BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069P22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 89,488,730 - 89,594,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNeu2, Inpp5d
Upstream geneCops7b, Nppc, 4930429A22Rik, EG620213, LOC208256, Akp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454
Downstream geneAtg16l1, Sag, Usp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069P22.bB6Ng01-069P22.g
ACCDH888134DH888135
length1,0641,132
definitionDH888134|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069P22, 5' end.DH888135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069P22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,593,349 - 89,594,425)(89,488,730 - 89,489,872)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaggcgtgcaccaccacgcccggcga
tattattcttttaagcaggagtagggaagatggcggactcaggaccctat
caacttgtaagggtgccacctcaatgcacatctgtggctctgaaagtggg
gtacccctgagcaatcctatacatctttggaagtatcctgtctgacttct
ggaatgcttgaaagagtctgctgtcttcccaccccaggcctggccagctg
ctcactgttttaaatgtcatgctggtgacttcttgcagggagtgcctgag
tagctccagccactccttctctccaaggggatcctcctgggtgccaatca
catagatgtcatgggggatgtagtcagcagagtcgtcccgtgtctttccc
tgccccttggagagaaaccaggacgtgatcttcttgggagggggtgcatt
accttcaacagcaaaacccaacaccgaatgagtcaaagacaggtcaggtc
aagggcattagggggattcaaaacaggggaagaggagaatcacatagtta
caaaaatcatgggggcaaatgccctagatggaggactcagtgctgatacc
accttacatgttagctatgggcagagctcagtgagatcttgttgtaaaga
taacattacatttcaaaggatggaaagcctgggagatcctctctggagcc
ctgatctaactgaacaggttgccagacatgtcctatgctctagggtggca
gtgagacatgaaatctggccccgtttgtcactcaggagtttacattttca
ggggtgagtgacatgtccgggatggaggcttctaccgtgcagccaggaaa
caccaaaggcttcctgggaggaaagtataagtcagctaagaactgagatg
agaggtgctcacagagaaacagaggggctgcacttgtcttcagcttccgt
ttgaaaatgagtggagcagctcctcagaatgatgggtatctactctggag
ctacctaagtatgg
gaattccaacctagcctgggctacatagaagagaccttccctcaaagtaa
taaataagtaactaaataaataatgacgctctgatggatgctgcagcatg
aatgaatcttagaaacaacatgctaagagaaagaagtcagctgtgtactg
catgactgtacttgtataaaacatatagaacaggcagagctagcgataga
gagtacactggtggtttcctggggccactgttgggataaaacagagtaac
tgttcacatttacagaatatgttgggggggacttaggcagtgatgtctgc
acagctttagaactgtcctttgaaatcatagaatggctctgtgaggagcg
gaattgcatattgtgagatattatacattccttttgaaaatggactgtgg
tccatccctgtaggatggactatgtacaaggggtagtcactagttctggc
caggggcttcatccctctcccagactgcatcttctctctctaaactacga
gctcttgtcacatcgacatgttaagtctattggtcttggggtttgtactc
aacctgtactgttgctctaaactcacctttccccctctggaccccaagaa
cctaactcatagtccttttctggttcctcctcatgacaactttgacccct
ttcccctgtctcaagcttctttgtggatgtccttagctaacctcccacgt
tgtatacttaaagccaactcattggaatggagaacagcttggctttgggg
acgtcctaaaatcaacatttaaatctgattagatggctactgaagaattt
tcattaaggaccagctgttcggcacttgatcaagtttctaagacaccgaa
atggcgtctttctccttatttttctgcttctaattgtatccaaatcttct
attaaagttatggcagtcatggccatggagcaagcgagattacagttgca
agcatagacttttgtactggctaatttgtgtcacttgacacaagcttgga
gtatccacagagaaaggagcttcagttggaaatgcctccatgaaatccag
ctgtgggcattttctcaaattagtgatacaagggcccttggggtggaacc
atctctggctggtagtcttggttctaagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_89593349_89594425
seq2: B6Ng01-069P22.b_48_1111 (reverse)

seq1  CCATACTTAGGGTAGCTCCAGAAGTAGATTACCCATCATTCCTTGAGGGA  50
      ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||| |||
seq2  CCATACTTA-GGTAGCTCCAG-AGTAGA-TACCCATCATTC--TGA-GGA  44

seq1  GCTGCTTCCACTCATTTTTCAAAACGGAAGCTG-AGACAAGTTGCAGCCC  99
      ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GCTGC-TCCACTCATTTT--CAAACGGAAGCTGAAGACAAG-TGCAGCCC  90

