BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072H08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 129,585,178 - 129,736,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcmsd, Ccnt2, Ysk4
Upstream geneE030049G20Rik, LOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163
Downstream geneRab3gap1, Zranb3, LOC666778, LOC100042670, EG666784, R3hdm1, LOC667109, LOC100042111, Ubxd2, Lct, Mcm6, Dars, LOC620659, Cxcr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072H08.bB6Ng01-072H08.g
ACCDH889872DH889873
length9451,132
definitionDH889872|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H08, 5' end.DH889873|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,735,901 - 129,736,527)(129,585,178 - 129,586,324)
sequence
gaattctcactccacattcttgtgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctatg
tctgtatgtctctatgtgtaagccataattcaatctccagtggttttgag
gatgctatacatcttactttttaaaagtaattaatttatatgaatgagta
tgtgcctacttgtatgtagtgctcatgggggccaaaagagagccccctct
ggagttacaagtaattgtgagttgctgtggatgctagagaataagcctgg
atgtctgtaatagcagcaagcgttcttaaccaataagccatctctccagc
cccaaaccttgcttcttgaaactaggatctctcactttttcctagaactt
gcttagccagctgggctgactgccccaggggtccccttgtctccaccttc
ccagcactggggctaaaaattcacacctggtttttcttattctattttga
tatttatttactttagttttaactgtatgggtgtttgcctgcatgtatgt
ctgtttactacatgtgtgcctagcaccagtagagtcaaaaagaggagacc
ggatctggaagtgaagtcatagacagttgttagctaccacatacctgcta
ggaatcaaaccacctagttccctggcagagcaatcaatcaaccaaccaat
caatcaatcaatcagtgttcttaaccactgagctacttctccagacaccc
ccaccacacacacacacacacttccttttttaatttcaggttttgggaat
tgatctccgctccttatgtttgcaggaaagcacttggtcaactgagccat
ctggaggtcaagctatttaagggactgagtggtcttcacaaatcccccca
tcacttttcactctgattcctctctcttgctatagtattatggggaaatc
atcttcaacccatgagagtcttccagggcattcagagagcaaaaa
gaattcaaggccagattggtctacacaatgggactgtgcaagaagacaag
aaggagaaaaacataggaaaaacatgtgaaaggggggatggaagaacaag
gggaaagggagaaaagaggaggaagggacggaggaataaaaccttaatga
tcatgttttaatacatggatgagaaaacagactgatacaggaaaggaact
gagaaggatctatttcaaagatggttaggtgtggtacctcctgcctctct
ctgacccccagcacttggggagctaaggcagcaggattgtcacaacttca
atggccgccagggctaaatagtgagagcctgtctcaagtaaagaaattaa
acagataaaataatctatgtagtgggttggcctgatgctgcttgtattgt
aatgctaatttgggcctccaaaactggtagcccctgagagtctgcaacta
agacactaagtgatccccccccccaatttatttctgattggtaaataaag
ataccaacagccaatagttgggcagaagagatatgggtttaggtttcaag
agcttaggagagaggacaaccaaaatgaggagaagagcatgcaggagggt
gaaggagaagctgccatgggttagctgagccagaaaacgtggccctgtgg
gctggtcaattggagttaagaccagcccaggtgaagcatagtaagtagta
ggtaatgattcaagattattgacaggaaagtagattctaatagcatgaag
gctaggtatctgcccagctcttgggctgattaaaggcttattaaaaatat
aaaggctatgtgtggtttttatccaggaactcaataacggaaggcggggg
tagaaacgagatttaattaatttcaacaacaaatctacactctcatttgt
cacaaacaatcacatttaactctttgacacatttttttttcagtctcttg
ccattgcctagaaaagatagctgatttagcttttctaattaagcagatat
gcaaaggagcagtggccctggagggctgcctagagatgggtaaaggggtg
cagccatcttccacccccctcccagtgcagcaccttctccatgagctgct
cagcataagacagtcaagcctgcctagctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_129735901_129736527
seq2: B6Ng01-072H08.b_43_669 (reverse)

