BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073J20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,745,451 - 169,885,773
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a, LOC100039879
Upstream geneLOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream genePbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073J20.bB6Ng01-073J20.g
ACCDH890686DH890687
length1,0271,002
definitionDH890686|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073J20, 5' end.DH890687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,884,741 - 169,885,773)(169,745,451 - 169,746,453)
sequence
gaattcatcagttttcatgggccctgggcacagctaaaatgatctatttc
ttatagactcttgatgtgagttatgatgctcagtatagggtaagtcatat
gatcagtatcagtggaggcctacgaggctgctgagatacccaccctggcc
tataaggaggtccagcacccaacagctgaatgaagagtgttttctgacac
tggagagactgtgcatctccaagctcataacatatgctctgactgagctc
tggctcatctggagaagcaagatcctagacttacacagtgatcctgtcca
tttggggtcttatcacaactgtgtcagattagtcaggtcttaggctagaa
gaacaaggatcatcctgtatagatcaactcaactgaggcagttcttgcat
agtacagcaacaatataaccttttcagccttaagagtgaggagagagatc
ctaccaatttgtttcattaactcaacataaagcacctgtaggaaaactag
catatggacacatgataagatgcaaaggctggcagatgacacagccagaa
ctgaggggaggacaagccatggtcagcatgtgcatgtgggtttatggtgc
tgcctcctgcactgctgtctcttggtgtgaaaacgaacatgaatttatac
tgcttcacaaccataggtcattatgaaactagtaataaaatacaattaga
gcttaatgaaaatttattaagtcctcgtgtgtgttctcttaatgctggag
tagatacagagtttgggtaaacagagatttttatcctcaaggacattttt
attaattcacaaactatttttaagtgccggaatgtgttcaccagaaacac
tttagtgttcaaagaagaacaaactccccgtccctcgagaacttacattc
tatccaaggagagaccaataaatggatcttgaaagtaatggatataaaaa
ttgagtgagtggcttagaggaatagaaatgtggtggggattgatgcttta
atgatgcttttaaaggagtatggggta
gaattctaggtcagtgattctccaagtgtggttcctgacctagcatggtg
gcatccacgttcagttagacgtagaaaaccactggctagtcccagactca
ctcaatccaagctctggggactagcccagccacccgtgttgtccagccct
ccaggtgcttctgaagtatgttcaactttaatgagcactgttctgcagtt
agtgtagggatctagaggttgtagaaacagtatgttttttctctagctga
ggtttcaacagcaaactctgtgctatagaaattctaataagactgggggg
ggggcgaggaatgagttaacaataacggtagaaattgaaagctagttaat
gatgtaaagtgtttctagccatagtgccctaaaataaagaccatcttagt
atacccagtttcactcaaaggtgtactcacatatcctctccaggaggtag
caatcaagttcggtccatatggttatactcagtatattttttaatgtagg
gaaagctcaatctcctggaagaaatgtctgtattattttcacccaatttt
gctttttcatccataaagaacattgtctgttgaaatccctcagtttctaa
gggtagccagctagccaggagtaaggacttccttccttcctgtcagttga
ccctgaagaccgtgtgatctggttgacaccagctggaccagaacccgcat
catttgagcctgttctccagggttgtgatccctctctgcttatttccacc
tgcttctcttcatgtccttccttcttctctgtatccttactacaataatt
ctctatgtattcccatgactttctcctatccttttttgtgctaaaataac
taggtgtgtattggatacaatgacagcacatggttggcataaatagcatt
gtgaaggaaaagatcaaggttgaagttcatgtggcaaaagtgtcattctt
actgaacatcagtgatggaggagctataatcctggcccttcgaagggggc
cg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169884741_169885773
seq2: B6Ng01-073J20.b_44_1070 (reverse)

seq1  TACCCCAATACTTCCTTTAAAAGCATCATTTAAAAGCATCAATCCCAACC  50
      |||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||
seq2  TACCCC-ATAC-TCCTTTAAAAGCATCATT--AAAGCATCAATCCCCACC  46

seq1  ACATATCTATTCCTCTAAGCCACTCACTCAATTTTTATATCCATTACTTT  100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACATTTCTATTCCTCTAAGCCACTCACTCAATTTTTATATCCATTAC-TT  95

seq1  TCAAGATTCCATTTATTGGTCTCTCCTTGGATAGAATGTAAGTTCTCGAG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGA-TCCATTTATTGGTCTCTCCTTGGATAGAATGTAAGTTCTCGAG  144

seq1  GGACGGGGAGTTTGTTCTTCTTTGAACACTAAAGTGTTTCTGGTGAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGGGAGTTTGTTCTTCTTTGAACACTAAAGTGTTTCTGGTGAACAC  194

seq1  ATTCCGGCACTTAAAAATAGTTTGTGAATTAATAAAAATGTCCTTGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGGCACTTAAAAATAGTTTGTGAATTAATAAAAATGTCCTTGAGGA  244

seq1  TAAAAATCTCTGTTTACCCAAACTCTGTATCTACTCCAGCATTAAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATCTCTGTTTACCCAAACTCTGTATCTACTCCAGCATTAAGAGAA  294

seq1  CACACACGAGGACTTAATAAATTTTCATTAAGCTCTAATTGTATTTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACGAGGACTTAATAAATTTTCATTAAGCTCTAATTGTATTTTATT  344

seq1  ACTAGTTTCATAATGACCTATGGTTGTGAAGCAGTATAAATTCATGTTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTTCATAATGACCTATGGTTGTGAAGCAGTATAAATTCATGTTCG  394

seq1  TTTTCACACCAAGAGACAGCAGTGCAGGAGGCAGCACCATAAACCCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACACCAAGAGACAGCAGTGCAGGAGGCAGCACCATAAACCCACAT  444

seq1  GCACATGCTGACCATGGCTTGTCCTCCCCTCAGTTCTGGCTGTGTCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGCTGACCATGGCTTGTCCTCCCCTCAGTTCTGGCTGTGTCATCT  494

seq1  GCCAGCCTTTGCATCTTATCATGTGTCCATATGCTAGTTTTCCTACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTTTGCATCTTATCATGTGTCCATATGCTAGTTTTCCTACAGGT  544

seq1  GCTTTATGTTGAGTTAATGAAACAAATTGGTAGGATCTCTCTCCTCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATGTTGAGTTAATGAAACAAATTGGTAGGATCTCTCTCCTCACTC  594

seq1  TTAAGGCTGAAAAGGTTATATTGTTGCTGTACTATGCAAGAACTGCCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCTGAAAAGGTTATATTGTTGCTGTACTATGCAAGAACTGCCTCA  644

seq1  GTTGAGTTGATCTATACAGGATGATCCTTGTTCTTCTAGCCTAAGACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTTGATCTATACAGGATGATCCTTGTTCTTCTAGCCTAAGACCTG  694

seq1  ACTAATCTGACACAGTTGTGATAAGACCCCAAATGGACAGGATCACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATCTGACACAGTTGTGATAAGACCCCAAATGGACAGGATCACTGTG  744

seq1  TAAGTCTAGGATCTTGCTTCTCCAGATGAGCCAGAGCTCAGTCAGAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTAGGATCTTGCTTCTCCAGATGAGCCAGAGCTCAGTCAGAGCAT  794

seq1  ATGTTATGAGCTTGGAGATGCACAGTCTCTCCAGTGTCAGAAAACACTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGAGCTTGGAGATGCACAGTCTCTCCAGTGTCAGAAAACACTCT  844

seq1  TCATTCAGCTGTTGGGTGCTGGACCTCCTTATAGGCCAGGGTGGGTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAGCTGTTGGGTGCTGGACCTCCTTATAGGCCAGGGTGGGTATCT  894

seq1  CAGCAGCCTCGTAGGCCTCCACTGATACTGATCATATGACTTACCCTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCTCGTAGGCCTCCACTGATACTGATCATATGACTTACCCTATA  944

seq1  CTGAGCATCATAACTCACATCAAGAGTCTATAAGAAATAGATCATTTTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATCATAACTCACATCAAGAGTCTATAAGAAATAGATCATTTTAG  994

seq1  CTGTGCCCAGGGCCCATGAAAACTGATGAATTC  1033
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCAGGGCCCATGAAAACTGATGAATTC  1027

seq1: chr1_169745451_169746453
seq2: B6Ng01-073J20.g_70_1071

seq1  GAATTCTAGGTCAGTGATTCTCCAAGTGTGGTTCCTGACCTAGCATGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTCAGTGATTCTCCAAGTGTGGTTCCTGACCTAGCATGGTG  50

seq1  GCATCCACGTTCAGTTAGACGTAGAAAACCACTGGCTAGTCCCAGACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACGTTCAGTTAGACGTAGAAAACCACTGGCTAGTCCCAGACTCA  100

seq1  CTCAATCCAAGCTCTGGGGACTAGCCCAGCCACCCGTGTTGTCCAGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCCAAGCTCTGGGGACTAGCCCAGCCACCCGTGTTGTCCAGCCCT  150

seq1  CCAGGTGCTTCTGAAGTATGTTCAACTTTAATGAGCACTGTTCTGCAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCTTCTGAAGTATGTTCAACTTTAATGAGCACTGTTCTGCAGTT  200

seq1  AGTGTAGGGATCTAGAGGTTGTAGAAACAGTATGTTTTTTCTCTAGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGGGATCTAGAGGTTGTAGAAACAGTATGTTTTTTCTCTAGCTGA  250

seq1  GGTTTCAACAGCAAACTCTGTGCTATAGAAATTCTAATAAGACTGGGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAACAGCAAACTCTGTGCTATAGAAATTCTAATAAGACTGGGGGG  300

seq1  GGGGCGAGGAATGAGTTAACAATAACGGTAGAAATTGAAAGCTAGTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGAGGAATGAGTTAACAATAACGGTAGAAATTGAAAGCTAGTTAAT  350

seq1  GATGTAAAGTGTTTCTAGCCATAGTGCCCTAAAATAAAGACCATCTTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAAGTGTTTCTAGCCATAGTGCCCTAAAATAAAGACCATCTTAGT  400

seq1  ATACCCAGTTTCACTCAAAGGTGTACTCACATATCCTCTCCAGGAGGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAGTTTCACTCAAAGGTGTACTCACATATCCTCTCCAGGAGGTAG  450

seq1  CAATCAAGTTCGGTCCATATGGTTATACTCAGTATATTTTTTAATGTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGTTCGGTCCATATGGTTATACTCAGTATATTTTTTAATGTAGG  500

seq1  GAAAGCTCAATCTCCTGGAAGAAATGTCTGTATTATTTTCACCCAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCAATCTCCTGGAAGAAATGTCTGTATTATTTTCACCCAATTTT  550

seq1  GCTTTTTCATCCATAAAGAACATTGTCTGTTGAAATCCCTCAGTTTCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTCATCCATAAAGAACATTGTCTGTTGAAATCCCTCAGTTTCTAA  600

seq1  GGGTAGCCAGCTAGCCAGGAGTAAGGACTTCCTTCCTTCCTGTCAGTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGCCAGCTAGCCAGGAGTAAGGACTTCCTTCCTTCCTGTCAGTTGA  650

seq1  CCCTGAAGACCGTGTGATCTGGTTGACACCAGCTGGACCAGAACCCGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAGACCGTGTGATCTGGTTGACACCAGCTGGACCAGAACCCGCAT  700

seq1  CA-TTGAGCCTGTTCTCCAGGGTTGTGATCCCTCTCTGCTTATTTCCACC  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGCCTGTTCTCCAGGGTTGTGATCCCTCTCTGCTTATTTCCACC  750

seq1  TGCTTCTCTTCATGTCCTTCCTTCTTCTCTGTATCCTTACTACAATAATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTCTTCATGTCCTTCCTTCTTCTCTGTATCCTTACTACAATAATT  800

seq1  CTCTATTGTATTCCCATGACTTTCTCCTATCCTTTTTTGTGCTAAAATAA  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTA-TGTATTCCCATGACTTTCTCCTATCCTTTTTTGTGCTAAAATAA  849

seq1  CTAGGTGTGTATT-GATACAATGACAGCACATGGTTGGCATAAATAGCAA  898
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTAGGTGTGTATTGGATACAATGACAGCACATGGTTGGCATAAATAGCAT  899

seq1  TGTGAAGG-AAAGATCAAGGTTGAAGTTCATGTGGCAGAAGTGTCATCTT  947
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |
seq2  TGTGAAGGAAAAGATCAAGGTTGAAGTTCATGTGGCAAAAGTGTCATTCT  949

seq1  TACTGAGCATCAGTGATGGAGGTAGCTAATAAATCCTTGCCCTTCGAAGG  997
      |||||| ||||||||||||||| |||||   |||||| ||||||||||||
seq2  TACTGAACATCAGTGATGGAGG-AGCTA--TAATCCTGGCCCTTCGAAGG  996

seq1  TGGCCG  1003
       |||||
seq2  GGGCCG  1002