BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077K03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,187,484 - 187,322,682
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Upstream geneEG433387, EG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1
Downstream geneLOC677785, Lyplal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077K03.bB6Ng01-077K03.g
ACCDH893555DH893556
length1,103932
definitionDH893555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K03, 5' end.DH893556|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,321,574 - 187,322,682)(187,187,484 - 187,188,413)
sequence
gaattcccgcgtgtcacatggcgggtgtttactcctcttagaatcaaact
aacacgagtcattagtagagcagctgaagagccctggttatctagctgac
ttgtgactaaaacaaaaagccaaatgatagcctaagtgatagtccacaca
aagttcactcgtggccttggtgcccttggagcttcttcatctctcacttt
tctgtctgtatctatatgtctatttctcctccactccttcctgtgaaggg
agggttacagtgtgggtggatgtcacgcacccagacatcagtctctcagc
atttaaatcataaattccaaacagaacactaagcagtttgcttggtgtta
tctcccgaatctgttctgaactgttggaattcctgataagggacgaaggc
aggtgtggtgtacccctatagccccagcctaaggttggaacattccatcc
agcatgtgtctccgacagatctgaccagctcagcagatctctccagaaca
ttccatcctgcatgtgtggatcacacattcctctctacatccataaatat
tcccttagagcggactgcaaaggaagtctggatgaatcaacggagcccat
gatttaaaacaaacaaataaacaaaaggaactgggcggtttttaattttt
cattacaatttaataaatacttcttggtgacagcatatggggtaaggttg
gtggttcagggagatcccagtgatggtgttttcctgacggtgggtagtct
ttggtagtgactggagtgacaggtacgacgtcactgtcagatcagcaaga
cctcacttatgcacctgttgttttcagtaacttgggcacactcaccccaa
atcaccctccctcctgtgtcacaaggcctggctcgctcacattctctcag
taactgcacctttggtgatcacaccagatttgaatacaatggggatgatg
gattcttgttcccaccacatattgacagctaaaggtggctttcagctcag
ggttgtgacatgggctttggaaagcttgggcccattgcctaatgaacctt
tctaatttagatgcttttatgtcaaacatcacccacaagcacgcgttagt
acc
gaattcacttgccccactttcccttcggttgtcgagttaaagggagcaag
gtagacttttctgtcagcacttggaatttttactgaggctgcgttggctt
gtggtcgaaggctgtaattacggaaagccgtaggaacgctgcggactaat
gctactggctgttttactacacaccccgtggacgtagtccaggctcgagt
aaacgtcatcctacgttccattcgaaattgatttttcaaagtggctaacg
ctattgctagctagtttaaaatttctgtcttttcattactttgggaaaca
acccaaaaattttatcatgtagacttggaagtactttttctaatactcaa
aaagtcagccccttgaatacaattggccatgtggggctgatgaaatttct
tgcaacctcaactttgacagcagtctgcgcctattggagtgaaaagacat
ttatttatgtattaatgcgctgggaaacagctcagggagctttgcattgt
aggcaagcacttgactgttgagccacactcaccagccctaaaaatagact
gtagcaatcgcttgaaatgttctaaaatgataacattttagcatgttagt
tccagtctctgtatgctaacctcacaacaaatccatgagccctgaaagaa
gtagatgtgattcttggtttgaaacggcactaggtagatgatgctgacct
cgtggctaattcctggaggcctgagttctgcccgctgcggagtgcagttg
agattccttgatttgttctgtaaggaagaaagaaacctttccagcgctgg
ttgccagaatttagtgagactacaggaagagttttttcacattttagctg
ttcagtgcatagctaaactataggtttggtttttttttggtttttgtccc
cccccccccccccggaggggtgggggggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187321574_187322682
seq2: B6Ng01-077K03.b_46_1148 (reverse)

seq1  GTTACTAACGCGTGCTCTGTTGGTGATGGTTTGACATAAAATGCATCTAA  50
      | |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GGTACTAACGCGTGCT-TGTGGGTGAT-GTTTGACATAAAA-GCATCTAA  47

seq1  ATATGAAAGGTTCATTAGGCCACTGGGCCCATGCTTCCAAAAGCCCATGT  100
      ||  ||||||||||||||| || |||||||| |||| | |||||||||||
seq2  ATTAGAAAGGTTCATTAGG-CAATGGGCCCAAGCTTTCCAAAGCCCATGT  96