seq1  CCTCCTGTTTCTCTGTTGAGCACCTCTTCATCTCAGTTCTTAGCTGACTT  149
      |   ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  C--TCTGTTTCTCTG-TGAGCACCTC-TCATCTCAGTTCTTAGCTGACTT  136

seq1  ATAACTTTCCT-CCAGGAAGCCTTTGGTGTTTCCTGGCTGCACGGTAGAA  198
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-ACTTTCCTCCCAGGAAGCCTTTGGTGTTTCCTGGCTGCACGGTAGAA  185

seq1  GCCTCCATCCCGGACATGTCACTCACCCCTGAAAATGTAAACTCCTGAGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCATCCCGGACATGTCACTCACCCCTGAAAATGTAAACTCCTGAGT  235

seq1  GACAAACGGGGCCAGATTTCATGTCTCACTGCCACCCTAGAGCCTAGGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACAAACGGGGCCAGATTTCATGTCTCACTGCCACCCTAGAGCATAGGAC  285

seq1  ATGTCTGGCAACCTGTTCAGTTAGATCAGGGCTCCAGAGAGGATCTCCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGGCAACCTGTTCAGTTAGATCAGGGCTCCAGAGAGGATCTCCCA  335

seq1  GGCTTTCCATCCTTTGAAATGTAATGTTATCTTTACAACAAGATCTCACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCATCCTTTGAAATGTAATGTTATCTTTACAACAAGATCTCACT  385

seq1  GAGCTCTGCCCATAGCTAACATGTAAGGTGGTATCAGCACTGAGTCCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTGCCCATAGCTAACATGTAAGGTGGTATCAGCACTGAGTCCTCC  435

seq1  ATCTAGGGCATTTGCCCCCATGATTTTTGTAACTATGTGATTCTCCTCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGGCATTTGCCCCCATGATTTTTGTAACTATGTGATTCTCCTCTT  485

seq1  CCCCTGTTTTGAATCCCCCTAATGCCCTTGACCTGACCTGTCTTTGACTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTTTTGAATCCCCCTAATGCCCTTGACCTGACCTGTCTTTGACTC  535

seq1  ATTCGGTGTTGGGTTTTGCTGTTGAAGGTAATGCACCCCCTCCCAAGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGTGTTGGGTTTTGCTGTTGAAGGTAATGCACCCCCTCCCAAGAAG  585

seq1  ATCACGTCCTGGTTTCTCTCCAAGGGGCAGGGAAAGACACGGGACGACTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGTCCTGGTTTCTCTCCAAGGGGCAGGGAAAGACACGGGACGACTC  635

seq1  TGCTGACTACATCCCCCATGACATCTATGTGATTGGCACCCAGGAGGATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTACATCCCCCATGACATCTATGTGATTGGCACCCAGGAGGATC  685

seq1  CCCTTGGAGAGAAGGAGTGGCTGGAGCTACTCAGGCACTCCCTGCAAGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGAGAGAAGGAGTGGCTGGAGCTACTCAGGCACTCCCTGCAAGAA  735

seq1  GTCACCAGCATGACATTTAAAACAGTGAGCAGCTGGCCAGGCCTGGGGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGCATGACATTTAAAACAGTGAGCAGCTGGCCAGGCCTGGGGTG  785

seq1  GGAAGACAGCAGACTCTTTCAAGCATTCCAGAAGTCAGACAGGATACTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAGCAGACTCTTTCAAGCATTCCAGAAGTCAGACAGGATACTTC  835

seq1  CAAAGATGTATAGGATTGCTCAGGGGTACCCCACTTTCAGAGCCACAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGTATAGGATTGCTCAGGGGTACCCCACTTTCAGAGCCACAGAT  885

seq1  GTGCATTGAGGTGGCACCCTTACAAGTTGATAGGGTCCTGAGTCCGCCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTGAGGTGGCACCCTTACAAGTTGATAGGGTCCTGAGTCCGCCAT  935

seq1  CTTCCCTACTCCTGCTTAAAAGAATAATATCGCCGGGCGTGGTGGTGCAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTACTCCTGCTTAAAAGAATAATATCGCCGGGCGTGGTGGTGCAC  985

seq1  GCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTT  1035

seq1  GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAATTC  1064

seq1: chr1_89488730_89489872
seq2: B6Ng01-069P22.g_68_1199

seq1  GAATTCCAACCTAGCCTGGGCTACATAGAAGAGACCTTCCCTCAAAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCTAGCCTGGGCTACATAGAAGAGACCTTCCCTCAAAGTAA  50

seq1  TAAATAAGTAACTAAATAAATAATGACGCTCTGATGGATGCTGCAGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGTAACTAAATAAATAATGACGCTCTGATGGATGCTGCAGCATG  100

