BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072D01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,763,132 - 82,892,567
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTm4sf20, LOC100039491, Hrb
Upstream geneEG665145, Irs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik
Downstream geneA030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072D01.bB6Ng01-072D01.g
ACCDH889675DH889676
length1,1731,110
definitionDH889675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D01, 5' end.DH889676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,891,377 - 82,892,567)(82,763,132 - 82,764,259)
sequence
gaattcaagatctttaaaaaatatttgtaaatacacatacatgcaaattc
tccatatttacaaatttcacaaaattaagaagttgcagagaaattagaag
tagcatggtgaatctgacaagctacatttaaatgcttttccactgtcaca
ttcctgaatatagcagtcctagtagttttaataaattttctacatggcct
tttaaaaaaagttagtcactagaagtctttaagagttcaagatgttctca
actcactactcattacatttaaggccactttggtaaaggcattgcagcaa
gaacacaaaaacaatagcatattttctaagatttattttgttcacctgca
aactgtagcaaaacatgatcagctttattccgcagacaggtgtcctccac
atctttaaagaacttagccgtgtatgaatagaagagctcttgagaaggaa
aaattcaagaatgaataaaaccttccaatttgaatttcccagaagcaatg
cttcaaatgattttaatcattcattccaagctatatgacagcaccttaaa
agtggctcatctatttccccagtaacatttctcacataacaatgtgttaa
agttacaaatactgatatgcacaaatagctaatttctaagaaaaatatgt
acagtactgcagcataatgaatgtgggatctgcaataacttaacattagc
caatttttaacttacatgatgccgctaccttttcctgccaattcacaagt
gaaaagttgttgctgagccctctgttttgcacatattacctggtgtttaa
tacacagtgcaggcattttaaggacttctttcatgtttaaagctaagatc
agtgaaacaagacaacagtgcaagaggcgaagagatgtaatatggtcaca
taaacgttcgttccggtacagagtctaagtaaggctataagaaagggttg
gtggatgagcttcctgttggaagttgtcctgtcggcgcacagtctgtcgg
gaacaaacacaagacaagtcacagatagaaatgattgtcgggatgggatg
agatgagagctttcacacacatgcacggcttgatatgctaaagggactta
gcacttaagaagaacttgtaggtcaataaaaaattcatcttaagactctc
cttctatctagcagttttcctca
gaattcttctttacaaagtgtctgcagaagtgagttgacagatgtcacaa
gggacataactcccctcggaaaaaaaatgtgattcatccttttatgtgaa
gccaaggatcatgaaagtatgcttgccttccgagcactgctgttagcacc
tgtttactagtcgggctaacctccagcttgagggtctgcgtatggagagc
atcagacttctccatgagtttgatgctctaatgacctttggttaatattt
attgagggaagcaagataggcaagacaaggagtccagattctctcaagtg
tttcccaggtgtgtaggcctttgtgtgactcagcttcctggtccttttac
tttgtggattttatctttgacctctgtgagcctgaggcagagattgagga
cgacagtattttaactagctttggcattagataaatctagcactgggttt
cacacccattgtgtgacctggctaacattctcagccttctgttttctggt
atataaagtacaagtgataattgcagcccagatgattgtagagtggaaac
taggcaggatgtacgctaaactaggctttccagcaagatgtcaacaaatg
aatgttctatgcctcctgtcctttctggtctgtttagtctctggctcctt
ggtttctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcccaagagatgtag
atgggtaccatcactacctcgtgctctttactacttgtagcaaagcttta
aaatattctctcctgtgttttcagcaatgcaaattcatatctagagatag
ctgagtttttctaaatggcctgtctcagctggggcactgctaggagtgca
tcttccagatctgaaaattggattctacaaatgtgttctacccagactgg
ctgcatcacaatttctaggagacatgagaacctgactctgatagttcact
tgttagacgcttgaaatctgtgttgtcccaccttgcatcagatttcaaca
ggacaccattcacatcatcagactataagactctggagcttctgggatta
tgttatactcaacaaagttgttgagtcagaactggctagtgcttcctatt
gcgtgataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82891377_82892567
seq2: B6Ng01-072D01.b_44_1216 (reverse)

seq1  TGAGGAGAAACTGCTAGATTTAGGGAAGAGGAGTCCTAAGAATGAAATTT  50
      |||||| ||||||||||||     ||||  ||||| |||| |||||  ||
seq2  TGAGGA-AAACTGCTAGAT----AGAAGGAGAGTCTTAAG-ATGAA--TT  42

seq1  TTTTATTTGAACTTACAAGTTCTTCTTTAAGTGCTAGGTTCCCCTTTAGG  100
      |||||||   || |||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| |
seq2  TTTTATT--GACCTACAAGTTCTTC-TTAAGTGCTAAGT--CCCTTTA-G  86

seq1  CATATTCAAGCCGTGCATGTGTGTGAAAGCTCTCATCTCATCCCATCCCG  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATA-TCAAGCCGTGCATGTGTGTGAAAGCTCTCATCTCATCCCATCCCG  135

