BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079H07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,530,075 - 177,659,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64
Upstream geneFmn2, Grem2, Rgs7
Downstream geneExo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079H07.bB6Ng01-079H07.g
ACCDH894860DH894861
length1,0491,157
definitionDH894860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079H07, 5' end.DH894861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079H07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,530,075 - 177,531,136)(177,658,187 - 177,659,359)
sequence
gaattcttggcccaggcatatcattctttgtaactgtagtatagcaggta
tttaattgatcttatttcctgacaccaacacacacataccatacacatac
aaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatatat
atatatatatatatatatagcatccttgctcaaaaggccttggcatctca
tgtgccctaagaacacaggaaaattgaagctagtcagagacatgatttat
gagtcaataagaagaactttagtatcagtgaaagttgtgacatactacca
accacaaactaagtctttaaaaactgatggctcttttaaaaagcttttga
ggtgataaacccatatgcacatatatctgaggtttgactatataagttat
ttagcataagataaaaattagtctattgccttttcttttataaaataaac
tttattttgcactgatttagtttactgtaatcctggagcttcatgcaaat
gactaatttgctgcttaaagattctcaagtatacatagtatcctctttaa
tgttctcattttcatttaaaaacagtcttaagggaggtgcccaagaatca
gtggaggtgatcttagctgtgattcacaccattggggatatggaacctga
agaagccacctcctgtatccagagaggaaccccagtggagcgataagaga
caccaacccacccacaaaactttcaacccaaaatttaacctgtctatagg
aaatgcaggcacgcaggagggaacagagagtgagggaatggctaaccagt
aaccagcccaacttgagatcgatcccatgggctagcaccaatccttaaca
ctattattgctactctgttatggtaacagataggaacatgtgaggctcca
cccagcagctaactcagacagagacacccatagccaaacagtggacagag
cttggggactcttatggaagaaagaggaaagattgtaagctcaagggata
ggactccacagaagacacgagtcactaactggactcttggactctcaga
gaattcactatgtagcccaagctagcctcaagttcatgattcttctgcct
ctgcctttcagggactggaagtataggtgtgtgcctctaagctagagtag
acattccttatttagctttggctctcaaaaatactgagggccttgcatct
catttcactgtaggtgcatctaactgaacaatgtctataattattagagc
aatggagtatttattcatgcaatgcccttaccttttaaagttcttcgagt
caaggacctgagtttgtaatttctttttggtctttgcctgctttaatcca
aagtcatcactgctcaccgtgaacttgttcacaaacccaccatcatctcc
caggagaatgtcatccctgcagagctgatcaggcaggggcaccacacaca
cacagagcaggcagtggtccatgggcttgatgacaaagtagtgctcctga
aaccagaggcgggcttaagttagttgcacgcttaggaatacatattactg
ggatcttcactcagtagcagagcccttgttcagcatgcatgaggtcccga
gttccaccctcagtatcacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacggaggggagggataaagaaaaaattgtcttcgttatt
attttttttttctgggctgtttctcattttagatccaacagtgatacaag
aatttggaaagtctgggcaaaaatttaccaaataaaggttaaagctgtga
accagctcagtactttggggtgtttcaagtggaaagaaggggagctacac
ccttgggtggggtgaggatgggcatcttagagggtgctacctgtgtgacc
cagaatgccttttcttgacattgcaaggaaatactgaactgggctcaaac
tccctatgtattctagaaaaagttaaacccctgaccttcctgcctgtgcc
tccaagtgctaggattcaggtttataccactgtgcttgtttgtggagtac
caagggttgaagtcaggatctcatccaactaggtatatcatacgtttgat
agggaatagtagagaaagtattggaacctcatgttttatccatacacagc
aacacgttcttggcatgtggcctctaactgttatgaggttacataggagc
aggtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177530075_177531136
seq2: B6Ng01-079H07.b_52_1100

seq1  GAATTCTTGGCCCAGGCATATCATTCTTTGTAACTGTAGTATAGCAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGCCCAGGCATATCATTCTTTGTAACTGTAGTATAGCAGGTA  50

seq1  TTTAATTGATCTTATTTCCTGACACCAACACACACATACCATACACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGATCTTATTTCCTGACACCAACACACACATACCATACACATAC  100

seq1  AAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATAT  150

seq1  ATATATATATATATATATAGCATCCTTGCTCAAAAGGCCTTGGCATCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATAGCATCCTTGCTCAAAAGGCCTTGGCATCTCA  200

seq1  TGTGCCCTAAGAACACAGGAAAATTGAAGCTAGTCAGAGACATGATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCTAAGAACACAGGAAAATTGAAGCTAGTCAGAGACATGATTTAT  250

