BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069K01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 156,708,803 - 156,853,553
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG433365, Teddm1, LOC100043357, Glul, LOC100043359, Cacna1e
Downstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4, Qscn6, Cep350, LOC676894
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069K01.bB6Ng01-069K01.g
ACCDH887879DH887880
length1,085907
definitionDH887879|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069K01, 5' end.DH887880|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,852,459 - 156,853,553)(156,708,803 - 156,709,606)
sequence
gaattccaagctaccagtgagcagagatatacagaggagacagcgtgagt
ctctctagctaatgtgaccacggagatgagtggttaattctcgcaacctc
gatttcctttcctacaaaatgggctaaggcattactcggaaagtacccgg
aaagtaagaggaagtaacttgatctcacctaccccttaaaatggctctgc
ttgttctaaagatctggtttcatgtcagctttcccagtgaactacaaagt
ctgtgaaagcagagactacacatcccacggccatctttgtatttctagtg
tctggcacagggcctggcacatagtatatgctcaataaacatgtcaacat
caaactgagagctatgtgagcagatcacgtggtggggattgcttatgcat
gataacagctgtgcagagacccttcccttgggtttacatctgggctcttg
ggctccttctgtgactctgggtgagccatacatctctcctcctgagcttt
ctctgaaccatggagggttaacttgttgattcttgcatggatccttccag
agatgaggcatatttcatcttttcaaaatgctgtggtcgtggactgtcgt
atcctgggctggttttcagaaggagtggtgtggttgtgttccttgggcta
cccaagtgctgctgcccaggcttatgaacttaagtttgtatcactagagg
ctggtggggtaggggctgagacacgggcatcaagatctccttggctcctc
cccaacttgttctaagtctttagagcagaatagaggacatgccaaggttg
ccacaccaaatgtaaaagtgatgcctacacatgggaaaaggagtctctct
ggctttctcccgacagaacatcaaatccaccatggtcctgccaaccctag
ctctgaggctgcctccctgtgtgcttccaatagcataagccgtgccctcc
cccaatctctgtgtcccctgacactcagctgctgcagcaccccagcttgg
cactgcatgctgctgccaccagtggtgcttcttgtttctggcttcctcta
gccgcttttgtctgcaagggtgtatgggaggggtg
gaattctaattcaaaatgagagacacaatttcacatagatgagcggagag
gaaccaagtcaccagcacccctgggtggcagagaaatggatagaaaatga
caacgaagtcaccactgcctttctctgggtcagaacaaattccaggctta
agatgttggaatcaaacatgggaaacaggatatacaggtgaaaatctggt
ggaaaatattcctaggcccacagcgagcccagagagggctcccaccctag
atctagctggaccaggaatccagaaaaatctgcaattgcttttgaagaaa
aggaagactctaagaacgctcttgcctccatgagatgagaagtcattgga
tgggaagaaagtaggcaagatcatctgattatagtttttaatggctacct
gggctctaggttgagaacacagtctatgtaggacagtgagatggtttgaa
tgagagtggctccatgatctcatatatttgaatgtgtttgattcctagtt
ggtggactatttaggaaggattaggcggtatggccttattggaggaggtg
tcactgtgggtgggctttaatgttttcaaagcctaccccaggtcccatct
tgctccttctgctctctgcctgcggatcagtatgtgagctctcagctgct
gctccagcaccatgcctgccaccatgctcctcaccgtgaaggtcctggac
tcaccctctgaaactgtaagcaagctcccaattaaatgctttcttttata
gactgccttcatcatggtgtctcttcacagcaagagaacagtaactagac
agacatcatgcatccatcataagtaaaatggtggttcaacccaggaaagg
ggtggtggtagcttgaactcttgttggtaacagtgaaggtggcgagaagt
gggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_156852459_156853553
seq2: B6Ng01-069K01.b_42_1126 (reverse)

seq1  CACCCCTCCC-TACCCCCCTGCAGACAGAAGCAGCTAGAAGGAAGCCAGG  49
      |||||||||| ||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||| |
seq2  CACCCCTCCCATACACCCTTGCAGACAAAAGCGGCTAG-AGGAAGCCA-G  48

