BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067D23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 39,180,888 - 39,350,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas2
Upstream geneRev1, EG329123, Aff3, Lonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3
Downstream geneLOC100041999, Rpl31, Tbc1d8, D1Bwg0212e, Rnf149, EG329126, Creg2, 4933400N17Rik, LOC100042065, Map4k4, Il1r2, Il1r1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067D23.bB6Ng01-067D23.g
ACCDH886198DH886199
length1,057964
definitionDH886198|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067D23, 5' end.DH886199|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,349,394 - 39,350,470)(39,180,888 - 39,181,850)
sequence
gaattcttgctcaggtagccctactcagtagtcaaagtataaactatagc
aggcagaacacaggctggcatctgtcctggggctgatttccagggccatg
aacagctgctttccttgggcatgagagctaacaggaatacatggttacat
tttaatttctaacttactaaaccctttaatctattaagaacatgtgtggg
tggctatatgtgaatgtctatgtatgtgattgcatgttcaagtgcatatg
tgtgtctgcacctgtgagtacatacatattcatgtgtgagtggatgttta
cttctgtgtgtaaatatatgtgcatgtgtatgatcacatgtccatgtgtg
tgaagctacccattttgatttttggtttgagacagggtttctcttttgtc
ccagggcttacaacatagatgaggctggctgactaggcagctggtcccac
agatctgcccgtctcttctctcaagtgctggacttaggaatgtgtgtcac
tatgcatgctttcttaaaaatgtgggttctggggactacatcaagtcctc
atgcctatgaggcaagcgctttactgactgaactatttcctttttttgtt
ctttgttttcgtttgctgttgctgctttttttcagacaaggccatgcatc
tcgtgggtgggtctaaaacttgctatgtagcagagtatggccttgaactt
ctgattcttcagcctcagccaccatgcctggtttcatgtggtgctgggga
tctgaacccagagcgctgtgtatgcttgctacatgccccgccaattcatt
ccccactacaccccagccttaatctaacttgaagaagtgcgccttacctc
caacatcagctgggtgaattcttcgttactgaggaatgatggcttccagt
cctgctggatgtcacagatttctgtttgtgctgagacttctaaaaacaaa
caaacgagaacaggagaaagtatacatagtttcatatcaggtacctcaga
tctggatcaaggactcagatctggatattttgtgtaatctttatagaaag
caggaca
gaattccttttccaagatgccatgtaacgatatccccaaccatggtgatt
cactcaaacaggaactgaaagagactggaggggacttccatcaccctctg
tcccatgtaagatgtcgtgcttggaacacatttgaatgacaagccagtat
aggcaggtttgtttaaaagatacataaaatacacttgttcacattttgct
gccagtctgtgctttcttggcaaagcgagtgtggcaaaataaaaggcaat
caaacagccttgcggctcacatggcaccacattccacgttggccaagcag
atggccagctccaagacctgctctctctgagtgtaaatgacccctaggac
gcaggtgtggaagtctgagagtcagttgatccacagagctaatactttaa
taactgaggtggacacagaagcaaggattagtaaccaagtgctttctctt
taatgcaatgtggatgtcttagttagggttactatcactgtgataaaaca
ccatgaccaaagcaagtcgtggaggtaagggtttatttgtcttacacttc
cagtttttatgatcaaaggaagtcaggagagctgatgcagaggccctgga
gggggtgctgcttactggcttgctccccatagcttgcttagcctgttttc
ttctagaagttagaccaccaggccaggggtagcctcatctacaataggct
cagtcctttctgatgctgtgataaaacgccatgcccaaaagagaattagg
gaaaggggggttattttagcttgaagttccagagagatagaattctgtcc
actttagttaggaaagaaagacaatagttaggggaaaatgtggatcagga
gactgaaagctgatggctcacatttttatccatacaggaagcttgaaaga
ggacaggagtagcagagctgtaaaccttctatgcctatctgcagtgaagt
atttcctccaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_39349394_39350470
seq2: B6Ng01-067D23.b_50_1106 (reverse)

seq1  TGTCCCTTGCTTTCCTTAATTAAAGATTTACACAAAATAATTCCAGATCT  50
      |||||  |||||||  ||  |||||| ||||||||||||  |||||||||
seq2  TGTCC--TGCTTTC--TA--TAAAGA-TTACACAAAATA--TCCAGATCT  41

