BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070A17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 139,002,984 - 139,130,959
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042567
Upstream geneCacna1s, Kif21b, 2310006M14Rik, 5730559C18Rik, LOC100042513, Gpr25, Camsap1l1, 9230116N13Rik, Ddx59, Kif14, Zfp281, LOC667686, EG623818, Nr5a2, Rnu7-ps3
Downstream geneLOC100043143, Ptprc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070A17.bB6Ng01-070A17.g
ACCDH888167DH888168
length1,1851,151
definitionDH888167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070A17, 5' end.DH888168|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,002,984 - 139,004,195)(139,129,801 - 139,130,959)
sequence
gaattcatgttatctctacagctagtcggtaggtagttatattacttcta
ctataataagaatggaggaacaaagacattatgtagatagtccaagtgtc
acatagttctcaatagggctgggatggaagacaggcagaacaattcctta
gttcatgctagttgtaatttggggagaataactttcagaatcaagtggcc
ttgtgttttcattcttgactcatttcttactggccatgtgaccttgggga
aggcttctcatctgtgaaaggaagatgacatctgctgttgaagtgctgcc
agagttaatatagttaagtacatggcttcacatggaatgcctaaagacac
tctcgtgaaagcatgctgttctgatgtttttccattttatgtttcttctc
tattaaaaaaagtttggtttggagcgctggagagatggctcagtggttaa
gagcactgactgctcttccagaggtcctaagttcaattcccagcaaccac
aaggtgtctcacaaccatctgtgataccctcttctggtgtgtctagacga
agacagctacagtgtactcctataaataaaataaataaataaaatctttt
taaaaaagtttggtttgcagatttaagaatttgctgctatttaagagtgc
agcagatataagtaaaaacatcattgtgtagatatatttataaggctcac
attggaaatcaagttgtgcacgactttaaatgtgtgttctgttttccagt
ctctgtaacaccttggcacaaagtctcagattgctttctgatggtgaatg
gtgtcatgtgcacttattgttgtttatcctcttatctcaagtaaatgggt
gtttgcattaaaaatgctagatgcagaagggaatctattaagaggtttca
tctccttcatatttaaaagatcccttggatttaaaaaaaaaatataatcg
aggttggggatttagctcagtggtaaggcaccttgcctagcaagttgcaa
ggccctgggttccggttcccagctcttggaaacaacacaacaacaacaga
cggacaaaccctctaatataatcacactggtagatcactcagtcgaagga
tgttcactatcagcctctactaagaaatatacaccctctgattcccagct
tcaagtgagggaatcgagaaggcagaatgctagta
gaattcttgctgtagaccaggctggctgtaaaagacagaaatccacctgc
ctctacttcccgctgccaccaccacttccaccaccaccaccaccaccacc
accacccagctagacaatgaattttgatcatattcactccctgcttcccc
atataaccaccaactctgtgtcctttgtttttaaaatccatcaaatccag
taagtgctgctcatatagctcgtatataccctgggtatgtgtggccaccc
aacagagtgtgctcagcctaccaagggacacaccgttaaaactgactctt
cctttcttgaggtcatcagtcgccaatagctcctcaggtaggagtgagac
ttcatcgcacctcttcaaggaatagatataaatcatcatatagtccaaga
agaaagcatatgtcagcaaagacaggtatggtgccccctacctgcaatcc
cagcactagggaggcaggaggatactttgtgttacacagtgagggctaca
gacaccttctctcaaaaaaaagggggggggagagaaaagatatttagaag
ctatagtttagacatggggctaataatcagaatttacaaataattgcaga
aataaaataccaaggaattaaaactgccaaccaccaaatgggcaaatgaa
ctgctttgagttactaccccaccctgatcagaaggttggagaagatgatg
agagaaaaaaaagccatattcactgttgaggggtggagaggataaattaa
tgcagccattgtggaaacagctttgaggagtcctcaaaaacttaggagta
caactatcagtgaccagctaccgcactcctgggcagattcccagagaact
ctacatcccaccgctgagataactgcattccatgcttgtggctgcttgat
tcactaaaagaattagaatcacaaggaattaaaatcaccttgttgtccat
caacagatgaatggacaatgagatacatatgtatatttggatactacttc
atctcagaggaaaaatagagttaatcttacaggaagactcagaatgtcaa
tgttaaacaaggtcatgcgattctcagaaagaaataaccacatgttctgt
ttcttatttggggagtgcagccatgttgatgtcatagtgcaacagttatg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_139002984_139004195
seq2: B6Ng01-070A17.b_44_1228