seq1  AGACAAGGAAGCCACCACTGGTGGGCAGCAGCATGCAGTGCCAAGCTGGG  99
      | |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAA-GAAG-CACCACTGGT-GGCAGCAGCATGCAGTGCCAAGCTGGG  95

seq1  GGTTGCTGGCAGCAGCTGAGGTGTCAGGGGACACAGGAGATTGGGGGGAG  149
      |  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  G--TGCT-GCAGCAGCTGA-GTGTCAGGGGACACA-GAGATT-GGGGGAG  139

seq1  GGCACGGCTTATGCTATTGGAAGCACACAGGGAGGCAGCCTCAGAGCTAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGGCTTATGCTATTGGAAGCACACAGGGAGGCAGCCTCAGAGCTAG  189

seq1  GGTTGGCAGGACCATGGTGGATTTGATGTTCTGTCGGGAGAAAGCCAGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCAGGACCATGGTGGATTTGATGTTCTGTCGGGAGAAAGCCAGAG  239

seq1  AGACTCCTTTTCCCATGTGTAGGCATCACTTTTACATTTGGTGTGGCAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCTTTTCCCATGTGTAGGCATCACTTTTACATTTGGTGTGGCAAC  289

seq1  CTTGGCATGTCCTCTATTCTGCTCTAAAGACTTAGAACAAGTTGGGGAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCATGTCCTCTATTCTGCTCTAAAGACTTAGAACAAGTTGGGGAGG  339

seq1  AGCCAAGGAGATCTTGATGCCCGTGTCTCAGCCCCTACCCCACCAGCCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGAGATCTTGATGCCCGTGTCTCAGCCCCTACCCCACCAGCCTC  389

seq1  TAGTGATACAAACTTAAGTTCATAAGCCTGGGCAGCAGCACTTGGGTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATACAAACTTAAGTTCATAAGCCTGGGCAGCAGCACTTGGGTAGC  439

seq1  CCAAGGAACACAACCACACCACTCCTTCTGAAAACCAGCCCAGGATACGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAACACAACCACACCACTCCTTCTGAAAACCAGCCCAGGATACGA  489

seq1  CAGTCCACGACCACAGCATTTTGAAAAGATGAAATATGCCTCATCTCTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCACGACCACAGCATTTTGAAAAGATGAAATATGCCTCATCTCTGG  539

seq1  AAGGATCCATGCAAGAATCAACAAGTTAACCCTCCATGGTTCAGAGAAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCCATGCAAGAATCAACAAGTTAACCCTCCATGGTTCAGAGAAAG  589

seq1  CTCAGGAGGAGAGATGTATGGCTCACCCAGAGTCACAGAAGGAGCCCAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAGGAGAGATGTATGGCTCACCCAGAGTCACAGAAGGAGCCCAAG  639

seq1  AGCCCAGATGTAAACCCAAGGGAAGGGTCTCTGCACAGCTGTTATCATGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGATGTAAACCCAAGGGAAGGGTCTCTGCACAGCTGTTATCATGC  689

seq1  ATAAGCAATCCCCACCACGTGATCTGCTCACATAGCTCTCAGTTTGATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAATCCCCACCACGTGATCTGCTCACATAGCTCTCAGTTTGATGT  739

seq1  TGACATGTTTATTGAGCATATACTATGTGCCAGGCCCTGTGCCAGACACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTTTATTGAGCATATACTATGTGCCAGGCCCTGTGCCAGACACT  789

seq1  AGAAATACAAAGATGGCCGTGGGATGTGTAGTCTCTGCTTTCACAGACTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACAAAGATGGCCGTGGGATGTGTAGTCTCTGCTTTCACAGACTT  839

seq1  TGTAGTTCACTGGGAAAGCTGACATGAAACCAGATCTTTAGAACAAGCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTCACTGGGAAAGCTGACATGAAACCAGATCTTTAGAACAAGCAG  889

seq1  AGCCATTTTAAGGGGTAGGTGAGATCAAGTTACTTCCTCTTACTTTCCGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTAAGGGGTAGGTGAGATCAAGTTACTTCCTCTTACTTTCCGG  939

seq1  GTACTTTCCGAGTAATGCCTTAGCCCATTTTGTAGGAAAGGAAATCGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCCGAGTAATGCCTTAGCCCATTTTGTAGGAAAGGAAATCGAGG  989