seq1  AC-ATCATTTCTATCTGTTGACTTTGTCCTTGTGTTTGTTCCCGACAGAC  199
      || |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATTTCTATCTG-TGAC-TTGT-CTTGTGTTTGTTCCCGACAGAC  182

seq1  TGGTGCGCCGACAGGACAACTTCCAACAGGAAGCTCATCCACCAACCCTT  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GTGCGCCGACAGGACAACTTCCAACAGGAAGCTCATCCACCAACCCTT  231

seq1  TCTTATAGCCTTACTTAGACTCTGTACCGGAACGAACGTTTATGTGACCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAGCCTTACTTAGACTCTGTACCGGAACGAACGTTTATGTGACCA  281

seq1  TATTACATCTCTTCGCCTCTTGCACTGTTGTCTTGTTTCACTGATCTTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACATCTCTTCGCCTCTTGCACTGTTGTCTTGTTTCACTGATCTTAG  331

seq1  CTTTAAACATGAAAGAAGTCCTTAAAATGCCTGCACTGTGTATTAAACAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAACATGAAAGAAGTCCTTAAAATGCCTGCACTGTGTATTAAACAC  381

seq1  CAGGTAATATGTGCAAAACAGAGGGCTCAGCAACAACTTTTCACTTGTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAATATGTGCAAAACAGAGGGCTCAGCAACAACTTTTCACTTGTGA  431

seq1  ATTGGCAGGAAAAGGTAGCGGCATCATGTAAGTTAAAAATTGGCTAATGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAGGAAAAGGTAGCGGCATCATGTAAGTTAAAAATTGGCTAATGT  481

seq1  TAAGTTATTGCAGATCCCACATTCATTATGCTGCAGTACTGTACATATTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTATTGCAGATCCCACATTCATTATGCTGCAGTACTGTACATATTT  531

seq1  TTCTTAGAAATTAGCTATTTGTGCATATCAGTATTTGTAACTTTAACACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGAAATTAGCTATTTGTGCATATCAGTATTTGTAACTTTAACACA  581

seq1  TTGTTATGTGAGAAATGTTACTGGGGAAATAGATGAGCCACTTTTAAGGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATGTGAGAAATGTTACTGGGGAAATAGATGAGCCACTTTTAAGGT  631

seq1  GCTGTCATATAGCTTGGAATGAATGATTAAAATCATTTGAAGCATTGCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATATAGCTTGGAATGAATGATTAAAATCATTTGAAGCATTGCTT  681

seq1  CTGGGAAATTCAAATTGGAAGGTTTTATTCATTCTTGAATTTTTCCTTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAATTCAAATTGGAAGGTTTTATTCATTCTTGAATTTTTCCTTCT  731

seq1  CAAGAGCTCTTCTATTCATACACGGCTAAGTTCTTTAAAGATGTGGAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTCTTCTATTCATACACGGCTAAGTTCTTTAAAGATGTGGAGGA  781

seq1  CACCTGTCTGCGGAATAAAGCTGATCATGTTTTGCTACAGTTTGCAGGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCTGCGGAATAAAGCTGATCATGTTTTGCTACAGTTTGCAGGTG  831

seq1  AACAAAATAAATCTTAGAAAATATGCTATTGTTTTTGTGTTCTTGCTGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATAAATCTTAGAAAATATGCTATTGTTTTTGTGTTCTTGCTGCA  881

seq1  ATGCCTTTACCAAAGTGGCCTTAAATGTAATGAGTAGTGAGTTGAGAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTTACCAAAGTGGCCTTAAATGTAATGAGTAGTGAGTTGAGAACA  931

seq1  TCTTGAACTCTTAAAGACTTCTAGTGACTAACTTTTTTTAAAAGGCCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAACTCTTAAAGACTTCTAGTGACTAACTTTTTTTAAAAGGCCATG  981

seq1  TAGAAAATTTATTAAAACTACTAGGACTGCTATATTCAGGAATGTGACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATTTATTAAAACTACTAGGACTGCTATATTCAGGAATGTGACAG  1031

seq1  TGGAAAAGCATTTAAATGTAGCTTGTCAGATTCACCATGCTACTTCTAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGCATTTAAATGTAGCTTGTCAGATTCACCATGCTACTTCTAAT  1081

seq1  TTCTCTGCAACTTCTTAATTTTGTGAAATTTGTAAATATGGAGAATTTGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCAACTTCTTAATTTTGTGAAATTTGTAAATATGGAGAATTTGC  1131

seq1  ATGTATGTGTATTTACAAATATTTTTTAAAGATCTTGAATTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTATTTACAAATATTTTTTAAAGATCTTGAATTC  1173

seq1: chr1_82763132_82764259
seq2: B6Ng01-072D01.g_64_1173

seq1  GAATTCTTCTTTACAAAGTGTCTGCAGAAGTGAGTTGACAGATGTCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTTACAAAGTGTCTGCAGAAGTGAGTTGACAGATGTCACAA  50

