BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071M18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 87,792,538 - 87,967,196
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1
Upstream geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338, Sp110, Sp140, Sp100, A630001G21Rik, Cab39
Downstream geneHtr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik, LOC100040414, Ptma, Pde6d, Cops7b, Nppc, 4930429A22Rik, EG620213, LOC208256
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071M18.bB6Ng01-071M18.g
ACCDH889392DH889393
length1,145839
definitionDH889392|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071M18, 5' end.DH889393|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,966,101 - 87,967,196)(87,792,538 - 87,793,375)
sequence
gaattcacagtaagccaagtaactttccccaattcataccttaagctgtg
gctcttcttcatccagaagagaaataattccagctgtaaaacaaaagaca
tatcacaattaagaaacatacacatgcagatagatactaatccttggtca
aacctaacaatggggctggtgagatggctcagctggtaaagtgcatgagg
cacaggcatggggaccagaagtggatcccagcacccatgtaaaaagaagg
ctccatcctactgcttccaagggagaggcagagacaagcagaggccctgt
ctcaaaaaagatggacagtgatagaagatgactgctatcaacccgtcctg
agtttaatccccagcacctacttaaaagctaggcataatcccatcacaga
agcacaggcagacagccagagctcactggccagctagtctagcccactgg
tgagctcagtgagaccctgcctcaaaaagcaatgtgcagagtaacagagg
aagacatctgacattagtaacctttgccttctacattcactggcacttat
gtgtgcaccagcacacacacgaatgcactatacatacacacaaaacacaa
aacaaggaaaaaaggttttttagtgataacttcattagggaaacagttat
ttttctttaaaactgtagacgttagtggggttagggaaatggccaagcag
gtaagctctggtggagttgggcagagaaagaggatcactgtggcttgctg
gcctgaagcctatatccaggttcagtgagagaccctatctcaggggaatg
agggaggcagacagagaaagacagcacagggagcaggatacccagtgtac
tcctctcgcctccggatgtgtgcaggaacacacacacctgtgcatatacc
acatacatgttctcgtattctctcacacaacagccttttaatgtggggga
acaggtatatgccatagtgcacaggaggtcagaggacaactaatggaagt
tggttgacctttcacccacatgggtcctggggggtcaactcagttattaa
gcttggcaagtgccttacccactgagccatctcactgaccatgtggtggc
gccacggctttattcccagcacttgggaagcccgagcaggcagaa
gaattcattggccaaccaggtggggggggttgaagggtgtctgaagccta
ggtggagagggacaccccatacttgactttgttttgcagtttgaaaagtt
tgccctggggttaagtttccttattacttccaagaaggtccctcctctct
tcttcttagtctggatatgggggcccaggaactgataagtggcagattgt
ctgttggtacccagtgaagatatagaactggaacccagctgcctaaagcc
atgggtctaagggtgatctaaggagccggaaggactaacttgaacaactc
aggaatatcattatcgcccccttaagaaggaagtcccagcagagtcaacg
ttgacagggcacacactagggcagctggctgatggatggtgtcggatagg
agggctgagcccaagggtgaagaaattataatttttctcattagccttgg
aagacttggttatataagtctaggcaataatgtgacagtatacagattaa
cacaaaacacatactaataacgaagaaaccagacagagactatgagcctc
aaaggaccaggcaattgatttttgtgtagtagaagagatcagaggggacg
agaggtgccccagaaacaaaagaggttttattatgcaagcaaaacttccc
cagcaacagccctctaaagaccaatgtctgtcttcgtgggccaagtgctc
aaccttcaatctcttcttctgttgaaaagagttttcctttcatagtttgg
gggtgggggtgggctgcttgcctgcattcctgatatagtttgttatataa
ttttttttagtccccgtggaggatatttttcacactatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_87966101_87967196
seq2: B6Ng01-071M18.b_89_1189 (reverse)

seq1  TTCTGCC----------TCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGT-GCGCCAC  39
      |||||||          ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||
seq2  TTCTGCCTGCTCGGGCTTCCCAAGTGCTGGGAATAAAGCCGTGGCGCCAC  50

seq1  CACATGGGCCAGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAAGGCACTTGGCCCAAGCT  89
      ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||
seq2  CACAT-GGTCAGTGAGATGGCTCAGTGGGT-AAGGCACTTG--CCAAGCT  96

