BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070L17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 63,035,041 - 63,222,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2
Upstream genePard3b, LOC667592, Nrp2, LOC100043070
Downstream geneGpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215, Mdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik, LOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070L17.bB6Ng01-070L17.g
ACCDH888642DH888643
length1,1771,195
definitionDH888642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070L17, 5' end.DH888643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070L17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,221,409 - 63,222,589)(63,035,041 - 63,036,256)
sequence
gaattctccactctcttttggactgtgagcaccggcacttagaagtgcac
attacccacacacagataagcacatgcacacataaactaaaaatgaatct
taaaaagttagcctggagtccgctgcagatcaggaagctgcggtgtcttc
aagtttgtgaggttcatgtctgtaagaccaaacagatttctgggatccac
ccccaccccatcactaaatctaatattctaagccagctcatcagcgcctt
ttagaaagttacttttataagatacagccaagatattagagccagggtgt
gatgatggtacctgtctgtaattccagaaaggggaggctgagatgtgagg
attgaacggagaactttgtgtgtgattaggtaaggactctactaactgag
ctacatccctgacttgactggctatttttgttcctatttggtagatacta
tgtctaaaatacatattagagctgggaaagatcttagttggaaatgatgc
ttgccaatcctgacatcctgagttagatctccaggacccacattgatgga
aagaaagaactgactttcaaagggtgtcctttaactttcacaggcacccg
ccccacccacctccttgtgtgtttatggtgacactcacggagtaagtaaa
tgaatgtcaacaacaacaacaacagtaaaatatataccaatctggacatg
gtggtgcgtgttgataattctgctccttgcttgggaagtggaggcctgaa
gtttaggagtccaagttaatccttgacttcatagcaagtgtgaagccagt
ctgaggtacatgaggtctgtctacaaacaaacaaaccccaccaagtagaa
aaccccagtaaaacaaactgtacagtgtagaagccaggttatccccaaac
tcttgatgtagtgcagctgtttttatgggatgaagcttcatgggtgtaga
tcagctggcctcaaattcatgattctcatgctttaggtttcccagtgctg
gaatcccaagcattggccctggtgcttggcctcatcagtacttgttaaaa
tgagcttttttactgctcattctggaatttggtgcaaaacttatttggga
cttgctagtcctccggaagaggattaccgatcttttggtcaaggaactta
cagtctagtagtaacaaaatcgataat
gaattctagaaacaagagcagaaaagaagaaaatgaacacagatcaggaa
tcacaggtgcacagagcaagaaaacctggaccagccgaggcaggcacaga
gggggacaaacggtatcagagacatcagggcctgcttgggttgtgtgatg
tgttcaagcatttggaaggccattagaaaaagttttatggaaaagatctg
ttgaagtgattagagtaaaaaaaatacattgtagccaggcggtggtggtg
cacgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgag
ttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctat
acagagaaaccctgtctcgaaaaaccaaaaactaaataatgaaggtattt
ttcagagataattattcaagaatggattttgatgtgtgttccataggaac
atctgagcatatccaagtgtgtcgaagcaagggacatcttgaaagtgtga
agtcagggggactacatggtctgtttcaagtcctaacccttttgttaata
acaaggttggcaatggtccagagtactggggcagttgcccttacagacgt
gtctatgggatgctaccatgacatttgtgcaagagtgtcctggcagactt
ttgtgatcgttctcctcatcaagtacgtgtgcgtgagaatctatctctaa
gaacttctgattttatgattttgtcagaatgaaatataaatgatccattt
tcattctaaatgcctttcataactggtagacccattcgaaactatttttt
taacttttaattaacataattgttatacttgttaactcgaggaaaagcaa
gacaatgaactatttgacctaataataagaagatgtgactatcactgtcc
ctgcccccctggggagctcaccaggttggaaggtgaggaagagaaacaga
gaaagtgtgtcagagagagctaatcctagacttctcagaaagtccacacc
catgctcctcagggtgtctttctggagtgcctcttgcccttaactcctca
tgcttaaaatcctaatttgatgtgattatggaaaaccccagcttctgcct
tcaaaaaaaatattaatttttagttgatttattcttcacttattagaggc
agagagcaatccaattactctatgtgtaattgacaattgcttaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63221409_63222589
seq2: B6Ng01-070L17.b_43_1219 (reverse)

seq1  ATTATCGATTTTGTTACCTACTAGACTGTAAGTTCCTTGA-CAAAAGATT  49
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  
seq2  ATTATCGATTTTGTTA-CTACTAGACTGTAAGTTCCTTGACCAAAAGA--  47

seq1  TGGTTATTTCTCTTTTCTGAAGACTAGCAAGTCCCCAAATAGTTTTGCAC  99
      | | || | ||| || | || |||||||||||||| ||  ||||||||||
seq2  TCGGTAATCCTC-TTCCGGAGGACTAGCAAGTCCCAAATAAGTTTTGCAC  96

seq1  CAAATTCCAGAATGAGCAGT-ACATAGCTCATTTTTAACAAGTACTGATG  148
      |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCCAGAATGAGCAGTAAAAAAGCTCA-TTTTAACAAGTACTGATG  145

