BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077M14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 167,401,045 - 167,577,742
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBrp44, Sacy, Ppia-ps1-1625, Mpzl1
Upstream geneDpt, Xcl1, 1700029M03Rik, Tbx19, Sft2d2, Tiprl, Gpr161, Iqwd1
Downstream geneRcsd1, Creg1, Cd247, Pou2f1, LOC665409, Dusp27, Gpa33, Mael, LOC100039795, Tada1l, Pogk, LOC100040287, EG226601, EG226604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077M14.bB6Ng01-077M14.g
ACCDH893670DH893671
length1,234983
definitionDH893670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077M14, 5' end.DH893671|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077M14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(167,401,045 - 167,402,284)(167,576,757 - 167,577,742)
sequence
gaattctaaaaatgataccctaagattaattgcagtataaactactacca
tgtgcaaagtcttgtgtttctagtgtcagcaacacacacacacacacaaa
gctaaaccagactcaccaatatctaatgccaagctcacgaaaacagttta
tgtcattcttaagtatcatgctgggtgagttccagaaactctatactttg
agttttctctggattacttaataaggcattaagttggatagttgttgctg
tactttgtttggggataacttcaagaaaaacatagatttgttcaatgcag
atgaaaaagacttagtcctgaaatataaaccaatgaatctcctggatact
agaattataagaactgcaccactacatgtagcttccaactactgtcagtc
cacagttgggtggatctgaaaatgatggaagccactgataaggagagcga
agtatatttttaaaattgtgtatgtgtatatacatatctattttatgcgt
atatgcttctttattcattatagtagcataagtaatataaactatttttc
cattatgctggctaactttcctttaaatactattcatgcaagatgtatta
tgcagctacttgataatcctcataggtaagtagataagcagctactattt
aaagtgtactgtggaaggctaagtaagcatggtactacagacctgtaatc
ccagcatacagttggtgaggcaggcagatctttgtgagttccaggccaac
cagagctacacagtgaaaccttatctcgaaaccaaaaatcaaaagaggaa
gaggccaagagtaagtattgctgcaagcttgaacacacactgggatttgt
agtgcaactttgtttcaaaaccctaaagtaaaatacattgtggtagattt
ttaaatctcctgtattaaaatctcattgaattggtcaatttagctgtaag
aataatgagaactagtctgaaaatataaaaagatcaagatatatgataaa
cctggaaaagtagtccagggtcctgccacttaattgttaaaagcaaggtg
atacccaacttcttagttgtgacctccagcctcctatctggtatgtaact
gaaattgtgagcagatagaaactttgtcaacagtaaagtttctggaacta
ttaacaacaaacctactcaagctaattcatgagggttaagaaaggcctta
ccgttaagactgactgggggtgtggagaagatga
gaattccatactgcatccttcctccaggaagtggggaggtgggaagagac
ctcccagatttagagactgcgtgttcctttctgttgctgtgttaaaacat
cctgagcaaaagcagctcggggaggaaaggatttgtttagcttgcacttc
cagttcacagtccgtcactgaaggaagccagggcaggaactctggtagga
actgatgcatcacagagggatgctctttactggcttgttcttcctggctt
gctcagcgagctttctttgaaggcgcaggtccacctgcctagggatggca
ccgcccacagtggactggactctcccacatcaatcacaaatcaagacgac
ttctcacagtcataggtgaaagtggactgggcaattctttaattgaagtt
ctttcttctcaaggtggtccttagttgtgtcaggttgaaaataaaacatt
aagttgacaaaattacaatcacatagatcaacttcatatagaattagtta
atgggtgccttagtgtttctattgctgtgatgaaacaccatgaccaaagc
atcttgggcagaaaagcatttatttggcttacacttctattatcattggt
catcattgaacgaagtcaggacagaaactcaaacagggcaggaaactgat
gcagagaccatgaaggagggctccgcccttccacatcatcactaattaag
aaaatatcccggggctggagccctggcagtagttaagagcattggctgct
cttccagaggttctgaagtcaattgccagcaagcacatgttggctcacaa
ccatctgtattaggattctatgccttcttctggtgtgtctgaagacagtg
accgtatactcatatacataaaataaataattacatctttaagaaagaag
agagcggggcagtgatggcacacgtctttatcccagcacttggagcagag
gtagggggatttcttgagttcgaggccagcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_167401045_167402284
seq2: B6Ng01-077M14.b_47_1279

seq1  GAATTCTAAAAATGATACCCTAAGATTAATTGCAGTATAAACTACTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAAATGATACCCTAAGATTAATTGCAGTATAAACTACTACCA  50

seq1  TGTGCAAAGTCTTGTGTTTCTAGTGTCAGCAACACACACACACACACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAAGTCTTGTGTTTCTAGTGTCAGCAACACACACACACACACAAA  100

seq1  GCTAAACCAGACTCACCAATATCTAATGCCAAGCTCACGAAAACAGTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACCAGACTCACCAATATCTAATGCCAAGCTCACGAAAACAGTTTA  150

