BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075A20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 161,628,266 - 161,785,419
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnr
Upstream genePappa2, 4930562F17Rik, EG240853, LOC664972, Rfwd2, EG620484
Downstream gene4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn, Mrps14, Cacybp, Rabgap1l, Gpr52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075A20.bB6Ng01-075A20.g
ACCDH891721DH891722
length1,0861,096
definitionDH891721|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A20, 5' end.DH891722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,628,266 - 161,629,361)(161,784,325 - 161,785,419)
sequence
gaattccagttgccttctgttagaagaggcacttaaattacccaagcctt
gctccacaggctcagactccaagtccaagacaaatctgttgagcacttag
gatcactgactgcatgaggagcttgggaatgtaaatgtatctgaattggg
cttttcttaatgatagtagagaccacagacagaaaacatgggagacactg
ggcttataaaatcttaatcgcactttctcagtatgagatgaaaatgacca
gaaaaatttatttagagactgagaaaataaatacacctatgtagtctgta
agggatgagcagctagcacattgtgaagctctatggcctatgactactat
tagatacatcaaaatataatatggccctttgttctcctttgtcaaggaaa
tttgtagatagtaggttattagccttcttgttactcatctgctaacgatg
acaggaaatcatgattttttttctcgtttttctgggaggaatccccagct
cggctattctattctaatagttttgccaatggatcatactcactgaaaaa
cagaaaacatatcaagggactaacaccttagaaatctccaaacaaggaat
tcagtaccgtaccattatgcagaggaagccatgattgagaagtctgtttt
aatgtggaaataaatgaataatggattgttccaattggtttctttcccta
gataaatcctcaacagtttgcagcccaggttttatcgactttcaggtcta
aatgcaacatttccatggcttctacagcttactcctctaaacaacaggtt
ctaatttaagtttaagctaaggagtatgaaatttagtgagccttttgaat
actacaagaccgtacccaccaatcaggagccaaaagcttatggaggctgc
aaatccccttacattcatgaatcaaattttcttctaattgtgatgtcttt
tgctctgtgtgtgtgagaggaggacagaagatgggagaggggcccgcatg
ggtgacagttgtgtggcttcccacagctgctgtgagaacttctcatcctc
atagtaaacaagacccattgttctggaggaggtgga
gaattccagggaaccttgtccatccactcttaggtagcattcaacagctc
actcaccagttcctgagctgaccactgtcatggggtgaacgttcacaagg
gactctaggtgtttctcattaaaacaaaaccaaacaaaaaccatttgctg
gtctcagcatttatgtcaaaagactactcattgtatatttgatgacagcg
attttattttgcaactgtggtttagcatctcaaaagaggtttagagaatt
caaaaagttagtgggtgaccagggtactcattcttactctgctcttaatg
gactgttggttctgggaaaaacctgtgtctgactgctgcttttcaaatct
gtaaaacaagaggttcaacgtagcttcctctccactccccgaagcttatt
ttaagtactaggactcaagaggttttgttgtattatctttgcatgggcag
aggacaaggaagaaagactcattggtataccataagcagagaccaaggct
agaagtcaactgtaatggccttgctgtcaactagtcaattgtactgatgc
tgccatagagggggcctcataatgaaatccacaaggtgtgcagctactct
ccatatcctgctaaagaaaaatagtggcctacaaggaagtctactttgtg
gctcttgatgttttcacctttctgccccttctgccccttcttgctctgca
ctcctgggagctgtcttgcacgcacctggccagaaatgtcaaacagtgag
taaataggccccactcctatgtgctcttcacaaagagctagtaaagtagc
actttagataatggcccacatccctttctggaacagacccatggcacttg
gttttaaaggcaggcattaagaggagtacctcctgcactgagaggtggct
ccagggttgctatagaaacagatagagattatgcaactgtccttcctcat
ggactttgaagcagtaaagaaaatctatctgggtttgctgaagtcttccc
caagcagggcagagcccttctgtcagaaggtagcaggatgcaaaggtttg
cacttgacccagatttagctgtatgaataagctgctgaatctgtcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_161628266_161629361
seq2: B6Ng01-075A20.b_44_1129

seq1  GAATTCCAGTTGCCTTCTGTTAGAAGAGGCACTTAAATTACCCAAGCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTGCCTTCTGTTAGAAGAGGCACTTAAATTACCCAAGCCTT  50

seq1  GCTCCACAGGCTCAGACTCCAAGTCCAAGACAAATCTGTTGAGCACTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAGGCTCAGACTCCAAGTCCAAGACAAATCTGTTGAGCACTTAG  100

seq1  GATCACTGACTGCATGAGGAGCTTGGGAATGTAAATGTATCTGAATTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTGACTGCATGAGGAGCTTGGGAATGTAAATGTATCTGAATTGGG  150

