BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068A06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 155,662,880 - 155,782,391
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgsl1, 5830403L16Rik, EG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul
Upstream geneNcf2, Smg7, EG668097, Nmnat2, Lamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel, LOC100043347
Downstream geneLOC100043359, Cacna1e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068A06.bB6Ng01-068A06.g
ACCDH886730DH886731
length6831,144
definitionDH886730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068A06, 5' end.DH886731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,781,781 - 155,782,391)(155,662,880 - 155,664,044)
sequence
gaattcaaacccaacatggataacttagtaagaccctgtctcaaaatcaa
aaggagaaagatgcagggctggcgagaaggctcagcgggtaggagcattt
gctgctcttccagagggctcagttcccagcacagggcagctcacaggtgt
gtgtaactgcagctcctgggcatctttgtctctgaccttcaaacactctt
gcactcatgttcacatgcagatactcatacctgcatttatttaatgtata
ctagtgtttggtccacatatatgctccatatcccatgtatacctggcacc
cacggaagccagaagcgggtattgaatcccccctgggagtggggttacag
atggttgtgagctgccatatgggtgctgggaattgaacctgggtcttttg
gaagagcagtcaatgctcttaaccactgagccatctatctttccagccct
acctacatataattttaaaaagtaatcttataaaacgttttaagtcagct
ggatgtggtggcacacaccttcgatcccagcactgtaaatcttgtcttga
aaaacaaccaagaaaatgttttaaatcaaaagaggaatgtggtagagggc
ctgcctagcatccacaaggtcctagattctattacctgtccataataata
ataaaaataaaggaagggagggagggagagaga
gaattctacatcttcatctgaaggctgctagcagaatactggcttccagg
catctaggaatagggtcttaaatcccacacccacagtgacacagctactc
caacaaggccacacctccaaatggtgccactccctgggacaagcatatac
aaaccatcacatccatgttaagggctcatcacatgtggtataagaaagtc
caagcaaaatgaagagagacccatacagggaatagacaaggctcttagca
aggatgaggaacatgtccccataaagtgatagccaggttgagggtggttg
ctagcacctcagtggcaggaagaatgactacatgtaacataaattattac
atgcggagagccagacagacctcagactttctcagaggccctcatgaaag
ataacgactggtcctaggctggaagcagtgccttgtaggagccaaggctg
tggtttccagggacccaattcttccccacggactgtgactatcactcctc
aggcaattgtatatgagctatcagacattctctttcccttaaaggatgac
tctgaatgtggccatggagttctagcaaaagtaaagagttgttcatgcat
agaggtactggtgccaagcactgaagaccaggagagggaggaaaggcatg
tgtgagacaaaggaatggtggtgaagagagattaccctcatgacagggta
ataaaaaatgattttaagacagtaggaatgaggtcttttattatcagaga
agggaagaataaatctagaaaagaagagaactagaacaagcccagcgctc
ggggatattagggtaaaggaacaatgttcttgctgctctttggtactcct
cagcccaatgtcaggatacattgtcaaatgaaggaagcagcaataacaga
gaacttatgacattgtgaatctcatattcatcagggacgagagtttaggt
cattttgtcctgtctggtagattcctcaagaccagcagagtgccggctga
gtgggagggatcccagcattgggagcagaggagaaagatgtctcctctca
taacttgcattttcttcaagaatagtttcagaagcaactgaaatgctgtt
gcagatgcatggactcctaaagaagcaagaagaacatagtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_155781781_155782391
seq2: B6Ng01-068A06.b_120_730 (reverse)

seq1  TCTCTCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTATTTTTATTATTATTATGGACAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTATTTTTATTATTATTATGGACAGGT  50

seq1  AATAGAATCTAGGACCTTGTGGATGCTAGGCAGGCCCTCTACCACATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATCTAGGACCTTGTGGATGCTAGGCAGGCCCTCTACCACATTCC  100