seq1  GGGACATAACTCCCCTCGGAAAAAAAATGTGATTCATCCTTTTATGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATAACTCCCCTCGGAAAAAAAATGTGATTCATCCTTTTATGTGAA  100

seq1  GCCAAGGATCATGAAAGTATGCTTGCCTTCCGAGCACTGCTGTTAGCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGATCATGAAAGTATGCTTGCCTTCCGAGCACTGCTGTTAGCACC  150

seq1  TGTTTACTAGTCGGGCTAACCTCCAGCTTGAGGGTCTGCGTATGGAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTAGTCGGGCTAACCTCCAGCTTGAGGGTCTGCGTATGGAGAGC  200

seq1  ATCAGACTTCTCCATGAGTTTGATGCTCTAATGACCTTTGGTTAATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGACTTCTCCATGAGTTTGATGCTCTAATGACCTTTGGTTAATATTT  250

seq1  ATTGAGGGAAGCAAGATAGGCAAGACAAGGAGTCCAGATTCTCTCAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGGAAGCAAGATAGGCAAGACAAGGAGTCCAGATTCTCTCAAGTG  300

seq1  TTTCCCAGGTGTGTAGGCCTTTGTGTGACTCAGCTTCCTGGTCCTTTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGGTGTGTAGGCCTTTGTGTGACTCAGCTTCCTGGTCCTTTTAC  350

seq1  TTTGTGGATTTTATCTTTGACCTCTGTGAGCCTGAGGCAGAGATTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGATTTTATCTTTGACCTCTGTGAGCCTGAGGCAGAGATTGAGGA  400

seq1  CGACAGTATTTTAACTAGCTTTGGCATTAGATAAATCTAGCACTGGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAGTATTTTAACTAGCTTTGGCATTAGATAAATCTAGCACTGGGTTT  450

seq1  CACACCCATTGTGTGACCTGGCTAACATTCTCAGCCTTCTGTTTTCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCATTGTGTGACCTGGCTAACATTCTCAGCCTTCTGTTTTCTGGT  500

seq1  ATATAAAGTACAAGTGATAATTGCAGCCCAGATGATTGTAGAGTGGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTACAAGTGATAATTGCAGCCCAGATGATTGTAGAGTGGAAAC  550

seq1  TAGGCAGGATGTACGCTAAACTAGGCTTTCCAGCAAGATGTCAACAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGGATGTACGCTAAACTAGGCTTTCCAGCAAGATGTCAACAAATG  600

seq1  AATGTTCTATGCCTCCTGTCCTTTCTGGTCTGTTTAGTCTCTGGCTCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTATGCCTCCTGTCCTTTCTGGTCTGTTTAGTCTCTGGCTCCTT  650

seq1  GGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGAGATGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGAGATGTAG  700

seq1  ATGGGTACCATCACTACCTCGTGCTCTTTACTACTTGTAGCAAAGCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTACCATCACTACCTCGTGCTCTTTACTACTTGTAGCAAAGCTTTA  750

seq1  AAATATTCTCTCCTGTGTTTTCAGCAATGCAAATTCATATCTAGAGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCTCTCCTGTGTTTTCAGCAATGCAAATTCATATCTAGAGATAG  800

seq1  CTGAGTTTTTCTAAATGGCCTGTCTCAGCTGGGGCACTGCTAGGAGTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTTTCTAAATGGCCTGTCTCAGCTGGGGCACTGCTAGGAGTGCA  850

seq1  TCTTCCAGATCTGAAAATTGGATTCTACAAATGTGTTCTACCCAGACTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGATCTGAAAATTGGATTCTACAAATGTGTTCTACCCAGACTGG  900

seq1  CTGCATCACAATTTCTAGGAGACAATGAGAACCTGACTCTGATAGTTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCACAATTTCTAGGAGAC-ATGAGAACCTGACTCTGATAGTTCAC  949

seq1  TGTTAAGAACGCATGAAATCTGTGTTGTCCCACCTTGCATCAGATTTCAA  1000
      |  | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAG-ACGCTTGAAATCTGTGTTGTCCCACCTTGCATCAGATTTCAA  998

seq1  CAAGGAACACCCATTCACCATCATCAGACTATAGAACTCTGAAGCTTTCT  1050
      ||  | ||| ||||||| |||||||||||||||  |||||| ||| ||||
seq2  CA--GGACA-CCATTCA-CATCATCAGACTATAAGACTCTGGAGC-TTCT  1043

seq1  GGGATCTATGTAATACTCAAAACCAAAAGTTGTTGAGGTCAGAAACTGGC  1100
      ||||| ||||| ||||||||     ||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GGGAT-TATGTTATACTCAA----CAAAGTTGTTGA-GTCAG-AACTGGC  1086

seq1  TTAGTTGCTTCCCTATTGCTGTGATAAA  1128
       ||| ||||| |||||||| ||||||||
seq2  -TAG-TGCTT-CCTATTGC-GTGATAAA  1110