seq1  CACACACCCTGAGCTGAAAGCCACCTTTAGCCTGTCAATATGTGGTGTGA  150
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CACA-ACCCTGAGCTGAAAGCCACCTTTAG-CTGTCAATATGTGGTGGGA  144

seq1  ACAAGAATCCATCATCCCCATTGTATTCAAATCTGGTGTGATCACCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATCCATCATCCCCATTGTATTCAAATCTGGTGTGATCACCAAAG  194

seq1  GTGCAGTTACTGAGAGAATGTGAGCGAGCCAGGCCTTGTGACACAGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTTACTGAGAGAATGTGAGCGAGCCAGGCCTTGTGACACAGGAGG  244

seq1  GAGGGTGATTTGGGGTGAGTGTGCCCAAGTTACTGAAAACAACAGGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGATTTGGGGTGAGTGTGCCCAAGTTACTGAAAACAACAGGTGCA  294

seq1  TAAGTGAGGTCTTGCTGATCTGACAGTGACGTCGTACCTGTCACTCCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGAGGTCTTGCTGATCTGACAGTGACGTCGTACCTGTCACTCCAGT  344

seq1  CACTACCAAAGACTACCCACCGTCAGGAAAACACCATCACTGGGATCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCAAAGACTACCCACCGTCAGGAAAACACCATCACTGGGATCTCC  394

seq1  CTGAACCACCAACCTTACCCCATATGCTGTCACCAAGAAGTATTTATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCACCAACCTTACCCCATATGCTGTCACCAAGAAGTATTTATTAA  444

seq1  ATTGTAATGAAAAATTAAAAACCGCCCAGTTCCTTTTGTTTATTTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAATGAAAAATTAAAAACCGCCCAGTTCCTTTTGTTTATTTGTTTG  494

seq1  TTTTAAATCATGGGCTCCGTTGATTCATCCAGACTTCCTTTGCAGTCCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATCATGGGCTCCGTTGATTCATCCAGACTTCCTTTGCAGTCCGC  544

seq1  TCTAAGGGAATATTTATGGATGTAGAGAGGAATGTGTGATCCACACATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGGAATATTTATGGATGTAGAGAGGAATGTGTGATCCACACATGC  594

seq1  AGGATGGAATGTTCTGGAGAGATCTGCTGAGCTGGTCAGATCTGTCGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGAATGTTCTGGAGAGATCTGCTGAGCTGGTCAGATCTGTCGGAG  644

seq1  ACACATGCTGGATGGAATGTTCCAACCTTAGGCTGGGGCTATAGGGGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCTGGATGGAATGTTCCAACCTTAGGCTGGGGCTATAGGGGTAC  694

seq1  ACCACACCTGCCTTCGTCCCTTATCAGGAATTCCAACAGTTCAGAACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACCTGCCTTCGTCCCTTATCAGGAATTCCAACAGTTCAGAACAGA  744

seq1  TTCGGGAGATAACACCAAGCAAACTGCTTAGTGTTCTGTTTGGAATTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGGAGATAACACCAAGCAAACTGCTTAGTGTTCTGTTTGGAATTTAT  794

seq1  GATTTAAATGCTGAGAGACTGATGTCTGGGTGCGTGACATCCACCCACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAATGCTGAGAGACTGATGTCTGGGTGCGTGACATCCACCCACAC  844

seq1  TGTAACCCTCCCTTCACAGGAAGGAGTGGAGGAGAAATAGACATATAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCCTCCCTTCACAGGAAGGAGTGGAGGAGAAATAGACATATAGAT  894

seq1  ACAGACAGAAAAGTGAGAGATGAAGAAGCTCCAAGGGCACCAAGGCCACG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGAAAAGTGAGAGATGAAGAAGCTCCAAGGGCACCAAGGCCACG  944

seq1  AGTGAACTTTGTGTGGACTATCACTTAGGCTATCATTTGGCTTTTTGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACTTTGTGTGGACTATCACTTAGGCTATCATTTGGCTTTTTGTTT  994

seq1  TAGTCACAAGTCAGCTAGATAACCAGGGCTCTTCAGCTGCTCTACTAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACAAGTCAGCTAGATAACCAGGGCTCTTCAGCTGCTCTACTAATG  1044

seq1  ACTCGTGTTAGTTTGATTCTAAGAGGAGTAAACACCCGCCATGTGACACG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGTTAGTTTGATTCTAAGAGGAGTAAACACCCGCCATGTGACACG  1094

