BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072P14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,624,230 - 51,753,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504, Obfc2a
Downstream geneMyo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072P14.bB6Ng01-072P14.g
ACCDH890240DH890241
length1,1751,102
definitionDH890240|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P14, 5' end.DH890241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072P14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,624,230 - 51,625,418)(51,752,540 - 51,753,639)
sequence
gaattcattttaagatttatctttattgtttcatttattgtatatgcgtg
tgtcgcctgtgttcaagtttgtgtaccttcaaaggccagaagagggtgtt
ggatcccctggagctggagttacagatagttgtgagtcacctgatatggc
tattaaaaaccaaaccccgagcaaagccaggtcctctggaggctcactgt
gtggtccaggaatgcaatcttcttgccttggcctctccattaaaggagca
ataagcatgagccatcaaataccctcaactattaaggcttaaagtaaaac
aagagggtaagaaaggataattcctagatccttttcgagcagtcagttgg
gaaacctccatgggaaaaggcaaatttgcctactgcttgctcactggatg
ctgatcaaatggcacaggtgggacccatccgcagaggccttgctgagcaa
gtgaagcctatcacaagcgagggtgcacaggaactgatttgaaagtgacc
ttcgggaacttcccagatgatgaagatgcctgggtctggactgaccaggc
tgtgtgccacagaactgcacgcttccctcagaatccatgtgtatttatga
tctatatacttcatatacacaatgtgagtcctatatatctatggtaattt
gtattaacaatttatatctttataaactgcacagagaaacctttggaagt
agaaaacagagtcatgtgataatgcacacacagcaagcacttgatagaaa
agctgttgagtagttgtgcaagagcggtcattgcaagagttcattaccaa
gagttcttgcttaaaggaccccttctgccagcccagacacataggcaaat
tcagcagtgtcaccaaaatggaagttccttagccctaggaaaatattttt
agtaatcctctgtacacttttgtgagagtacaataaatcaaaccaacacc
tttcatgattttgccacccgatactattactatatccaaactcaaaaata
taaagtatatttttttgaggaaagtactcttatcctgaaatgcaaagaaa
gatttttttagttgaaagaatgttatagaacagtgacagtgccctctgac
ggctctgtggttgctcatctaatgtacaattcctgtatgtgatggctaat
gtggggagcgcagttcctgtgtgtg
gaattctcacttgattctttacggctgttaaacacaaagaacaaagtggc
cagcaataattgtgtcacatttaaccttgagctttgcagaggcctggatt
gcctgagagtctgagctttggacctgagaatgtggcttggtatagtcctg
acctaacacacacaaacaccaccactgcataaatcagggcgtggtgatgc
tctctatggaggtggaaggattctcagccacacagtgagttaaggccagt
gtgagatacatgagactatctcaaaacacacaaaaatctgggctttggaa
ctgaatggaagtagattaaaacctttgctttagtacatcagggcaacact
gggtccttgtgtctcagtttttttgtttgtttgtttgttttttctgtatg
gttaagttgaaatgacattttgtgtgtaaaggaagtaacaaaaaagtatg
aaataaacatattagtgtaaaatgggctctattcattaatttcctgggtt
ctcatgctccgtgtcattggctttaatcttgagccagtgacctcattatc
cgtgagtgaccctggtgcttaaccttagcactcatagtgctcaggtttaa
gaccagagcatctcagcctcaggtgtataaaaagcccttctgaaactgtg
tgcgaagctttatgaaaggtggagtgaggaggatcaggaatttaaggtca
tcctacataccaaagggctaacctaggttatatgacacccaatctcaaac
aaacaaacaaacaaacaaacagttcttcttacatgagatagacagtacga
gttctgggttggggcttggatagctcagaagaagatagtgtgtaatactc
ccagactgaaatcctgagatatggcccttgaagatgacagtatgaagctc
tacaattctgttttctgccctttcacacagtactactctcccaccatcca
gtcctgacatggacatactacttggggtgtctcctctgcctttctcttcc
tggaatatccttttggcatgcttccacctgctggactccttgaccttggg
tgacttcctcttgcacagcatcatcaagtcttccctgaagtgccatctct
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_51624230_51625418
seq2: B6Ng01-072P14.b_45_1219

seq1  GAATTCATTTTAAGATTTATCTTTATTGTTTCATTTATTGTATATGCGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTAAGATTTATCTTTATTGTTTCATTTATTGTATATGCGTG  50

seq1  TGTCGCCTGTGTTCAAGTTTGTGTACCTTCAAAGGCCAGAAGAGGGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGCCTGTGTTCAAGTTTGTGTACCTTCAAAGGCCAGAAGAGGGTGTT  100

seq1  GGATCCCCTGGAGCTGGAGTTACAGATAGTTGTGAGTCACCTGATATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCCTGGAGCTGGAGTTACAGATAGTTGTGAGTCACCTGATATGGC  150

