactgccacttatgtcctcgggttatgtttggtgtggctttgtttga
tgtgcttgtctttgcagcccatagtggatccctttgaactgcttcatcca
cagctgctttgctgtctatactcatgtatgccttaactcaagtattcttc
aaaagtttataattagagtaaactctgtcaaaaagctgtacagtttttaa
tcatttattcattctgcaaagaaaatttaatgggtgttcactgcatgtca
ggacctctgctggaagctaacatacacactgaggaggacatcttgtcaca
taacatagagatagcattaccatattttttatactttccagagataagaa
ttagcatttctccctttacagctgtctgtctacctttgctttatttggcc
aggaatacaggtctatcataatgcttcatttcggaaaggacttttcctca
gctgagtatgactaattttaaagtattatttatcttccacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_25287562_25288777
seq2: B6Ng01-066H13.b_47_1238 (reverse)

seq1  ATTAAGAAGTAACTAATTTTGGCTCCAAGAGACAACCTTT-CACTCTCCT  49
      |||||||||| ||  ||||    | |||| ||| |||||| |||||||||
seq2  ATTAAGAAGTTAC--ATTT---GTTCAAG-GACCACCTTTACACTCTCCT  44

seq1  CTATA-CTTTCCCTCAACATGAGATAGATGACGCTTCATGTCCTTTTCAT  98
      | ||| ||| | | ||  | |||||||||||  | ||| |||  ||||||
seq2  C-ATATCTTGCTCACATGA-GAGATAGATGA-ACGTCA-GTC--TTTCAT  88

seq1  GTGCACCCTCTTGGTGCTATACCACCCATCCTTTCTCCACAATCGTGCCC  148
      | ||| |||||  ||| ||||| ||| || | ||||||||||||||| ||
seq2  G-GCA-CCTCT--GTG-TATACAACCAAT-CATTCTCCACAATCGTG-CC  131

seq1  CCTATACTTTGTCTTATGCACAATAATCTATGAAATGGTAAATGTGGACT  198
      | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAC-TTGTC-TATGCACAATAATCTATGAAATGGTAAATGTGGACT  179

seq1  CAC-ACGCTCTTCCTTATTTAAAAGAAAATATAGAACATTGAACTAAATC  247
      ||| |||||||  ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACAACGCTCT--CTTATT--AAAGAAAATATAG-ACATTGAACTAAATC  224

seq1  TAGTAGGGAGACACCAAAATTTGGAACAGGTGGTATGAGGAATGATCTGC  297
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTA-GGAGACACCAAAATTTGGAACAGGTGGTATGAGGAATGATCTGC  273

seq1  AAGGTGAGAGAGGAGCTGTCAAGTTCTACATCTGGTTACTATTAAAAGTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAGAGAGGAGCTGTCAAGTTCTACATCTTGTTACTATTAAAAGTT  323

seq1  GAGTCATAAAAGAGTGACACCATCCTGATGCACATGTATCATTGTCCTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATAAAAGAGTGACACCATCCTGATGCACATGTATCATTGTCCTAT  373

seq1  AAAATACTTCGCTATTTTATGACAAATAATTCCCTTTATGGGGGCAGGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTTCGCTATTTTATGACAAATAATTCCCTTTATGGGGGCAGGCT  423

seq1  CCCACCTAGATCAGGCTGGTCCCAAACTCCCCATGTAGCTGAGAGTGACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTAGATCAGGCTGGTCCCAAACTCCCCATGTAGCTGAGAGTGACC  473

seq1  TTGAACTGCTGACACCCCTGCCTCTACTAACTGGGCGCTGAAGTTACAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTGCTGACACCCCTGCCTCTACTAACTGGGCGCTGAAGTTACAGG  523

seq1  CATGTGCCACCATGCCCACCTTATATAGTGCTGGGGATTGAACTCAGGGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCACCATGCCCACCTTATATAGTGCTGGGGATTGAACTCAGGGC  573

seq1  TCGGTGTATGTAGTATCCGCTGACTGAGATACATCTCCAGCGCCATGAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGTATGTAGTATCCGCTGACTGAGATACATCTCCAGCGCCATGAAA  623

seq1  CTCTTATCAGTTGGTTTTTCAATGATTAGCAAAGCACTCACTGTTACTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATCAGTTGGTTTTTCAATGATTAGCAAAGCACTCACTGTTACTAT  673

seq1  AAGCCCTCTGGTATGTATCGCCTGCACTTTTAAACTTTCCAAGGCTTATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTCTGGTATGTATCGCCTGCACTTTTAAACTTTCCAAGGCTTATT  723

seq1  CTCACTGTACAGCATTCTTAGAAAGCACGGTACACATGTCTGATTGATTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTACAGCATTCTTAGAAAGCACGGTACACATGTCTGATTGATTT  773

seq1  CAAGGATATCTGTAAGGCAAGCTGTTAAGAGCTGGGGCTAATGTGAAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATATCTGTAAGGCAAGCTGTTAAGAGCTGGGGCTAATGTGAAGCA  823

seq1  AAACAGCTGTCCTGGGCTGCATAGGGCATGTTTATTTTTAAAAACGCATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCTGTCCTGGGCTGCATAGGGCATGTTTATTTTTAAAAACGCATT  873

seq1  CACTGCTCTGGCCTTCACATTATTATTCGTGTGTCATAATTTTTCATGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCTGGCCTTCACATTATTATTCGTGTGTCATAATTTTTCATGCT  923

seq1  ACAGAAAAAAGTGTTAACTGTAACTTTCTTTTATTTATGAAGTTTAGGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAAAGTGTTAACTGTAACTTTCTTTTATTTATGAAGTTTAGGTT  973

seq1  GTCATTCAGAATGCAAACATCAGATACAGTGAAATGTAAAGACGTAATAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCAGAATGCAAACATCAGATACAGTGAAATGTAAAGACGTAATAA  1023

seq1  GAGTAACAGTCCAATGATGTCAGAAGTAGACGCAATAATGATATGGGCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACAGTCCAATGATGTCAGAAGTAGACGCAATAATGATATGGGCAT  1073

seq1  CCATATTATACTGAAAACCATACATTTTTTTCATAATATCTTTCTGTACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTATACTGAAAACCATACATTTTTTTCATAATATCTTTCTGTACA  1123

seq1  TTATGCATTTTTTCAAATAGTCTTTAAACATAGCTGTGCTTGCAGAAATT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATTTTTTCAAATAGTCTTTAAACATAGCTGTGCTTGCAGAAATT  1173

seq1  CCTCACAACCAGTGAATTC  1216
      |||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAACCAGTGAATTC  1192

seq1: chr1_25137639_25138746
seq2: B6Ng01-066H13.g_68_1159

seq1  GAATTCCTTGAGCTTTTTGTCTCCACTAATATAAATAGTTTCAGTTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGAGCTTTTTGTCTCCACTAATATAAATAGTTTCAGTTGCCT  50

seq1  GATTCTTAGAATCATATTAGGCCCCTTTGTGCCAGCAGCACACTGGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTAGAATCATATTAGGCCCCTTTGTGCCAGCAGCACACTGGAAGT  100

seq1  CATCCTAACCAGATGCCCATTTGCTTCCTTGTTTCTGCTCCCTGTATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAACCAGATGCCCATTTGCTTCCTTGTTTCTGCTCCCTGTATATA  150

seq1  TAACACTGCAAGCCCTGTATATATATATATATATATATATATATATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTGCAAGCCCTGTATATATATATATATATATATATATATATATAT  200

seq1  AGTCATCTTTGTCCTTCCTTCCCAATTTCAATTAAAGACAGAATTTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTTTGTCCTTCCTTCCCAATTTCAATTAAAGACAGAATTTCACA  250