seq1  AGGCCAAGCA-CAGGGCCAATGCTTGTGATTCCAGCACTGGGAAACCTAA  197
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGCACCAGGGCCAATGCTTGGGATTCCAGCACTGGGAAACCTAA  195

seq1  AGCATGAGAATCATGAATTTGAGGCCAGCCTGATCTACACCCATGAAGCT  247
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGAATCATGAATTTGAGGCCAG-CTGATCTACACCCATGAAGCT  244

seq1  TCATCCCATAAAAACAGCCTGCACTACATCAAGAGTTTGGGGATAACCTG  297
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCATAAAAACAG-CTGCACTACATCAAGAGTTTGGGGATAACCTG  293

seq1  GCTTCTACACTGTACAGTTTGTTTTACTGGGGTTTTCTACTTGGTGGGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTACACTGTACAGTTTGTTTTACTGGGGTTTTCTACTTGGTGGGGT  343

seq1  TTGTTTGTTTGTAGACAGACCTCATGTACCTCAGACTGGCTTCACACTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTAGACAGACCTCATGTACCTCAGACTGGCTTCACACTTG  393

seq1  CTATGAAGTCAAGGATTAACTTGGACTCCTAAACTTCAGGCCTCCACTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAGTCAAGGATTAACTTGGACTCCTAAACTTCAGGCCTCCACTTC  443

seq1  CCAAGCAAGGAGCAGAATTATCAACACGCACCACCATGTCCAGATTGGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAAGGAGCAGAATTATCAACACGCACCACCATGTCCAGATTGGTA  493

seq1  TATATTTTACTGTTGTTGTTGTTGTTGACATTCATTTACTTACTCCGTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTACTGTTGTTGTTGTTGTTGACATTCATTTACTTACTCCGTGA  543

seq1  GTGTCACCATAAACACACAAGGAGGTGGGTGGGGCGGGTGCCTGTGAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCATAAACACACAAGGAGGTGGGTGGGGCGGGTGCCTGTGAAAG  593

seq1  TTAAAGGACACCCTTTGAAAGTCAGTTCTTTCTTTCCATCAATGTGGGTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGACACCCTTTGAAAGTCAGTTCTTTCTTTCCATCAATGTGGGTC  643

seq1  CTGGAGATCTAACTCAGGATGTCAGGATTGGCAAGCATCATTTCCAACTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATCTAACTCAGGATGTCAGGATTGGCAAGCATCATTTCCAACTA  693

seq1  AGATCTTTCCCAGCTCTAATATGTATTTTAGACATAGTATCTACCAAATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTTCCCAGCTCTAATATGTATTTTAGACATAGTATCTACCAAATA  743

seq1  GGAACAAAAATAGCCAGTCAAGTCAGGGATGTAGCTCAGTTAGTAGAGTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAAATAGCCAGTCAAGTCAGGGATGTAGCTCAGTTAGTAGAGTC  793

seq1  CTTACCTAATCACACACAAAGTTCTCCGTTCAATCCTCACATCTCAGCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTAATCACACACAAAGTTCTCCGTTCAATCCTCACATCTCAGCCT  843

seq1  CCCCTTTCTGGAATTACAGACAGGTACCATCATCACACCCTGGCTCTAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTCTGGAATTACAGACAGGTACCATCATCACACCCTGGCTCTAAT  893

seq1  ATCTTGGCTGTATCTTATAAAAGTAACTTTCTAAAAGGCGCTGATGAGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGCTGTATCTTATAAAAGTAACTTTCTAAAAGGCGCTGATGAGCT  943

seq1  GGCTTAGAATATTAGATTTAGTGATGGGGTGGGGGTGGATCCCAGAAATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGAATATTAGATTTAGTGATGGGGTGGGGGTGGATCCCAGAAATC  993

seq1  TGTTTGGTCTTACAGACATGAACCTCACAAACTTGAAGACACCGCAGCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTCTTACAGACATGAACCTCACAAACTTGAAGACACCGCAGCTT  1043

seq1  CCTGATCTGCAGCGGACTCCAGGCTAACTTTTTAAGATTCATTTTTAGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCTGCAGCGGACTCCAGGCTAACTTTTTAAGATTCATTTTTAGTT  1093

seq1  TATGTGTGCATGTGCTTATCTGTGTGTGGGTAATGTGCACTTCTAAGTGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGCATGTGCTTATCTGTGTGTGGGTAATGTGCACTTCTAAGTGC  1143

seq1  CGGTGCTCACAGTCCAAAAGAGAGTGGAGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGCTCACAGTCCAAAAGAGAGTGGAGAATTC  1177

seq1: chr1_63035041_63036256
seq2: B6Ng01-070L17.g_66_1260

seq1  GAATTCTAGAAACAAGAGCAGAAAAGAAGAAAATGAACACAGATCAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAACAAGAGCAGAAAAGAAGAAAATGAACACAGATCAGGAA  50