seq1  TAATAACTTGAGTTTGACCCCCAGGACCCATGT-GGTGAAAGGTCAAACC  138
      ||||||| ||||||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TAATAAC-TGAGTTGACCCCCCAGGACCCATGTGGGTGAAAGGTC-AACC  144

seq1  AACTTCCATTAGTTGTCCTCTGACCTCCCTGTGCACTATGGCATATACCT  188
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCATTAGTTGTCCTCTGACCT-CCTGTGCACTATGGCATATACCT  193

seq1  GTTCCCCCACATTAAAAGGCTGTTGTGTGAGAGAATACGAGAACATGTAT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCCCACATTAAAAGGCTGTTGTGTGAGAGAATACGAGAACATGTAT  243

seq1  GTGGTATATGCACAGGTGTGTGTGTTCCTGCACACATCCGGAGGCGAGAG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATATGCACAGGTGTGTGTGTTCCTGCACACATCCGGAGGCGAGAG  293

seq1  GAGTACACTGGGTATCCTGCTCCCTGTGCTGTCTTTCTCTGTCTGCCTCC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACACTGGGTATCCTGCTCCCTGTGCTGTCTTTCTCTGTCTGCCTCC  343

seq1  CTCATTCCCCTGAGATAGGGTCTCTCACTGAACCTGGATATAGGCTTCAG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCCCCTGAGATAGGGTCTCTCACTGAACCTGGATATAGGCTTCAG  393

seq1  GCCAGCAAGCCACAGTGATCCTCTTTCTCTGCCCAACTCCACCAGAGCTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAAGCCACAGTGATCCTCTTTCTCTGCCCAACTCCACCAGAGCTT  443

seq1  ACCTGCTTGGCCATTTCCCTAACCCCACTAACGTCTACAGTTTTAAAGAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTGGCCATTTCCCTAACCCCACTAACGTCTACAGTTTTAAAGAA  493

seq1  AAATAACTGTTTCCCTAATGAAGTTATCACTAAAAAACCTTTTTTCCTTG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTGTTTCCCTAATGAAGTTATCACTAAAAAACCTTTTTTCCTTG  543

seq1  TTTTGTGTTTTGTGTGTATGTATAGTGCATTCGTGTGTGTGCTGGTGCAC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTTTTGTGTGTATGTATAGTGCATTCGTGTGTGTGCTGGTGCAC  593

seq1  ACATAAGTGCCAGTGAATGTAGAAGGCAAAGGTTACTAATGTCAGATGTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTGCCAGTGAATGTAGAAGGCAAAGGTTACTAATGTCAGATGTC  643

seq1  TTCCTCTGTTACTCTGCACATTGCTTTTTGAGGCAGGGTCTCACTGAGCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGTTACTCTGCACATTGCTTTTTGAGGCAGGGTCTCACTGAGCT  693

seq1  CACCAGTGGGCTAGACTAGCTGGCCAGTGAGCTCTGGCTGTCTGCCTGTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTGGGCTAGACTAGCTGGCCAGTGAGCTCTGGCTGTCTGCCTGTG  743

seq1  CTTCTGTGATGGGATTATGCCTAGCTTTTAAGTAGGTGCTGGGGATTAAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGATGGGATTATGCCTAGCTTTTAAGTAGGTGCTGGGGATTAAA  793

seq1  CTCAGGACGGGTTGATAGCAGTCATCTTCTATCACTGTCCATCTTTTTTG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGACGGGTTGATAGCAGTCATCTTCTATCACTGTCCATCTTTTTTG  843

seq1  AGACAGGGCCTCTGCTTGTCTCTGCCTCTCCCTTGGAAGCAGTAGGATGG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGCCTCTGCTTGTCTCTGCCTCTCCCTTGGAAGCAGTAGGATGG  893

seq1  AGCCTTCTTTTTACATGGGTGCTGGGATCCACTTCTGGTCCCCATGCCTG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTTTTTACATGGGTGCTGGGATCCACTTCTGGTCCCCATGCCTG  943

seq1  TGCCTCATGCACTTTACCAGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCATTGTTAGG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCATGCACTTTACCAGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCATTGTTAGG  993

seq1  TTTGACCAAGGATTAGTATCTATCTGCATGTGTATGTTTCTTAATTGTGA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCAAGGATTAGTATCTATCTGCATGTGTATGTTTCTTAATTGTGA  1043