seq1  TGTCATTCTTAAGTATCATGCTGGGTGAGTTCCAGAAACTCTATACTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCTTAAGTATCATGCTGGGTGAGTTCCAGAAACTCTATACTTTG  200

seq1  AGTTTTCTCTGGATTACTTAATAAGGCATTAAGTTGGATAGTTGTTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTCTGGATTACTTAATAAGGCATTAAGTTGGATAGTTGTTGCTG  250

seq1  TACTTTGTTTGGGGATAACTTCAAGAAAAACATAGATTTGTTCAATGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTTTGGGGATAACTTCAAGAAAAACATAGATTTGTTCAATGCAG  300

seq1  ATGAAAAAGACTTAGTCCTGAAATATAAACCAATGAATCTCCTGGATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAGACTTAGTCCTGAAATATAAACCAATGAATCTCCTGGATACT  350

seq1  AGAATTATAAGAACTGCACCACTACATGTAGCTTCCAACTACTGTCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATAAGAACTGCACCACTACATGTAGCTTCCAACTACTGTCAGTC  400

seq1  CACAGTTGGGTGGATCTGAAAATGATGGAAGCCACTGATAAGGAGAGCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTGGGTGGATCTGAAAATGATGGAAGCCACTGATAAGGAGAGCGA  450

seq1  AGTATATTTTTAAAATTGTGTATGTGTATATACATATCTATTTTATGCGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTTTTAAAATTGTGTATGTGTATATACATATCTATTTTATGCGT  500

seq1  ATATGCTTCTTTATTCATTATAGTAGCATAAGTAATATAAACTATTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTTCTTTATTCATTATAGTAGCATAAGTAATATAAACTATTTTTC  550

seq1  CATTATGCTGGCTAACTTTCCTTTAAATACTATTCATGCAAGATGTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCTGGCTAACTTTCCTTTAAATACTATTCATGCAAGATGTATTA  600

seq1  TGCAGCTACTTGATAATCCTCATAGGTAAGTAGATAAGCAGCTACTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTACTTGATAATCCTCATAGGTAAGTAGATAAGCAGCTACTATTT  650

seq1  AAAGTGTACTGTGGAAGGCTAAGTAAGCATGGTACTACAGACCTGTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTACTGTGGAAGGCTAAGTAAGCATGGTACTACAGACCTGTAATC  700

seq1  CCAGCATACAGTTGGTGAGGCAGGCAGATCTTTGTGAGTTCCAGGCCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATACAGTTGGTGAGGCAGGCAGATCTTTGTGAGTTCCAGGCCAAC  750

seq1  CAGAGCTACACAGTGAAACCTTATCTCGAAACCAAAAATCAAAAGAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTACACAGTGAAACCTTATCTCGAAACCAAAAATCAAAAGAGGAA  800

seq1  GAGGCCAAGAGTAAGTATTGCTGCAAGCTTGAACACACACTGGGATTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAAGAGTAAGTATTGCTGCAAGCTTGAACACACACTGGGATTTGT  850

seq1  AGTGCAACTTTGTTTCAAAACCCTAAAGTAAAATACATTGTGGTAGATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAACTTTGTTTCAAAACCCTAAAGTAAAATACATTGTGGTAGATTT  900

seq1  TTAAATCTCCTGTATTAAAATCTCATTGAATTGGTCAATTTAGCTGTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTCCTGTATTAAAATCTCATTGAATTGGTCAATTTAGCTGTAAG  950

seq1  AATAATGAGAACTAGTCTG-AGATATAAAAAGAATCAAGATATATGATAA  999
      ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATAATGAGAACTAGTCTGAAAATATAAAAAG-ATCAAGATATATGATAA  999

seq1  A-CTGGAAAAGTAGTCCAGGGTCCCTGCCACTTAA-TGTTAAAAGCAA-G  1046
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
seq2  ACCTGGAAAAGTAGTCCAGGGT-CCTGCCACTTAATTGTTAAAAGCAAGG  1048

seq1  TGATAACCCAGCTTCTTAAGTTGTGACTCACAGCCCTCTATCTGGTTATG  1096
      |||| ||||| |||||| |||||||||   |||||  |||||||| ||||
seq2  TGAT-ACCCAACTTCTT-AGTTGTGACCTCCAGCCTCCTATCTGG-TATG  1095

seq1  TAACTGAATTTGTGAGCAG-TAGAAACTTTGTCAACAGTAAAAGTTTCT-  1144
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TAACTGAAATTGTGAGCAGATAGAAACTTTGTCAACAGT-AAAGTTTCTG  1144

seq1  GAACATATAACAACAAAAACTTAACTCAAGCTTAAATACATAGGAGTTGT  1194
      ||||   |||||||  |||| | |||||||||  ||| |||  | |||  
seq2  GAACTATTAACAAC--AAACCT-ACTCAAGCT--AATTCATGAGGGTT-A  1188

seq1  AGAGATGGCTTAGCAGTTAAGAGCACTGACTGGGG--TTGGAG-AGATG  1240
      ||| | | |||| | ||||||   |||||||||||   ||||| |||||
seq2  AGAAAGGCCTTA-CCGTTAAG---ACTGACTGGGGGTGTGGAGAAGATG  1233

seq1: chr1_167576757_167577742
seq2: B6Ng01-077M14.g_70_1052 (reverse)

seq1  CAGGCTGGCCTCGAACTC-AGAAATCCCCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGC  49
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CAGGCTGGCCTCGAACTCAAGAAATCCCCCTACCTCTGC--TCCAAGTGC  48

seq1  TGGGATTAAAGACGTGTGCCATCACTGCCCCGCTCTCTTTCTTTCTTAAA  99
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGA-TAAAGACGTGTGCCATCACTGCCCCGCTCTC-TTCTTTCTTAAA  96

seq1  GATGTATTTATTTATTTTATGTATATGAGTATACGGTCACTGTCTTCAGA  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAATTATTTATTTTATGTATATGAGTATACGGTCACTGTCTTCAGA  146

seq1  CACACCAGAAGAAGGCATAGAATCCTAATACAGATGGTTGTGAGCCAACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAGAAGAAGGCATAGAATCCTAATACAGATGGTTGTGAGCCAACA  196

seq1  TGTGCTTGCTGGCAATTGACTTCAGAACCTCTGGAAGAGCAGCCAATGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGCTGGCAATTGACTTCAGAACCTCTGGAAGAGCAGCCAATGCT  246

seq1  CTTAACTACTGCCAGGGCTCCAGCCCCGGGATATTTTCTTAATTAGTGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTACTGCCAGGGCTCCAGCCCCGGGATATTTTCTTAATTAGTGAT  296

seq1  GATGTGGAAGGGCGGAGCCCTCCTTCATGGTCTCTGCATCAGTTTCCTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGAAGGGCGGAGCCCTCCTTCATGGTCTCTGCATCAGTTTCCTGC  346

seq1  CCTGTTTGAGTTTCTGTCCTGACTTCGTTCAATGATGACCAATGATAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTGAGTTTCTGTCCTGACTTCGTTCAATGATGACCAATGATAATA  396

seq1  GAAGTGTAAGCCAAATAAATGCTTTTCTGCCCAAGATGCTTTGGTCATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTAAGCCAAATAAATGCTTTTCTGCCCAAGATGCTTTGGTCATGG  446

seq1  TGTTTCATCACAGCAATAGAAACACTAAGGCACCCATTAACTAATTCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATCACAGCAATAGAAACACTAAGGCACCCATTAACTAATTCTAT  496

seq1  ATGAAGTTGATCTATGTGATTGTAATTTTGTCAACTTAATGTTTTATTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTTGATCTATGTGATTGTAATTTTGTCAACTTAATGTTTTATTTT  546

seq1  CAACCTGACACAACTAAGGACCACCTTGAGAAGAAAGAACTTCAATTAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGACACAACTAAGGACCACCTTGAGAAGAAAGAACTTCAATTAAA  596

seq1  GAATTGCCCAGTCCACTTTCACCTATGACTGTGAGAAGTCGTCTTGATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCCCAGTCCACTTTCACCTATGACTGTGAGAAGTCGTCTTGATTT  646

seq1  GTGATTGATGTGGGAGAGTCCAGTCCACTGTGGGCGGTGCCATCCCTAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGATGTGGGAGAGTCCAGTCCACTGTGGGCGGTGCCATCCCTAGG  696

seq1  CAGGTGGACCTGCGCCTTCAAAGAAAGCTCGCTGAGCAAGCCAGGAAGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGACCTGCGCCTTCAAAGAAAGCTCGCTGAGCAAGCCAGGAAGAA  746

seq1  CAAGCCAGTAAAGAGCATCCCTCTGTGATGCATCAGTTCCTACCAGAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGTAAAGAGCATCCCTCTGTGATGCATCAGTTCCTACCAGAGTT  796

seq1  CCTGCCCTGGCTTCCTTCAGTGACGGACTGTGAACTGGAAGTGCAAGCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTGGCTTCCTTCAGTGACGGACTGTGAACTGGAAGTGCAAGCTA  846

seq1  AACAAATCCTTTCCTCCCCGAGCTGCTTTTGCTCAGGATGTTTTAACACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATCCTTTCCTCCCCGAGCTGCTTTTGCTCAGGATGTTTTAACACA  896

seq1  GCAACAGAAAGGAACACGCAGTCTCTAAATCTGGGAGGTCTCTTCCCACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGAAAGGAACACGCAGTCTCTAAATCTGGGAGGTCTCTTCCCACC  946

seq1  TCCCCACTTCCTGGAGGAAGGATGCAGTATGGAATTC  986
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTTCCTGGAGGAAGGATGCAGTATGGAATTC  983