BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068E15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 14,728,197 - 14,864,152
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsc, Smt3h2-ps4, EG665407, Trpa1
Upstream geneLOC100039843, EG433273, LOC100039859, LOC100039869, Eya1, LOC665391
Downstream geneEG269105, LOC100039949, LOC100039959, Kcnb2, Ppia-ps1_109.1, Terf1, Gm106
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068E15.bB6Ng01-068E15.g
ACCDH886918DH886919
length1,2231,136
definitionDH886918|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068E15, 5' end.DH886919|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068E15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,728,197 - 14,729,430)(14,863,005 - 14,864,152)
sequence
gaattcttctaccccctacctccaaatttggaaagcatgatagaagaaaa
ataagatgaacatctgttattcagaaaaacacacctcaaattattgccaa
tctgttcttttgctaacaattcagcaaggaagagaatataggctccattt
gactcaatgtaacaaataatttgacttttttataacttatgtgcatattt
ttatgtatagaggttttaaaactgcatacatgtgttgtccttatatcaca
tatacctatgacttatagtggacaataaaatgattaaattccatgtggca
ctatggttttgtaacatctattcctgagataatattattgaccataagtg
ggcagtatacacacagattatgattgccaactcttgaattatccatggtt
ttctttatctcaggctgccaaccgatattgctgctcatggtggtttgtaa
gtctttatcagtttaacacagataactcacctgagaagaggaaaggccca
ctgagaaattgtctccatcagcttggcctgtgtctgcatggctgttatga
ttctcctctgacagccacaaggggctgaccttccagttagtaatgcccca
ttcccacagagcagccacagaaggaaattgtggggggactgacaagttct
cccccatctagaagggccctgtttctgaccttcaggccagcagctaagcc
ctgacctccagagcaacaacttcttggtatttctgccctgtccatgttac
ttcctgataggtgaaatttttaaagttttacctcttctgtttctacccac
aggtcccagtctagttctatgaaggttatttatgggcatgaagatagact
tcttctataagaaacatcactttatggattgatgattaatataggatggg
tccagccaactgtgggcaatcagaagggtggattctgtgttctatctatg
gcctttggtagagcctggccattctaatatgcttcacaggcgaggatgct
gctgctctgcttcatttttgctactagctgagtaaagaagctcgctggag
gaactacctccttcagaattgactgttggcctgtaagcatcttctaagtc
ctcattaacaggtgggcgcaatgacatgagtgggttccatcttgcacagg
tgctaggctgtaatcaaaaaggcctggagacaaactacagagacgcgttt
attctccttatggctgtcttaac
gaattcttggaatagctgcctagtgggcagaagatatgcaagaaggctct
acagttacctgaatttcaattgccaaccaactgtttaataactatgtcca
tgggaagactgcttaaccattctatgcatgtttcatatcagtaactgtaa
acaagagctagtcacaaactagtattctaacttagggggaatcacctgaa
cttccagaacctggtggctagtatgaggctaaagctgagcacagttacct
ggtgcagaacatttctagtccctagtccttgctgcagtcagaagggctta
aaaatgattgaaagtaagttcatgatgcatgcggttcttccaggctgaag
gacctcacttccctcttggaaaagcagcatgagctcatcaaactcatcat
ccagaagatggagatcatctcagagacagaagatgaagataaccattgct
ctttccaagacaggttcaagaaggagaggctggaacagatgcacagcaag
tggaattttgtcttaaacgcagttaagactaaaacacattgttctattag
ccacccggacttttagttctgtgtcttatgggagtgggagactgctttac
atacttatttcagtgaatttcagtttggaaaagagcaaagaaacagaaag
ttgactaacattgctgcatggagatcctagttcctgcaacctcacccata
catatgctcatatttcctgtcaattactatgtattgagaagatcctttct
gacatgttcaatttgaacatgaaggatagtctctttcgagtgaataaaaa
ccagggttgttggaatgcatattatggaggataagaattaatgtaactat
taaggcagaacacaactacataatacaagatgcatataattccaagtatt
atatttaatctcctaccatgttaaaccttcctgtgtataacctgtctggg
acactataatctctgttcctactatgataagatcatagtcttcaccctcc
tcgtcccatcacacatgacatcattttgagccacatgacgaagttctagt
agtagactgggatagtatgggattgttcaatagaacgtgttcttagttca
tcactgtgatgttaaatgaaaacgttgccacagact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_14728197_14729430
seq2: B6Ng01-068E15.b_49_1271