seq1  TCTTTTGATTTAAAACATTTTCTTGGTTGTTTTTCAAGACAAGATTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGATTTAAAACATTTTCTTGGTTGTTTTTCAAGACAAGATTTACA  150

seq1  GTGCTGGGATCGAAGGTGTGTGCCACCACATCCAGCTGACTTAAAACGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGATCGAAGGTGTGTGCCACCACATCCAGCTGACTTAAAACGTT  200

seq1  TTATAAGATTACTTTTTAAAATTATATGTAGGTAGGGCTGGAAAGATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGATTACTTTTTAAAATTATATGTAGGTAGGGCTGGAAAGATAGA  250

seq1  TGGCTCAGTGGTTAAGAGCATTGACTGCTCTTCCAAAAGACCCAGGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGTGGTTAAGAGCATTGACTGCTCTTCCAAAAGACCCAGGTTCA  300

seq1  ATTCCCAGCACCCATATGGCAGCTCACAACCATCTGTAACCCCACTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGCACCCATATGGCAGCTCACAACCATCTGTAACCCCACTCCCA  350

seq1  GGGGGGATTCAATACCCGCTTCTGGCTTCCGTGGGTGCCAGGTATACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGATTCAATACCCGCTTCTGGCTTCCGTGGGTGCCAGGTATACATG  400

seq1  GGATATGGAGCATATATGTGGACCAAACACTAGTATACATTAAATAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATGGAGCATATATGTGGACCAAACACTAGTATACATTAAATAAATG  450

seq1  CAGGTATGAGTATCTGCATGTGAACATGAGTGCAAGAGTGTTTGAAGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGAGTATCTGCATGTGAACATGAGTGCAAGAGTGTTTGAAGGTC  500

seq1  AGAGACAAAGATGCCCAGGAGCTGCAGTTACACACACCTGTGAGCTGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAAGATGCCCAGGAGCTGCAGTTACACACACCTGTGAGCTGCCC  550

seq1  TGTGCTGGGAACTGAGCCCTCTGGAAGAGCAGCAAATGCTCCTACCCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGGAACTGAGCCCTCTGGAAGAGCAGCAAATGCTCCTACCCGCT  600

seq1  GAGCCTTCTCG  611
      |||||||||||
seq2  GAGCCTTCTCG  611

seq1: chr1_155662880_155664044
seq2: B6Ng01-068A06.g_68_1211

seq1  GAATTCTACATCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGGCTTCCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGGCTTCCAGG  50

seq1  CATCTAGGAATAGGGTCTTAAATCCCACACCCACAGTGACACAGCTACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGGAATAGGGTCTTAAATCCCACACCCACAGTGACACAGCTACTC  100

seq1  CAACAAGGCCACACCTCCAAATGGTGCCACTCCCTGGGACAAGCATATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGGCCACACCTCCAAATGGTGCCACTCCCTGGGACAAGCATATAC  150

seq1  AAACCATCACATCCATGTTAAGGGCTCATCACATGTGGTATAAGAAAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATCACATCCATGTTAAGGGCTCATCACATGTGGTATAAGAAAGTC  200

seq1  CAAGCAAAATGAAGAGAGACCCATACAGGGAATAGACAAGGCTCTTAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAAATGAAGAGAGACCCATACAGGGAATAGACAAGGCTCTTAGCA  250

seq1  AGGATGAGGAACATGTCCCCATAAAGTGATAGCCAGGTTGAGGGTGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAGGAACATGTCCCCATAAAGTGATAGCCAGGTTGAGGGTGGTTG  300

seq1  CTAGCACCTCAGTGGCAGGAAGAATGACTACATGTAACATAAATTATTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACCTCAGTGGCAGGAAGAATGACTACATGTAACATAAATTATTAC  350

seq1  ATGCGGAGAGCCAGACAGACCTCAGACTTTCTCAGAGGCCCTCATGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGAGAGCCAGACAGACCTCAGACTTTCTCAGAGGCCCTCATGAAAG  400