seq1  GAATTCATGTTATCTCTACAGCTAGTCGGTAGGTAGTTATATTACTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTATCTCTACAGCTAGTCGGTAGGTAGTTATATTACTTCTA  50

seq1  CTATAATAAGAATGGAGGAACAAAGACATTATGTAGATAGTCCAAGTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATAAGAATGGAGGAACAAAGACATTATGTAGATAGTCCAAGTGTC  100

seq1  ACATAGTTCTCAATAGGGCTGGGATGGAAGACAGGCAGAACAATTCCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTTCTCAATAGGGCTGGGATGGAAGACAGGCAGAACAATTCCTTA  150

seq1  GTTCATGCTAGTTGTAATTTGGGGAGAATAACTTTCAGAATCAAGTGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGCTAGTTGTAATTTGGGGAGAATAACTTTCAGAATCAAGTGGCC  200

seq1  TTGTGTTTTCATTCTTGACTCATTTCTTACTGGCCATGTGACCTTGGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTCATTCTTGACTCATTTCTTACTGGCCATGTGACCTTGGGGA  250

seq1  AGGCTTCTCATCTGTGAAAGGAAGATGACATCTGCTGTTGAAGTGCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTCATCTGTGAAAGGAAGATGACATCTGCTGTTGAAGTGCTGCC  300

seq1  AGAGTTAATATAGTTAAGTACATGGCTTCACATGGAATGCCTAAAGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAATATAGTTAAGTACATGGCTTCACATGGAATGCCTAAAGACAC  350

seq1  TCTCGTGAAAGCATGCTGTTCTGATGTTTTTCCATTTTATGTTTCTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGTGAAAGCATGCTGTTCTGATGTTTTTCCATTTTATGTTTCTTCTC  400

seq1  TATTAAAAAAAGTTTGGTTTGGAGCGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAAAAGTTTGGTTTGGAGCGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAA  450

seq1  GAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATTCCCAGCAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATTCCCAGCAACCAC  500

seq1  AAGGTGTCTCACAACCATCTGTGATACCCTCTTCTGGTGTGTCTAGACGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTCTCACAACCATCTGTGATACCCTCTTCTGGTGTGTCTAGACGA  550

seq1  AGACAGCTACAGTGTACTCCTATAAATAAAATAAATAAATAAAATCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTACAGTGTACTCCTATAAATAAAATAAATAAATAAAATCTTTT  600

seq1  TAAAAAAGTTTGGTTTGCAGATTTAAGAATTTGCTGCTATTTAAGAGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGTTTGGTTTGCAGATTTAAGAATTTGCTGCTATTTAAGAGTGC  650

seq1  AGCAGATATAAGTAAAAACATCATTGTGTAGATATATTTATAAGGCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATATAAGTAAAAACATCATTGTGTAGATATATTTATAAGGCTCAC  700

seq1  ATTGGAAATCAAGTTGTGCACGACTTTAAATGTGTGTTCTGTTTTCCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAATCAAGTTGTGCACGACTTTAAATGTGTGTTCTGTTTTCCAGT  750

seq1  CTCTGTAACACCTTGGCACAAAGTCTCAGATTGCTTTCTGATGGTGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAACACCTTGGCACAAAGTCTCAGATTGCTTTCTGATGGTGAATG  800