seq1  TATGTCTTTTGTTTTACAGCTGGAATTATTTCTCTTCTGGATGAAGAAGA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTTTGTTTTACAGCTGGAATTATTTCTCTTCTGGATGAAGAAGA  1093

seq1  GCCACAGC  1096
      ||||||||
seq2  GCCACAGC  1101

seq1: chr1_87792538_87793375
seq2: B6Ng01-071M18.g_68_906

seq1  GAATTCATTGGCCAACCAGGTGGGGGGGGTTGAAGGGTGTCTGAAGCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGCCAACCAGGTGGGGGGGGTTGAAGGGTGTCTGAAGCCTA  50

seq1  GGTGGAGAGGGACACCCCATACTTGACTTTGTTTTGCAGTTTGAAAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGAGGGACACCCCATACTTGACTTTGTTTTGCAGTTTGAAAAGTT  100

seq1  TGCCCTGGGGTTAAGTTTCCTTATTACTTCCAAGAAGGTCCCTCCTCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGGGTTAAGTTTCCTTATTACTTCCAAGAAGGTCCCTCCTCTCT  150

seq1  TCTTCTTAGTCTGGATATGGGGGCCCAGGAACTGATAAGTGGCAGATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTAGTCTGGATATGGGGGCCCAGGAACTGATAAGTGGCAGATTGT  200

seq1  CTGTTGGTACCCAGTGAAGATATAGAACTGGAACCCAGCTGCCTAAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTACCCAGTGAAGATATAGAACTGGAACCCAGCTGCCTAAAGCC  250

seq1  ATGGGTCTAAGGGTGATCTAAGGAGCCGGAAGGACTAACTTGAACAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCTAAGGGTGATCTAAGGAGCCGGAAGGACTAACTTGAACAACTC  300

seq1  AGGAATATCATTATCGCCCCCTTAAGAAGGAAGTCCCAGCAGAGTCAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATCATTATCGCCCCCTTAAGAAGGAAGTCCCAGCAGAGTCAACG  350

seq1  TTGACAGGGCACACACTAGGGCAGCTGGCTGATGGATGGTGTCGGATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGGGCACACACTAGGGCAGCTGGCTGATGGATGGTGTCGGATAGG  400

seq1  AGGGCTGAGCCCAAGGGTGAAGAAATTATAATTTTTCTCATTAGCCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGAGCCCAAGGGTGAAGAAATTATAATTTTTCTCATTAGCCTTGG  450

seq1  AAGACTTGGTTATATAAGTCTAGGCAATAATGTGACAGTATACAGATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTGGTTATATAAGTCTAGGCAATAATGTGACAGTATACAGATTAA  500

seq1  CACAAAACACATACTAATAACGAAGAAACCAGACAGAGACTATGAGCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACACATACTAATAACGAAGAAACCAGACAGAGACTATGAGCCTC  550

seq1  AAAGGACCAGGCAATTGATTTTTGTGTAGTAGAAGAGATCAGAGGGGACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACCAGGCAATTGATTTTTGTGTAGTAGAAGAGATCAGAGGGGACG  600

seq1  AGAGGTGCCCCAGAAACAAAAGAGGTTTTATTATGCAAGCAAAACTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGCCCCAGAAACAAAAGAGGTTTTATTATGCAAGCAAAACTTCCC  650

seq1  CAGCAACAGCCCTCTAAAGACCAATGTCTGTCTTCGTGGGCCAAGTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACAGCCCTCTAAAGACCAATGTCTGTCTTCGTGGGCCAAGTGCTC  700

seq1  AACCTTCAATCTCTTCTTCTGTTGAAAAGAGCTTTCC-TTCATAGTTTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AACCTTCAATCTCTTCTTCTGTTGAAAAGAGTTTTCCTTTCATAGTTTGG  750

seq1  GGGTGGGGGT-GGCTGCTTGCCTGCATCCCTGAAATAGCTGTTTATATAA  798
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||||||
seq2  GGGTGGGGGTGGGCTGCTTGCCTGCATTCCTGATATAGTTTGTTATATAA  800

seq1  TTTTTTTTAGTCCCCGT-GAGGATACTTTTTCACCACTATT  838
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTTTTTTTAGTCCCCGTGGAGGATA-TTTTTCA-CACTATT  839