BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077I20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 140,933,014 - 141,126,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDennd1b, Crb1
Upstream genePtprc, LOC100042596, Atp6v1g3, LOC100042600, Nek7, LOC545363, LOC667745, Lhx9, 2310009B15Rik, 1700019P21Rik, LOC100042623
Downstream geneZbtb41, Aspm, F13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077I20.bB6Ng01-077I20.g
ACCDH893495DH893496
length9081,045
definitionDH893495|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077I20, 5' end.DH893496|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,933,014 - 140,933,915)(141,125,897 - 141,126,934)
sequence
gaattctggtgcttccatgcatgtctgtggcaaggctggtaggtaaccac
ttccttccatggttagttcaggaaggggttgttggtctagtaagctctag
aaaagtgagtgtagagaagttttttcctctggatgctggacactgctgct
gtgtccttgtgagatgtactgaaagctcatggctcattctacaagcacat
ggaaaggaccaaagccagtgtgcttagtagagtaaaccaggagagaagat
tcctggttcctggagggtgctgttgagttaaacagtgcctagataacctg
ccttgtctctctgctctgtgtgttcagctgtttgctgttatgtaccctgt
tgaacagtgttctaggatcaattacagttttaatcggaggagcagtgatt
tccacaggaagccttcaggattgggcattctgacccccagaagaggggac
ccaggcactccaacctgcagcctacccagttgtgggtgtttctgtcctag
ctgaatgaagtctcagaagtggcggtttggaggttaactatggggagcag
gcattgacttagtggttttggtgaatgattggttatgtacgggagagagg
aggggtctaaatgatgccacactattggtttgggtatgtttagagaggat
tctatcactgtctatttcaagggctgtaactcagacaatttcaaccttaa
agagtataaatgtgagaggtttggactttttaagaaagtgatgtgtgaaa
agaatatatgaataattgtagactttcataaaaatgcctaagctgtatga
agtcatttgtgttagatcagatttgtttgcagaacaggaaaaaggggagt
acggaacttcagagagcacttccgttttgtttcctgaggaagttgtgggg
aagtggaa
gaattcatgacatcattgaagtagcagtggccagaaagatacccttctgc
gaatgtgtctgtgtattcagaagctgccctggttagaaaacatgtgggtc
acttttcctttgcatgttaccagtgctcactgggtcatgattgttttaag
acagagcttttgctgtggcaatgaccaaggtgaatccagagatgcagatc
agacaaaggacaagacaatgtactatctgagtaaaaccctgccttgactt
actcctcagtacttagagattttacatagcaacctccaccctgtggcaac
ccgttcacactagcagtgatgctgagatttgcccttccttctcatcatct
tcctcacatccaaagcattttgtgtccacactgctgtttcagataactgt
ttctaaagtgggattgttgtagccagaaaggtagggaaaatgttccccaa
aatatttgcattcttaagtatgtgaagtaagtagattatagtcagagaca
atatgtaaggtttcaggttcactcccttctacacatatcttcaactgtgt
atttgcagaatattctgaatgtgacatactcccaacagaatatatttaag
gagtatttatccacagtattgttctctgtacagttctagtgcttctattg
tcactgcaattgtcaattgtttttctgctttccaactgtcttattatcat
ttaatagcatcttgctaaatgccctcttttctattctccttatttctcca
tagttcatgtgtgtctgtgtgactaaggattctcctcattttttgcagaa
aaataaaatcttttctttctttatgtcctgcttgtcattctctggtgaca
catgtcttttgcttacttgggactgagggttgtacagtaagtacagaagc
aggctcagtcacacagacagagacacaccaccaccagcagcagcagcaca
ccaccaccaccaccactaccagaaaaacagtatgagtactcatctcttgg
ataaatggtcatttcaagtaagcaccatgactacgaggggccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_140933014_140933915
seq2: B6Ng01-077I20.b_49_956

seq1  GAATTCTGGTGCTTCCATGCATGTCTGTGGCAAGGCTGGTAGGTAACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTGCTTCCATGCATGTCTGTGGCAAGGCTGGTAGGTAACCAC  50

seq1  TTCCTTCCATGGTTAGTTCAGGAAGGGGTTGTTGGTCTAGTAAGCTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCATGGTTAGTTCAGGAAGGGGTTGTTGGTCTAGTAAGCTCTAG  100