seq1  GTGTCATGTGCACTTATTGTTGTTTATCCTCTTATCTCAAGTAAATGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATGTGCACTTATTGTTGTTTATCCTCTTATCTCAAGTAAATGGGT  850

seq1  GTTTGCATTAAAAATGCTAGATGCAGAAGGGAAATCTATTAAGAGGTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATTAAAAATGCTAGATGCAGAAGGG-AATCTATTAAGAGGTTTC  899

seq1  ATCTCCTTCATATTTAAAAGATCCCTTGGATTTAAAAAAAAAATATAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTCATATTTAAAAGATCCCTTGGATTTAAAAAAAAAATATAATC  949

seq1  GAGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCA-CTTGCCTAGCAAG-TGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||
seq2  GAGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAAGGCACCTTGCCTAGCAAGTTGCA  999

seq1  AGGCCCTGGG-TCCGGTCCTCAGCTCTGGGAAACAAACAAACAAACAAAC  1047
      |||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||   |||||      
seq2  AGGCCCTGGGTTCCGGTTCCCAGCTCTTGGAAACAACACAACAA------  1043

seq1  AAACAGACAGACAAAACCCCCCAAAATATAATCACACTGGTAGATCACTC  1097
       ||||||| ||||||   |||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGACGGACAAA---CCCTCTAATATAATCACACTGGTAGATCACTC  1090

seq1  AGTCAGAAGGATGTTTCACCTATCAAGCCTCTACCTAAAGAAATATAACA  1147
      |||| |||||||| |||| ||||| |||||||||   ||||||||||   
seq2  AGTC-GAAGGATG-TTCA-CTATC-AGCCTCTAC--TAAGAAATATACAC  1134

seq1  CCTCTAGAATTCTCCAGGGTTTTTCAAGTGAGGTGATCCAGAGAAAGGGG  1197
      |||||   |||| ||||     |||||||||||  |||  |||||   ||
seq2  CCTCT--GATTC-CCAG----CTTCAAGTGAGGGAATC--GAGAA---GG  1172

seq1  CAGGAAATGCTAGTA  1212
      |||  ||||||||||
seq2  CAG--AATGCTAGTA  1185

seq1: chr1_139129801_139130959
seq2: B6Ng01-070A17.g_65_1215 (reverse)

seq1  CCATAACTGTTTGCACTTATG-CATCGACCATGGGCTGCACT--CCACAT  47
      ||||||||| |||||| |||| |||| | ||| |||||||||  ||| ||
seq2  CCATAACTG-TTGCAC-TATGACATC-AACAT-GGCTGCACTCCCCAAAT  46

seq1  AGGAAACAGAACATGTGGTTTATTTCTTTCTGAG-ATCGCATGACCTTGT  96
      | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGAACATGTGG-TTATTTCTTTCTGAGAATCGCATGACCTTGT  95

seq1  TTAACATTGTACATTCTGAGTCCTTCCTGTAAGATTTTAACTCTATTTTT  146
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||
seq2  TTAACATTG-ACATTCTGAGT-CTTCCTGTAAGA--TTAACTCTA-TTTT  140

seq1  TCTTCTGAGATGAAGTAGTATCCAAATATACATATGTAATCTCATTGTCC  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTCTGAGATGAAGTAGTATCCAAATATACATATGT-ATCTCATTGTCC  189

seq1  ATTCATCTGTTGATGGACAACAAGGTTGATTTTAATTCCTTGTGATTCTA  246
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTGTTGATGGACAACAAGG-TGATTTTAATTCCTTGTGATTCTA  238

seq1  ATTCTTTTAGTGAATCAAGCAGCCACAAGCATGGAATGCAGTTATCTCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTAGTGAATCAAGCAGCCACAAGCATGGAATGCAGTTATCTCAG  288

