BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072P05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,745,225 - 61,883,296
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream geneEif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313, LOC100042566
Downstream geneLOC667592, Nrp2, LOC100043070
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072P05.bB6Ng01-072P05.g
ACCDH890222DH890223
length1,1641,077
definitionDH890222|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P05, 5' end.DH890223|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,882,133 - 61,883,296)(61,745,225 - 61,746,307)
sequence
gaattcctgcacaaatctctcccttacatgctttgcaaatctgctacttg
atatgccatatctgttaatgagcttaatgagaggggactgtttgagagac
ccattctcgaatgccacagccacattttgagaataaaatcaataacatag
aaaattcctgcacataattctctgtagcaatattgccacgaacttaaaat
caaaatcagctctgaaaacatcatttacttatacatctcttattagaatc
caaaaataaagtttataccactttttcaaaaggcagatatcgtttcatat
atttcagaaacaaatcagtgtgctgtttgtttgtttgttttaaatcagag
ctttattgaggcaggaaggccacacttctgcctgcaaacctcaaaacttt
taaattgtgattgctttgatacaattatcagatactagatggttttgaaa
ttgctatttcagtcttgtgactcaaaattccaacaacacactgttgtgac
taatcaatcaaaaattaaagtattgataatgaacataatgtgaaacaaat
aactactgaactttaagaaagcaatgcacctatatttcaatagggcaatg
cagaaaacaggaagaaatacaactaatgtcaaagcagtgaccttgcacct
tcagttgtcatattatgtgcctctataatcctgaattcttaacaaccagt
ggttactcttttttataatgcaaaattagttttaaggtaggtaagtaccc
aggactaattaaaataaataaagtggtcaataatatctaggtgttggaag
gttttgatcacataaagtagatcttgactctctgtcccttcccaaataat
cataattactgtatagctactgctctctgtaatatttaataaatatatag
aatagttgataagatatagcacatacaagcatacatatttcaattgagat
tcaacttttttagttcattcatcatgccgaaatgtccagggaatcatcaa
taattagctgtgtgcttcatgagcgttggatggcttatgccaattgtgct
agctaccacaagttcaatgagctataaatggtttacataacgcttggatt
catacttcagtacatcaagtaccactgggatatttcacggtctgtcaagg
gtctcttcagcaag
gaattcacggtgagctagaagaagccgatcatgtgctcactgaggcctgt
ggctgggggacggctctgtctaaagccctgctttcatgtaacagctgcag
aggaaagtatagggatgcatgcttggctcttaccatgcacacggacgccc
atgttacttctgttcccctgtcattagccagatagataaatggtcatact
tgatgtctgtatgggtgaaaaaatacgatcctctcatgctatcagcctca
cagaatcaactatttatgaacaacttctagtggctactgcagatgactcc
tggtctcattaactattcccagaagatgcattttggttaataggtccaca
ctgctataaagtttgcacctgtgggcacctcgttaagttgtaacattcaa
ttcagctgagactatagatcctcttttatggcccatttggaggcatgact
gttcaactagaggagagcaagtcataatcatgcaacgagcagtcacatct
gtgtgactgtgtggttttgttctcagagacagtaatgctctcaaatttct
catcttttcatgtttgtaataatgcaaaaaatacatggctgttgtgtcag
taacatcccatttgtgtaatgtaataaagtaaatgctgagaaggaagaga
tacactatgatactacaccagagctatcactgactgagtgaaaaatagag
gcctgggtgaggagggcactaggattatgacttgagcaaactgagcatgt
tgaataatttaaagtaatagtgatcatagtcaaattgaaagctatccaat
atgcatgtgataatcttcagtgtttcaaagtttaagacagtaaacagaag
gaaacgataaaatacacttcctatatatgaacaattcagctaactcagct
taagaattggggagatctttgtctatggaataatctgtatctagggtcat
gacaagaccataacatttcgagtctaagagctaaagtatagacatctgtg
atggtttgaatgaaaatggccccaaaggttcataagggagtgcactatca
ggagatagcctgttggagtaggtgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61882133_61883296
seq2: B6Ng01-072P05.b_45_1208 (reverse)

seq1  CTTGCTGAAGAAGACACTTGACAAGGACGGTGGAAATAT-CCAGTGGTAC  49
      |||||||||| |||| |||||||  ||| || ||||||| ||||||||||
seq2  CTTGCTGAAG-AGACCCTTGACA--GACCGT-GAAATATCCCAGTGGTAC  46

seq1  TTGATGTACTGAAGTATGAATCCAAGCGTAATGTAAACCATTTATAGCTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTACTGAAGTATGAATCCAAGCGTTATGTAAACCATTTATAGCTC  96