seq1  TGCCAGGGAACTAGGTGGTTTGATTCCTAGCAGGTATGTGGTAGCTAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGAACTAGGTGGTTTGATTCCTAGCAGGTATGTGGTAGCTAACA  50

seq1  ACTGTCTATGACTTCACTTCCAGATCCGGTCTCCTCTTTTTGACTCTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTATGACTTCACTTCCAGATCCGGTCTCCTCTTTTTGACTCTACT  100

seq1  GGTGCTAGGCACACATGTAGTAAACAGACATACATGCAGGCAAACACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTAGGCACACATGTAGTAAACAGACATACATGCAGGCAAACACCCA  150

seq1  TACAGTTAAAACTAAAGTAAATAAATATCAAAATAGAATAAGAAAAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTAAAACTAAAGTAAATAAATATCAAAATAGAATAAGAAAAACCA  200

seq1  GGTGTGAATTTTTAGCCCCAGTGCTGGGAAGGTGGAGACAAGGGGACCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAATTTTTAGCCCCAGTGCTGGGAAGGTGGAGACAAGGGGACCCC  250

seq1  TGGGGCAGTCAGCCCAGCTGGCTAAGCAAGTTCTAGGAAAAAGTGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGTCAGCCCAGCTGGCTAAGCAAGTTCTAGGAAAAAGTGAGAGA  300

seq1  TCCTAGTTTCAAGAAGCAAGGTTTGGGGCTGGAGAGATGGCTTATTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTTTCAAGAAGCAAGGTTTGGGGCTGGAGAGATGGCTTATTGGTT  350

seq1  AAGAACGCTTGCTGCTATTACAGACATCCAGGCTTATTCTCTAGCATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACGCTTGCTGCTATTACAGACATCCAGGCTTATTCTCTAGCATCCA  400

seq1  CAGCAACTCACAATTACTTGTAACTCCAGAGGGGGCTCTCTTTTGGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACTCACAATTACTTGTAACTCCAGAGGGGGCTCTCTTTTGGCCCC  450

seq1  CATGAGCACTACATACAAGTAGGCACATACTCATTCATATAAATTAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCACTACATACAAGTAGGCACATACTCATTCATATAAATTAATTA  500

seq1  CTTTTAAAAAGTAAGATGTATAGCATCCTCAAAACCACTGGAGATTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAAAGTAAGATGTATAGCATCCTCAAAACCACTGGAGATTGAAT  550

seq1  TATGGCTTACACATAGAGACATACAGACATAGACAGACAGACACACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTTACACATAGAGACATACAGACATAGACAGACAGACACACACAC  600

seq1  ACACACAAGAATGTGGAGTGAGAATTC  627
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGAATGTGGAGTGAGAATTC  627

seq1: chr1_129585178_129586324
seq2: B6Ng01-072H08.g_66_1197

seq1  GAATTCAAGGCCAGATTGGTCTACACAATGGGACTGTGCAAGAAGACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGATTGGTCTACACAATGGGACTGTGCAAGAAGACAAG  50

seq1  AAGGAGAAAAACATAGGAAAAACATGTGAAAGGGGGGATGGAAGAACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAAAACATAGGAAAAACATGTGAAAGGGGGGATGGAAGAACAAG  100

seq1  GGGAAAGGGAGAAAAGAGGAGGAAGGGACGGAGGAATAAAACCTTAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGGAGAAAAGAGGAGGAAGGGACGGAGGAATAAAACCTTAATGA  150

seq1  TCATGTTTTAATACATGGATGAGAAAACAGACTGATACAGGAAAGGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTTAATACATGGATGAGAAAACAGACTGATACAGGAAAGGAACT  200

seq1  GAGAAGGATCTATTTCAAAGATGGTTAGGTGTGGTACCTCCTGCCTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGATCTATTTCAAAGATGGTTAGGTGTGGTACCTCCTGCCTCTCT  250

seq1  CTGACCCCCAGCACTTGGGGAGCTAAGGCAGCAGGATTGTCACAACTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCCCAGCACTTGGGGAGCTAAGGCAGCAGGATTGTCACAACTTCA  300