seq1  GAGTCAATAAGAAGAACTTTAGTATCAGTGAAAGTTGTGACATACTACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAATAAGAAGAACTTTAGTATCAGTGAAAGTTGTGACATACTACCA  300

seq1  ACCACAAACTAAGTCTTTAAAAACTGATGGCTCTTTTAAAAAGCTTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAACTAAGTCTTTAAAAACTGATGGCTCTTTTAAAAAGCTTTTGA  350

seq1  GGTGATAAACCCATATGCACATATATCTGAGGTTTGACTATATAAGTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAAACCCATATGCACATATATCTGAGGTTTGACTATATAAGTTAT  400

seq1  TTAGCATAAGATAAAAATTAGTCTATTGCCTTTTCTTTTATAAAATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATAAGATAAAAATTAGTCTATTGCCTTTTCTTTTATAAAATAAAC  450

seq1  TTTATTTTGCACTGATTTAGTTTACTGTAATCCTGGAGCTTCATGCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTGCACTGATTTAGTTTACTGTAATCCTGGAGCTTCATGCAAAT  500

seq1  GACTAATTTGCTGCTTAAAGATTCTCAAGTATACATAGTATCCTCTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATTTGCTGCTTAAAGATTCTCAAGTATACATAGTATCCTCTTTAA  550

seq1  TGTTCTCATTTTCATTTAAAAACAGTCTTAAGGGAGGTGCCCAAGAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCATTTTCATTTAAAAACAGTCTTAAGGGAGGTGCCCAAGAATCA  600

seq1  GTGGAGGTGATCTTAGCTGTGATTCACACCATTGGGGATATGGAACCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGTGATCTTAGCTGTGATTCACACCATTGGGGATATGGAACCTGA  650

seq1  AGAAGCCACCTCCTGTATCCAGAGAGGAACCCCAGTGGAGCGATAAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCACCTCCTGTATCCAGAGAGGAACCCCAGTGGAGCGATAAGAGA  700

seq1  CACCAACCCACCCACAAAACTTTCAACCCAAAATTTAACCTGTCTATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACCCACCCACAAAACTTTCAACCCAAAATTTAACCTGTCTATAGG  750

seq1  AAATGCAGGCACGCAGGAGGGAACAGAGAGTGAGGGAATGGCTAACCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAGGCACGCAGGAGGGAACAGAGAGTGAGGGAATGGCTAACCAGT  800

seq1  AACCAGCCCAACTTGAGATCGATCCCATGGGCTAGCACCAATCCTTAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCCCAACTTGAGATCGATCCCATGGGCTAGCACCAATCCTTAACA  850

seq1  CTATTAATGCTACTCTGTTATGGTAACAGATAGGAACATGTGAGGCTCCA  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATTGCTACTCTGTTATGGTAACAGATAGGAACATGTGAGGCTCCA  900

seq1  CCCAGCAGCTAACTCAGACAGAGACACCCATAGCCAAACAGTGGACAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAGCTAACTCAGACAGAGACACCCATAGCCAAACAGTGGACAGAG  950

seq1  CTTGGGAACTCTTATGGAAGAAAAGGAGGAAAGATTGTAAGCCTCAAAGG  1000
      |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  |
seq2  CTTGGGGACTCTTATGGAAGAAA--GAGGAAAGATTGTAAG-CTCAA--G  995

seq1  GGATAGGAACTCCACAGGAAGACCAACAGAGTCAACTAACCTGGACTCTT  1050
      ||||||| |||||||| ||||||  || ||||| ||||| ||||||||||
seq2  GGATAGG-ACTCCACA-GAAGAC--AC-GAGTC-ACTAA-CTGGACTCTT  1038

seq1  GGGACTCTCAGA  1062
       |||||||||||
seq2  -GGACTCTCAGA  1049

seq1: chr1_177658187_177659359
seq2: B6Ng01-079H07.g_68_1224 (reverse)

seq1  AATACCTGCCTGTCTTAGTGAACCCTC-TAACAGTTTAGA-GCCACATGG  48
      |||||||||   || || || | |||| |||||| ||||| |||||||| 
seq2  AATACCTGC---TCCTA-TGTAACCTCATAACAG-TTAGAGGCCACATGC  45

seq1  CAAGAACGTGTTGCCTGTGTATGGAT-AAACATGGAGGTTCCAATACTTT  97
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||
seq2  CAAGAACGTGTTG-CTGTGTATGGATAAAACAT-GAGGTTCCAATAC-TT  92

seq1  TCTCTTACTAATTCCTTATCAAACGTATGAATATTACCTAGTATGGATGA  147
      |||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||
seq2  TCTC-TACT-ATTCCCTATCAAACGTATG-ATA-TACCTAGT-TGGATGA  137