seq1  ATTGAACTTGT-GTAGCTAGCACAATTGGCAT-AGCCATCCAACGCTCAT  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTTGTGGTAGCTAGCACAATTGGCATAAGCCATCCAACGCTCAT  146

seq1  GAAGCACACAGCTAA-TATTGATGATTCCCTGGACATGTCGGCATGATGA  196
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGCACACAGCTAATTATTGATGATTCCCTGGACATTTCGGCATGATGA  196

seq1  ATGAACTATAAAAGTTGAATCTCAATTGAAATATGTATGCTTGTATGTGC  246
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAAAAAAGTTGAATCTCAATTGAAATATGTATGCTTGTATGTGC  246

seq1  TATATCTTATCAACTATTCTATATATTTATTAAATATTACAGAGAGCAGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTATCAACTATTCTATATATTTATTAAATATTACAGAGAGCAGT  296

seq1  AGCTATACAGTAATTATGATTATTTGGGAAGGGACAGAGAGTCAAGATCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATACAGTAATTATGATTATTTGGGAAGGGACAGAGAGTCAAGATCT  346

seq1  ACTTTATGTGATCAAAACCTTCCAACACCTAGATATTATTGACCACTTTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGTGATCAAAACCTTCCAACACCTAGATATTATTGACCACTTTA  396

seq1  TTTATTTTAATTAGTCCTGGGTACTTACCTACCTTAAAACTAATTTTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTAATTAGTCCTGGGTACTTACCTACCTTAAAACTAATTTTGCA  446

seq1  TTATAAAAAAGAGTAACCACTGGTTGTTAAGAATTCAGGATTATAGAGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAAAAGAGTAACCACTGGTTGTTAAGAATTCAGGATTATAGAGGC  496

seq1  ACATAATATGACAACTGAAGGTGCAAGGTCACTGCTTTGACATTAGTTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATATGACAACTGAAGGTGCAAGGTCACTGCTTTGACATTAGTTGT  546

seq1  ATTTCTTCCTGTTTTCTGCATTGCCCTATTGAAATATAGGTGCATTGCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCCTGTTTTCTGCATTGCCCTATTGAAATATAGGTGCATTGCTT  596

seq1  TCTTAAAGTTCAGTAGTTATTTGTTTCACATTATGTTCATTATCAATACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGTTCAGTAGTTATTTGTTTCACATTATGTTCATTATCAATACT  646

seq1  TTAATTTTTGATTGATTAGTCACAACAGTGTGTTGTTGGAATTTTGAGTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTTGATTGATTAGTCACAACAGTGTGTTGTTGGAATTTTGAGTC  696

seq1  ACAAGACTGAAATAGCAATTTCAAAACCATCTAGTATCTGATAATTGTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACTGAAATAGCAATTTCAAAACCATCTAGTATCTGATAATTGTAT  746

seq1  CAAAGCAATCACAATTTAAAAGTTTTGAGGTTTGCAGGCAGAAGTGTGGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAATCACAATTTAAAAGTTTTGAGGTTTGCAGGCAGAAGTGTGGC  796

seq1  CTTCCTGCCTCAATAAAGCTCTGATTTAAAACAAACAAACAAACAGCACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCCTCAATAAAGCTCTGATTTAAAACAAACAAACAAACAGCACA  846

seq1  CTGATTTGTTTCTGAAATATATGAAACGATATCTGCCTTTTGAAAAAGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTGTTTCTGAAATATATGAAACGATATCTGCCTTTTGAAAAAGTG  896

seq1  GTATAAACTTTATTTTTGGATTCTAATAAGAGATGTATAAGTAAATGATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAACTTTATTTTTGGATTCTAATAAGAGATGTATAAGTAAATGATG  946

seq1  TTTTCAGAGCTGATTTTGATTTTAAGTTCGTGGCAATATTGCTACAGAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGAGCTGATTTTGATTTTAAGTTCGTGGCAATATTGCTACAGAGA  996

seq1  ATTATGTGCAGGAATTTTCTATGTTATTGATTTTATTCTCAAAATGTGGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTGCAGGAATTTTCTATGTTATTGATTTTATTCTCAAAATGTGGC  1046

seq1  TGTGGCATTCGAGAATGGGTCTCTCAAACAGTCCCCTCTCATTAAGCTCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATTCGAGAATGGGTCTCTCAAACAGTCCCCTCTCATTAAGCTCA  1096

seq1  TTAACAGATATGGCATATCAAGTAGCAGATTTGCAAAGCATGTAAGGGAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATATGGCATATCAAGTAGCAGATTTGCAAAGCATGTAAGGGAG  1146

seq1  AGATTTGTGCAGGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGTGCAGGAATTC  1164