seq1  AAAAGTGAGTGTAGAGAAGTTTTTTCCTCTGGATGCTGGACACTGCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGAGTGTAGAGAAGTTTTTTCCTCTGGATGCTGGACACTGCTGCT  150

seq1  GTGTCCTTGTGAGATGTACTGAAAGCTCATGGCTCATTCTACAAGCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTTGTGAGATGTACTGAAAGCTCATGGCTCATTCTACAAGCACAT  200

seq1  GGAAAGGACCAAAGCCAGTGTGCTTAGTAGAGTAAACCAGGAGAGAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGACCAAAGCCAGTGTGCTTAGTAGAGTAAACCAGGAGAGAAGAT  250

seq1  TCCTGGTTCCTGGAGGGTGCTGTTGAGTTAAACAGTGCCTAGATAACCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTTCCTGGAGGGTGCTGTTGAGTTAAACAGTGCCTAGATAACCTG  300

seq1  CCTTGTCTCTCTGCTCTGTGTGTTCAGCTGTTTGCTGTTATGTACCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTCTCTGCTCTGTGTGTTCAGCTGTTTGCTGTTATGTACCCTGT  350

seq1  TGAACAGTGTTCTAGGATCAATTACAGTTTTAATCGGAGGAGCAGTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTGTTCTAGGATCAATTACAGTTTTAATCGGAGGAGCAGTGATT  400

seq1  TCCACAGGAAGCCTTCAGGATTGGGCATTCTGACCCCCAGAAGAGGGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGGAAGCCTTCAGGATTGGGCATTCTGACCCCCAGAAGAGGGGAC  450

seq1  CCAGGCACTCCAACCTGCAGCCTACCCAGTTGTGGGTGTTTCTGTCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCACTCCAACCTGCAGCCTACCCAGTTGTGGGTGTTTCTGTCCTAG  500

seq1  CTGAATGAAGTCTCAGAAGTGGCGGTTTGGAGGTTAACTATGGGGAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAAGTCTCAGAAGTGGCGGTTTGGAGGTTAACTATGGGGAGCAG  550

seq1  GCATTGACTTAGTGGTTTTGGTGAATGATTGGTTATGTACGGGAGAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACTTAGTGGTTTTGGTGAATGATTGGTTATGTACGGGAGAGAGG  600

seq1  AGGGGTCTAAATGATGCCACACTATTGGTTTGGGTATGTTTAGAGAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCTAAATGATGCCACACTATTGGTTTGGGTATGTTTAGAGAGGAT  650

seq1  TCTATCACTGTCTATTTCAAGGGCTGTAACTCAGACAATTTCAACCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCACTGTCTATTTCAAGGGCTGTAACTCAGACAATTTCAACCTTAA  700

seq1  AGAGTATAAATGTGAGAGG-TTGGAC-TATTAAGAAAGTGATGTGTG-AA  747
      ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||
seq2  AGAGTATAAATGTGAGAGGTTTGGACTTTTTAAGAAAGTGATGTGTGAAA  750

seq1  AGAATATATGAATAATTGTAGAC-TTCATAAAAATGCCTAAGCTGTATGA  796
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATATGAATAATTGTAGACTTTCATAAAAATGCCTAAGCTGTATGA  800

seq1  AGTCATTTGTG-TAGATCAGATTTGTTATGCAGAACAGGAAAAAGGGGAG  845
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTGTGTTAGATCAGATTTGTT-TGCAGAACAGGAAAAAGGGGAG  849

seq1  TACGGAACTTCAGAGAGCACTACCGTTT--GTTCCTGAGGAAGTGGTGGG  893
      ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||| |||||
seq2  TACGGAACTTCAGAGAGCACTTCCGTTTTGTTTCCTGAGGAAGTTGTGGG  899

seq1  GAAGTGGAA  902
      |||||||||
seq2  GAAGTGGAA  908

seq1: chr1_141125897_141126934
seq2: B6Ng01-077I20.g_70_1114 (reverse)

seq1  CCTGG-CCCTCGGTGTCATGGTGCTTACTTGAAATGA-CATGTAATCAAG  48
      ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||
seq2  CCTGGCCCCTCGTAGTCATGGTGCTTACTTGAAATGACCATTTATCCAAG  50