seq1  TATTAAAAACCAAACCCCGAGCAAAGCCAGGTCCTCTGGAGGCTCACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAACCAAACCCCGAGCAAAGCCAGGTCCTCTGGAGGCTCACTGT  200

seq1  GTGGTCCAGGAATGCAATCTTCTTGCCTTGGCCTCTCCATTAAAGGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCAGGAATGCAATCTTCTTGCCTTGGCCTCTCCATTAAAGGAGCA  250

seq1  ATAAGCATGAGCCATCAAATACCCTCAACTATTAAGGCTTAAAGTAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATGAGCCATCAAATACCCTCAACTATTAAGGCTTAAAGTAAAAC  300

seq1  AAGAGGGTAAGAAAGGATAATTCCTAGATCCTTTTCGAGCAGTCAGTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTAAGAAAGGATAATTCCTAGATCCTTTTCGAGCAGTCAGTTGG  350

seq1  GAAACCTCCATGGGAAAAGGCAAATTTGCCTACTGCTTGCTCACTGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTCCATGGGAAAAGGCAAATTTGCCTACTGCTTGCTCACTGGATG  400

seq1  CTGATCAAATGGCACAGGTGGGACCCATCCGCAGAGGCCTTGCTGAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAAATGGCACAGGTGGGACCCATCCGCAGAGGCCTTGCTGAGCAA  450

seq1  GTGAAGCCTATCACAAGCGAGGGTGCACAGGAACTGATTTGAAAGTGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCCTATCACAAGCGAGGGTGCACAGGAACTGATTTGAAAGTGACC  500

seq1  TTCGGGAACTTCCCAGATGATGAAGATGCCTGGGTCTGGACTGACCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGGAACTTCCCAGATGATGAAGATGCCTGGGTCTGGACTGACCAGGC  550

seq1  TGTGTGCCACAGAACTGCACGCTTCCCTCAGAATCCATGTGTATTTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCCACAGAACTGCACGCTTCCCTCAGAATCCATGTGTATTTATGA  600

seq1  TCTATATACTTCATATACACAATGTGAGTCCTATATATCTATGGTAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATACTTCATATACACAATGTGAGTCCTATATATCTATGGTAATTT  650

seq1  GTATTAACAATTTATATCTTTATAAACTGCACAGAGAAACCTTTGGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAACAATTTATATCTTTATAAACTGCACAGAGAAACCTTTGGAAGT  700

seq1  AGAAAACAGAGTCATGTGATAATGCACACACAGCAAGCACTTGATAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAGAGTCATGTGATAATGCACACACAGCAAGCACTTGATAGAAA  750

seq1  AGCTGTTGAGTAGTTGTGCAAGAGCGGTCATTGCAAGAGTTCATTACCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGAGTAGTTGTGCAAGAGCGGTCATTGCAAGAGTTCATTACCAA  800

seq1  GAGTTCTTGCTTAAAGGACCCCTTCTGCCAGCCCAGACACATAGGCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTTGCTTAAAGGACCCCTTCTGCCAGCCCAGACACATAGGCAAAT  850

seq1  TCAGCAGTGTCACCAAAATGGAAGTTCCTTAGCCCTAGGAAAATATTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTGTCACCAAAATGGAAGTTCCTTAGCCCTAGGAAAATATTTTT  900

seq1  AGTAATCCTCTGTACACTTTTGTGAGAGTACAATAAATCAAACCAACACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCCTCTGTACACTTTTGTGAGAGTACAATAAATCAAACCAACACC  950

seq1  TTTCATGATTTTGCCACCCGATACTATTACTATATCCAAACTCAAAAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGATTTTGCCACCCGATACTATTACTATATCCAAACTCAAAAATA  1000

seq1  TAAAGTAATATTTTTTGAGGAAAGGTACTC-TATCCTGAAATGCAAAGAA  1049
      |||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATATTTTTTTGAGGAAA-GTACTCTTATCCTGAAATGCAAAGAA  1049

seq1  AGATTTTTTTTTAGGTTGAAAAGATG-TATAGACAGGTGACCAGTGCCCT  1098
      ||||||||||    |||||||  ||| ||||||   |||| |||||||||
seq2  AGATTTTTTT---AGTTGAAAGAATGTTATAGAACAGTGA-CAGTGCCCT  1095

seq1  CTGACGGGGCTCTGTGCGTTGGCTCAATTCTATATGTACAATCCCTGTAT  1148
      |||||  ||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||| |||||||
seq2  CTGAC--GGCTCTGTG-GTT-GCTCA--TCTA-ATGTACAATTCCTGTAT  1138

seq1  GTGATGGGGCTTAATGTGGGAGCCGCCTGTCCCTGTGTGTG  1189
      |||||||    |||||||||   || | || ||||||||||
seq2  GTGATGG---CTAATGTGGGGAGCG-CAGTTCCTGTGTGTG  1175

seq1: chr1_51752540_51753639
seq2: B6Ng01-072P14.g_67_1168 (reverse)