seq1  TTGCGAGAATTAACCACTCATCTCCGTGGTCACATTAGCTAGAGAGACTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGAGAATTAACCACTCATCTCCGTGGTCACATTAGCTAGAGAGACTC  1039

seq1  ACGCTGTCTCCTCTGTATATCTCTGCTCACTGGTAGCTTGGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGTCTCCTCTGTATATCTCTGCTCACTGGTAGCTTGGAATTC  1085

seq1: chr1_156708803_156709606
seq2: B6Ng01-069K01.g_68_871

seq1  GAATTCTAATTCAAAATGAGAGACACAATTTCACATAGATGAGCGGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTCAAAATGAGAGACACAATTTCACATAGATGAGCGGAGAG  50

seq1  GAACCAAGTCACCAGCACCCCTGGGTGGCAGAGAAATGGATAGAAAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGTCACCAGCACCCCTGGGTGGCAGAGAAATGGATAGAAAATGA  100

seq1  CAACGAAGTCACCACTGCCTTTCTCTGGGTCAGAACAAATTCCAGGCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGAAGTCACCACTGCCTTTCTCTGGGTCAGAACAAATTCCAGGCTTA  150

seq1  AGATGTTGGAATCAAACATGGGAAACAGGATATACAGGTGAAAATCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTGGAATCAAACATGGGAAACAGGATATACAGGTGAAAATCTGGT  200

seq1  GGAAAATATTCCTAGGCCCACAGCGAGCCCAGAGAGGGCTCCCACCCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATATTCCTAGGCCCACAGCGAGCCCAGAGAGGGCTCCCACCCTAG  250

seq1  ATCTAGCTGGACCAGGAATCCAGAAAAATCTGCAATTGCTTTTGAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCTGGACCAGGAATCCAGAAAAATCTGCAATTGCTTTTGAAGAAA  300

seq1  AGGAAGACTCTAAGAACGCTCTTGCCTCCATGAGATGAGAAGTCATTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACTCTAAGAACGCTCTTGCCTCCATGAGATGAGAAGTCATTGGA  350

seq1  TGGGAAGAAAGTAGGCAAGATCATCTGATTATAGTTTTTAATGGCTACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGAAAGTAGGCAAGATCATCTGATTATAGTTTTTAATGGCTACCT  400

seq1  GGGCTCTAGGTTGAGAACACAGTCTATGTAGGACAGTGAGATGGTTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTAGGTTGAGAACACAGTCTATGTAGGACAGTGAGATGGTTTGAA  450

seq1  TGAGAGTGGCTCCATGATCTCATATATTTGAATGTGTTTGATTCCTAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTGGCTCCATGATCTCATATATTTGAATGTGTTTGATTCCTAGTT  500

seq1  GGTGGACTATTTAGGAAGGATTAGGCGGTATGGCCTTATTGGAGGAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACTATTTAGGAAGGATTAGGCGGTATGGCCTTATTGGAGGAGGTG  550

seq1  TCACTGTGGGTGGGCTTTAATGTTTTCAAAGCCTACCCCAGGTCCCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGGGTGGGCTTTAATGTTTTCAAAGCCTACCCCAGGTCCCATCT  600

seq1  TGCTCCTTCTGCTCTCTGCCTGCGGATCAGTATGTGAGCTCTCAGCTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTCTGCTCTCTGCCTGCGGATCAGTATGTGAGCTCTCAGCTGCT  650

seq1  GCTCCAGCACCATGCCTGCCACCATGCTCCTCACCGTGAAGGTCCTGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGCACCATGCCTGCCACCATGCTCCTCACCGTGAAGGTCCTGGAC  700

seq1  TCACCCTCTGAAACTGTAAGCAAGCTCCCAATTAAATGCTTTCTTTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTCTGAAACTGTAAGCAAGCTCCCAATTAAATGCTTTCTTTTATA  750

seq1  GACTGCCTTCATCATGGTGTCTCTTCACAGCAAGAGAACAGTAACTAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCTTCATCATGGTGTCTCTTCACAGCAAGAGAACAGTAACTAGAC  800

seq1  AGAC  804
      ||||
seq2  AGAC  804