seq1  AGATGAGTACTCATACTG-TTTTCTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG  97
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  AGATGAGTACTCATACTGTTTTTCTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGT-GTG  99

seq1  CTGCTGCTGCTGGTGGTGGTGTGTCTCTGTCTGTGTGACTGAGCCTGCTT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTGGTGGTGGTGTGTCTCTGTCTGTGTGACTGAGCCTGCTT  149

seq1  CTGTACTTACTGTACAACCCTCAGT-CCAAGTAAGC-AAAGACATGTGTC  195
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGTACTTACTGTACAACCCTCAGTCCCAAGTAAGCAAAAGACATGTGTC  199

seq1  ACCAGAGAATGACAAGCAGGACATAAAG-AAGAAAAGATTTTATTTTTCT  244
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGAATGACAAGCAGGACATAAAGAAAGAAAAGATTTTATTTTTCT  249

seq1  GC-AAAAATGAGGAGAATCCTTAGTCACACAGACACACATGAACTATGGA  293
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATGAGGAGAATCCTTAGTCACACAGACACACATGAACTATGGA  299

seq1  GAAATAAGGAGAATAG-AAAGAGGGCATTTAGCAAGATGCTATTAAATGA  342
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGGAGAATAGAAAAGAGGGCATTTAGCAAGATGCTATTAAATGA  349

seq1  TAATAAGACAGTTGGAAAGCAGAAAAACAATTGACAATTGCAGTGACAAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGACAGTTGGAAAGCAGAAAAACAATTGACAATTGCAGTGACAAT  399

seq1  AGAAGCACTAGAACTGTACAGAGAACAATACTGTGGATAAATACTCCTTA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACTAGAACTGTACAGAGAACAATACTGTGGATAAATACTCCTTA  449

seq1  AATATATTCTGTTGGGAGTATGTCACATTCAGAATATTCTGCAAATACAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTCTGTTGGGAGTATGTCACATTCAGAATATTCTGCAAATACAC  499

seq1  AGTTGAAGATATGTGTAGAAGGGAGTGAACCTGAAACCTTACATATTGTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGATATGTGTAGAAGGGAGTGAACCTGAAACCTTACATATTGTC  549

seq1  TCTGACTATAATCTACTTACTTCACATACTTAAGAATGCAAATATTTTGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTATAATCTACTTACTTCACATACTTAAGAATGCAAATATTTTGG  599

seq1  GGAACATTTTCCCTACCTTTCTGGCTACAACAATCCCACTTTAGAAACAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATTTTCCCTACCTTTCTGGCTACAACAATCCCACTTTAGAAACAG  649

seq1  TTATCTGAAACAGCAGTGTGGACACAAAATGCTTTGGATGTGAGGAAGAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAAACAGCAGTGTGGACACAAAATGCTTTGGATGTGAGGAAGAT  699

seq1  GATGAGAAGGAAGGGCAAATCTCAGCATCACTGCTAGTGTGAACGGGTTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAAGGAAGGGCAAATCTCAGCATCACTGCTAGTGTGAACGGGTTG  749

seq1  CCACAGGGTGGAGGTTGCTATGTAAAATCTCTAAGTACTGAGGAGTAAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGTGGAGGTTGCTATGTAAAATCTCTAAGTACTGAGGAGTAAGT  799

seq1  CAAGGCAGGGTTTTACTCAGATAGTACATTGTCTTGTCCTTTGTCTGATC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAGGGTTTTACTCAGATAGTACATTGTCTTGTCCTTTGTCTGATC  849

seq1  TGCATCTCTGGATTCACCTTGGTCATTGCCACAGCAAAAGCTCTGTCTTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTCTGGATTCACCTTGGTCATTGCCACAGCAAAAGCTCTGTCTTA  899

seq1  AAACAATCATGACCCAGTGAGCACTGGTAACATGCAAAGGAAAAGTGACC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATCATGACCCAGTGAGCACTGGTAACATGCAAAGGAAAAGTGACC  949

seq1  CACATGTTTTCTAACCAGGGCAGCTTCTGAATACACAGACACATTCGCAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTTTCTAACCAGGGCAGCTTCTGAATACACAGACACATTCGCAG  999

seq1  AAGGGTATCTTTCTGGCCACTGCTACTTCAATGATGTCATGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTATCTTTCTGGCCACTGCTACTTCAATGATGTCATGAATTC  1045