seq1  GAATTCTTCTACCCCCTACCTCCAAATTTGGAAAGCATGATAGAAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTACCCCCTACCTCCAAATTTGGAAAGCATGATAGAAGAAAA  50

seq1  ATAAGATGAACATCTGTTATTCAGAAAAACACACCTCAAATTATTGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGAACATCTGTTATTCAGAAAAACACACCTCAAATTATTGCCAA  100

seq1  TCTGTTCTTTTGCTAACAATTCAGCAAGGAAGAGAATATAGGCTCCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTTTGCTAACAATTCAGCAAGGAAGAGAATATAGGCTCCATTT  150

seq1  GACTCAATGTAACAAATAATTTGACTTTTTTATAACTTATGTGCATATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATGTAACAAATAATTTGACTTTTTTATAACTTATGTGCATATTT  200

seq1  TTATGTATAGAGGTTTTAAAACTGCATACATGTGTTGTCCTTATATCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATAGAGGTTTTAAAACTGCATACATGTGTTGTCCTTATATCACA  250

seq1  TATACCTATGACTTATAGTGGACAATAAAATGATTAAATTCCATGTGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTATGACTTATAGTGGACAATAAAATGATTAAATTCCATGTGGCA  300

seq1  CTATGGTTTTGTAACATCTATTCCTGAGATAATATTATTGACCATAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTTTGTAACATCTATTCCTGAGATAATATTATTGACCATAAGTG  350

seq1  GGCAGTATACACACAGATTATGATTGCCAACTCTTGAATTATCCATGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTATACACACAGATTATGATTGCCAACTCTTGAATTATCCATGGTT  400

seq1  TTCTTTATCTCAGGCTGCCAACCGATATTGCTGCTCATGGTGGTTTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATCTCAGGCTGCCAACCGATATTGCTGCTCATGGTGGTTTGTAA  450

seq1  GTCTTTATCAGTTTAACACAGATAACTCACCTGAGAAGAGGAAAGGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATCAGTTTAACACAGATAACTCACCTGAGAAGAGGAAAGGCCCA  500

seq1  CTGAGAAATTGTCTCCATCAGCTTGGCCTGTGTCTGCATGGCTGTTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAATTGTCTCCATCAGCTTGGCCTGTGTCTGCATGGCTGTTATGA  550

seq1  TTCTCCTCTGACAGCCACAAGGGGCTGACCTTCCAGTTAGTAATGCCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCTGACAGCCACAAGGGGCTGACCTTCCAGTTAGTAATGCCCCA  600

seq1  TTCCCACAGAGCAGCCACAGAAGGAAATTGTGGGGGGACTGACAAGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACAGAGCAGCCACAGAAGGAAATTGTGGGGGGACTGACAAGTTCT  650

seq1  CCCCCATCTAGAAGGGCCCTGTTTCTGACCTTCAGGCCAGCAGCTAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCTAGAAGGGCCCTGTTTCTGACCTTCAGGCCAGCAGCTAAGCC  700

seq1  CTGACCTCCAGAGCAACAACTTCTTGGTATTTCTGCCCTGTCCATGTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCCAGAGCAACAACTTCTTGGTATTTCTGCCCTGTCCATGTTAC  750

seq1  TTCCTGATAGGTGAAATTTTTAAAGTTTTACCTCTTCTGTTTCTACCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGATAGGTGAAATTTTTAAAGTTTTACCTCTTCTGTTTCTACCCAC  800