seq1  CGGTGGGATGTAGAGTTCTCTGGGAATCTGCCCAGGAGTGCGGTAGCTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGATGTAGAGTTCTCTGGGAATCTGCCCAGGAGTGCGGTAGCTGG  338

seq1  TCACTGATAGTTGTACTCCTAAGTTTTTGAGGACTCCTCAAAGCTGTTTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATAGTTGTACTCCTAAGTTTTTGAGGACTCCTCAAAGCTGTTTC  388

seq1  CACAATGGCTGCATTAATTTATCCTCTCCACCCCTCAACAGTGAATATGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGCTGCATTAATTTATCCTCTCCACCCCTCAACAGTGAATATGG  438

seq1  CTTTTTTTTCTCTCATCATCTTCTCCAACCTTCTGATCAGGGTGGGGTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTCTCTCATCATCTTCTCCAACCTTCTGATCAGGGTGGGGTAG  488

seq1  TAACTCAAAGCAGTTCATTTGCCCATTTGGTGGTTGGCAGTTTTAATTCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAAAGCAGTTCATTTGCCCATTTGGTGGTTGGCAGTTTTAATTCC  538

seq1  TTGGTATTTTATTTCTGCAATTATTTGTAAATTCTGATTATTAGCCCCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTTTATTTCTGCAATTATTTGTAAATTCTGATTATTAGCCCCAT  588

seq1  GTCTAAACTATAGCTTCTAAATATCTTTTCTCTCCCCCCCCCTTTTTTTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAACTATAGCTTCTAAATATCTTTTCTCTCCCCCCCCCTTTTTTTT  638

seq1  GAGAGAAGGTGTCTGTAGCCCTCACTGTGTAACACAAAGTATCCTCCTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGGTGTCTGTAGCCCTCACTGTGTAACACAAAGTATCCTCCTGC  688

seq1  CTCCCTAGTGCTGGGATTGCAGGTAGGGGGCACCATACCTGTCTTTGCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAGTGCTGGGATTGCAGGTAGGGGGCACCATACCTGTCTTTGCTG  738

seq1  ACATATGCTTTCTTCTTGGACTATATGATGATTTATATCTATTCCTTGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCTTTCTTCTTGGACTATATGATGATTTATATCTATTCCTTGAA  788

seq1  GAGGTGCGATGAAGTCTCACTCCTACCTGAGGAGCTATTGGCGACTGATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGCGATGAAGTCTCACTCCTACCTGAGGAGCTATTGGCGACTGATG  838

seq1  ACCTCAAGAAAGGAAGAGTCAGTTTTAACGGTGTGTCCCTTGGTAGGCTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAGAAAGGAAGAGTCAGTTTTAACGGTGTGTCCCTTGGTAGGCTG  888

seq1  AGCACACTCTGTTGGGTGGCCACACATACCCAGGGTATATACGAGCTATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTCTGTTGGGTGGCCACACATACCCAGGGTATATACGAGCTATA  938

seq1  TGAGCAGCACTTACTGGATTTGATGGATTTTAAAAACAAAGGACACAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCACTTACTGGATTTGATGGATTTTAAAAACAAAGGACACAGAG  988

seq1  TTGGTGGTTATATGGGGAAGCAGGGAGTGAATATGATCAAAATTCATTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTTATATGGGGAAGCAGGGAGTGAATATGATCAAAATTCATTGT  1038

seq1  CTAGCTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAAGTGGTGGTGGCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAAGTGGTGGTGGCA  1088

seq1  GCGGGAAGTAGAGGCAGGTGGATTTCTGTCTTTTACAGCCAGCCTGGTCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGAAGTAGAGGCAGGTGGATTTCTGTCTTTTACAGCCAGCCTGGTCT  1138

seq1  ACAGCAAGAATTC  1159
      |||||||||||||
seq2  ACAGCAAGAATTC  1151