seq1: chr1_61745225_61746307
seq2: B6Ng01-072P05.g_67_1143

seq1  GAATTCACGGTGAGCTAGAAGAAGCCGATCATGTGCTCACTGAGGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGGTGAGCTAGAAGAAGCCGATCATGTGCTCACTGAGGCCTGT  50

seq1  GGCTGGGGGACGGCTCTGTCTAAAGCCCTGCTTTCATGTAACAGCTGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGGGACGGCTCTGTCTAAAGCCCTGCTTTCATGTAACAGCTGCAG  100

seq1  AGGAAAGTATAGGGATGCATGCTTGGCTCTTACCATGCACACGGACGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTATAGGGATGCATGCTTGGCTCTTACCATGCACACGGACGCCC  150

seq1  ATGTTACTTCTGTTCCCCTGTCATTAGCCAGATAGATAAATGGTCATACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTTCTGTTCCCCTGTCATTAGCCAGATAGATAAATGGTCATACT  200

seq1  TGATGTCTGTATGGGTGAAAAAATACGATCCTCTCATGCTATCAGCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTGTATGGGTGAAAAAATACGATCCTCTCATGCTATCAGCCTCA  250

seq1  CAGAATCAACTATTTATGAACAACTTCTAGTGGCTACTGCAGATGACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCAACTATTTATGAACAACTTCTAGTGGCTACTGCAGATGACTCC  300

seq1  TGGTCTCATTAACTATTCCCAGAAGATGCATTTTGGTTAATAGGTCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCATTAACTATTCCCAGAAGATGCATTTTGGTTAATAGGTCCACA  350

seq1  CTGCTATAAAGTTTGCACCTGTGGGCACCTCGTTAAGTTGTAACATTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATAAAGTTTGCACCTGTGGGCACCTCGTTAAGTTGTAACATTCAA  400

seq1  TTCAGCTGAGACTATAGATCCTCTTTTATGGCCCATTTGGAGGCATGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGAGACTATAGATCCTCTTTTATGGCCCATTTGGAGGCATGACT  450

seq1  GTTCAACTAGAGGAGAGCAAGTCATAATCATGCAACGAGCAGTCACATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACTAGAGGAGAGCAAGTCATAATCATGCAACGAGCAGTCACATCT  500

seq1  GTGTGACTGTGTGGTTTTGTTCTCAGAGACAGTAATGCTCTCAAATTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACTGTGTGGTTTTGTTCTCAGAGACAGTAATGCTCTCAAATTTCT  550

seq1  CATCTTTTCATGTTTGTAATAATGCAAAAAATACATGGCTGTTGTGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTCATGTTTGTAATAATGCAAAAAATACATGGCTGTTGTGTCAG  600

seq1  TAACATCCCATTTGTGTAATGTAATAAAGTAAATGCTGAGAAGGAAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCCCATTTGTGTAATGTAATAAAGTAAATGCTGAGAAGGAAGAGA  650

seq1  TACACTATGATACTACACCAGAGCTATCACTGACTGAGTGAAAAATAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTATGATACTACACCAGAGCTATCACTGACTGAGTGAAAAATAGAG  700

seq1  GCCTGGGTGAGGAGGGCACTAGGATTATGACTTGAGCAAACTGAGCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGTGAGGAGGGCACTAGGATTATGACTTGAGCAAACTGAGCATGT  750

seq1  TGAATAATTTAAAGTAATAGTGATCATAGTCAAATTGAAAGCTATCCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATTTAAAGTAATAGTGATCATAGTCAAATTGAAAGCTATCCAAT  800

seq1  ATGCATGTGATAATCTTCAGTGTTTCAAAGTTTAAGACAGTAAACAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTGATAATCTTCAGTGTTTCAAAGTTTAAGACAGTAAACAGAAG  850

seq1  GAAACGATAAAATACACTTCCTATATATGAACAATTCAGCTAACTCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGATAAAATACACTTCCTATATATGAACAATTCAGCTAACTCAGCT  900

seq1  TAAGAATTGGGGAGATCTTTGTCTTATGGAATAATCTGTATCTAGGGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATTGGGGAGATCTTTGTC-TATGGAATAATCTGTATCTAGGGTCA  949

seq1  TGACAGAACCATAACATTTCGAGTTCTAAGAGCTAAAGTATAGACATCTG  1000
      |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGACCATAACATTTCGAG-TCTAAGAGCTAAAGTATAGACATCTG  998

seq1  TGATGGTTTGAATGAAAATGGCCCCCAAAGGTTCAT-AGGGAGTGGCACT  1049
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TGATGGTTTGAATGAAAATGG-CCCCAAAGGTTCATAAGGGAGT-GCACT  1046

seq1  ATCAGGAGGTATAGCCTTGTTGGAGTAGGTGTGG  1083
      ||||||||  |||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAG--ATAGCC-TGTTGGAGTAGGTGTGG  1077