seq1  AGGTCCCAGTCTAGTTCTATGAAGGTTATTTATGGGCATGAAGATAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCAGTCTAGTTCTATGAAGGTTATTTATGGGCATGAAGATAGACT  850

seq1  TCTTCTATAAGAAACATCACTTTATGGATTGATGATTAATATAGGAT-GG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTCTATAAGAAACATCACTTTATGGATTGATGATTAATATAGGATGGG  900

seq1  TCCAGCCAACTGTGGGCAATCAGAAGAGTGGAATCTGTGTTCTATCTATG  949
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAACTGTGGGCAATCAGAAGGGTGGATTCTGTGTTCTATCTATG  950

seq1  GCCTTTGGTAGAGCCTGGCCATTCTAATATGCTTCACAGGCGAGGATGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGGTAGAGCCTGGCCATTCTAATATGCTTCACAGGCGAGGATGCT  1000

seq1  GCTGCTCTGCTTCATTTTTGCTACTAGCTGAGTAAAGAAGCTCAGCT-GA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  GCTGCTCTGCTTCATTTTTGCTACTAGCTGAGTAAAGAAGCTC-GCTGGA  1049

seq1  GGAACTACCTCCTTCAG-ATTGACCTGTGGGCCTGT-AGCATCTTCTTAA  1096
      ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  GGAACTACCTCCTTCAGAATTGA-CTGTTGGCCTGTAAGCATCTTC-TAA  1097

seq1  GTCCTCATTAACCAAGGTGGGCGCAAATGACCATGAGTGGGTCCACTCTT  1146
      ||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||
seq2  GTCCTCATTAAC--AGGTGGGCGC-AATGA-CATGAGTGGGTTCCATCTT  1143

seq1  GCACAGGTGGGCCTAGGCTGT-ATACAAAAGGCCTCTGAGACAAACCACA  1195
      |||||||||   ||||||||| ||  |||||||||  ||||||||| |||
seq2  GCACAGGTG---CTAGGCTGTAATCAAAAAGGCCT-GGAGACAAACTACA  1189

seq1  AGGAGCGCGTTTATTCTCCTTCATGGCCTTGGTCTTAAC  1234
        || |||||||||||||||| |||||    ||||||||
seq2  GAGA-CGCGTTTATTCTCCTT-ATGGC---TGTCTTAAC  1223

seq1: chr1_14863005_14864152
seq2: B6Ng01-068E15.g_68_1203 (reverse)

seq1  AGTCTGTGGGCAACGTTTCTCATTTAAACCATCACAACTGATGAACACTA  50
      ||||||| |||||||||| ||||||||  |||||| | ||||||  ||||
seq2  AGTCTGT-GGCAACGTTT-TCATTTAA--CATCAC-AGTGATGA--ACTA  43

seq1  AGGGAACACATTTCTATTGTAACATT--CATACTTATCACAGTCTACTAA  98
      |  ||||||  |||||||| |||| |  ||||| |||| ||||||||| |
seq2  A--GAACAC-GTTCTATTG-AACAATCCCATAC-TATCCCAGTCTACT-A  87

seq1  CTAGGACTTCTGTCATGTGGCTCAAAATGATGTCATGTGTGATGGGACGA  148
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTTC-GTCATGTGGCTCAAAATGATGTCATGTGTGATGGGACGA  136

seq1  GGAGGGTG-AGACTATGATCTAATCATAGTAGGAACAGAGATTATAGTGT  197
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTGAAGACTATGATCTTATCATAGTAGGAACAGAGATTATAGTGT  186

seq1  CCCAGACAGGTTATAACACAGGAAGGTTTAACATGGTAGGAGATTAAATA  247
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACAGGTTAT-ACACAGGAAGGTTTAACATGGTAGGAGATTAAATA  235

seq1  TAATACTTGGAATTATATGCATCTTGTATTATGTAGTTGTGTTCTGCCTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTTGGAATTATATGCATCTTGTATTATGTAGTTGTGTTCTGCCTT  285