seq1  ATAACGACTGGTCCTAGGCTGGAAGCAGTGCCTTGTAGGAGCCAAGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGACTGGTCCTAGGCTGGAAGCAGTGCCTTGTAGGAGCCAAGGCTG  450

seq1  TGGTTTCCAGGGACCCAATTCTTCCCCACGGACTGTGACTATCACTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCAGGGACCCAATTCTTCCCCACGGACTGTGACTATCACTCCTC  500

seq1  AGGCAATTGTATATGAGCTATCAGACATTCTCTTTCCCTTAAAGGATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTGTATATGAGCTATCAGACATTCTCTTTCCCTTAAAGGATGAC  550

seq1  TCTGAATGTGGCCATGGAGTTCTAGCAAAAGTAAAGAGTTGTTCATGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGTGGCCATGGAGTTCTAGCAAAAGTAAAGAGTTGTTCATGCAT  600

seq1  AGAGGTACTGGTGCCAAGCACTGAAGACCAGGAGAGGGAGGAAAGGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTACTGGTGCCAAGCACTGAAGACCAGGAGAGGGAGGAAAGGCATG  650

seq1  TGTGAGACAAAGGAATGGTGGTGAAGAGAGATTACCCTCATGACAGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGACAAAGGAATGGTGGTGAAGAGAGATTACCCTCATGACAGGGTA  700

seq1  ATAAAAAATGATTTTAAGACAGTAGGAATGAGGTCTTTTATTATCAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAATGATTTTAAGACAGTAGGAATGAGGTCTTTTATTATCAGAGA  750

seq1  AGGGAAGAATAAATCTAGAAAAGAAGAGAACTAGAACAAGCCCAGCGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAATAAATCTAGAAAAGAAGAGAACTAGAACAAGCCCAGCGCTC  800

seq1  GGGGATATTAGGGTAAAGGAACAATGTTCTTGCTGCTCTTTGGTACTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATATTAGGGTAAAGGAACAATGTTCTTGCTGCTCTTTGGTACTCCT  850

seq1  CAGCCCAATGTCAGGATACATTGTCAAATGAAGGAAGCAGCAATAACCAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGCCCAATGTCAGGATACATTGTCAAATGAAGGAAGCAGCAATAA-CAG  899

seq1  AGAACTTATGACAATGTGAATCTCATATCCATCAGGGACGAGAGTCTAGG  950
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AGAACTTATGACATTGTGAATCTCATATTCATCAGGGACGAGAGTTTAGG  949

seq1  TCATTCTGTCCTGTCTGGTAGATTCCCCAAGACCAGCAGAGGTGCCGGCT  1000
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATTTTGTCCTGTCTGGTAGATTCCTCAAGACCAGCAGA-GTGCCGGCT  998

seq1  GAGTGGGAGGGGATCCCAGCATTGGGAGCAGAGGGAGGAGAGAAGTCTTC  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||   || ||| ||| ||
seq2  GAGTGGGA-GGGATCCCAGCATTGGGAGCAGAGG--AGAAAGATGTC-TC  1044

seq1  CTCTCCATATACATTGCAATTTCCTTCCTAGAATAAGTTCTCCAAGATGC  1100
      |||||   |||  ||||| ||||  | | ||||||  |||    ||| | 
seq2  CTCTC---ATAACTTGCATTTTC--TTCAAGAATAGTTTC----AGAAG-  1084

seq1  CAACCTGGAGATGCTGTTGCAAGATGCGATGGACTCTCTATAAGAAGCAA  1150
      ||||   || |||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||
seq2  CAAC--TGAAATGCTGTTGC-AGATGC-ATGGACTC-CTA-AAGAAGCAA  1128

seq1  G-AGAGCATAGTGGGG  1165
      | ||| ||||||||||
seq2  GAAGAACATAGTGGGG  1144