seq1  GAGGTTCCCTGAATTCCAGATCTGAGGTACCCTGAATATGAAACCTTATG  100
      |||  ||| |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||
seq2  GAG--TCCTTGA--TCCAGATCTGAGGTA-CCTG-ATATGAAAC--TATG  83

seq1  TATACTTTTCTCCTGTTTCTCGTTTGTTTGTTTTTTAGAAGTCTCAGCAC  150
      ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATAC-TTTCTCCTG-TTCTCGTTTGTTTG-TTTTTAGAAGTCTCAGCAC  130

seq1  AAACAGAAATCTGTGACATCCAGCAGGACTGGAAGCCATCATTCCTCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAATCTGTGACATCCAGCAGGACTGGAAGCCATCATTCCTCAGT  180

seq1  AACGAAGAATTCACCCAGCTGATGTTGGAGGTAAGGCGCACTTCTTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAGAATTCACCCAGCTGATGTTGGAGGTAAGGCGCACTTCTTCAAG  230

seq1  TTAGATTAAGGCTGGGGTGTAGTGGGGAATGAATTGGCGGGGCATGTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTAAGGCTGGGGTGTAGTGGGGAATGAATTGGCGGGGCATGTAGC  280

seq1  AAGCATACACAGCGCTCTGGGTTCAGATCCCCAGCACCACATGAAACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACACAGCGCTCTGGGTTCAGATCCCCAGCACCACATGAAACCAG  330

seq1  GCATGGTGGCTGAGGCTGAAGAATCAGAAGTTCAAGGCCATACTCTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTGGCTGAGGCTGAAGAATCAGAAGTTCAAGGCCATACTCTGCTA  380

seq1  CATAGCAAGTTTTAGACCCACCCACGAGATGCATGGCCTTGTCTGAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAAGTTTTAGACCCACCCACGAGATGCATGGCCTTGTCTGAAAAA  430

seq1  AAGCAGCAACAGCAAACGAAAACAAAGAACAAAAAAAGGAAATAGTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCAACAGCAAACGAAAACAAAGAACAAAAAAAGGAAATAGTTCAG  480

seq1  TCAGTAAAGCGCTTGCCTCATAGGCATGAGGACTTGATGTAGTCCCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAAGCGCTTGCCTCATAGGCATGAGGACTTGATGTAGTCCCCAGA  530

seq1  ACCCACATTTTTAAGAAAGCATGCATAGTGACACACATTCCTAAGTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACATTTTTAAGAAAGCATGCATAGTGACACACATTCCTAAGTCCAG  580

seq1  CACTTGAGAGAAGAGACGGGCAGATCTGTGGGACCAGCTGCCTAGTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGAGAAGAGACGGGCAGATCTGTGGGACCAGCTGCCTAGTCAGC  630

seq1  CAGCCTCATCTATGTTGTAAGCCCTGGGACAAAAGAGAAACCCTGTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCATCTATGTTGTAAGCCCTGGGACAAAAGAGAAACCCTGTCTCA  680

seq1  AACCAAAAATCAAAATGGGTAGCTTCACACACATGGACATGTGATCATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAATCAAAATGGGTAGCTTCACACACATGGACATGTGATCATAC  730

seq1  ACATGCACATATATTTACACACAGAAGTAAACATCCACTCACACATGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACATATATTTACACACAGAAGTAAACATCCACTCACACATGAAT  780

seq1  ATGTATGTACTCACAGGTGCAGACACACATATGCACTTGAACATGCAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTACTCACAGGTGCAGACACACATATGCACTTGAACATGCAATC  830

seq1  ACATACATAGACATTCACATATAGCCACCCACACATGTTCTTAATAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATAGACATTCACATATAGCCACCCACACATGTTCTTAATAGATT  880

seq1  AAAGGGTTTAGTAAGTTAGAAATTAAAATGTAACCATGTATTCCTGTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTTTAGTAAGTTAGAAATTAAAATGTAACCATGTATTCCTGTTAG  930

seq1  CTCTCATGCCCAAGGAAAGCAGCTGTTCATGGCCCTGGAAATCAGCCCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGCCCAAGGAAAGCAGCTGTTCATGGCCCTGGAAATCAGCCCCA  980

seq1  GGACAGATGCCAGCCTGTGTTCTGCCTGCTATAGTTTATACTTTGACTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGATGCCAGCCTGTGTTCTGCCTGCTATAGTTTATACTTTGACTAC  1030

seq1  TGAGTAGGGCTACCTGAGCAAGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGGGCTACCTGAGCAAGAATTC  1057