seq1  CTTTTCTTAATGATAGTAGAGACCACAGACAGAAAACATGGGAGACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTAATGATAGTAGAGACCACAGACAGAAAACATGGGAGACACTG  200

seq1  GGCTTATAAAATCTTAATCGCACTTTCTCAGTATGAGATGAAAATGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATAAAATCTTAATCGCACTTTCTCAGTATGAGATGAAAATGACCA  250

seq1  GAAAAATTTATTTAGAGACTGAGAAAATAAATACACCTATGTAGTCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTTATTTAGAGACTGAGAAAATAAATACACCTATGTAGTCTGTA  300

seq1  AGGGATGAGCAGCTAGCACATTGTGAAGCTCTATGGCCTATGACTACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGAGCAGCTAGCACATTGTGAAGCTCTATGGCCTATGACTACTAT  350

seq1  TAGATACATCAAAATATAATATGGCCCTTTGTTCTCCTTTGTCAAGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACATCAAAATATAATATGGCCCTTTGTTCTCCTTTGTCAAGGAAA  400

seq1  TTTGTAGATAGTAGGTTATTAGCCTTCTTGTTACTCATCTGCTAACGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGATAGTAGGTTATTAGCCTTCTTGTTACTCATCTGCTAACGATG  450

seq1  ACAGGAAATCATGATTTTTTTTCTCGTTTTTCTGGGAGGAATCCCCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAATCATGATTTTTTTTCTCGTTTTTCTGGGAGGAATCCCCAGCT  500

seq1  CGGCTATTCTATTCTAATAGTTTTGCCAATGGATCATACTCACTGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTATTCTATTCTAATAGTTTTGCCAATGGATCATACTCACTGAAAAA  550

seq1  CAGAAAACATATCAAGGGACTAACACCTTAGAAATCTCCAAACAAGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACATATCAAGGGACTAACACCTTAGAAATCTCCAAACAAGGAAT  600

seq1  TCAGTACCGTACCATTATGCAGAGGAAGCCATGATTGAGAAGTCTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTACCGTACCATTATGCAGAGGAAGCCATGATTGAGAAGTCTGTTTT  650

seq1  AATGTGGAAATAAATGAATAATGGATTGTTCCAATTGGTTTCTTTCCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGAAATAAATGAATAATGGATTGTTCCAATTGGTTTCTTTCCCTA  700

seq1  GATAAATCCTCAACAGTTTGCAGCCCAGGTTTTATCGACTTTCAGGTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCCTCAACAGTTTGCAGCCCAGGTTTTATCGACTTTCAGGTCTA  750

seq1  AATGCAACATTTCCATGGCTTCTACAGCTTACTCCTCTAAACAACAGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAACATTTCCATGGCTTCTACAGCTTACTCCTCTAAACAACAGGTT  800

seq1  CTAATTTAAGTTTAAGCTAAGGAGTATGAAATTTAGTGAGCCTTTTGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAAGTTTAAGCTAAGGAGTATGAAATTTAGTGAGCCTTTTGAAT  850

seq1  ACTACAAGACCGTACCCACCAATCAGGGAGCCAAAAGCTTATGGAGGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAGACCGTACCCACCAATCA-GGAGCCAAAAGCTTATGGAGGCTG  899

seq1  CAAATCCCCTTACATTCATGAATCAAATTTTCTTCTAATTGTGATGTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCCTTACATTCATGAATCAAATTTTCTTCTAATTGTGATGTCTT  949

seq1  TTGCTTCTGTGTGTGTGAGAGGAGGACAGAAGATGGGAGGAGGGGCCCGG  1000
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  TTGC-TCTGTGTGTGTGAGAGGAGGACAGAAGATGGGA-GAGGGGCCC-G  996

seq1  CATGGGTGACAGTTGTGTGGCTTCCCAACAGCCTGCCTGTTGAGAACTCC  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||| |
seq2  CATGGGTGACAGTTGTGTGGCTTCCC-ACAG-CTG-CTG-TGAGAACTTC  1042

seq1  TCATCCCTCATAAGTAAACAAGACCCCATTGTTCT-GAGGAGGTGGA  1096
      |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAT-CCTCAT-AGTAAACAAGA-CCCATTGTTCTGGAGGAGGTGGA  1086

seq1: chr1_161784325_161785419
seq2: B6Ng01-075A20.g_67_1162 (reverse)

seq1  CGACAAGATTCAGCAGC-TACTCATACAGCTAAATCTGGGTCAAGTGCAA  49
      |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAC-AGATTCAGCAGCTTATTCATACAGCTAAATCTGGGTCAAGTGCAA  49

seq1  ACC-TTGCATCCCTGCTACC-TCTGACAGAAGGGCTCTGCCCTGCTTGGG  97
      ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGCAT-CCTGCTACCTTCTGACAGAAGGGCTCTGCCCTGCTTGGG  98

seq1  GAAGACTTCAGCAAACCCAGATAGATTTTCTTTACTGCTTCAAAGTCCAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTTCAGCAAACCCAGATAGATTTTCTTTACTGCTTCAAAGTCCAT  148

seq1  GAGGAAGGACAGTTGCATAATCTCTATCTGTTTCTATAGCAACCCTGGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGACAGTTGCATAATCTCTATCTGTTTCTATAGCAACCCTGGAG  198

seq1  CCACCTCTCAGTGCAGGAGGTACTCCTCTTAATGCCTGCCTTTAAAACCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCTCAGTGCAGGAGGTACTCCTCTTAATGCCTGCCTTTAAAACCA  248

seq1  AGTGCCATGGGTCTGTTCCAGAAAGGGATGTGGGCCATTATCTAAAGTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCATGGGTCTGTTCCAGAAAGGGATGTGGGCCATTATCTAAAGTGC  298

seq1  TACTTTACTAGCTCTTTGTGAAGAGCACATAGGAGTGGGGCCTATTTACT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTACTAGCTCTTTGTGAAGAGCACATAGGAGTGGGGCCTATTTACT  348

seq1  CACTGTTTGACATTTCTGGCCAGGTGCGTGCAAGACAGCTCCCAGGAGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTTGACATTTCTGGCCAGGTGCGTGCAAGACAGCTCCCAGGAGTG  398

seq1  CAGAGCAAGAAGGGGCAGAAGGGGCAGAAAGGTGAAAACATCAAGAGCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAGAAGGGGCAGAAGGGGCAGAAAGGTGAAAACATCAAGAGCCA  448

seq1  CAAAGTAGACTTCCTTGTAGGCCACTATTTTTCTTTAGCAGGATATGGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAGACTTCCTTGTAGGCCACTATTTTTCTTTAGCAGGATATGGAG  498

seq1  AGTAGCTGCACACCTTGTGGATTTCATTATGAGGCCCCCTCTATGGCAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTGCACACCTTGTGGATTTCATTATGAGGCCCCCTCTATGGCAGC  548

seq1  ATCAGTACAATTGACTAGTTGACAGCAAGGCCATTACAGTTGACTTCTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTACAATTGACTAGTTGACAGCAAGGCCATTACAGTTGACTTCTAG  598

seq1  CCTTGGTCTCTGCTTATGGTATACCAATGAGTCTTTCTTCCTTGTCCTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTCTCTGCTTATGGTATACCAATGAGTCTTTCTTCCTTGTCCTCT  648

seq1  GCCCATGCAAAGATAATACAACAAAACCTCTTGAGTCCTAGTACTTAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGCAAAGATAATACAACAAAACCTCTTGAGTCCTAGTACTTAAAA  698

seq1  TAAGCTTCGGGGAGTGGAGAGGAAGCTACGTTGAACCTCTTGTTTTACAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTCGGGGAGTGGAGAGGAAGCTACGTTGAACCTCTTGTTTTACAG  748

seq1  ATTTGAAAAGCAGCAGTCAGACACAGGTTTTTCCCAGAACCAACAGTCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAAAGCAGCAGTCAGACACAGGTTTTTCCCAGAACCAACAGTCCA  798

seq1  TTAAGAGCAGAGTAAGAATGAGTACCCTGGTCACCCACTAACTTTTTGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCAGAGTAAGAATGAGTACCCTGGTCACCCACTAACTTTTTGAA  848

seq1  TTCTCTAAACCTCTTTTGAGATGCTAAACCACAGTTGCAAAATAAAATCG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAAACCTCTTTTGAGATGCTAAACCACAGTTGCAAAATAAAATCG  898

seq1  CTGTCATCAAATATACAATGAGTAGTCTTTTGACATAAATGCTGAGACCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCAAATATACAATGAGTAGTCTTTTGACATAAATGCTGAGACCA  948

seq1  GCAAATGGTTTTTGTTTGGTTTTGTTTTAATGAGAAACACCTAGAGTCCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGTTTTTGTTTGGTTTTGTTTTAATGAGAAACACCTAGAGTCCC  998

seq1  TTGTGAACGTTCACCCCATGACAGTGGTCAGCTCAGGAACTGGTGAGTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACGTTCACCCCATGACAGTGGTCAGCTCAGGAACTGGTGAGTGA  1048

seq1  GCTGTTGAATGCTACCTAAGAGTGGATGGACAAGGTTCCCTGGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGAATGCTACCTAAGAGTGGATGGACAAGGTTCCCTGGAATTC  1096