BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066K18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 156,518,514 - 156,575,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1e
Upstream geneRgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347, Rgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359
Downstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066K18.bB6Ng01-066K18.g
ACCDH885785DH885786
length1,1351,140
definitionDH885785|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066K18, 5' end.DH885786|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,518,514 - 156,519,670)(156,574,805 - 156,575,960)
sequence
gaattcaatagctaaaactgtaagatgttcatctggtggagtatgaatca
agctctgcccttccctaaacccacagttattttatcatacacaacaacaa
tctggtaggatggtctcctagtaaccgcatccataggatcttctttggaa
tcagtgaaatagaactttgtgctagctctctgttcattcttgagttattt
attagcgtctcttatcagccatctctgctgttggctcttaggaaaatgaa
agttgccattttttgtaatcttactaccatggcaagtgcttgacatgtgt
cagctcaaacatcttcaaacgaatgcaagttagtttagacacttatctga
gtaaatcatcctatctttctgtacctcagttccttcatctatgaaatggc
cacagtaataaaatctatgtcatggagactgaggaatcatgtgaacagta
gggaaatatagggacagtacttaacgtaaaaacacaggctggatgtcacc
attgccatcaccaccctcatcatcatcctctcattccaaccgtaagaaaa
gggaaggccagactagggagaggtttcaatatgcaaggctcactgcacaa
gcatgaggacctgtttgatgccccagaacgcatgtaaaagccagacatga
gcacacacttgtaacactgcaatccccacactgtagttaggttgtagact
gctggatgcccatgcccactgggtagacagtctggctgaaaaagggtgag
cttcaggttcaatgagagaccctgtcacaagaatgtaaagtggatagtga
tagagcagggcaccacacgcatgaatgcgcacatgcatgggcatacgcat
gtaattgaaactaaataagaaaagaaatagaaatgacactaacctcttct
cagataagcacataagagcacctactatgacttcctctctacaattttag
aacacctttcattctcacacataaaactccaatggagatcagaaggcaac
ggatcttgcagctctgatagacccatcagacgaaagtgattcagttggga
ttttgaaaggaacaaacgtttagtacttctcagacttcaggagtagcaga
aagattgctcaagcttgaggacagctggtacagca
gaattcagcagtcacaggactcacagagtatggaagaaagaggaacccga
atcagtactagattttggcttactgggtaaagagacaaggcaggagtcct
tagtctttctcggaagtacttgtggaaggtaaaaggctagtgtgccctgt
ttagcaaacagacacagaggcatgatgaggaaggtgttatgtctcatcct
tgaagtgagctttagagcagagcttgctaggctatacaatctcgtggaag
ttatgaaagacacatcatttatgtcatcatccatatggctcattatttaa
tccccaatgtctaaaatagtgtctgttgtggggaatgtacgcaaatatat
ttgctaaatgaatggtttgtatggctcctctgctatggaagatcagattt
tttttagtcccgtgaagtttacagagctctgagatagccactctgtctag
gtgaccatctagtgagacttcacagccaccttcctttactctgtctccta
ataagctcctcggcaaagtgagatcacaataacaggtggcactggcacac
ttccagccgagatttgatctgaaatgatctccgatgaatcccagggtcaa
cactcgcttcctgagggcaggggtgattgcaaggcatccctgtgttgagg
ccatttctttgcatttcttgtacacagacccttttctgtcacacacacct
acacactcaacattctcatacaacagacatgtatcagtgcacacacatag
acactcacagacacatacaagtaggaatacacgtgcccaacacccagaca
ccactttatctcttaatcagttaatttcacacactgcctttcaggcctgc
cgaggtggcgctgccctcatggtgacttccacactggggctttggtttgc
ctttgcttacgtcttcagccagcccttgctctcagcgcttccttcgcttt
cgtagaaggttatggatacaactatgtgttgaagccaggtgaccataagt
caggaaagtatgttcagacgtgcagatgatgggaggggacaggataaatg
ttccacggatcttctgtagcaggactaattgtaacacagagcttctttcc
ttggacatacactgtctccctctgcagttaaccttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_156518514_156519670
seq2: B6Ng01-066K18.b_47_1181

seq1  GAATTCAATAGCTAAAACTGTAAGATGTTCATCTGGTGGAGTATGAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGCTAAAACTGTAAGATGTTCATCTGGTGGAGTATGAATCA  50

seq1  AGCTCTGCCCTTCCCTAAACCCACAGTTATTTTATCATACACAACAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCCCTTCCCTAAACCCACAGTTATTTTATCATACACAACAACAA  100

seq1  TCTGGTAGGATGGTCTCCTAGTAACCGCATCCATAGGATCTTCTTTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGGATGGTCTCCTAGTAACCGCATCCATAGGATCTTCTTTGGAA  150

seq1  TCAGTGAAATAGAACTTTGTGCTAGCTCTCTGTTCATTCTTGAGTTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAATAGAACTTTGTGCTAGCTCTCTGTTCATTCTTGAGTTATTT  200

seq1  ATTAGCGTCTCTTATCAGCCATCTCTGCTGTTGGCTCTTAGGAAAATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCGTCTCTTATCAGCCATCTCTGCTGTTGGCTCTTAGGAAAATGAA  250

seq1  AGTTGCCATTTTTTGTAATCTTACTACCATGGCAAGTGCTTGACATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCATTTTTTGTAATCTTACTACCATGGCAAGTGCTTGACATGTGT  300

seq1  CAGCTCAAACATCTTCAAACGAATGCAAGTTAGTTTAGACACTTATCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAAACATCTTCAAACGAATGCAAGTTAGTTTAGACACTTATCTGA  350

seq1  GTAAATCATCCTATCTTTCTGTACCTCAGTTCCTTCATCTATGAAATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCATCCTATCTTTCTGTACCTCAGTTCCTTCATCTATGAAATGGC  400

seq1  CACAGTAATAAAATCTATGTCATGGAGACTGAGGAATCATGTGAACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAATAAAATCTATGTCATGGAGACTGAGGAATCATGTGAACAGTA  450

seq1  GGGAAATATAGGGACAGTACTTAACGTAAAAACACAGGCTGGATGTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATATAGGGACAGTACTTAACGTAAAAACACAGGCTGGATGTCACC  500

seq1  ATTGCCATCACCACCCTCATCATCATCCTCTCATTCCAACCGTAAGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCATCACCACCCTCATCATCATCCTCTCATTCCAACCGTAAGAAAA  550

seq1  GGGAAGGCCAGACTAGGGAGAGGTTTCAATATGCAAGGCTCACTGCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCCAGACTAGGGAGAGGTTTCAATATGCAAGGCTCACTGCACAA  600

seq1  GCATGAGGACCTGTTTGATGCCCCAGAACGCATGTAAAAGCCAGACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGACCTGTTTGATGCCCCAGAACGCATGTAAAAGCCAGACATGA  650

seq1  GCACACACTTGTAACACTGCAATCCCCACACTGTAGTTAGGTTGTAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACTTGTAACACTGCAATCCCCACACTGTAGTTAGGTTGTAGACT  700

seq1  GCTGGATGCCCATGCCCACTGGGTAGACAGTCTGGCTGAAAAAGGGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATGCCCATGCCCACTGGGTAGACAGTCTGGCTGAAAAAGGGTGAG  750

seq1  CTTCAGGTTCAATGAGAGACCCTGTCACAAGAATGTAAAGTGGATAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGTTCAATGAGAGACCCTGTCACAAGAATGTAAAGTGGATAGTGA  800

seq1  TAGAGCAGGGCACCACACGCATGAATGCGCACATGCATGGGCATACGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGGGCACCACACGCATGAATGCGCACATGCATGGGCATACGCAT  850

seq1  GTAATTGAAACTAAATAAGAAAAGAAATAGAAATGACACTAACCTCTTTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTAATTGAAACTAAATAAGAAAAGAAATAGAAATGACACTAACCTC-TTC  899

seq1  TCAGATAAGCACATAAGAGCACCTACTATGACTTCCTCCTCTAACAAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |
seq2  TCAGATAAGCACATAAGAGCACCTACTATGACTTCCT-CTCT-ACAA--T  945

seq1  TTTAGAACACCTTTCATTCTCACACATAAAAACTCCAATGGAGATCAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TTTAGAACACCTTTCATTCTCACACAT-AAAACTCCAATGGAGATC-AGA  993

seq1  AGGCAACGGAATCTGCAGGCTCTGATAGACCCATCAGGACAGAAAGTGAA  1050
      ||||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |
seq2  AGGCAACGGATCTTGCA-GCTCTGATAGACCCATCA-GAC-GAAAGTG-A  1039

seq1  TTCAGTGGGATTTTTGAAAAGAAACAAACGTTTCAGTAC-TCTCAGACTT  1099
      |||||| ||  ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TTCAGTTGGGATTTTG-AAAGGAACAAACGTTT-AGTACTTCTCAGACTT  1087

seq1  CAGGAGGTTAAGGCAGAAAGATTGCTCCAAGCTTGAGGACAGCCTGGTTT  1149
      ||||||  ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  
seq2  CAGGAG--TA--GCAGAAAGATTGCT-CAAGCTTGAGGACAG-CTGGT--  1129

seq1  ACACAGCA  1157
        ||||||
seq2  --ACAGCA  1135

seq1: chr1_156574805_156575960
seq2: B6Ng01-066K18.g_69_1208 (reverse)

seq1  AAAAAAAGTGTCTGAGCTGCAGAGGGAGGACA-TGTA-GTCCAGAGAAAG  48
      ||||||||    | | ||||||||||| |||| |||| |||||  |||||
seq2  AAAAAAAG---GTTAACTGCAGAGGGA-GACAGTGTATGTCCAAGGAAAG  46

seq1  AAGCTCTGTGTTTAACAATCTAGTCCTTGCCTACAGGAGACTCCGTGGAC  98
      ||||||||||||  ||||| |||||||   |||||| ||| |||||||| 
seq2  AAGCTCTGTGTT--ACAAT-TAGTCCT--GCTACAGAAGA-TCCGTGGAA  90

seq1  AGTCTATCCCTGTCCCCTCCCATCATCTGCACTGTCTGGAACATACTTTC  148
        | ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CATTTAT-CCTGTCCCCTCCCATCATCTGCAC-GTCT-GAACATACTTTC  137

seq1  CTTGACTTATGTTCACCCTTGGCTTCAACACATAGTTGTATCCATAACCT  198
      | ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  C-TGACTTATGGTCACC--TGGCTTCAACACATAGTTGTATCCATAACC-  183

seq1  TTCTACGGAAGCGAAGGAAGCGCTGAGGGCAAGGGCTGGCTGAAGACGTA  248
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACGAAAGCGAAGGAAGCGCTGAGAGCAAGGGCTGGCTGAAGACGTA  233

seq1  AGCAAAGGCAAACCAAAGCCCCAGTGTTGGAAGTCACCATGAGGGCAGCG  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGCAAACCAAAGCCCCAGTG-TGGAAGTCACCATGAGGGCAGCG  282

seq1  CCACCTCGGCAGGCCTGAAAGGCAGTGTGTGAAATTAACTGATTAAGAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCGGCAGGCCTGAAAGGCAGTGTGTGAAATTAACTGATTAAGAGA  332

seq1  TAAAGTGGTGTCTGGGTGTTGGGCACGTGTATTCCTACTTGTATGTGTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGGTGTCTGGGTGTTGGGCACGTGTATTCCTACTTGTATGTGTCT  382

seq1  GTGAGTGTCTATGTGTGTGCACTGATACATGTCTGTTGTATGAGAATGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTCTATGTGTGTGCACTGATACATGTCTGTTGTATGAGAATGTT  432

seq1  GAGTGTGTAGGTGTGTGTGACAGAAAAGGGTCTGTGTACAAGAAATGCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTAGGTGTGTGTGACAGAAAAGGGTCTGTGTACAAGAAATGCAA  482

seq1  AGAAATGGCCTCAACACAGGGATGCCTTGCAATCACCCCTGCCCTCAGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGCCTCAACACAGGGATGCCTTGCAATCACCCCTGCCCTCAGGA  532

seq1  AGCGAGTGTTGACCCTGGGATTCATCGGAGATCATTTCAGATCAAATCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTGTTGACCCTGGGATTCATCGGAGATCATTTCAGATCAAATCTC  582

seq1  GGCTGGAAGTGTGCCAGTGCCACCTGTTATTGTGATCTCACTTTGCCGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAAGTGTGCCAGTGCCACCTGTTATTGTGATCTCACTTTGCCGAG  632

seq1  GAGCTTATTAGGAGACAGAGTAAAGGAAGGTGGCTGTGAAGTCTCACTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATTAGGAGACAGAGTAAAGGAAGGTGGCTGTGAAGTCTCACTAG  682

seq1  ATGGTCACCTAGACAGAGTGGCTATCTCAGAGCTCTGTAAACTTCACGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCACCTAGACAGAGTGGCTATCTCAGAGCTCTGTAAACTTCACGGG  732

seq1  ACTAAAAAAAATCTGATCTTCCATAGCAGAGGAGCCATACAAACCATTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAAAAATCTGATCTTCCATAGCAGAGGAGCCATACAAACCATTCA  782

seq1  TTTAGCAAATATATTTGCGTACATTCCCCACAACAGACACTATTTTAGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCAAATATATTTGCGTACATTCCCCACAACAGACACTATTTTAGAC  832

seq1  ATTGGGGATTAAATAATGAGCCATATGGATGATGACATAAATGATGTGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGATTAAATAATGAGCCATATGGATGATGACATAAATGATGTGTC  882

seq1  TTTCATAACTTCCACGAGATTGTATAGCCTAGCAAGCTCTGCTCTAAAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAACTTCCACGAGATTGTATAGCCTAGCAAGCTCTGCTCTAAAGC  932

seq1  TCACTTCAAGGATGAGACATAACACCTTCCTCATCATGCCTCTGTGTCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCAAGGATGAGACATAACACCTTCCTCATCATGCCTCTGTGTCTG  982

seq1  TTTGCTAAACAGGGCACACTAGCCTTTTACCTTCCACAAGTACTTCCGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAAACAGGGCACACTAGCCTTTTACCTTCCACAAGTACTTCCGAG  1032

seq1  AAAGACTAAGGACTCCTGCCTTGTCTCTTTACCCAGTAAGCCAAAATCTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTAAGGACTCCTGCCTTGTCTCTTTACCCAGTAAGCCAAAATCTA  1082

seq1  GTACTGATTCGGGTTCCTCTTTCTTCCATACTCTGTGAGTCCTGTGACTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGATTCGGGTTCCTCTTTCTTCCATACTCTGTGAGTCCTGTGACTG  1132

seq1  CTGAATTC  1156
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1140