seq1  GATTCCTTGACTTCCAACCCTGGGTACTCCACAAACAAGCACAGTGGTAT  197
      |||  | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAT--CCTGACTT-CAACCCTTGGTACTCCACAAACAAGCACAGTGGTAT  184

seq1  ACACCTGGAATCCTAGCACTTGGAAGGCACAGGCAGGAAGGTCAGGGGTT  247
      | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCT-GAATCCTAGCACTTGG-AGGCACAGGCAGGAAGGTCAGGGGTT  232

seq1  TAACTTTTTTCTAGAATACATAGGGAGTTTGAGGCCAGTTCAGTATTTCC  297
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAC-TTTTTCTAGAATACATAGGGAGTTTGAGCCCAGTTCAGTATTTCC  281

seq1  TTGCAATGTCAAGAAAAGGCATTCTGGGTCACACAGGTAGCACCCTCTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATGTCAAGAAAAGGCATTCTGGGTCACACAGGTAGCACCCTCTAA  331

seq1  GATGCCCATCCTCACCCCACCCAAGGGTGTAGCTCCCCTTCTTTCCACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCATCCTCACCCCACCCAAGGGTGTAGCTCCCCTTCTTTCCACTT  381

seq1  GAAACACCCCAAAGTACTGAGCTGGTTCACAGCTTTAACCTTTATTTGGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACCCCAAAGTACTGAGCTGGTTCACAGCTTTAACCTTTATTTGGT  431

seq1  AAATTTTTGCCCAGACTTTCCAAATTCTTGTATCACTGTTGGATCTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTGCCCAGACTTTCCAAATTCTTGTATCACTGTTGGATCTAAAA  481

seq1  TGAGAAACAGCCCAGAAAAAAAAAATAATAACGAAGACAATTTTTTCTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAACAGCCCAGAAAAAAAAAATAATAACGAAGACAATTTTTTCTTT  531

seq1  ATCCCTCCCCTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCCCCTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  581

seq1  TGTGTGTGTGATACTGAGGGTGGAACTCGGGACCTCATGCATGCTGAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGATACTGAGGGTGGAACTCGGGACCTCATGCATGCTGAACA  631

seq1  AGGGCTCTGCTACTGAGTGAAGATCCCAGTAATATGTATTCCTAAGCGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCTGCTACTGAGTGAAGATCCCAGTAATATGTATTCCTAAGCGTG  681

seq1  CAACTAACTTAAGCCCGCCTCTGGTTTCAGGAGCACTACTTTGTCATCAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAACTTAAGCCCGCCTCTGGTTTCAGGAGCACTACTTTGTCATCAA  731

seq1  GCCCATGGACCACTGCCTGCTCTGTGTGTGTGTGGTGCCCCTGCCTGATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGGACCACTGCCTGCTCTGTGTGTGTGTGGTGCCCCTGCCTGATC  781

seq1  AGCTCTGCAGGGATGACATTCTCCTGGGAGATGATGGTGGGTTTGTGAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCAGGGATGACATTCTCCTGGGAGATGATGGTGGGTTTGTGAAC  831

seq1  AAGTTCACGGTGAGCAGTGATGACTTTGGATTAAAGCAGGCAAAGACCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACGGTGAGCAGTGATGACTTTGGATTAAAGCAGGCAAAGACCAA  881

seq1  AAAGAAATTACAAACTCAGGTCCTTGACTCGAAGAACTTTAAAAGGTAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTACAAACTCAGGTCCTTGACTCGAAGAACTTTAAAAGGTAAG  931

seq1  GGCATTGCATGAATAAATACTCCATTGCTCTAATAATTATAGACATTGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGCATGAATAAATACTCCATTGCTCTAATAATTATAGACATTGTT  981

seq1  CAGTTAGATGCACCTACAGTGAAATGAGATGCAAGGCCCTCAGTATTTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGATGCACCTACAGTGAAATGAGATGCAAGGCCCTCAGTATTTTT  1031

seq1  GAGAGCCAAAGCTAAATAAGGAATGTCTACTCTAGCTTAGAGGCACACAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCAAAGCTAAATAAGGAATGTCTACTCTAGCTTAGAGGCACACAC  1081

seq1  CTATACTTCCAGTCCCTGAAAGGCAGAGGCAGAAGAATCATGAACTTGAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTCCAGTCCCTGAAAGGCAGAGGCAGAAGAATCATGAACTTGAG  1131

seq1  GCTAGCTTGGGCTACATAGTGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTTGGGCTACATAGTGAATTC  1157