BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075K24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 142,737,856 - 142,838,955
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC026782, LOC545399, EG545367, Cfh, Kcnt2
Downstream geneEG226472
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075K24.bB6Ng01-075K24.g
ACCDH892177DH892178
length1,0551,097
definitionDH892177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075K24, 5' end.DH892178|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,837,903 - 142,838,955)(142,737,856 - 142,738,939)
sequence
gaattctcttaaccaacatttcctttttagtgctgggaagatcctttgtt
gggtaaagcaacttacatgtaagtcagcatacctaaatttggatgctctt
ccctatgtaataggcaaacacaaaagtaccagtggttataatcccagcac
attactaaatgatagcagtcaagctcagcgaatctgtagaaaatgtcatg
gcagttaacctggataatgttgccatgtggaaaagcagccttcagtccct
gaaggttgtcctcgatctccacaaaaacccgaggcagagtacagattcac
ttgaacgtggaagaaaaagacctctaatctgggaacctgccctgtcagac
tttctttttcatccatgaccaagtgctctcctttcttcagttttgctctt
agttgagcaataatttctctttccactatgagattatgttgttctaagta
actgtcacttttttatcccactgtcctattgaaaaatttaaatgactaat
attaattttcattcaaatttataagttatttttccctgtacatatgaaaa
agtaagtgacaaagaaagaaggagagaaggggagagaagaaagacagact
gatttaaagacctcagctcatacattgctatagaaccagtctgaaacctg
taaaacaggtggaaggagggaagcacagcaaggggggcttctgtcctcat
gatacatggatgtcttcatctttaataaaactgtgtttactactcactct
tactaattgtatttcactccccatacttaaagtcactcatgttaatcata
tatacagcaccctccttacccctcctcacccctcctcacagctcctcacc
tctcctcacaccttcctcacccctcctcacccctcctcacaccttcctca
cacctcctcacccctcctcatagctcctcacatctcctcacccctcctca
caatctcctcacctctcctcacccctccttgcacctcctcacactcctca
cccctcctcacatctccctcacttctcctcacacctcctcacccctccta
ccctc
gaattccctctggtatgttcatgaagatgaaggaacattctaaactatga
tttgttccaagatacacagctaccagacaccatggtcttcatttttgtct
tttctgaagtcctgtgccgtcctgtccttccgtaagttcacatagttaat
cctcttcagatcatttacttttacttgcctcccataagtgctgggttatc
tcagctaacttttaaattctttcttacttttatgtgttgtagaaatttat
tccatttgaaaaattgctaaaagtagagagtggctctaactctaggcatt
tccaacctcagacagaggatacgactcattgcaccaaccttgccccttct
cactttcagagacttttttagtcttccattgcagcttggggtataatagg
aaaataagctcagttgtgagcaatcattctagccttgtggctaagtaatg
tttttcatcaccagtgctgaactatctgatattcaagctctgatattaac
taaatctatagttttggaacattttaaaaatataacatactgtttctttt
atttttttactggttctagaacaaccctgatgtttgtcataaaggcaata
ttgagaatactgggttggagggatggttcaaagcttattgccaaagtcga
caacctaagttttattccaattaagcacacagtataagagaactgattca
aacaagctgaacaccaagctctgaattagatactgcccataaataagtgt
tgtaatcatatatatatatatatatatatgtatatatattcacatataca
cacatatacatatacatatatatacacatatacatatgtgtgtaaaaagt
gtacctactatacatatataatctcataatctcatatatacatataaagg
tcatgtgtatatatgtatatatatatatgttatatagacagacaaaggaa
gatatatagagagagacaagaggaagaacaaacaggaatcagacagacag
acgacagacaattatcagagtctaatggttgaccaattagcattagccaa
aacagaatgggcttaatttaaacaattcaaacccatcctttaactat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_142837903_142838955
seq2: B6Ng01-075K24.b_43_1097 (reverse)

seq1  GAGGGGTTAGGAGGGGTGAGGAGGTGTGAGGAGAAGTGA-GGAGATGTGA  49
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGG--TAGGAGGGGTGAGGAGGTGTGAGGAGAAGTGAGGGAGATGTGA  48

seq1  GGAGGGGTGAGGAGGTGTGAGGAGGTGCAAGGAGGGGTGAGGAGAGGTGA  99
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTGAGGA-GTGTGAGGAGGTGCAAGGAGGGGTGAGGAGAGGTGA  97

seq1  GGAGA-TGTGAGGAGGGGTGAGGAGATGTGAGGAGCTATGAGGAGGGGTG  148
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTGTGAGGAGGGGTGAGGAGATGTGAGGAGCTATGAGGAGGGGTG  147

seq1  AGGAGGTGTGAGG-AGGTGTGAGGAGGGGTGAGGAGGGGTGAGG-AGGTG  196
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGAGGTGTGAGGAAGGTGTGAGGAGGGGTGAGGAGGGGTGAGGAAGGTG  197

seq1  TGAGGAGAGGTGAGGAGCTGTGAGGAGGGGTGAGGAGGGGTAAGGA-GGT  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAGGAGAGGTGAGGAGCTGTGAGGAGGGGTGAGGAGGGGTAAGGAGGGT  247

seq1  GCTGTATATATGATTAACATGAGTGACTTTAAGTATGGGGAGTGAAATAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATATATGATTAACATGAGTGACTTTAAGTATGGGGAGTGAAATAC  297

seq1  AATTAGTAAGAGTGAGTAGTAAACACAGTTTTATTAAAGATGAAGACATC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTAAGAGTGAGTAGTAAACACAGTTTTATTAAAGATGAAGACATC  347

seq1  CATGTATCATGAGGACAGAAGCCCCCCTTGCTGTGCTTCCCTCCTTCCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATCATGAGGACAGAAGCCCCCCTTGCTGTGCTTCCCTCCTTCCAC  397

seq1  CTGTTTTACAGGTTTCAGACTGGTTCTATAGCAATGTATGAGCTGAGGTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTACAGGTTTCAGACTGGTTCTATAGCAATGTATGAGCTGAGGTC  447

seq1  TTTAAATCAGTCTGTCTTTCTTCTCTCCCCTTCTCTCCTTCTTTCTTTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATCAGTCTGTCTTTCTTCTCTCCCCTTCTCTCCTTCTTTCTTTGT  497

seq1  CACTTACTTTTTCATATGTACAGGGAAAAATAACTTATAAATTTGAATGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACTTTTTCATATGTACAGGGAAAAATAACTTATAAATTTGAATGA  547

seq1  AAATTAATATTAGTCATTTAAATTTTTCAATAGGACAGTGGGATAAAAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATATTAGTCATTTAAATTTTTCAATAGGACAGTGGGATAAAAAA  597

seq1  GTGACAGTTACTTAGAACAACATAATCTCATAGTGGAAAGAGAAATTATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGTTACTTAGAACAACATAATCTCATAGTGGAAAGAGAAATTATT  647

seq1  GCTCAACTAAGAGCAAAACTGAAGAAAGGAGAGCACTTGGTCATGGATGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACTAAGAGCAAAACTGAAGAAAGGAGAGCACTTGGTCATGGATGA  697

seq1  AAAAGAAAGTCTGACAGGGCAGGTTCCCAGATTAGAGGTCTTTTTCTTCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGTCTGACAGGGCAGGTTCCCAGATTAGAGGTCTTTTTCTTCC  747

seq1  ACGTTCAAGTGAATCTGTACTCTGCCTCGGGTTTTTGTGGAGATCGAGGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCAAGTGAATCTGTACTCTGCCTCGGGTTTTTGTGGAGATCGAGGA  797

seq1  CAACCTTCAGGGACTGAAGGCTGCTTTTCCACATGGCAACATTATCCAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTCAGGGACTGAAGGCTGCTTTTCCACATGGCAACATTATCCAGG  847

seq1  TTAACTGCCATGACATTTTCTACAGATTCGCTGAGCTTGACTGCTATCAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGCCATGACATTTTCTACAGATTCGCTGAGCTTGACTGCTATCAT  897

seq1  TTAGTAATGTGCTGGGATTATAACCACTGGTACTTTTGTGTTTGCCTATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATGTGCTGGGATTATAACCACTGGTACTTTTGTGTTTGCCTATT  947

seq1  ACATAGGGAAGAGCATCCAAATTTAGGTATGCTGACTTACATGTAAGTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGGAAGAGCATCCAAATTTAGGTATGCTGACTTACATGTAAGTTG  997

seq1  CTTTACCCAACAAAGGATCTTCCCAGCACTAAAAAGGAAATGTTGGTTAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCCAACAAAGGATCTTCCCAGCACTAAAAAGGAAATGTTGGTTAA  1047

seq1  GAGAATTC  1053
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1055

seq1: chr1_142737856_142738939
seq2: B6Ng01-075K24.g_69_1165

seq1  GAATTCCCTCTGGTATGTTCATGAAGATGAAGGAACATTCTAAACTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTGGTATGTTCATGAAGATGAAGGAACATTCTAAACTATGA  50

seq1  TTTGTTCCAAGATACACAGCTACCAGACACCATGGTCTTCATTTTTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCAAGATACACAGCTACCAGACACCATGGTCTTCATTTTTGTCT  100

seq1  TTTCTGAAGTCCTGTGCCGTCCTGTCCTTCCGTAAGTTCACATAGTTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAGTCCTGTGCCGTCCTGTCCTTCCGTAAGTTCACATAGTTAAT  150

seq1  CCTCTTCAGATCATTTACTTTTACTTGCCTCCCATAAGTGCTGGGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCAGATCATTTACTTTTACTTGCCTCCCATAAGTGCTGGGTTATC  200

seq1  TCAGCTAACTTTTAAATTCTTTCTTACTTTTATGTGTTGTAGAAATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTAACTTTTAAATTCTTTCTTACTTTTATGTGTTGTAGAAATTTAT  250

seq1  TCCATTTGAAAAATTGCTAAAAGTAGAGAGTGGCTCTAACTCTAGGCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGAAAAATTGCTAAAAGTAGAGAGTGGCTCTAACTCTAGGCATT  300

seq1  TCCAACCTCAGACAGAGGATACGACTCATTGCACCAACCTTGCCCCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCTCAGACAGAGGATACGACTCATTGCACCAACCTTGCCCCTTCT  350

seq1  CACTTTCAGAGACTTTTTTAGTCTTCCATTGCAGCTTGGGGTATAATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCAGAGACTTTTTTAGTCTTCCATTGCAGCTTGGGGTATAATAGG  400

seq1  AAAATAAGCTCAGTTGTGAGCAATCATTCTAGCCTTGTGGCTAAGTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGCTCAGTTGTGAGCAATCATTCTAGCCTTGTGGCTAAGTAATG  450

seq1  TTTTTCATCACCAGTGCTGAACTATCTGATATTCAAGCTCTGATATTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATCACCAGTGCTGAACTATCTGATATTCAAGCTCTGATATTAAC  500

seq1  TAAATCTATAGTTTTGGAACATTTTAAAAATATAACATACTGTTTCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTATAGTTTTGGAACATTTTAAAAATATAACATACTGTTTCTTTT  550

seq1  ATTTTTTTACTGGTTCTAGAACAACCCTGATGTTTGTCATAAAGGCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTACTGGTTCTAGAACAACCCTGATGTTTGTCATAAAGGCAATA  600

seq1  TTGAGAATACTGGGTTGGAGGGATGGTTCAAAGCTTATTGCCAAAGTCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATACTGGGTTGGAGGGATGGTTCAAAGCTTATTGCCAAAGTCGA  650

seq1  CAACCTAAGTTTTATTCCAATTAAGCACACAGTATAAGAGAACTGATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTAAGTTTTATTCCAATTAAGCACACAGTATAAGAGAACTGATTCA  700

seq1  AACAAGCTGAACACCAAGCTCTGAATTAGATACTGCCCATAAATAAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTGAACACCAAGCTCTGAATTAGATACTGCCCATAAATAAGTGT  750

seq1  TGTAATCATATATATATATATATATATATGTATATATATTCACATATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCATATATATATATATATATATATGTATATATATTCACATATACA  800

seq1  CACATATACATATACATATATATACACATATACATATGTGTGTAAAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATACATATACATATATATACACATATACATATGTGTGTAAAAAGT  850

seq1  GTACCTACTATACATATATAATCTCATAATCTCATATATACATAT-AAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTACCTACTATACATATATAATCTCATAATCTCATATATACATATAAAGG  900

seq1  TCATGTGTATATATGTATATATATATATGTTATATAGACAGACAAAGGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTATATATGTATATATATATATGTTATATAGACAGACAAAGGAA  950

seq1  GATATATAGAGAGAGACAAGAGGAAG-ACAAACAGGAAACAGACAGACAG  998
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GATATATAGAGAGAGACAAGAGGAAGAACAAACAGGAATCAGACAGACAG  1000

seq1  ACAGACAGACAA-TATCAGAGTCTAATGG-TGACCAA-TAGCA-TAGCC-  1043
      || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| 
seq2  AC-GACAGACAATTATCAGAGTCTAATGGTTGACCAATTAGCATTAGCCA  1049

seq1  AAACAGA--TGGCTT-ATTTAATC-ATTCAA--CCATCC-TTAACTAT  1084
      |||||||   ||||| |||||| | ||||||  |||||| ||||||||
seq2  AAACAGAATGGGCTTAATTTAAACAATTCAAACCCATCCTTTAACTAT  1097