seq1  CGGGAATTC  1109
      |||||||||
seq2  CGGGAATTC  1103

seq1: chr1_187187484_187188413
seq2: B6Ng01-077K03.g_71_1002

seq1  GAATTCACTTGCCCCACTTTCCCTTCGGTTGTCGAGTTAAAGGGAGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGCCCCACTTTCCCTTCGGTTGTCGAGTTAAAGGGAGCAAG  50

seq1  GTAGACTTTTCTGTCAGCACTTGGAATTTTTACTGAGGCTGCGTTGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTTTCTGTCAGCACTTGGAATTTTTACTGAGGCTGCGTTGGCTT  100

seq1  GTGGTCGAAGGCTGTAATTACGGAAAGCCGTAGGAACGCTGCGGACTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCGAAGGCTGTAATTACGGAAAGCCGTAGGAACGCTGCGGACTAAT  150

seq1  GCTACTGGCTGTTTTACTACACACCCCGTGGACGTAGTCCAGGCTCGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGGCTGTTTTACTACACACCCCGTGGACGTAGTCCAGGCTCGAGT  200

seq1  AAACGTCATCCTACGTTCCATTCGAAATTGATTTTTCAAAGTGGCTAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTCATCCTACGTTCCATTCGAAATTGATTTTTCAAAGTGGCTAACG  250

seq1  CTATTGCTAGCTAGTTTAAAATTTCTGTCTTTTCATTACTTTGGGAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTAGCTAGTTTAAAATTTCTGTCTTTTCATTACTTTGGGAAACA  300

seq1  ACCCAAAAATTTTATCATGTAGACTTGGAAGTACTTTTTCTAATACTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAAATTTTATCATGTAGACTTGGAAGTACTTTTTCTAATACTCAA  350

seq1  AAAGTCAGCCCCTTGAATACAATTGGCCATGTGGGGCTGATGAAATTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGCCCCTTGAATACAATTGGCCATGTGGGGCTGATGAAATTTCT  400

seq1  TGCAACCTCAACTTTGACAGCAGTCTGCGCCTATTGGAGTGAAAAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCTCAACTTTGACAGCAGTCTGCGCCTATTGGAGTGAAAAGACAT  450

seq1  TTATTTATGTATTAATGCGCTGGGAAACAGCTCAGGGAGCTTTGCATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGTATTAATGCGCTGGGAAACAGCTCAGGGAGCTTTGCATTGT  500

seq1  AGGCAAGCACTTGACTGTTGAGCCACACTCACCAGCCCTAAAAATAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCACTTGACTGTTGAGCCACACTCACCAGCCCTAAAAATAGACT  550

seq1  GTAGCAATCGCTTGAAATGTTCTAAAATGATAACATTTTAGCATGTTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAATCGCTTGAAATGTTCTAAAATGATAACATTTTAGCATGTTAGT  600

seq1  TCCAGTCTCTGTATGCTAACCTCACAACAAATCCATGAGCCCTGAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTCTGTATGCTAACCTCACAACAAATCCATGAGCCCTGAAAGAA  650

seq1  GTAGATGTGATTCTTGGTTTGAAACGGCACTAGGTAGATGATGCTGACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTGATTCTTGGTTTGAAACGGCACTAGGTAGATGATGCTGACCT  700

seq1  CGTGGCTAA-TCCTGGAGGCCTGAGTTCTGCCCGCTGCGGAGTGCAGTTG  749
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCTAATTCCTGGAGGCCTGAGTTCTGCCCGCTGCGGAGTGCAGTTG  750

seq1  AGATTCCTTGATTTGTTCTGTAAGGAAGAAGGAAACCTTTCCAGCGCTGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCTTGATTTGTTCTGTAAGGAAGAAAGAAACCTTTCCAGCGCTGG  800

seq1  TTGCCAGAATTTAGTGAGACTACAGGAAGAGTTTTTTCACATTTTAGCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGAATTTAGTGAGACTACAGGAAGAGTTTTTTCACATTTTAGCTG  850

seq1  TTCAGTGCATAGCTAAACTATAGGTTTGGTTTTTTTTTGTTTTTGTTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||
seq2  TTCAGTGCATAGCTAAACTATAGGTTTGGTTTTTTTTTGGTTTTTGTCCC  900

seq1  CCCCCCCCCCCCCGGAGGGGT-GGGGTGTGTG  930
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCGGAGGGGTGGGGGGGTGTG  932