seq1: chr1_39180888_39181850
seq2: B6Ng01-067D23.g_68_1031

seq1  GAATTCCTTTTCCAAGATGCCATGTAACGATATCCCCAACCATGGTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTCCAAGATGCCATGTAACGATATCCCCAACCATGGTGATT  50

seq1  CACTCAAACAGGAACTGAAAGAGACTGGAGGGGACTTCCATCACCCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAACAGGAACTGAAAGAGACTGGAGGGGACTTCCATCACCCTCTG  100

seq1  TCCCATGTAAGATGTCGTGCTTGGAACACATTTGAATGACAAGCCAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGTAAGATGTCGTGCTTGGAACACATTTGAATGACAAGCCAGTAT  150

seq1  AGGCAGGTTTGTTTAAAAGATACATAAAATACACTTGTTCACATTTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTTTGTTTAAAAGATACATAAAATACACTTGTTCACATTTTGCT  200

seq1  GCCAGTCTGTGCTTTCTTGGCAAAGCGAGTGTGGCAAAATAAAAGGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTGTGCTTTCTTGGCAAAGCGAGTGTGGCAAAATAAAAGGCAAT  250

seq1  CAAACAGCCTTGCGGCTCACATGGCACCACATTCCACGTTGGCCAAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCCTTGCGGCTCACATGGCACCACATTCCACGTTGGCCAAGCAG  300

seq1  ATGGCCAGCTCCAAGACCTGCTCTCTCTGAGTGTAAATGACCCCTAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGCTCCAAGACCTGCTCTCTCTGAGTGTAAATGACCCCTAGGAC  350

seq1  GCAGGTGTGGAAGTCTGAGAGTCAGTTGATCCACAGAGCTAATACTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGTGGAAGTCTGAGAGTCAGTTGATCCACAGAGCTAATACTTTAA  400

seq1  TAACTGAGGTGGACACAGAAGCAAGGATTAGTAACCAAGTGCTTTCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGGTGGACACAGAAGCAAGGATTAGTAACCAAGTGCTTTCTCTT  450

seq1  TAATGCAATGTGGATGTCTTAGTTAGGGTTACTATCACTGTGATAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAATGTGGATGTCTTAGTTAGGGTTACTATCACTGTGATAAAACA  500

seq1  CCATGACCAAAGCAAGTCGTGGAGGTAAGGGTTTATTTGTCTTACACTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCAAAGCAAGTCGTGGAGGTAAGGGTTTATTTGTCTTACACTTC  550

seq1  CAGTTTTTATGATCAAAGGAAGTCAGGAGAGCTGATGCAGAGGCCCTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTATGATCAAAGGAAGTCAGGAGAGCTGATGCAGAGGCCCTGGA  600

seq1  GGGGGTGCTGCTTACTGGCTTGCTCCCCATAGCTTGCTTAGCCTGTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGCTGCTTACTGGCTTGCTCCCCATAGCTTGCTTAGCCTGTTTTC  650

seq1  TTCTAGAAGTTAGACCACCAGGCCAGGGGTAGCCTCATCTACAATAGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAGTTAGACCACCAGGCCAGGGGTAGCCTCATCTACAATAGGCT  700

seq1  CAGTCCTTTCTGATGCTGTGATAAAACGCCATGCCCAAAAGAGAATTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTTCTGATGCTGTGATAAAACGCCATGCCCAAAAGAGAATTAGG  750

seq1  GAAAGGGGGGTTATTTTAGCTTGAAGTTCCAGAGAGATAGAATTCTGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGGGTTATTTTAGCTTGAAGTTCCAGAGAGATAGAATTCTGTCC  800

seq1  ACTTTAGTTAGGAAAGAAAGACAATAGTTAGGGG-AAATGTGGATCAGGA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTTTAGTTAGGAAAGAAAGACAATAGTTAGGGGAAAATGTGGATCAGGA  850

seq1  GACTG-AAGCTGATGGCTCACATTTTTATCCATACAGGAAGC-TGAAAGA  897
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GACTGAAAGCTGATGGCTCACATTTTTATCCATACAGGAAGCTTGAAAGA  900

seq1  GGACAGGAAGTAGGCAGAGCTGTAAACCTTCTATGCCTATCTGCAGTGAT  947
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGACAGG-AGTA-GCAGAGCTGTAAACCTTCTATGCCTATCTGCAGTGAA  948

seq1  GTATTTCCTCCACCCA  963
      ||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCTCCACCCA  964