seq1  AATAGTTACATTAATTCTTATCCTCCATAATATGCATTCCAACAACCCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTACATTAATTCTTATCCTCCATAATATGCATTCCAACAACCCTG  335

seq1  GTTTTTATTCACTCGAAAGAGACTATCCTTCATGTTCAAATTGAACATGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATTCACTCGAAAGAGACTATCCTTCATGTTCAAATTGAACATGT  385

seq1  CAGAAAGGATCTTCTCAATACATAGTAATTGACAGGAAATATGAGCATAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGATCTTCTCAATACATAGTAATTGACAGGAAATATGAGCATAT  435

seq1  GTATGGGTGAGGTTGCAGGAACTAGGATCTCCATGCAGCAATGTTAGTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGTGAGGTTGCAGGAACTAGGATCTCCATGCAGCAATGTTAGTCA  485

seq1  ACTTTCTGTTTCTTTGCTCTTTTCCAAACTGAAATTCACTGAAATAAGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGTTTCTTTGCTCTTTTCCAAACTGAAATTCACTGAAATAAGTA  535

seq1  TGTAAAGCAGTCTCCCACTCCCATAAGACACAGAACTAAAAGTCCGGGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCAGTCTCCCACTCCCATAAGACACAGAACTAAAAGTCCGGGTG  585

seq1  GCTAATAGAACAATGTGTTTTAGTCTTAACTGCGTTTAAGACAAAATTCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATAGAACAATGTGTTTTAGTCTTAACTGCGTTTAAGACAAAATTCC  635

seq1  ACTTGCTGTGCATCTGTTCCAGCCTCTCCTTCTTGAACCTGTCTTGGAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTGTGCATCTGTTCCAGCCTCTCCTTCTTGAACCTGTCTTGGAAA  685

seq1  GAGCAATGGTTATCTTCATCTTCTGTCTCTGAGATGATCTCCATCTTCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGGTTATCTTCATCTTCTGTCTCTGAGATGATCTCCATCTTCTG  735

seq1  GATGATGAGTTTGATGAGCTCATGCTGCTTTTCCAAGAGGGAAGTGAGGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGAGTTTGATGAGCTCATGCTGCTTTTCCAAGAGGGAAGTGAGGT  785

seq1  CCTTCAGCCTGGAAGAACCGCATGCATCATGAACTTACTTTCAATCATTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCCTGGAAGAACCGCATGCATCATGAACTTACTTTCAATCATTT  835

seq1  TTAAGCCCTTCTGACTGCAGCAAGGACTAGGGACTAGAAATGTTCTGCAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCCTTCTGACTGCAGCAAGGACTAGGGACTAGAAATGTTCTGCAC  885

seq1  CAGGTAACTGTGCTCAGCTTTAGCCTCATACTAGCCACCAGGTTCTGGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAACTGTGCTCAGCTTTAGCCTCATACTAGCCACCAGGTTCTGGAA  935

seq1  GTTCAGGTGATTCCCCCTAAGTTAGAATACTAGTTTGTGACTAGCTCTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTGATTCCCCCTAAGTTAGAATACTAGTTTGTGACTAGCTCTTG  985

seq1  TTTACAGTTACTGATATGAAACATGCATAGAATGGTTAAGCAGTCTTCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGTTACTGATATGAAACATGCATAGAATGGTTAAGCAGTCTTCCC  1035

seq1  ATGGACATAGTTATTAAACAGTTGGTTGGCAATTGAAATTCAGGTAACTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATAGTTATTAAACAGTTGGTTGGCAATTGAAATTCAGGTAACTG  1085

seq1  TAGAGCCTTCTTGCATATCTTCTGCCCACTAGGCAGCTATTCCAAGAATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCTTCTTGCATATCTTCTGCCCACTAGGCAGCTATTCCAAGAATT  1135

seq1  C  1148
      |
seq2  C  1136