seq1  AATGAATCTTAGAAACAACATGCTAAGAGAAAGAAGTCAGCTGTGTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATCTTAGAAACAACATGCTAAGAGAAAGAAGTCAGCTGTGTACTG  150

seq1  CATGACTGTACTTGTATAAAACATATAGAACAGGCAGAGCTAGCGATAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTGTACTTGTATAAAACATATAGAACAGGCAGAGCTAGCGATAGA  200

seq1  GAGTACACTGGTGGTTTCCTGGGGCCACTGTTGGGATAAAACAGAGTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACACTGGTGGTTTCCTGGGGCCACTGTTGGGATAAAACAGAGTAAC  250

seq1  TGTTCACATTTACAGAATATGTTGGGGGGGACTTAGGCAGTGATGTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACATTTACAGAATATGTTGGGGGGGACTTAGGCAGTGATGTCTGC  300

seq1  ACAGCTTTAGAACTGTCCTTTGAAATCATAGAATGGCTCTGTGAGGAGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTTAGAACTGTCCTTTGAAATCATAGAATGGCTCTGTGAGGAGCG  350

seq1  GAATTGCATATTGTGAGATATTATACATTCCTTTTGAAAATGGACTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCATATTGTGAGATATTATACATTCCTTTTGAAAATGGACTGTGG  400

seq1  TCCATCCCTGTAGGATGGACTATGTACAAGGGGTAGTCACTAGTTCTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCCTGTAGGATGGACTATGTACAAGGGGTAGTCACTAGTTCTGGC  450

seq1  CAGGGGCTTCATCCCTCTCCCAGACTGCATCTTCTCTCTCTAAACTACGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCTTCATCCCTCTCCCAGACTGCATCTTCTCTCTCTAAACTACGA  500

seq1  GCTCTTGTCACATCGACATGTTAAGTCTATTGGTCTTGGGGTTTGTACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTCACATCGACATGTTAAGTCTATTGGTCTTGGGGTTTGTACTC  550

seq1  AACCTGTACTGTTGCTCTAAACTCACCTTTCCCCCTCTGGACCCCAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTACTGTTGCTCTAAACTCACCTTTCCCCCTCTGGACCCCAAGAA  600

seq1  CCTAACTCATAGTCCTTTTCTGGTTCCTCCTCATGACAACTTTGACCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTCATAGTCCTTTTCTGGTTCCTCCTCATGACAACTTTGACCCCT  650

seq1  TTCCCCTGTCTCAAGCTTCTTTGTGGATGTCCTTAGCTAACCTCCCACGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGTCTCAAGCTTCTTTGTGGATGTCCTTAGCTAACCTCCCACGT  700

seq1  TGTATACTTAAAGCCAACTCATTGGAATGGAGAACAGCTTGGCTTTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACTTAAAGCCAACTCATTGGAATGGAGAACAGCTTGGCTTTGGGG  750

seq1  ACGTCCTAAAATCAACATTTAAATCTGATTAGATGGCTACTGAAGAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCTAAAATCAACATTTAAATCTGATTAGATGGCTACTGAAGAATTT  800

seq1  TCATTAAGGACCAGCTGTTCGGCACTTGATCAAGTTTCTAAGACACCGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAGGACCAGCTGTTCGGCACTTGATCAAGTTTCTAAGACACCGAA  850

seq1  ATGGCGTCTTTCTCCTTATTTTTCTGCTTCTAATTGTATCCAATTCTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  
seq2  ATGGCGTCTTTCTCCTTATTTTTCTGCTTCTAATTGTATCCAAATCTT--  898

seq1  TTATTAAAAGTTATGGCAGTCATGGCCATGGAGCAAGCGAGATTACAGTT  950
       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTATT-AAAGTTATGGCAGTCATGGCCATGGAGCAAGCGAGATTACAG-T  946

seq1  TGCAGGCATAGACTTTTGTACTGGCTAATTTTGTGTCAACTTGACACAAG  1000
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGCAAGCATAGACTTTTGTACTGGCTAA-TTTGTGTC-ACTTGACACAAG  994

seq1  C-TGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCATG  1049
      | ||||||   ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CTTGGAGTATCCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTT--GGAAATGCCTCCATG  1042

seq1  AGATCCAGCTGTGGGGCATTTTCTC-AATTAGTGAT-CAAGGGCCCCTTG  1097
      | |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||
seq2  AAATCCAGCTGT-GGGCATTTTCTCAAATTAGTGATACAAGGG-CCCTTG  1090

seq1  TGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAG  1143
       |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  -GGGTGGAACCATCTCT-GGCTGGTAGTCTTGGTTC--TAAGAGAG  1132