seq1  TCACAGGTGCACAGAGCAAGAAAACCTGGACCAGCCGAGGCAGGCACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTGCACAGAGCAAGAAAACCTGGACCAGCCGAGGCAGGCACAGA  100

seq1  GGGGGACAAACGGTATCAGAGACATCAGGGCCTGCTTGGGTTGTGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGACAAACGGTATCAGAGACATCAGGGCCTGCTTGGGTTGTGTGATG  150

seq1  TGTTCAAGCATTTGGAAGGCCATTAGAAAAAGTTTTATGGAAAAGATCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAGCATTTGGAAGGCCATTAGAAAAAGTTTTATGGAAAAGATCTG  200

seq1  TTGAAGTGATTAGAGTAAAAAAAATACATTGTAGCCAGGCGGTGGTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGATTAGAGTAAAAAAAATACATTGTAGCCAGGCGGTGGTGGTG  250

seq1  CACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAG  300

seq1  TTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTAT  350

seq1  ACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAACTAAATAATGAAGGTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAACTAAATAATGAAGGTATTT  400

seq1  TTCAGAGATAATTATTCAAGAATGGATTTTGATGTGTGTTCCATAGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGATAATTATTCAAGAATGGATTTTGATGTGTGTTCCATAGGAAC  450

seq1  ATCTGAGCATATCCAAGTGTGTCGAAGCAAGGGACATCTTGAAAGTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGCATATCCAAGTGTGTCGAAGCAAGGGACATCTTGAAAGTGTGA  500

seq1  AGTCAGGGGGACTACATGGTCTGTTTCAAGTCCTAACCCTTTTGTTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGGGACTACATGGTCTGTTTCAAGTCCTAACCCTTTTGTTAATA  550

seq1  ACAAGGTTGGCAATGGTCCAGAGTACTGGGGCAGTTGCCCTTACAGACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTTGGCAATGGTCCAGAGTACTGGGGCAGTTGCCCTTACAGACGT  600

seq1  GTCTATGGGATGCTACCATGACATTTGTGCAAGAGTGTCCTGGCAGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGGGATGCTACCATGACATTTGTGCAAGAGTGTCCTGGCAGACTT  650

seq1  TTGTGATCGTTCTCCTCATCAAGTACGTGTGCGTGAGAATCTATCTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCGTTCTCCTCATCAAGTACGTGTGCGTGAGAATCTATCTCTAA  700

seq1  GAACTTCTGATTTTATGATTTTGTCAGAATGAAATATAAATGATCCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCTGATTTTATGATTTTGTCAGAATGAAATATAAATGATCCATTT  750

seq1  TCATTCTAAATGCCTTTCATAACTGGTAGACCCATTCGAAACTATTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTAAATGCCTTTCATAACTGGTAGACCCATTCGAAACTATTTTTT  800

seq1  TAACTTTTAATTAACATAATTGTTATACTTGTTAACTCGAGGAAAAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTAATTAACATAATTGTTATACTTGTTAACTCGAGGAAAAGCAA  850

seq1  GACAATGAACTATTTGACCTAATAATAAGAAGATGTGACTATCACTGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGAACTATTTGACCTAATAATAAGAAGATGTGACTATCACTGTCC  900

seq1  CTGCCCCCCTGGGGAGCTCACCAGGTTGGAAGGGTGAGGAAGAGAAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCCCTGGGGAGCTCACCAGGTTGGAA-GGTGAGGAAGAGAAACAG  949

seq1  AGAAAGTGTGTCAGAGAGAGCTAATCCTAAGAC-TCTCAGAAAGTCCACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGTGTCAGAGAGAGCTAATCCT-AGACTTCTCAGAAAGTCCACA  998

seq1  CCCATGCT-CTCAGGGGTGTCTTTCT-GAGTGCCTCTTGCCCTTAACT-C  1046
      |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCATGCTCCTCA-GGGTGTCTTTCTGGAGTGCCTCTTGCCCTTAACTCC  1047

seq1  TCATGCTTAAAAT-CTAATTTTTAATGTGATTTAATGAAAACCCCAGC-T  1094
      ||||||||||||| ||||  ||| |||||| |||  |||||||||||| |
seq2  TCATGCTTAAAATCCTAA--TTTGATGTGA-TTATGGAAAACCCCAGCTT  1094

seq1  CTGCC-TCAAAAAAAAAAATAATAAAATCTTTTAAGTGAAGTAAATCCTC  1143
      ||||| |||||||||| | ||||      |||||  |||  |  || || 
seq2  CTGCCTTCAAAAAAAATATTAAT------TTTTAGTTGA--TTTATTCTT  1136

seq1  AACTATATTAGAAAGCCAAGAGAGCATATCCAAAATAAACTACTAAATGT  1193
       ||| ||||||  || | |||||||| ||||      || ||||  ||||
seq2  CACT-TATTAG--AGGC-AGAGAGCA-ATCC------AATTACTCTATGT  1175

seq1  GTAATATGACCATATTGCTTAGA  1216
      ||||| ||||   ||||||||||
seq2  GTAAT-TGAC--AATTGCTTAGA  1195