seq1  GGTTCACCTGTAATGGCTAGCTCGTCACTTCCTTCCTGGGTTAGCCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACCTGTAATGGCTAGCTCGTCACTTCCTTCCTGGGTTAGCCATTT  300

seq1  TAACTGATATTACAAGTTCTTATTTTACCCTGTCAGTCTACCCTGAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGATATTACAAGTTCTTATTTTACCCTGTCAGTCTACCCTGAATAT  350

seq1  TATTATAACACTGTCATCTTTAAATTATTTGTCAGACCATAACAAATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAACACTGTCATCTTTAAATTATTTGTCAGACCATAACAAATTAT  400

seq1  TTCCCACTAGAAAGAAATAAAAAAGCTAAACAAAGTACAGTCAAATGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTAGAAAGAAATAAAAAAGCTAAACAAAGTACAGTCAAATGGGA  450

seq1  TTACCTTTTTGCCTTCTCTTGTGGGGGTAAGATTTTTATGTCATCCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTTTGCCTTCTCTTGTGGGGGTAAGATTTTTATGTCATCCTGTG  500

seq1  TTTCTTTTTCACTAAGCCTTGCTTAGGGGAATTTTGACTTCTCGTTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTCACTAAGCCTTGCTTAGGGGAATTTTGACTTCTCGTTTTGT  550

seq1  GGGCGTGCCACACTGAAGCAAGCCTTCATGCCTTGCCTTCCCTCTGGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGCCACACTGAAGCAAGCCTTCATGCCTTGCCTTCCCTCTGGACT  600

seq1  TCTAACTGCCACTTATGTCCTCGGGTTATGTTTGGTGTGGCTTTGTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTGCCACTTATGTCCTCGGGTTATGTTTGGTGTGGCTTTGTTTGA  650

seq1  TGTGCTTGTCTTTGCAGCCCATAGTGGATCCCTTTGAACTGCTTCATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGTCTTTGCAGCCCATAGTGGATCCCTTTGAACTGCTTCATCCA  700

seq1  CAGCTGC-TTGCTGTCTATACTCATGTATGCCTTAACTCAAGTATTCTTC  749
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTTTGCTGTCTATACTCATGTATGCCTTAACTCAAGTATTCTTC  750

seq1  AAAAGTTTATAATTAGAGTAAACTCTGTCAAAAAGCTGTACAGTTTTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTATAATTAGAGTAAACTCTGTCAAAAAGCTGTACAGTTTTTAA  800

seq1  TCATTTATTCATTCTGCAAAGAAAATTTAATGGGTGTTCACTGCATGTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTCATTCTGCAAAGAAAATTTAATGGGTGTTCACTGCATGTCA  850

seq1  GGACCTCTGCTGGAAGCTAACATACACACTGAGGAGGACATCTTGTCACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCTGCTGGAAGCTAACATACACACTGAGGAGGACATCTTGTCACA  900

seq1  TAACATAGAGATAGCATTACCATATTTTTTTATACTTTCCAGAGAGTAAG  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAACATAGAGATAGCATTACCATA-TTTTTTATACTTTCCAGAGA-TAAG  948

seq1  AATTAGCATTTCTCCACTTTACAGCTAGTCTGTCTACCTTTTGCTTTATT  999
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  AATTAGCATTTCTCC-CTTTACAGCT-GTCTGTCTACC-TTTGCTTTATT  995

seq1  TGGCCAGGAATACAGGCCTATCATAAATGCTATCA-TTCGGAAAGGACTT  1048
      |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||
seq2  TGGCCAGGAATACAGGTCTATCAT-AATGCT-TCATTTCGGAAAGGACTT  1043

seq1  TTCCTCCAGCTGTAGTAATGACTAATTTTTTAAAAAGTTATTATTTTAAT  1098
      ||||| |||||| ||| ||||||||||||    |||| ||||||||  ||
seq2  TTCCT-CAGCTG-AGT-ATGACTAATTTT----AAAG-TATTATTT--AT  1083

seq1  CTTCACACAA  1108
      |||| |||||
seq2  CTTC-CACAA  1092