seq1  ATGGCCGCCAGGGCTAAATAGTGAGAGCCTGTCTCAAGTAAAGAAATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCGCCAGGGCTAAATAGTGAGAGCCTGTCTCAAGTAAAGAAATTAA  350

seq1  ACAGATAAAATAATCTATGTAGTGGGTTGGCCTGATGCTGCTTGTATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAAAATAATCTATGTAGTGGGTTGGCCTGATGCTGCTTGTATTGT  400

seq1  AATGCTAATTTGGGCCTCCAAAACTGGTAGCCCCTGAGAGTCTGCAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTAATTTGGGCCTCCAAAACTGGTAGCCCCTGAGAGTCTGCAACTA  450

seq1  AGACACTAAGTGATCCCCCCCCCCAATTTATTTCTGATTGGTAAATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTAAGTGATCCCCCCCCCCAATTTATTTCTGATTGGTAAATAAAG  500

seq1  ATACCAACAGCCAATAGTTGGGCAGAAGAGATATGGGTTTAGGTTTCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACAGCCAATAGTTGGGCAGAAGAGATATGGGTTTAGGTTTCAAG  550

seq1  AGCTTAGGAGAGAGGACAACCAAAATGAGGAGAAGAGCATGCAGGAGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGGAGAGAGGACAACCAAAATGAGGAGAAGAGCATGCAGGAGGGT  600

seq1  GAAGGAGAAGCTGCCATGGGTTAGCTGAGCCAGAAAACGTGGCCCTGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAAGCTGCCATGGGTTAGCTGAGCCAGAAAACGTGGCCCTGTGG  650

seq1  GCTGGTCAATTGGAGTTAAGACCAGCCCAGGTGAAGCATAGTAAGTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCAATTGGAGTTAAGACCAGCCCAGGTGAAGCATAGTAAGTAGTA  700

seq1  GGTAATGATTCAAGATTATTGACAGGAAAGTAGATTCTAATAGCATGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGATTCAAGATTATTGACAGGAAAGTAGATTCTAATAGCATGAAG  750

seq1  GCTAGGTATCTGCCCAGCTCTTGGGCTGATT-AAGGCTTATTAAAAATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTATCTGCCCAGCTCTTGGGCTGATTAAAGGCTTATTAAAAATAT  800

seq1  AAAGGCTATGTGTGGTTTTTATCCAGGAACTCAATAACGGAAGGCGGGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTATGTGTGGTTTTTATCCAGGAACTCAATAACGGAAGGCGGGGG  850

seq1  TAGAAACGAGATTTAATTAATTTCAACAACAAATCTACACTCTCATTTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACGAGATTTAATTAATTTCAACAACAAATCTACACTCTCATTTGT  900

seq1  CACAAACAATCACATTTAACTCTTTGACACATTTTTTTTTCAGTCTCTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAATCACATTTAACTCTTTGACACATTTTTTTTTCAGTCTCTTG  950

seq1  CCATTGCCTAGAAAAGATAGCTGATTTAGCTTTTCTAATTTAAGCAGGAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CCATTGCCTAGAAAAGATAGCTGATTTAGCTTTTCTAA-TTAAGCA-GAT  998

seq1  ATGCAAAGGAGGCAGTGGCCCTGGAGGGCTGGCCAGGAGATGGGGTAAAG  1049
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||
seq2  ATGCAAAGGA-GCAGTGGCCCTGGAGGGCT-GCCTAGAGAT-GGGTAAAG  1045

seq1  GGGTGCAGGCCATTCTCCACCCCCTCCCCAGTGCAGGCATCCTTCCTCCC  1099
      ||||||| |||||  |||||||||  ||||||||| ||| |||| |||| 
seq2  GGGTGCA-GCCATCTTCCACCCCCCTCCCAGTGCA-GCA-CCTT-CTCC-  1090

seq1  AGTGATGCTGCTCAGCATAAAGACAGTCAAGGCCTGCCCTAAGCTGGT  1147
        ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||
seq2  -ATGA-GCTGCTCAGCAT-AAGACAGTCAA-GCCTGCC--TAGCTGGT  1132