seq1  AAAGAGATGGCAC-TCAGGGAAGAC-TGATGATGCTGTGCAAGAGGAGAT  48
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |
seq2  AAAGAGATGGCACTTCAGGGAAGACTTGATGATGCTGTGCAAGAGGAAGT  50

seq1  CACCCAAGGTCAAGGAGTCCAGCAGGTGGAAGCATGCCAAAAGGATATTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAAGGTCAAGGAGTCCAGCAGGTGGAAGCATGCCAAAAGGATATTC  100

seq1  CAGGAAGAGAAAGGCAGAGGAGACACCCCAAGTAGTATGTCCATGTCAGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGAGAAAGGCAGAGGAGACACCCCAAGTAGTATGTCCATGTCAGG  150

seq1  ACTGGATGGTGGGAGAGTAGTACTGTGTGAAAGGGCAGAAAACAGAATTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGGTGGGAGAGTAGTACTGTGTGAAAGGGCAGAAAACAGAATTG  200

seq1  TAGAGCTTCATACTGTCATCTTCAAGGGCCATATCTCAGGATTTCAGTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTTCATACTGTCATCTTCAAGGGCCATATCTCAGGATTTCAGTCT  250

seq1  GGGAGTATTACACACTATCTTCTTCTGAGCTATCCAAGCCCCAACCCAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTATTACACACTATCTTCTTCTGAGCTATCCAAGCCCCAACCCAGA  300

seq1  ACTCGTACTGTCTATCTCATGTAAGAAGAACTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTACTGTCTATCTCATGTAAGAAGAACTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  350

seq1  TTGTTTGAGATTGGGTGTCATATAACCTAGGTTAGCCCTTTGGTATGTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGAGATTGGGTGTCATATAACCTAGGTTAGCCCTTTGGTATGTAG  400

seq1  GATGACCTTAAATTCCTGATCCTCCTCACTCCACCTTTCATAAAGCTTCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTTAAATTCCTGATCCTCCTCACTCCACCTTTCATAAAGCTTCG  450

seq1  CACACAGTTTCAGAAGGGCTTTTTATACACCTGAGGCTGAGATGCTCTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTTTCAGAAGGGCTTTTTATACACCTGAGGCTGAGATGCTCTGG  500

seq1  TCTTAAACCTGAGCACTATGAGTGCTAAGGTTAAGCACCAGGGTCACTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAACCTGAGCACTATGAGTGCTAAGGTTAAGCACCAGGGTCACTCA  550

seq1  CGGATAATGAGGTCACTGGCTCAAGATTAAAGCCAATGACACGGAGCATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATAATGAGGTCACTGGCTCAAGATTAAAGCCAATGACACGGAGCATG  600

seq1  AGAACCCAGGAAATTAATGAATAGAGCCCATTTTACACTAATATGTTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCAGGAAATTAATGAATAGAGCCCATTTTACACTAATATGTTTAT  650

seq1  TTCATACTTTTTTGTTACTTCCTTTACACACAAAATGTCATTTCAACTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACTTTTTTGTTACTTCCTTTACACACAAAATGTCATTTCAACTTA  700

seq1  ACCATACAGAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAACTGAGACACAAGGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAGAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAACTGAGACACAAGGAC  750

seq1  CCAGTGTTGCCCTGATGTACTAAAGCAAAGGTTTTAATCTACTTCCATTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTTGCCCTGATGTACTAAAGCAAAGGTTTTAATCTACTTCCATTC  800

seq1  AGTTCCAAAGCCCAGATTTTTGTGTGTTTTGAGATAGTCTCATGTATCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAAAGCCCAGATTTTTGTGTGTTTTGAGATAGTCTCATGTATCTC  850

seq1  ACACTGGCCTTAACTCACTGTGTGGCTGAGAATCCTTCCACCTCCATAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCCTTAACTCACTGTGTGGCTGAGAATCCTTCCACCTCCATAGA  900

seq1  GAGCATCACCACGCCCTGATTTATGCAGTGGTGGTGTTTGTGTGTGTTAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCACCACGCCCTGATTTATGCAGTGGTGGTGTTTGTGTGTGTTAG  950

seq1  GTCAGGACTATACCAAGCCACATTCTCAGGTCCAAAGCTCAGACTCTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGACTATACCAAGCCACATTCTCAGGTCCAAAGCTCAGACTCTCAG  1000

seq1  GCAATCCAGGCCTCTGCAAAGCTCAAGGTTAAATGTGACACAATTATTGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCAGGCCTCTGCAAAGCTCAAGGTTAAATGTGACACAATTATTGC  1050

seq1  TGGCCACTTTGTTCTTTGTGTTTAACAGCCGTAAAGAATCAAGTGAGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTTTGTTCTTTGTGTTTAACAGCCGTAAAGAATCAAGTGAGAAT  1100

seq1  TC  1100
      ||
seq2  TC  1102